SIMONA release candidate 2011-RC - Applicaties Helpdesk Water
SIMONA release candidate 2011-RC - Applicaties Helpdesk Water
SIMONA release candidate 2011-RC - Applicaties Helpdesk Water
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
RELEASE NOTES<br />
RELEASE CANDIDATE <strong>SIMONA</strong><strong>2011</strong>-<strong>RC</strong><br />
(oktober 2010)<br />
Deltares voert het beheer en onderhoud aan de <strong>SIMONA</strong>-software uit op basis van<br />
de Service Level Agreements (SLA) met het Ministerie van Verkeer en <strong>Water</strong>staat.
Inhoud<br />
1 Inleiding .................................................................................................................... 4<br />
2 Informatie voor gebruikers ..................................................................................... 5<br />
2.1 Afhandeling ruimtelijk variërende wind invoer........................................................... 5<br />
2.2 Uitleveren van <strong>SIMONA</strong> 64-bits versie voor OpenMPI (Msg Passing Lib) ............... 5<br />
2.3 Ontwikkelingen Domein Decompositie...................................................................... 6<br />
2.4 Diverse aanpassingen voor barriers.......................................................................... 7<br />
2.5 Uitfasering systemen: WAQPAN, Adobs, Cmpbnd................................................... 7<br />
2.6 WAQVIEW in batch mode, gedocumenteerd in de gebruikershandleiding .............. 7<br />
2.7 WAQVIEW vergelijken van SDS-files waarvan de rekenroosterbegrenzing verschilt<br />
................................................................................................................................... 7<br />
2.8 Meerdere kleine wijzigingen ...................................................................................... 8<br />
3 Informatie voor programmeurs.............................................................................. 9<br />
3.1 Aanpassing aan het make-systeem (simake.pl)........................................................ 9<br />
3.2 Aanpassingen aan de testbank ................................................................................. 9<br />
3.3 Documentatie............................................................................................................. 9<br />
3.4 LDS .......................................................................................................................... 10<br />
3.5 Overig....................................................................................................................... 10<br />
4 Compatibiliteit........................................................................................................ 11<br />
4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur........................................ 11<br />
4.1.1 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar............................................... 11<br />
4.1.2 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude<br />
functionaliteit) te kunnen gebruiken.................................................................. 11<br />
4.1.3 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te<br />
kunnen gebruiken ............................................................................................. 11<br />
4.1.4 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude<br />
functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend) . 11<br />
4.1.5 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van<br />
de nieuwe <strong>release</strong> te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode<br />
verschillend)...................................................................................................... 11<br />
4.1.6 Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die<br />
niet worden ondersteund .................................................................................. 11<br />
4.1.7 Zijn er nieuwe Keywords................................................................................... 11<br />
4.1.8 Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords ................................................. 12<br />
4.1.9 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma's.. 12<br />
4.1.10 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem...................................... 12<br />
4.1.11 Zijn de resultaten veranderd............................................................................. 12<br />
4.1.12 Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt ................................. 12<br />
4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit ....................................................... 13<br />
5 Bekende problemen / restricties.......................................................................... 14<br />
