SIMONA release candidate 2011-RC - Applicaties Helpdesk Water

RELEASE NOTES
RELEASE CANDIDATE SIMONA2011-RC
(oktober 2010)
Deltares voert het beheer en onderhoud aan de SIMONA-software uit op basis van
de Service Level Agreements (SLA) met het Ministerie van Verkeer en Waterstaat.

Inhoud
1 Inleiding .................................................................................................................... 4
2 Informatie voor gebruikers ..................................................................................... 5
2.1 Afhandeling ruimtelijk variërende wind invoer........................................................... 5
2.2 Uitleveren van SIMONA 64-bits versie voor OpenMPI (Msg Passing Lib) ............... 5
2.3 Ontwikkelingen Domein Decompositie...................................................................... 6
2.4 Diverse aanpassingen voor barriers.......................................................................... 7
2.5 Uitfasering systemen: WAQPAN, Adobs, Cmpbnd................................................... 7
2.6 WAQVIEW in batch mode, gedocumenteerd in de gebruikershandleiding .............. 7
2.7 WAQVIEW vergelijken van SDS-files waarvan de rekenroosterbegrenzing verschilt
................................................................................................................................... 7
2.8 Meerdere kleine wijzigingen ...................................................................................... 8
3 Informatie voor programmeurs.............................................................................. 9
3.1 Aanpassing aan het make-systeem (simake.pl)........................................................ 9
3.2 Aanpassingen aan de testbank ................................................................................. 9
3.3 Documentatie............................................................................................................. 9
3.4 LDS .......................................................................................................................... 10
3.5 Overig....................................................................................................................... 10
4 Compatibiliteit........................................................................................................ 11
4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur........................................ 11
4.1.1 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar............................................... 11
4.1.2 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude
functionaliteit) te kunnen gebruiken.................................................................. 11
4.1.3 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te
kunnen gebruiken ............................................................................................. 11
4.1.4 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude
functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend) . 11
4.1.5 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van
de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode
verschillend)...................................................................................................... 11
4.1.6 Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die
niet worden ondersteund .................................................................................. 11
4.1.7 Zijn er nieuwe Keywords................................................................................... 11
4.1.8 Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords ................................................. 12
4.1.9 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma's.. 12
4.1.10 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem...................................... 12
4.1.11 Zijn de resultaten veranderd............................................................................. 12
4.1.12 Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt ................................. 12
4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit ....................................................... 13
5 Bekende problemen / restricties.......................................................................... 14
5.1 Algemene restricties ................................................................................................ 14
5.2 Restricties voor het Linux-platform.......................................................................... 14

5.3 Restricties voor het Windows-platform.................................................................... 14
6 Configuratie............................................................................................................ 16
6.1 Platforms.................................................................................................................. 16
6.2 Producten................................................................................................................. 16
6.3 Bestanden................................................................................................................ 16
7 Versienummers...................................................................................................... 17

1 Inleiding
Deze release notes horen bij de release candidate Simona2011-RC die is gebaseerd op de
moederversie van Simona van oktober 2010. In dit document worden de belangrijkste
wijzigingen beschreven die sinds de vorige major release (Simona2010) zijn doorgevoerd.
Deze wijzigingen betreffen:
1. Afhandeling ruimtelijk variërende wind invoer
2. Uitleveren van SIMONA 64-bits versie voor OpenMPI (Msg Passing Lib)
3. Ontwikkelingen Domein Decompositie
4. Diverse aanpassingen voor barriers
5. Uitfasering systemen: WAQPAN, Adobs, Cmpbnd
6. WAQVIEW in batch mode, gedocumenteerd in de gebruikershandleiding
7. WAQVIEW vergelijken van SDS-files waarvan de rekenroosterbegrenzing verschilt
Daarnaast zijn er nog een aantal kleinere wijzigingen en bug-fixes, naar aanleiding van
service-calls, doorgevoerd.
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 4

