High Performance Computing (HPC) in Vlaanderen - Koninklijke ...

More documents

Recommendations

Info

Figuur 3.4: Distributie van de HPC-gebruikers in 2005volgens de disciplines in Zwitserland. CSCS jaarverslag 2005.SARA in Nederland: (http://www.sara.nl)SARA Reken- en Netwerkdiensten is een geavanceerd ICT-diensten centrum datsinds ruim 30 jaar een compleet pakket aan diensten en producten levert op het gebiedvan high performance computing & visualisatie, high performance netwerking eninfrastructuurdiensten. Onder de klanten van SARA bevinden zich wetenschappelijke eneducatieve instellingen, overheidsinstellingen en zakelijke bedrijven.Sinds 1985 verzorgt SARA de huisvesting van de nationale supercomputerdienstverlening.In opdracht van de stichting Nationale Computerfaciliteiten (NCF)beheert SARA de Nationale Supercomputer (Teras/Aster). Via NCF maken Nederlandseonderzoekers gebruik van de rekencapaciteit van deze systemen. Ook beheertSARA het Nationaal Rekencluster. Voorts levert SARA aan (semi-)overheidsinstellingenen bedrijven diensten en producten op het gebied van systeembeheer, netwerken,informatie en expertise, die aansluiten bij de kennis en ervaring in de genoemde‘high-end activiteiten’. De levering van deze diensten en producten wordt gekenmerktdoor een aantrekkelijke prijsprestatie verhouding.SARA is begonnen als een HPC-centrum, maar ook hier zijn in de loop van de jarental van andere taken bijgekomen. Zo is SARA wereldwijd een zeer belangrijk internetknooppunt;SARA is één van de ankerpunten waar binnenkort de Large Hadron Collider(LHC)-gegevens vanuit CERN in Genève zullen binnenkomen en verwerkt worden. Er isook een wereldtop-niveau 3D-visualisatiecentrum ontwikkeld door SARA, alsmede eenservice voor massale data-opslag en co-locatie van apparatuur voor o.a. industrie.SARA beschikt over een waaier aan clusters, waaronder het Nationaal Cluster (LISA)met een piekprestatie van 8,5 TeraFlops 11 .Organisatie:De aanvraag voor rekentijd en voor ondersteuning door specialisten bij hetoptimaliseren van wetenschappelijke software wordt beheerd door de stichting NationaleComputerfaciliteiten NCF. Deze onafhankelijke stichting (NCF) wordt gefinancierd doorde Nederlandse organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO). NCF werdopgericht in 1990 met het doel om strategisch wetenschappelijk onderzoek mogelijkte maken en te stimuleren door geavanceerde ICT-faciliteiten beschikbaar te stellenvoor excellente onderzoekers. In de organisatie van NWO wordt NCF als een apartwetenschapsgebied gezien, op gelijke voet met gebieden als Exacte Wetenschappen.SARA draagt er in een belangrijke mate toe bij dat Nederland wereldwijd op decomputationele kaart staat. Voor de eigenlijke HPC heeft SARA trouwens onlangs een11Zie http://www.nwo.nl/nwohome.nsf/pages/NWOA_4YAHHF voor een beschrijving.21
tweede locatie geopend in Almere, omdat de ruimtenoden de mogelijkheden van deeerste site in Amsterdam ruimschoots te boven ging. Dit alles suggereert dat SARA enNederland als geheel (met zijn 16 miljoen inwoners) iets te groot is om als adequaatmodel te dienen.Het feit dat SARA nu al spontaan in twee stukken gesplitst is, suggereert datVlaanderen (met 6 miljoen inwoners) een adequate grootte heeft om een centraleHPC-eenheid uit te bouwen.Het budget van SARA wordt niet vermeld in het 2005 jaarverslag 12 , maar SARAbeschikt over een staf die in 2005 100 medewerkers bedroeg, met een geplandeuitbreiding naar 150 in 2009.3.3. HPC in VlaanderenDe locale HPC-clusters van de UAntwerpen, UGent en KULeuven worden kortbeschreven. Deze installaties, weliswaar van beperkte omvang op internationaal vlak,spelen een belangrijke rol bij de ondersteuning van vooruitstrevend onderzoek.3.3.1. De HPC-cluster van UAntwerpenDe UAntwerpen cluster kan opgesplitst worden in rekennodes en “back-end” (hetmanagement gedeelte, de servers):rekennodes: 256 Sun Fire V20z: dual AMD Opteron 250, 73 GB lokale schijf.Hiervan zijn 192 nodes uitgerust met 4 GB intern geheugen en onderling verbonden