5.1 Algemene restricties ................................................................................................ 14<br />
5.2 Restricties voor het Linux-platform.......................................................................... 14
5.3 Restricties voor het Windows-platform.................................................................... 14<br />
6 Configuratie............................................................................................................ 16<br />
6.1 Platforms.................................................................................................................. 16<br />
6.2 Producten................................................................................................................. 16<br />
6.3 Bestanden................................................................................................................ 16<br />
7 Versienummers...................................................................................................... 17
1 Inleiding<br />
Deze <strong>release</strong> notes horen bij de <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> die is gebaseerd op de<br />
moederversie van Simona van oktober 2010. In dit document worden de belangrijkste<br />
wijzigingen beschreven die sinds de vorige major <strong>release</strong> (Simona2010) zijn doorgevoerd.<br />
Deze wijzigingen betreffen:<br />
1. Afhandeling ruimtelijk variërende wind invoer<br />
2. Uitleveren van <strong>SIMONA</strong> 64-bits versie voor OpenMPI (Msg Passing Lib)<br />
3. Ontwikkelingen Domein Decompositie<br />
4. Diverse aanpassingen voor barriers<br />
5. Uitfasering systemen: WAQPAN, Adobs, Cmpbnd<br />
6. WAQVIEW in batch mode, gedocumenteerd in de gebruikershandleiding<br />
7. WAQVIEW vergelijken van SDS-files waarvan de rekenroosterbegrenzing verschilt<br />
Daarnaast zijn er nog een aantal kleinere wijzigingen en bug-fixes, naar aanleiding van<br />
service-calls, doorgevoerd.<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 4
2 Informatie voor gebruikers<br />
In dit hoofdstuk worden de voor de gebruiker belangrijkste wijzigingen opgesomd. Allerlei<br />
kleine verbeteringen in de programmatuur zoals extra controles in de programma's en<br />
sommige verbeteringen in de documentatie worden niet apart vermeld.<br />
2.1 Afhandeling ruimtelijk variërende wind invoer<br />
Er zijn verschillende aanpassingen gemaakt in de afhandeling van ruimtelijk variërende<br />
wind, te weten:<br />
o<br />
o<br />
o<br />
o<br />
o<br />
NetCDF windinvoer <strong>SIMONA</strong><br />
Er is een nieuw invoer formaat toegevoegd aan WAQWND: NetCDF, dit om<br />
aan te sluiten bij de windvelden uit Matroos. Omdat in NetCDF veel metainformatie<br />
staat, kan volstaan worden met het doorgeven van veel minder<br />
parameters aan WAQWND dan bij andere formaten. Zie de quick reference<br />
guide WAQUA voor het precieze gebruik.<br />
WAQWND geschikt gemaakt voor nieuwe Hirlam formaat<br />
Sinds de Simona2009-<strong>release</strong> kunnen Hirlam GRIB-files op een zogenaamd<br />
verschoven poolrooster worden gebruikt. Bij de rotatie van de<br />
snelheidsvectoren naar het WAQUA-rooster blijkt dat de interpolatietools<br />
aannemen dat de windvectoren precies noord/oost staan. Dit is voor het<br />
nieuwe type wind niet het geval, en daarvoor wordt nu in WAQWND een<br />
correctie toegepast.<br />
Optie om partitioneren van windfiles over te slaan<br />
Vooral bij korte (test)sommen is de tijd die de partitioner Coppre nodig heeft<br />
om de Wind-SDS te partitioneren relatief groot. Omdat wind toch nog van het<br />
windrooster naar het flowrooster geïnterpoleerd moet worden, is deze actie<br />
niet strikt noodzakelijk. Met het keyword skip_partit kan de gebruiker nu kiezen<br />
dit over te slaan. Een bijkomend voordeel is dat bij DDHOR beide domeinen<br />
naar dezelfde windfile kunnen verwijzen. Omdat we niet zeker weten of deze<br />
aanpassing op alle systemen probleemloos werkt, is deze aanpassing<br />
voorlopig optioneel.<br />
Discriminatie tussen wind-stress en wind-speed door postprocessing tools<br />
WAQWND kan zowel wind-stress als windsnelheden op de SDS-file zetten.<br />
Tot voor kort werd dit niet opgemerkt door zowel Sds2Mat als WAQVIEW. Ze<br />
namen aan dat er altijd windsnelheden op de SDS-file staan. WAQVIEW toont<br />
nu de juiste eenheid. Sds2Mat is uitgebreid met een keyword has_stresses en<br />
neemt nu aan dat er snelheden gegeven zijn tenzij het keyword has_stresses<br />
wordt gebruikt. Verder is Sds2Mat uitgebreid met een keyword no_rotation. Als<br />
dit aanstaat wordt de rotatie van vectoren op het flowrooster naar vectoren op<br />
het scherm/papier overgeslagen.<br />
Uitleveren van <strong>SIMONA</strong> 64-bits versie voor OpenMPI (Msg Passing Lib)<br />
2.2 Uitleveren van <strong>SIMONA</strong> 64-bits versie voor OpenMPI (Msg Passing<br />
Lib)<br />