2 Informatie voor gebruikers
In dit hoofdstuk worden de voor de gebruiker belangrijkste wijzigingen opgesomd. Allerlei
kleine verbeteringen in de programmatuur zoals extra controles in de programma's en
sommige verbeteringen in de documentatie worden niet apart vermeld.
2.1 Afhandeling ruimtelijk variërende wind invoer
Er zijn verschillende aanpassingen gemaakt in de afhandeling van ruimtelijk variërende
wind, te weten:
o
o
o
o
o
NetCDF windinvoer SIMONA
Er is een nieuw invoer formaat toegevoegd aan WAQWND: NetCDF, dit om
aan te sluiten bij de windvelden uit Matroos. Omdat in NetCDF veel metainformatie
staat, kan volstaan worden met het doorgeven van veel minder
parameters aan WAQWND dan bij andere formaten. Zie de quick reference
guide WAQUA voor het precieze gebruik.
WAQWND geschikt gemaakt voor nieuwe Hirlam formaat
Sinds de Simona2009-release kunnen Hirlam GRIB-files op een zogenaamd
verschoven poolrooster worden gebruikt. Bij de rotatie van de
snelheidsvectoren naar het WAQUA-rooster blijkt dat de interpolatietools
aannemen dat de windvectoren precies noord/oost staan. Dit is voor het
nieuwe type wind niet het geval, en daarvoor wordt nu in WAQWND een
correctie toegepast.
Optie om partitioneren van windfiles over te slaan
Vooral bij korte (test)sommen is de tijd die de partitioner Coppre nodig heeft
om de Wind-SDS te partitioneren relatief groot. Omdat wind toch nog van het
windrooster naar het flowrooster geïnterpoleerd moet worden, is deze actie
niet strikt noodzakelijk. Met het keyword skip_partit kan de gebruiker nu kiezen
dit over te slaan. Een bijkomend voordeel is dat bij DDHOR beide domeinen
naar dezelfde windfile kunnen verwijzen. Omdat we niet zeker weten of deze
aanpassing op alle systemen probleemloos werkt, is deze aanpassing
voorlopig optioneel.
Discriminatie tussen wind-stress en wind-speed door postprocessing tools
WAQWND kan zowel wind-stress als windsnelheden op de SDS-file zetten.
Tot voor kort werd dit niet opgemerkt door zowel Sds2Mat als WAQVIEW. Ze
namen aan dat er altijd windsnelheden op de SDS-file staan. WAQVIEW toont
nu de juiste eenheid. Sds2Mat is uitgebreid met een keyword has_stresses en
neemt nu aan dat er snelheden gegeven zijn tenzij het keyword has_stresses
wordt gebruikt. Verder is Sds2Mat uitgebreid met een keyword no_rotation. Als
dit aanstaat wordt de rotatie van vectoren op het flowrooster naar vectoren op
het scherm/papier overgeslagen.
Uitleveren van SIMONA 64-bits versie voor OpenMPI (Msg Passing Lib)
2.2 Uitleveren van SIMONA 64-bits versie voor OpenMPI (Msg Passing
Lib)
De 64-bits versie voor Linux is vanaf deze release een officieel ondersteund platform. Met
dit extra platform staan we klaar voor de toekomst: alle nieuwe hardware is al enige tijd 64-
bits. Verder kunnen programma’s als WAQPRE en WAQVIEW nu gebruik maken van meer
geheugen. Tevens hebben we de mogelijkheid opgepakt om InfiniBand te ondersteunen
door dit platform met OpenMPI te compileren in plaats van MPICH2.
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 5