viaGigabit Ethernet. De overige 64 nodes zijn uitgerust met 8 GB intern geheugen enonderling verbonden via Myrinet. Het besturingssysteem is Suse.back-end: 2 Sun Fire V440: 4 UltraSparc IIIi en 16 GB intern geheugen. Decentrale opslag gebeurt op 2 Sun StorEdge 3510 FC Array, samen goed voor bijna 6 TB.Het besturingssysteem is Solaris.3.3.2. De HPC-cluster van KULeuvenDe HPC-infrastructuur (een `computer cluster’) bestond in 2005 uit 177 `rekenknopen’met telkens minstens 2 processoren (AMD Opteron) en 2 GB RAM geheugen.Een van de 177 knopen bevatte 8 processoren, een andere knoop was een zgn. `dualcore4-way’, en nog drie andere knopen waren `dual core dual servers’. De grotemeerderheid van de nieuwe nodes werden onderling verbonden met het zeer snelleInfiniband interconnectie netwerk, waardoor sommige berekeningen die uitgevoerdworden op meerdere nodes veel sneller uitgevoerd kunnen worden. Bovendien bevattenacht knopen 16 GB RAM geheugen zodat het volledige systeem in totaal 372 rekenprocessorenbezat en meer dan 500 GB RAM geheugen. Dit HPC-systeem had eentheoretische piek-performantie van 1,8 Teraflops in dubbele precisie, 3,6 Teraflops in‘single precision’ en een totale opslagcapaciteit van meer dan 30 TB.In September 2006 werd de cluster uitgebreid met 120 extra rekennodes. Hetbetreft zgn. `two way dual core AMD Opteron275’ nodes (dus in praktijk met4 `compute cores’ of rekenkernen per node) met elk 4 GB RAM geheugen en onderlingverbonden met het zeer snelle `Infiniband interconnect’. De huidige HPC-infrastructuurbestaat dus uit 297 nodes met in totaal 852 AMD Opteron cores waarvan er 752 via eensnelle Infiniband switch met elkaar verbonden zijn. Deze cluster heeft 1,14 TB RAMgeheugen en een theoretisch piek-performantie van ongeveer 4 Teraflops (3912Gflops)!3.3.3. De HPC-cluster van UGentIn de vakgroep Informatietechnologie van de UGent is er een cluster met 222 CPU’s(vervat in een 80-tal working nodes, waarvan een aantal met 2 CPU’s en een aantal met12http://www.sara.nl/aboutsara/pdf/SARA_jaarverslag_2005.pdf22
Page 1 and 2: De Koninklijke Vlaamse Academie van
Page 3 and 4: High Performance Computing (HPC) in
Page 5 and 6: High Performance Computing (HPC)In
Page 8 and 9: INHOUDMANAGEMENT SAMENVATTING . . .
Page 10 and 11: ADVIES VAN DE KVABoverHIGH PERFORMA
Page 12 and 13: ADVIES VAN DE KVABoverHIGH PERFORMA
Page 14 and 15: Op industrieel vlak, wordt het ontw
Page 16 and 17: Tabel 2.1. The Challenges and Outco
Page 18 and 19: Een strategie waarbij de wetenschap
Page 20 and 21: omgevingstudies komen aan bod met o
Page 22 and 23: Tabel 3.2.: Rangschikking van de be
Page 26 and 27: 4 CPU’s) geinstalleerd die verbon
Page 28 and 29: Omgezet naar rekencapaciteit, kan d
Page 30 and 31: 3. Naast het uitvoeren van de eigen
Page 32 and 33: Het is de overtuiging van de KVAB,
Page 34 and 35: Bijlage 2: Enquete formulierWerkgro
Page 36 and 37: Bijlage 3: Samenvattingen van de en
Page 38 and 39: parallelcomputer of een clustercomp
Page 40 and 41: Bijlage 3b: Moleculaire Biologie en
Page 42 and 43: grote hoeveelheden gegevens. Bepaal
Page 44 and 45: • Hydrodynamica (golven en stromi
Page 46 and 47: • Capaciteit van ongeveer 1 Teraf
Page 48 and 49: • Bij iteratieve beeldreconstruct
Page 50 and 51: Bijlage 3d: Moleculaire ChemieProf.
Page 52 and 53: infrastructuur. Zaken als disk spac
Page 54 and 55: Bijlage 3e: Toegepaste Wiskunde en
Page 56 and 57: gezien worden. BEgrid mag men niet
Page 58 and 59: • Wat MHD-simulaties betreft: de
Page 60 and 61: slagen wij er momenteel in om aan d
Page 62 and 63: Bijlage 3h: Turbulentie en Verbrand
Page 64 and 65: elektrochemisch massatransport; vli
Page 66 and 67: Bijlage 3i: MilieustudiesProf. Yvan
Page 68 and 69: ) Plannen voor de komende 5 jaren v
Page 70 and 71: Bijlage 4: De TOP500 HPC lijst van
Page 72 and 73: Top HPC-systemen in Europa (Novembe
Page 74:
SummaryThe Koninklijke Vlaamse Acad
show all

High Performance Computing (HPC) in Vlaanderen - Koninklijke ...

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?