De 64-bits versie voor Linux is vanaf deze <strong>release</strong> een officieel ondersteund platform. Met<br />
dit extra platform staan we klaar voor de toekomst: alle nieuwe hardware is al enige tijd 64-<br />
bits. Verder kunnen programma’s als WAQPRE en WAQVIEW nu gebruik maken van meer<br />
geheugen. Tevens hebben we de mogelijkheid opgepakt om InfiniBand te ondersteunen<br />
door dit platform met OpenMPI te compileren in plaats van MPICH2.<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 5
De verschillen tussen 32-bits en 64-bits die we vonden bij de Simona2010-<strong>release</strong> konden<br />
allemaal verklaard worden als een gevolg van afrondfouten. Meest in het oog springend<br />
daarbij was een model dat gebruik maakte van “Initial – compute – velocities” waarbij in<br />
WAQPRE al verschillen ontstonden. Nader onderzoek wees uit dat er in deze berekening<br />
roosterafstanden worden bepaald door in enkele precisie het verschil te bepalen tussen<br />
twee grote coördinaten. Dit zou je kunnen aanpassen maar dan creëer je een vergelijkbaar<br />
verschil tussen twee <strong>SIMONA</strong> versies.<br />
2.3 Ontwikkelingen Domein Decompositie<br />
o Barriersturing over domeinranden<br />
Met deze versie is het mogelijk om in een domein decompositie simulatie de<br />
barriers aan te sturen met bijvoorbeeld een waterstand of een debiet door<br />
een cross-sectie in een ander domein. Als je de Haringvlietsluizen wilt<br />
aansturen met een debiet door de Waal, kunnen deze sluizen en het<br />
bewuste deel van de Waal met het debiet in twee verschillende domeinen<br />
liggen. Er is dus meer vrijheid in de keuze van de domeingrenzen.<br />
Door deze aanpassing is het niet meer mogelijk om te sturen op een verschil<br />
in hydrostatische druk. Zover we kunnen overzien geeft dit geen problemen<br />
in de bestaande modellen. Er loopt nog een uitgebreide test van deze<br />
nieuwe functionaliteit, waar mogelijk nog aanpassingen uit volgen. Neem<br />
daarom contact op met de helpdesk als je deze functionaliteit wilt gaan<br />
gebruiken.<br />
o Domein Decompositie Horizontaal<br />
Er zijn aan WAQPRO enkele nieuwe opties toegevoegd waarmee zowel<br />
parallel rekenen als domein decompositie versneld worden.<br />
1) Met use_pinning kan een proces aan een core worden verbonden. Dit<br />
werkt alleen als er genoeg cores zijn, waarbij OpenMPI ook een core extra<br />
nodig heeft voor Coexec.<br />
2) Met hostmap compact kunnen buurprocessen bij een dual of quad core op<br />
dezelfde machine worden gezet. Vooral in combinatie met de<br />
partitioneringsmethode strip levert dit snelheidswinst op.<br />
3) De optie local_only wordt onder Windows automatisch gezet als er geen<br />
hostfile aanwezig is; Deze optie zorgt er voor dat MPICH2 niet vraagt om<br />
een username en password.<br />
4) Standaard worden de subdomein SDS-files verwijderd als het collecteren<br />
gelukt is. Wil je ze toch bewaren (kan soms handig/sneller zijn voor postprocessing),<br />
dan moet je de nieuwe optie keep_subdomsds gebruiken.<br />
5) Als je met OpenMPI veel cores (> ~100) wilt gebruiken, dan lukt dat alleen<br />
door automatische instellingen van OpenMPI te gebruiken. Dit kan met de<br />
optie use_pbs_aware. De optie hostmap wordt dan genegeerd.<br />
6) Er zijn diverse bugfixes, met name aan Coppre, doorgevoerd om op een<br />
groot aantal cores te kunnen rekenen. De grens lag op 32, en ligt nu op 96.<br />
Die laatste grens is vrij hard. Met domein decompositie kom je iets verder:<br />
tot circa 135. Wat deze grens bepaalt, is nog niet duidelijk.<br />
Verder is een probleem verholpen in de combinatie domein decompositie en<br />
debietafhankelijke ruwheden.<br />
o Visipart<br />
Visipart is uitgebreid voor horizontale domein decompositie. Nu kunnen in<br />
één oogopslag de rekentijden van de verschillende domeinen vergeleken<br />
worden en het aantal benodigde processoren per domein bepaald worden.<br />
o WAQVIEW<br />
WAQVIEW kan nu ook de incrementals van een domein decompositie<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 6
simulatie goed tonen. In vorige versies werden per domein alle tijdstappen<br />
afgelopen, nu worden per tijdstap alle domeinen afgelopen.<br />
2.4 Diverse aanpassingen voor barriers<br />
Er zijn diverse aanpassingen voor barriers gemaakt. Behalve de eerder genoemde<br />
aanpassing voor barriersturing over domeingrenzen zijn dat:<br />
De expliciete afhandeling voor culvert-weir-structures en intake-weir-structures is<br />
vervangen door een impliciete afhandeling. Parallel rekenen met deze structures liep<br />
vast, en dat is in deze <strong>release</strong> verholpen.<br />
In WAQVIEW en in de Excel-stekker zijn meer barrier tijdseries beschikbaar: de sill,<br />
gate en width, zowel preferred als actual. Ook de barrier-time is op te vragen.<br />