De verschillen tussen 32-bits en 64-bits die we vonden bij de Simona2010-release konden
allemaal verklaard worden als een gevolg van afrondfouten. Meest in het oog springend
daarbij was een model dat gebruik maakte van “Initial – compute – velocities” waarbij in
WAQPRE al verschillen ontstonden. Nader onderzoek wees uit dat er in deze berekening
roosterafstanden worden bepaald door in enkele precisie het verschil te bepalen tussen
twee grote coördinaten. Dit zou je kunnen aanpassen maar dan creëer je een vergelijkbaar
verschil tussen twee SIMONA versies.
2.3 Ontwikkelingen Domein Decompositie
o Barriersturing over domeinranden
Met deze versie is het mogelijk om in een domein decompositie simulatie de
barriers aan te sturen met bijvoorbeeld een waterstand of een debiet door
een cross-sectie in een ander domein. Als je de Haringvlietsluizen wilt
aansturen met een debiet door de Waal, kunnen deze sluizen en het
bewuste deel van de Waal met het debiet in twee verschillende domeinen
liggen. Er is dus meer vrijheid in de keuze van de domeingrenzen.
Door deze aanpassing is het niet meer mogelijk om te sturen op een verschil
in hydrostatische druk. Zover we kunnen overzien geeft dit geen problemen
in de bestaande modellen. Er loopt nog een uitgebreide test van deze
nieuwe functionaliteit, waar mogelijk nog aanpassingen uit volgen. Neem
daarom contact op met de helpdesk als je deze functionaliteit wilt gaan
gebruiken.
o Domein Decompositie Horizontaal
Er zijn aan WAQPRO enkele nieuwe opties toegevoegd waarmee zowel
parallel rekenen als domein decompositie versneld worden.
1) Met use_pinning kan een proces aan een core worden verbonden. Dit
werkt alleen als er genoeg cores zijn, waarbij OpenMPI ook een core extra
nodig heeft voor Coexec.
2) Met hostmap compact kunnen buurprocessen bij een dual of quad core op
dezelfde machine worden gezet. Vooral in combinatie met de
partitioneringsmethode strip levert dit snelheidswinst op.
3) De optie local_only wordt onder Windows automatisch gezet als er geen
hostfile aanwezig is; Deze optie zorgt er voor dat MPICH2 niet vraagt om
een username en password.
4) Standaard worden de subdomein SDS-files verwijderd als het collecteren
gelukt is. Wil je ze toch bewaren (kan soms handig/sneller zijn voor postprocessing),
dan moet je de nieuwe optie keep_subdomsds gebruiken.
5) Als je met OpenMPI veel cores (> ~100) wilt gebruiken, dan lukt dat alleen
door automatische instellingen van OpenMPI te gebruiken. Dit kan met de
optie use_pbs_aware. De optie hostmap wordt dan genegeerd.
6) Er zijn diverse bugfixes, met name aan Coppre, doorgevoerd om op een
groot aantal cores te kunnen rekenen. De grens lag op 32, en ligt nu op 96.
Die laatste grens is vrij hard. Met domein decompositie kom je iets verder:
tot circa 135. Wat deze grens bepaalt, is nog niet duidelijk.
Verder is een probleem verholpen in de combinatie domein decompositie en
debietafhankelijke ruwheden.
o Visipart
Visipart is uitgebreid voor horizontale domein decompositie. Nu kunnen in
één oogopslag de rekentijden van de verschillende domeinen vergeleken
worden en het aantal benodigde processoren per domein bepaald worden.
o WAQVIEW
WAQVIEW kan nu ook de incrementals van een domein decompositie
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 6

simulatie goed tonen. In vorige versies werden per domein alle tijdstappen
afgelopen, nu worden per tijdstap alle domeinen afgelopen.
2.4 Diverse aanpassingen voor barriers
Er zijn diverse aanpassingen voor barriers gemaakt. Behalve de eerder genoemde
aanpassing voor barriersturing over domeingrenzen zijn dat:
De expliciete afhandeling voor culvert-weir-structures en intake-weir-structures is
vervangen door een impliciete afhandeling. Parallel rekenen met deze structures liep
vast, en dat is in deze release verholpen.
In WAQVIEW en in de Excel-stekker zijn meer barrier tijdseries beschikbaar: de sill,
gate en width, zowel preferred als actual. Ook de barrier-time is op te vragen.
De flexibele barriernummering is nu ook zichtbaar in WAQVIEW. Bij deze
aanpassing viel op dat het onderdeel NUMBAR van het array MESH_BARPOS voor
v-barriers verkeerd gevuld werd.
Bij de aanpassingen voor domein decompositie zijn diverse foutjes in de
barriersturing ontdekt en opgelost. Het betreft problemen met parallel rekenen als
een barrier in de guard-band ligt, en de aansturing via observaties van een
discharge.
Bij de overgang naar kritische stroming werd in de Simona2010 release in de
eerstvolgende tijdstappen de subkritische formulering toegepast. Dat is verbeterd.
Vanwege de bovenstaande verbeteringen wordt in modellen met barriers dringend
aangeraden de Simona2011-RC versie toe te passen, en geen oudere versies.
2.5 Uitfasering systemen: WAQPAN, Adobs, Cmpbnd
Zoals in de vorige release notes is aangekondigd zijn de onderdelen Adobs en Cmpbnd
verwijderd, en heeft WAQPAN de status “bevroren programmatuur” gekregen. Voor
WAQPAN zijn er drie alternatieven: Getdata, Excel-stekker en WAQVIEW. Wie scripts
gebruikt om data met WAQPAN op te halen, wordt verzocht contact op te nemen met de
helpdesk. Adobs is vervangen door Obs2sds en Cmpbnd is vervangen door Cmpser.
2.6 WAQVIEW in batch mode, gedocumenteerd in de
gebruikershandleiding
WAQVIEW beschikte al over de mogelijkheid om via een batch mode een reeks van
handelingen te automatiseren. Deze mogelijkheid was nog niet beschreven. De beschrijving
van de batch mode is nu gedocumenteerd in de gebruikershandleiding van WAQVIEW.
Door middel van de WAQVIEW-invoerfile is het mogelijk om muisklikken en toetsaanslagen
op te slaan in een bestand. Dit is mogelijk door de onderstaande regels op te nemen in de
invoerfile:
batchmode
batchmode = ‘record’ # gebruik ‘play’ voor het afspelen
batchfile = ‘batchfile’
Na het sluiten van WAQVIEW kunnen de gemaakte handelingen herhaald worden door
“batchmode = ‘record’” te veranderen in “batchmode = ‘play’”.
2.7 WAQVIEW vergelijken van SDS-files waarvan de
rekenroosterbegrenzing verschilt
In WAQVIEW is het mogelijk om deze in de verschil-mode te draaien. In deze mode worden
verschillen tussen twee SDS-files bepaald. Beide SDS-files moeten in basis wel overeen
komen. Eén zo’n verplichte overeenkomst is het array powner. De array powner is initieel
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 7

een product van de enclosure maar wordt ook bewerkt als men met domein decompositie
draait. Het is dus nu niet mogelijk om SDS-files te vergelijken met verschillende enclosures.
Om in specifieke situaties toch het vergelijken van SDS-file mogelijk te maken, is een nieuw
sleutelwoord geïntroduceerd voor de WAQVIEW-invoerfile.
In de invoerfile komt onder de sleutel flow_sds het keyword diff_ignore_powner. Beide
enclosures kunnen in de verschil mode geplot worden. De polygonen van de enclosures van
beide SDS-files worden over elkaar heen geplot.
2.8 Meerdere kleine wijzigingen
1. Het mee kunnen nemen van zout enkel in diagnostische mode (stationair).
De optie diagnostisch zout is uitgebreid met de optie om de drukgradiënt ten
gevolge van zout op te kunnen geven. Dit geeft aanzienlijk betere resultaten dan
wanneer zout en temperatuur stationair worden opgegeven en waarbij de
drukgradiënt door WAQUA zelf wordt uitgerekend.
2. Er zijn een aantal verbeteringen doorgevoerd aan Kalman filtering in combinatie met
domein decompositie en/of zout-transport. Kalman filtering is aangepast vanwege
problemen met negatieve zoutconcentraties.
3. Programma WAQPRO stopt bij een negatieve diffusie coëfficiënt of indien een NaN
wordt verkregen voor de concentratie.
4. Het Prandtl-Schmidt getal voor heat en temperature is gewijzigd in respectievelijk
700 en 6.7.
5. IPW: xorigin en yorigin van een (rechtlijnig) submodel worden gecorrigeerd met de
stapgrootte.
6. Mogelijkheid om via de Installer de postprocessing tools: WAQVIEW, Getdata,
Excel-workbook, ArcGIS-toolbar afzonderlijk te installeren, dus zonder een volledige
Simona installatie.
7. Getdata. Omzetten van constituent tijdreeksen van SDS-formaat naar NetCDFformaat.
Tevens zijn de kolomheaders van shapefiles aangepast.
8. Aanpassing aan WAQUA_lds.dlds m.b.t. de variabele CHECKPOINTS_TRANS
9. WAQVIEW
o example files zijn toegevoegd;
o regellengte in het invoerbestand is niet meer gelimiteerd tot 120 karakters;
o in Simona2005-02 werd DQ op het zeta rooster uitgevoerd, dit moest op het
diepterooster zijn. Deze fout is in Simona2006-01 opgelost, maar in het
scherm van DQ stond nog "Discharge at zeta Q"; dit is aangepast naar
"Discharge at depth Q".
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 8