De flexibele barriernummering is nu ook zichtbaar in WAQVIEW. Bij deze<br />
aanpassing viel op dat het onderdeel NUMBAR van het array MESH_BARPOS voor<br />
v-barriers verkeerd gevuld werd.<br />
Bij de aanpassingen voor domein decompositie zijn diverse foutjes in de<br />
barriersturing ontdekt en opgelost. Het betreft problemen met parallel rekenen als<br />
een barrier in de guard-band ligt, en de aansturing via observaties van een<br />
discharge.<br />
Bij de overgang naar kritische stroming werd in de Simona2010 <strong>release</strong> in de<br />
eerstvolgende tijdstappen de subkritische formulering toegepast. Dat is verbeterd.<br />
Vanwege de bovenstaande verbeteringen wordt in modellen met barriers dringend<br />
aangeraden de Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> versie toe te passen, en geen oudere versies.<br />
2.5 Uitfasering systemen: WAQPAN, Adobs, Cmpbnd<br />
Zoals in de vorige <strong>release</strong> notes is aangekondigd zijn de onderdelen Adobs en Cmpbnd<br />
verwijderd, en heeft WAQPAN de status “bevroren programmatuur” gekregen. Voor<br />
WAQPAN zijn er drie alternatieven: Getdata, Excel-stekker en WAQVIEW. Wie scripts<br />
gebruikt om data met WAQPAN op te halen, wordt verzocht contact op te nemen met de<br />
helpdesk. Adobs is vervangen door Obs2sds en Cmpbnd is vervangen door Cmpser.<br />
2.6 WAQVIEW in batch mode, gedocumenteerd in de<br />
gebruikershandleiding<br />
WAQVIEW beschikte al over de mogelijkheid om via een batch mode een reeks van<br />
handelingen te automatiseren. Deze mogelijkheid was nog niet beschreven. De beschrijving<br />
van de batch mode is nu gedocumenteerd in de gebruikershandleiding van WAQVIEW.<br />
Door middel van de WAQVIEW-invoerfile is het mogelijk om muisklikken en toetsaanslagen<br />
op te slaan in een bestand. Dit is mogelijk door de onderstaande regels op te nemen in de<br />
invoerfile:<br />
batchmode<br />
batchmode = ‘record’ # gebruik ‘play’ voor het afspelen<br />
batchfile = ‘batchfile’<br />
Na het sluiten van WAQVIEW kunnen de gemaakte handelingen herhaald worden door<br />
“batchmode = ‘record’” te veranderen in “batchmode = ‘play’”.<br />
2.7 WAQVIEW vergelijken van SDS-files waarvan de<br />
rekenroosterbegrenzing verschilt<br />
In WAQVIEW is het mogelijk om deze in de verschil-mode te draaien. In deze mode worden<br />
verschillen tussen twee SDS-files bepaald. Beide SDS-files moeten in basis wel overeen<br />
komen. Eén zo’n verplichte overeenkomst is het array powner. De array powner is initieel<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 7
een product van de enclosure maar wordt ook bewerkt als men met domein decompositie<br />
draait. Het is dus nu niet mogelijk om SDS-files te vergelijken met verschillende enclosures.<br />
Om in specifieke situaties toch het vergelijken van SDS-file mogelijk te maken, is een nieuw<br />
sleutelwoord geïntroduceerd voor de WAQVIEW-invoerfile.<br />
In de invoerfile komt onder de sleutel flow_sds het keyword diff_ignore_powner. Beide<br />
enclosures kunnen in de verschil mode geplot worden. De polygonen van de enclosures van<br />
beide SDS-files worden over elkaar heen geplot.<br />
2.8 Meerdere kleine wijzigingen<br />
1. Het mee kunnen nemen van zout enkel in diagnostische mode (stationair).<br />
De optie diagnostisch zout is uitgebreid met de optie om de drukgradiënt ten<br />
gevolge van zout op te kunnen geven. Dit geeft aanzienlijk betere resultaten dan<br />
wanneer zout en temperatuur stationair worden opgegeven en waarbij de<br />
drukgradiënt door WAQUA zelf wordt uitgerekend.<br />
2. Er zijn een aantal verbeteringen doorgevoerd aan Kalman filtering in combinatie met<br />
domein decompositie en/of zout-transport. Kalman filtering is aangepast vanwege<br />
problemen met negatieve zoutconcentraties.<br />
3. Programma WAQPRO stopt bij een negatieve diffusie coëfficiënt of indien een NaN<br />
wordt verkregen voor de concentratie.<br />
4. Het Prandtl-Schmidt getal voor heat en temperature is gewijzigd in respectievelijk<br />
700 en 6.7.<br />
5. IPW: xorigin en yorigin van een (rechtlijnig) submodel worden gecorrigeerd met de<br />
stapgrootte.<br />
6. Mogelijkheid om via de Installer de postprocessing tools: WAQVIEW, Getdata,<br />
Excel-workbook, ArcGIS-toolbar afzonderlijk te installeren, dus zonder een volledige<br />
Simona installatie.<br />
7. Getdata. Omzetten van constituent tijdreeksen van SDS-formaat naar NetCDFformaat.<br />
Tevens zijn de kolomheaders van shapefiles aangepast.<br />
8. Aanpassing aan WAQUA_lds.dlds m.b.t. de variabele CHECKPOINTS_TRANS<br />
9. WAQVIEW<br />
o example files zijn toegevoegd;<br />
o regellengte in het invoerbestand is niet meer gelimiteerd tot 120 karakters;<br />
o in Simona2005-02 werd DQ op het zeta rooster uitgevoerd, dit moest op het<br />
diepterooster zijn. Deze fout is in Simona2006-01 opgelost, maar in het<br />
scherm van DQ stond nog "Discharge at zeta Q"; dit is aangepast naar<br />
"Discharge at depth Q".<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 8
3 Informatie voor programmeurs<br />
Sinds de laatste major <strong>release</strong> zijn er een aantal aanpassingen gemaakt aan de procedures<br />
en werkwijzen voor het beheer en onderhoud van de programmatuur. Deze zijn van belang<br />
voor alle Simona programmeurs.<br />
3.1 Aanpassing aan het make-systeem (simake.pl)<br />
1. Platform onafhankelijk maken van Sicheck<br />
Sicheck draait nu ook op Windows doordat het shell-script is omgezet naar een perlscript.<br />
Dit is getest met Sds2Mat en dat leverde veel verbeteringen op.<br />
2. Aanpassing Simake i.v.m. besluit om geen PDF-bestanden meer op te nemen in de<br />
Subversion repository.<br />
Op Linux worden voor de LaTeX-documenten de PDF-bestanden nu aangemaakt en<br />
door Simake in de target doc-directory gezet. In de trunk staan de gegenereerde<br />
PDF’s daarom niet meer in versiebeheer (in <strong>release</strong>s worden de PDF-bestanden wel<br />
ingecheckt). Dit moedigt aan om kleine verbeteringen in de documentatie op te<br />
nemen in de trunk.<br />
3. CFLAGS komen niet door in Gcc.pm.<br />
Met een kleine aanpassing komen CFLAGS nu wel door in Gcc.pm.<br />
4. Onderzoek impact compileren met MD vlag op Simona.<br />
Op Windows wordt nu met de MD (multi-threading) vlag gecompileerd. Er is<br />
geconstateerd dat dit geen effecten op de rekenresultaten heeft. Deze vlag is nodig<br />
voor IPW en WAQOMI.<br />
5. Aanpassingen voor Absoft en IBM compiler.<br />
Er zijn diverse aanpassingen gedaan om Simona door zowel de Absoft als de IBM<br />
compiler gecompileerd te krijgen. Beide compilers stonden max(single, double) niet<br />
toe. Veel voorkomend was max(0.0, x) met x in variabele precisie. Dit is nu<br />
geworden max(zero, x), met zero een parameter in variabele precisie uit de include<br />
file csivpr.i. Verder gaf is_nan problemen en statement functies met ibuffr.<br />
3.2 Aanpassingen aan de testbank<br />
6. De testen voor de Simona-workbook en de Simona Installer zijn beschreven in de<br />
testdocumentatie.<br />
7. Testbank voor WAQVIEW m.b.t. DDHOR-modellen is uitgebreid.<br />
3.3 Documentatie<br />
8. Documentatie omgezet naar LaTeX.<br />
Een aantal documenten (user’s guide WAQPRE, user’s guide Couple, user’s guide<br />
Visipart, LDS-flow, LDS-trans en programmers guide tools) is omgezet van Word<br />
naar LaTeX. Voor de gebruiker heeft dit als voordeel dat de PDF-versie er beter<br />
uitziet (je krijgt er bookmarks bij in de pdf-reader). Voor beheer en onderhoud is het<br />
voordeel dat meerdere personen tegelijk een document kunnen aanpassen, omdat<br />
LaTeX heel goed werkt in combinatie met Subversion.<br />
9. De technische documentatie m.b.t. het Update.exe programma, voor het installeren<br />
van Simona patches, is toegevoegd.<br />
10. De procedure voor het genereren van de Installer is aan het werkwijzendocument<br />
toegevoegd.<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 9
3.4 LDS<br />
11. LDS_FLOW aangepast.<br />
In de LDS_FLOW stonden nog de arrays van de Class_Limits (die door incremental<br />
is vervangen), en van enkele arrays (KDIS, TIDINQ, IQHADM, QHSER) stond ten<br />
onrechte dat ze alleen voor WAQUA of TRIWAQ beschikbaar zijn, terwijl dat door de<br />
uniformering was recht getrokken.<br />
3.5 Overig<br />
12. De versienummering is aangepast. De handmatige versienummering in subroutines<br />
is komen te vervallen en in het hoofdprogramma is het laatste cijfer vervallen. In<br />
plaats daarvan is het revisienummer van Subversion leidend. Dit werd al afgedrukt<br />
in de message-file.<br />
13. Er is een aantal testen met array-grens controles en controles op nietgeïnitialiseerde<br />
variabelen gedraaid. Dit heeft tot diverse kleine code-aanpassingen<br />
geleid.<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 10
4 Compatibiliteit<br />
In deze paragraaf besteden we aandacht aan een aantal specifieke punten die van belang<br />
zijn bij de overstap van de vorige naar de huidige versie van de programmatuur.<br />
4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur<br />
4.1.1 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar<br />
Nee, de pakketten Adobs en Cmpbnd zijn verwijderd en het pakket WAQPAN heeft de<br />
status “bevroren programmatuur” gekregen.<br />
Bij barriersturing kan niet meer op een verschil in hydrostatische druk worden gestuurd.<br />
4.1.2 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude<br />
functionaliteit) te kunnen gebruiken<br />
Ja. Bij gebruik van ruimtelijk variërende wind (svwp) is het keyword “coor_id”, dat al langer<br />
bestond, nu verplicht. Deze heeft voor sferische modellen de waarde ‘ED50’ of ‘WGS84’ en<br />
voor rijksdriehoeksmodellen ‘RDV’.<br />
Bij windvelden met een verschoven poolcoördinaat moet WAQWND opnieuw gedraaid<br />