3 Informatie voor programmeurs
Sinds de laatste major release zijn er een aantal aanpassingen gemaakt aan de procedures
en werkwijzen voor het beheer en onderhoud van de programmatuur. Deze zijn van belang
voor alle Simona programmeurs.
3.1 Aanpassing aan het make-systeem (simake.pl)
1. Platform onafhankelijk maken van Sicheck
Sicheck draait nu ook op Windows doordat het shell-script is omgezet naar een perlscript.
Dit is getest met Sds2Mat en dat leverde veel verbeteringen op.
2. Aanpassing Simake i.v.m. besluit om geen PDF-bestanden meer op te nemen in de
Subversion repository.
Op Linux worden voor de LaTeX-documenten de PDF-bestanden nu aangemaakt en
door Simake in de target doc-directory gezet. In de trunk staan de gegenereerde
PDF’s daarom niet meer in versiebeheer (in releases worden de PDF-bestanden wel
ingecheckt). Dit moedigt aan om kleine verbeteringen in de documentatie op te
nemen in de trunk.
3. CFLAGS komen niet door in Gcc.pm.
Met een kleine aanpassing komen CFLAGS nu wel door in Gcc.pm.
4. Onderzoek impact compileren met MD vlag op Simona.
Op Windows wordt nu met de MD (multi-threading) vlag gecompileerd. Er is
geconstateerd dat dit geen effecten op de rekenresultaten heeft. Deze vlag is nodig
voor IPW en WAQOMI.
5. Aanpassingen voor Absoft en IBM compiler.
Er zijn diverse aanpassingen gedaan om Simona door zowel de Absoft als de IBM
compiler gecompileerd te krijgen. Beide compilers stonden max(single, double) niet
toe. Veel voorkomend was max(0.0, x) met x in variabele precisie. Dit is nu
geworden max(zero, x), met zero een parameter in variabele precisie uit de include
file csivpr.i. Verder gaf is_nan problemen en statement functies met ibuffr.
3.2 Aanpassingen aan de testbank
6. De testen voor de Simona-workbook en de Simona Installer zijn beschreven in de
testdocumentatie.
7. Testbank voor WAQVIEW m.b.t. DDHOR-modellen is uitgebreid.
3.3 Documentatie
8. Documentatie omgezet naar LaTeX.
Een aantal documenten (user’s guide WAQPRE, user’s guide Couple, user’s guide
Visipart, LDS-flow, LDS-trans en programmers guide tools) is omgezet van Word
naar LaTeX. Voor de gebruiker heeft dit als voordeel dat de PDF-versie er beter
uitziet (je krijgt er bookmarks bij in de pdf-reader). Voor beheer en onderhoud is het
voordeel dat meerdere personen tegelijk een document kunnen aanpassen, omdat
LaTeX heel goed werkt in combinatie met Subversion.
9. De technische documentatie m.b.t. het Update.exe programma, voor het installeren
van Simona patches, is toegevoegd.
10. De procedure voor het genereren van de Installer is aan het werkwijzendocument
toegevoegd.
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 9

3.4 LDS
11. LDS_FLOW aangepast.
In de LDS_FLOW stonden nog de arrays van de Class_Limits (die door incremental
is vervangen), en van enkele arrays (KDIS, TIDINQ, IQHADM, QHSER) stond ten
onrechte dat ze alleen voor WAQUA of TRIWAQ beschikbaar zijn, terwijl dat door de
uniformering was recht getrokken.
3.5 Overig
12. De versienummering is aangepast. De handmatige versienummering in subroutines
is komen te vervallen en in het hoofdprogramma is het laatste cijfer vervallen. In
plaats daarvan is het revisienummer van Subversion leidend. Dit werd al afgedrukt
in de message-file.
13. Er is een aantal testen met array-grens controles en controles op nietgeïnitialiseerde
variabelen gedraaid. Dit heeft tot diverse kleine code-aanpassingen
geleid.
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 10

4 Compatibiliteit
In deze paragraaf besteden we aandacht aan een aantal specifieke punten die van belang
zijn bij de overstap van de vorige naar de huidige versie van de programmatuur.
4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur
4.1.1 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar
Nee, de pakketten Adobs en Cmpbnd zijn verwijderd en het pakket WAQPAN heeft de
status “bevroren programmatuur” gekregen.
Bij barriersturing kan niet meer op een verschil in hydrostatische druk worden gestuurd.
4.1.2 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude
functionaliteit) te kunnen gebruiken
Ja. Bij gebruik van ruimtelijk variërende wind (svwp) is het keyword “coor_id”, dat al langer
bestond, nu verplicht. Deze heeft voor sferische modellen de waarde ‘ED50’ of ‘WGS84’ en
voor rijksdriehoeksmodellen ‘RDV’.
Bij windvelden met een verschoven poolcoördinaat moet WAQWND opnieuw gedraaid
worden, anders stopt WAQPRE met een foutmelding.
Als je wind-stress in plaats van windsnelheid door Sds2Mat wilt halen, moet het nieuwe
keyword “has_stresses” gebruikt worden.
4.1.3 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit
te kunnen gebruiken
Ja. Om barriersturing over domeinranden te gebruiken moet met het keyword “remote” de
naam van het station of de cross-sectie in het andere domein gegeven worden.
Om Visipart voor domein decompositie te gebruiken, zijn er eisen aan de layout van de
configuratie file (zie 5.1).
Om de drukgradiënt ten gevolge van zout te kunnen opgeven is het keyword “presgrad”
nodig.
4.1.4 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude
functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode
verschillend)
Strikt genomen niet, maar in modellen met zout is een verbetering doorgevoerd die alleen
betere resultaten geeft als opnieuw het filter wordt aangemaakt.
4.1.5 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit
van de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode
verschillend)
Nee.
4.1.6 Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit,
combinaties die niet worden ondersteund
De optie “use_pinning” voor waqpro.pl moet het aantal cores correct kunnen bepalen. Met
OpenMPI gaat dit automatisch, met MPICH2 is mogelijk een aanpassing in waqpro.pm
nodig. Hiervoor kan contact worden gezocht met de helpdesk.
4.1.7 Zijn er nieuwe Keywords
Ja. In WAQPRE zijn de nieuwe keywords:
“skip_partit” om partionering van de Wind-SDS-file over te slaan,
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 11

“remote” voor barriersturing over domeingrenzen.
“presgrad” om de drukgradiënt ten gevolge van zout op te kunnen geven.
In Sds2Mat zijn er twee nieuwe keywords:
“no_rotation” en
“has_stresses”.
In WAQVIEW is er een nieuw keyword:
“diff_ignore_powner”
Het keyword “batchmode” voor WAQVIEW is nu ook gedocumenteerd.
4.1.8 Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords
Ja, “coor_id” is verplicht bij gebruik van ruimtelijk variërende wind.
4.1.9 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en
nabewerkingsprogramma's
Nee, in IPW zijn de nieuwe keywords (zie 4.1.7) nog niet doorgevoerd.
4.1.10 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem
Ja, en wel de volgende:
1. Er zijn wat foutmeldingen anders genummerd en diverse typefoutjes hersteld in de
foutmeldingen.
2. Coppre geeft een melding als barriers zich in de overlapzone van twee
subdomeinen bevinden.
3. De versienummers van de executables zijn korter: de laatste twee cijfers zijn komen
te vervallen.
4. De timings van Kalman filtering zijn verbeterd.
5. Bij Not-a-Number’s (NaN) in één van de getransporteerde stoffen wordt de
berekening met een foutmelding gestopt.
4.1.11 Zijn de resultaten veranderd
Ja, maar alleen voor speciale gevallen:
1. Er zijn veel foutjes in barriersturing opgelost die foutieve resultaten gaven. Als
Coppre nu meldt dat er barriers in de overlapzone (guardband) liggen, is de kans
groot op verschillen met een vorige versie. De formulering voor dubbele barriers
(structures met een culvert en een weir) is veranderd. Verder zijn er fouten
verholpen voor barriersturing op basis van discharges.
2. In windvelden met verschoven poolcoördinaten is een correctie in de rotatie
toegevoegd die andere resultaten geeft.
3. In de post-processing (zowel WAQVIEW als Sds2Mat) zijn veel foutjes in de
afhandeling van ruimtelijke variërende wind gevonden, waardoor de plaatjes hiervan
er heel anders uit kunnen zien.
4. De formulering voor k-epsilon turbulentie is aangepast, wat met name voor 3D
modellen zonder getij verschillen kan geven.
5. Kalman filtering met domein decompositie en/of zout is aangepast en geeft andere
resultaten.
4.1.12 Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt
Ja. Default worden nu van de subdomein de bijbehorende SDS-files na afloop van de
berekening opgeruimd. Dit kan voorkomen worden door de nieuwe optie “keep_subdomsds”
van waqpro.pl.
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 12