worden, anders stopt WAQPRE met een foutmelding.<br />
Als je wind-stress in plaats van windsnelheid door Sds2Mat wilt halen, moet het nieuwe<br />
keyword “has_stresses” gebruikt worden.<br />
4.1.3 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit<br />
te kunnen gebruiken<br />
Ja. Om barriersturing over domeinranden te gebruiken moet met het keyword “remote” de<br />
naam van het station of de cross-sectie in het andere domein gegeven worden.<br />
Om Visipart voor domein decompositie te gebruiken, zijn er eisen aan de layout van de<br />
configuratie file (zie 5.1).<br />
Om de drukgradiënt ten gevolge van zout te kunnen opgeven is het keyword “presgrad”<br />
nodig.<br />
4.1.4 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude<br />
functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode<br />
verschillend)<br />
Strikt genomen niet, maar in modellen met zout is een verbetering doorgevoerd die alleen<br />
betere resultaten geeft als opnieuw het filter wordt aangemaakt.<br />
4.1.5 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit<br />
van de nieuwe <strong>release</strong> te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode<br />
verschillend)<br />
Nee.<br />
4.1.6 Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit,<br />
combinaties die niet worden ondersteund<br />
De optie “use_pinning” voor waqpro.pl moet het aantal cores correct kunnen bepalen. Met<br />
OpenMPI gaat dit automatisch, met MPICH2 is mogelijk een aanpassing in waqpro.pm<br />
nodig. Hiervoor kan contact worden gezocht met de helpdesk.<br />
4.1.7 Zijn er nieuwe Keywords<br />
Ja. In WAQPRE zijn de nieuwe keywords:<br />
“skip_partit” om partionering van de Wind-SDS-file over te slaan,<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 11
“remote” voor barriersturing over domeingrenzen.<br />
“presgrad” om de drukgradiënt ten gevolge van zout op te kunnen geven.<br />
In Sds2Mat zijn er twee nieuwe keywords:<br />
“no_rotation” en<br />
“has_stresses”.<br />
In WAQVIEW is er een nieuw keyword:<br />
“diff_ignore_powner”<br />
Het keyword “batchmode” voor WAQVIEW is nu ook gedocumenteerd.<br />
4.1.8 Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords<br />
Ja, “coor_id” is verplicht bij gebruik van ruimtelijk variërende wind.<br />
4.1.9 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en<br />
nabewerkingsprogramma's<br />
Nee, in IPW zijn de nieuwe keywords (zie 4.1.7) nog niet doorgevoerd.<br />
4.1.10 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem<br />
Ja, en wel de volgende:<br />
1. Er zijn wat foutmeldingen anders genummerd en diverse typefoutjes hersteld in de<br />
foutmeldingen.<br />
2. Coppre geeft een melding als barriers zich in de overlapzone van twee<br />
subdomeinen bevinden.<br />
3. De versienummers van de executables zijn korter: de laatste twee cijfers zijn komen<br />
te vervallen.<br />
4. De timings van Kalman filtering zijn verbeterd.<br />
5. Bij Not-a-Number’s (NaN) in één van de getransporteerde stoffen wordt de<br />
berekening met een foutmelding gestopt.<br />
4.1.11 Zijn de resultaten veranderd<br />
Ja, maar alleen voor speciale gevallen:<br />
1. Er zijn veel foutjes in barriersturing opgelost die foutieve resultaten gaven. Als<br />
Coppre nu meldt dat er barriers in de overlapzone (guardband) liggen, is de kans<br />
groot op verschillen met een vorige versie. De formulering voor dubbele barriers<br />
(structures met een culvert en een weir) is veranderd. Verder zijn er fouten<br />
verholpen voor barriersturing op basis van discharges.<br />
2. In windvelden met verschoven poolcoördinaten is een correctie in de rotatie<br />
toegevoegd die andere resultaten geeft.<br />
3. In de post-processing (zowel WAQVIEW als Sds2Mat) zijn veel foutjes in de<br />
afhandeling van ruimtelijke variërende wind gevonden, waardoor de plaatjes hiervan<br />
er heel anders uit kunnen zien.<br />
4. De formulering voor k-epsilon turbulentie is aangepast, wat met name voor 3D<br />
modellen zonder getij verschillen kan geven.<br />
5. Kalman filtering met domein decompositie en/of zout is aangepast en geeft andere<br />
resultaten.<br />
4.1.12 Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt<br />
Ja. Default worden nu van de subdomein de bijbehorende SDS-files na afloop van de<br />
berekening opgeruimd. Dit kan voorkomen worden door de nieuwe optie “keep_subdomsds”<br />
van waqpro.pl.<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 12
4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit<br />
Om het complete Simona-systeem beheersbaar te houden moet er van tijd tot tijd<br />
verouderde functionaliteit uit het systeem worden geschrapt. De volgende functies zijn<br />
hiervoor genomineerd:<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
Programma’s Cnvobs en Ado2Md<br />
Het conversieprogramma Cvnobs dat het oude Adobs-formaat omzet in het<br />