4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit
Om het complete Simona-systeem beheersbaar te houden moet er van tijd tot tijd
verouderde functionaliteit uit het systeem worden geschrapt. De volgende functies zijn
hiervoor genomineerd:
Programma’s Cnvobs en Ado2Md
Het conversieprogramma Cvnobs dat het oude Adobs-formaat omzet in het
Obs2sds-formaat wordt in deze release voor het laatst meegeleverd. Hetzelfde geldt
voor Ado2Md, een pakket dat het oude Adobs-formaat omzet naar een MD-file.
Programma SdsDif
De functionaliteit van het programma SdsDif is ook beschikbaar als de
verschilfunctie van Getdata, en wordt daarom verwijderd SdsDif is in deze release
voor het laatst meegeleverd.
Programma Waqad
Met de komst van OpenDA programmatuur voor data-assimilatie voor o.a. WAQUA
modellen is Waqad overbodig geworden. We zullen een geschikt moment zoeken
om Waqad uit Simona te halen of om dit pakket toe te voegen aan de verzameling
“bevroren programmatuur”.
Programma’s Sicorrupt en Dirtst
De programma’s Sicorrupt en Dirtst zijn gemaakt om onderdelen van SIMONA te
testen en zullen mogelijk in het vervolg niet meer uitgeleverd worden.
Oude keywords voor droogval en displays
In WAQPRE staan keywords voor de oude droogval methode en voor het aansturen
van oude plotprogrammatuur. Deze staan op de nominatie om verwijderd te worden.
Ook is het de bedoeling dat het nieuwe keyword DENSITY het keyword DENSITIES
zal vervangen.
Bevroren programmatuur
In tegenstelling tot de vorige release notes wordt, op veler verzoek, het programma
WAQPAN toch meegeleverd met deze release. Wel heeft WAQPAN nu de status
van “bevroren programmatuur”. Het gebruik van WAQPAN is voor eigen risico:
WAQPAN wordt (al enige jaren) niet getest door de Simona testbank en er wordt
ook geen onderhoud aan dit pakket gepleegd.
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 13

5 Bekende problemen / restricties
In deze paragraaf bespreken we de beperkingen en bekende problemen van de huidige
release.
Eerst geven we de beperkingen die voor alle platformen gelden, daarna de beperkingen per
platform.
5.1 Algemene restricties
Bij gebruik van afwijkende buffersizes in DDHOR-berekeningen moet de bufsize in
de DDHOR-configuratie file op dezelfde regel worden gespecificeerd als de
executable. Een dergelijke restrictie geldt ook voor de DDHOR-versie van Visipart
die de config-file uit de message-file leest: de naam, de runid en executable moeten
op verschillende regels staan.
Modellen die Lagrangiaanse tijdsintegratie gebruiken, kunnen niet worden gerestart.
Voor het systeem WAQUA-met-OpenDA gelden de volgende beperkingen:
- Steady-state Kalman-filters kunnen nog niet worden gebruikt.
- Alleen waterstandsmetingen kunnen worden verwerkt.
- User transport kan niet worden gebruikt.
- Bij parallel rekenen en domein-decompositie worden nog verkeerde
resultaten verkregen door fouten in de verwerking van het ruismodel en
metingen in stations waarvoor (m,n)-coördinaten zijn opgegeven.
- Er is nog geen ondersteuning voor 'Kalman mode-parallellisatie'.
- Er wordt meer geheugen gebruikt dan strikt noodzakelijk is.
- Restarten van RRSQRT-berekeningen is nog niet mogelijk.
- Metingen, predicties en Kalman-resultaten komen niet op de SDS-file
terecht, maar in een CSV-file die OpenDA standaard aanmaakt.
Als met behulp van de Simona toolbar vectoren zijn getekend in ArcGis en
vervolgens alle shapefiles die in ArcGis zijn geladen verwijderd worden, dan
genereert het systeem een foutmelding.
De combinatie Kalman-filtering en turbulentie (in 3D modellen, dus in Triwaq) kan
stabiliteitsproblemen geven. Hiervoor verwachten we in januari 2011 een patch te
leveren.
5.2 Restricties voor het Linux-platform
De OpenMI koppeling werkt niet op Linux, zowel 32- als 64 bit.
Costa werkt niet op 64-bits Linux.
Let op: De grafische pakketten (Waqview, IPW, kalgui etc) voor 64 bit worden pas bij
de major release grondig getest.
5.3 Restricties voor het Windows-platform
Redirecten.
Het redirecten van invoer voor sidsview.pl (< invoerfile) werkt niet goed.
Uitvoer 'sluizen' onder Windows.
Op het Windows-platform is het mogelijk om de perl-scripts direct aan te roepen als
zij in het zoekpad staan, dus zonder expliciet het commando 'perl' te gebruiken.
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 14

Hierbij werkt het 'sluizen' van de uitvoer van het script naar een ander programma
niet goed. Dit is een bekende beperking van Perl voor Windows.
Optie –back werkt niet.
Op het Windows platform kunnen rekenprocessen niet met optie '-back yes' in de
achtergrond worden opgestart. Als men de volledige aanroep van een script weet,
kan deze in zijn geheel in de achtergrond worden opgestart via
'start waqpro.pl -runid ....'.
Het woordje "start" doet hier iets vergelijkbaars als "&" op Linux.
Het gebruik van slashes in Getdata.
Perl gebruikt de backslash ('\') als een bijzonder ('escape'-) teken. Indien een
padnaam wordt opgegeven als bestandsnaam moeten de backslashes daarom
dubbel getypt worden. Als alternatief kunnen voorwaartse slashes ('/') gebruikt
worden zoals dit onder Linux gebeurt.
Parallel rekenen in Waqad.
De optie ‘-nproc’ van parallel Waqad (tegelijkertijd op aparte computers berekenen
van meerdere "finite differences") werkt niet op het Windows platform en wordt
genegeerd.
WAQUA-met-OpenDA m.b.t. Kalman filtering.
WAQUA-met-OpenDA voor Kalman filtering werkt alleen op het Linux platform
(Calibriv in OpenDA werkt zowel op Linux als op Windows).
User-transport routines.
User-transport routines kunnen niet gebruikt worden op het Windows platform.
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 15

6 Configuratie
6.1 Platforms
Door Simona B&O worden de volgende platforms ondersteund:
Linux (32- en 64-bits)
PC onder Windows XP of Windows 2000 (32 bits)
De programmatuur zou ook onder Windows Vista moeten werken, hoewel dit nog niet
officieel wordt ondersteund. Gebruikers worden uitgenodigd om te kijken hoe dat gaat en
eventuele problemen terug te melden.
6.2 Producten
De standaard Simona levering bestaat uit de volgende onderdelen:
Simona productieversie (binaire uitlevering voor Linux 32-bit en 64-bit en Windows),
inclusief documentatie in pdf;
Sidonia productieversie (installer voor Linux en Windows);
Simona installer voor Linux en Windows;
geschikte versies van externe systemen;
Release notes (huidig document).
6.3 Bestanden
Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de Simona
omgeving. Met $SIMONADIR wordt de productie-directory van Simona op het lokale
systeem bedoeld.
- $SIMONADIR/README - bestand met informatie over de release
- $SIMONADIR/INSTALL.simona - bestand met informatie over de installatie van de
release
- $SIMONADIR/INSTALL.par-win - aanvullende instructies voor het gebruik van
parallel rekenen op het Windows platform
- $SIMONADIR/etc - configuratiebestanden: referentie-arrays,
foutmeldingenbestand e.d.
- $SIMONADIR/etc/linux/Settings.inc - instellingenbestand voor het Linux-platform. Hierin
moet met name de locatie van MPICH2 worden
ingesteld.
- $SIMONADIR/etc/linux64/Settings.inc - instellingenbestand voor het Linux-platform. Hierin
moet met name de locatie van OPENMPI worden
ingesteld.
- $SIMONADIR/etc/win32/Settings.inc - instellingenbestand voor het Windows platform.
Hierin moet met name de locatie van MPICH2 en de
drive-mapping worden ingesteld.
- $SIMONADIR/bin - directory met executeerbare programma's, met
name Perl run-procedures
- $SIMONADIR/examples - directory met verschillende voorbeelden
- $SIMONADIR/doc/index.html - html-pagina voor toegang tot de documentatie (in
pdf-formaat)
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 16

7 Versienummers
Na de release candidate Simona2011-RC gelden de volgende versienummers (zoals te
vinden in de message-files die bij de verschillende programma's behoren):
ADCUM 1.19
ADGLGR 1.20
ADO2MD 1.14
ADPRKA 1.19
ADPRO 2.14
ADRPAR 1.20
ADRSAV 1.20
AGETWL 1.15
CALIBRIV 1.06
CLRSDS 1.19
CMPSER 1.15
CNVOBS 1.17
COECTA 1.03
COEXEC 1.32
COPPOS 1.25
COPPRE 1.46
DIFTOSDS 1.11
DIRTST 1.16
GETDATA 2.34
GETSER 1.22
HDFSDS 1.18
IPW 5.21
KALMAN 2.07
MODNST 1.27
OBS2SDS 2.11
RSDS 2.13
SDS2MAT 2.32
SDSDIF 1.16
SDSHDF 1.17
SDSTOINC 1.10
SICORRUPT 1.16
SIDSVIEW 3.14
SIERWR 3.07
SIMPAR 1.17
SIRECOVR 3.08
SIREFT 3.11
SIVIEW 3.14
SLIB3D 1.14
WAQCOSTA 1.07
WAQOMI 1.14
WAQPRE 10.100
WAQPRO 12.105
WAQVIEW 4.74
WAQWND 9.20
Release notes release candidate Simona2011-RC (oktober 2010) 17