Obs2sds-formaat wordt in deze <strong>release</strong> voor het laatst meegeleverd. Hetzelfde geldt<br />
voor Ado2Md, een pakket dat het oude Adobs-formaat omzet naar een MD-file.<br />
Programma SdsDif<br />
De functionaliteit van het programma SdsDif is ook beschikbaar als de<br />
verschilfunctie van Getdata, en wordt daarom verwijderd SdsDif is in deze <strong>release</strong><br />
voor het laatst meegeleverd.<br />
Programma Waqad<br />
Met de komst van OpenDA programmatuur voor data-assimilatie voor o.a. WAQUA<br />
modellen is Waqad overbodig geworden. We zullen een geschikt moment zoeken<br />
om Waqad uit Simona te halen of om dit pakket toe te voegen aan de verzameling<br />
“bevroren programmatuur”.<br />
Programma’s Sicorrupt en Dirtst<br />
De programma’s Sicorrupt en Dirtst zijn gemaakt om onderdelen van <strong>SIMONA</strong> te<br />
testen en zullen mogelijk in het vervolg niet meer uitgeleverd worden.<br />
Oude keywords voor droogval en displays<br />
In WAQPRE staan keywords voor de oude droogval methode en voor het aansturen<br />
van oude plotprogrammatuur. Deze staan op de nominatie om verwijderd te worden.<br />
Ook is het de bedoeling dat het nieuwe keyword DENSITY het keyword DENSITIES<br />
zal vervangen.<br />
Bevroren programmatuur<br />
In tegenstelling tot de vorige <strong>release</strong> notes wordt, op veler verzoek, het programma<br />
WAQPAN toch meegeleverd met deze <strong>release</strong>. Wel heeft WAQPAN nu de status<br />
van “bevroren programmatuur”. Het gebruik van WAQPAN is voor eigen risico:<br />
WAQPAN wordt (al enige jaren) niet getest door de Simona testbank en er wordt<br />
ook geen onderhoud aan dit pakket gepleegd.<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 13
5 Bekende problemen / restricties<br />
In deze paragraaf bespreken we de beperkingen en bekende problemen van de huidige<br />
<strong>release</strong>.<br />
Eerst geven we de beperkingen die voor alle platformen gelden, daarna de beperkingen per<br />
platform.<br />
5.1 Algemene restricties<br />
<br />
Bij gebruik van afwijkende buffersizes in DDHOR-berekeningen moet de bufsize in<br />
de DDHOR-configuratie file op dezelfde regel worden gespecificeerd als de<br />
executable. Een dergelijke restrictie geldt ook voor de DDHOR-versie van Visipart<br />
die de config-file uit de message-file leest: de naam, de runid en executable moeten<br />
op verschillende regels staan.<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
Modellen die Lagrangiaanse tijdsintegratie gebruiken, kunnen niet worden gerestart.<br />
Voor het systeem WAQUA-met-OpenDA gelden de volgende beperkingen:<br />
- Steady-state Kalman-filters kunnen nog niet worden gebruikt.<br />
- Alleen waterstandsmetingen kunnen worden verwerkt.<br />
- User transport kan niet worden gebruikt.<br />
- Bij parallel rekenen en domein-decompositie worden nog verkeerde<br />
resultaten verkregen door fouten in de verwerking van het ruismodel en<br />
metingen in stations waarvoor (m,n)-coördinaten zijn opgegeven.<br />
- Er is nog geen ondersteuning voor 'Kalman mode-parallellisatie'.<br />
- Er wordt meer geheugen gebruikt dan strikt noodzakelijk is.<br />
- Restarten van RRSQRT-berekeningen is nog niet mogelijk.<br />
- Metingen, predicties en Kalman-resultaten komen niet op de SDS-file<br />
terecht, maar in een CSV-file die OpenDA standaard aanmaakt.<br />
Als met behulp van de Simona toolbar vectoren zijn getekend in ArcGis en<br />
vervolgens alle shapefiles die in ArcGis zijn geladen verwijderd worden, dan<br />
genereert het systeem een foutmelding.<br />
De combinatie Kalman-filtering en turbulentie (in 3D modellen, dus in Triwaq) kan<br />
stabiliteitsproblemen geven. Hiervoor verwachten we in januari <strong>2011</strong> een patch te<br />
leveren.<br />
5.2 Restricties voor het Linux-platform<br />
De OpenMI koppeling werkt niet op Linux, zowel 32- als 64 bit.<br />
Costa werkt niet op 64-bits Linux.<br />
Let op: De grafische pakketten (Waqview, IPW, kalgui etc) voor 64 bit worden pas bij<br />
de major <strong>release</strong> grondig getest.<br />
5.3 Restricties voor het Windows-platform<br />
<br />
Redirecten.<br />
Het redirecten van invoer voor sidsview.pl (< invoerfile) werkt niet goed.<br />
Uitvoer 'sluizen' onder Windows.<br />
Op het Windows-platform is het mogelijk om de perl-scripts direct aan te roepen als<br />
zij in het zoekpad staan, dus zonder expliciet het commando 'perl' te gebruiken.<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 14
Hierbij werkt het 'sluizen' van de uitvoer van het script naar een ander programma<br />
niet goed. Dit is een bekende beperking van Perl voor Windows.<br />
Optie –back werkt niet.<br />
Op het Windows platform kunnen rekenprocessen niet met optie '-back yes' in de<br />
achtergrond worden opgestart. Als men de volledige aanroep van een script weet,<br />
kan deze in zijn geheel in de achtergrond worden opgestart via<br />
'start waqpro.pl -runid ....'.<br />
Het woordje "start" doet hier iets vergelijkbaars als "&" op Linux.<br />
Het gebruik van slashes in Getdata.<br />
Perl gebruikt de backslash ('\') als een bijzonder ('escape'-) teken. Indien een<br />
padnaam wordt opgegeven als bestandsnaam moeten de backslashes daarom<br />
dubbel getypt worden. Als alternatief kunnen voorwaartse slashes ('/') gebruikt<br />
worden zoals dit onder Linux gebeurt.<br />
Parallel rekenen in Waqad.<br />
De optie ‘-nproc’ van parallel Waqad (tegelijkertijd op aparte computers berekenen<br />
van meerdere "finite differences") werkt niet op het Windows platform en wordt<br />
genegeerd.<br />
WAQUA-met-OpenDA m.b.t. Kalman filtering.<br />
WAQUA-met-OpenDA voor Kalman filtering werkt alleen op het Linux platform<br />
(Calibriv in OpenDA werkt zowel op Linux als op Windows).<br />
User-transport routines.<br />
User-transport routines kunnen niet gebruikt worden op het Windows platform.<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 15
6 Configuratie<br />
6.1 Platforms<br />
Door Simona B&O worden de volgende platforms ondersteund:<br />
Linux (32- en 64-bits)<br />
PC onder Windows XP of Windows 2000 (32 bits)<br />
De programmatuur zou ook onder Windows Vista moeten werken, hoewel dit nog niet<br />
officieel wordt ondersteund. Gebruikers worden uitgenodigd om te kijken hoe dat gaat en<br />
eventuele problemen terug te melden.<br />
6.2 Producten<br />
De standaard Simona levering bestaat uit de volgende onderdelen:<br />
Simona productieversie (binaire uitlevering voor Linux 32-bit en 64-bit en Windows),<br />
inclusief documentatie in pdf;<br />
Sidonia productieversie (installer voor Linux en Windows);<br />
Simona installer voor Linux en Windows;<br />
geschikte versies van externe systemen;<br />
Release notes (huidig document).<br />
6.3 Bestanden<br />
Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de Simona<br />
omgeving. Met $<strong>SIMONA</strong>DIR wordt de productie-directory van Simona op het lokale<br />
systeem bedoeld.<br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/README - bestand met informatie over de <strong>release</strong><br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/INSTALL.simona - bestand met informatie over de installatie van de<br />
<strong>release</strong><br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/INSTALL.par-win - aanvullende instructies voor het gebruik van<br />
parallel rekenen op het Windows platform<br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/etc - configuratiebestanden: referentie-arrays,<br />
foutmeldingenbestand e.d.<br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/etc/linux/Settings.inc - instellingenbestand voor het Linux-platform. Hierin<br />
moet met name de locatie van MPICH2 worden<br />
ingesteld.<br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/etc/linux64/Settings.inc - instellingenbestand voor het Linux-platform. Hierin<br />
moet met name de locatie van OPENMPI worden<br />
ingesteld.<br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/etc/win32/Settings.inc - instellingenbestand voor het Windows platform.<br />
Hierin moet met name de locatie van MPICH2 en de<br />
drive-mapping worden ingesteld.<br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/bin - directory met executeerbare programma's, met<br />
name Perl run-procedures<br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/examples - directory met verschillende voorbeelden<br />
- $<strong>SIMONA</strong>DIR/doc/index.html - html-pagina voor toegang tot de documentatie (in<br />
pdf-formaat)<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 16
7 Versienummers<br />
Na de <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> gelden de volgende versienummers (zoals te<br />
vinden in de message-files die bij de verschillende programma's behoren):<br />
ADCUM 1.19<br />
ADGLGR 1.20<br />
ADO2MD 1.14<br />
ADPRKA 1.19<br />
ADPRO 2.14<br />
ADRPAR 1.20<br />
ADRSAV 1.20<br />
AGETWL 1.15<br />
CALIBRIV 1.06<br />
CLRSDS 1.19<br />
CMPSER 1.15<br />
CNVOBS 1.17<br />
COECTA 1.03<br />
COEXEC 1.32<br />
COPPOS 1.25<br />
COPPRE 1.46<br />
DIFTOSDS 1.11<br />
DIRTST 1.16<br />
GETDATA 2.34<br />
GETSER 1.22<br />
HDFSDS 1.18<br />
IPW 5.21<br />
KALMAN 2.07<br />
MODNST 1.27<br />
OBS2SDS 2.11<br />
RSDS 2.13<br />
SDS2MAT 2.32<br />
SDSDIF 1.16<br />
SDSHDF 1.17<br />
SDSTOINC 1.10<br />
SICORRUPT 1.16<br />
SIDSVIEW 3.14<br />
SIERWR 3.07<br />
SIMPAR 1.17<br />
SIRECOVR 3.08<br />
SIREFT 3.11<br />
SIVIEW 3.14<br />
SLIB3D 1.14<br />
WAQCOSTA 1.07<br />
WAQOMI 1.14<br />
WAQPRE 10.100<br />
WAQPRO 12.105<br />
WAQVIEW 4.74<br />
WAQWND 9.20<br />
Release notes <strong>release</strong> <strong>candidate</strong> Simona<strong>2011</strong>-<strong>RC</strong> (oktober 2010) 17