utilrap2008. - Aandrijvenenbesturen.nl

STW-projecten 2002 / Utilisatierapport STW 2008
95
L / universiteit leiden
EFFICIENT GENE
TARGETING IN PLANTS
BY TRANSIENT INHIBITION
OF NON-HOMOLOGOUS
RECOMBINATION
05583
BAA
projectleider Prof.dr. P.J.J. Hooykaas
totale toewijzing in euro 396.016,92
OBJECTIVE AND REPRO-
DUCIBLE QUANTIFICATION
OF COMPREHENSIVE
CARDIACMRPATIENT
EXAMINATIONS: TOWARDS
THE ‘ONE-STOP-SHOP’
IN CARDIAC IMAGING
05651
CCC
projectleider Prof.dr.ir. J.H.C. Reiber
totale toewijzing in euro 225.781,92 inkom-
EFFICIENT PRODUCTION
OF MARKER-FREE
TRANSGENIC PLANTS
BY AGROBACTERIUM-
MEDIATED PROTEIN
THERAPY
05664
ABA
projectleider Prof.dr. P.J.J. Hooykaas
totale toewijzing in euro 408.384,00
sten in euro 39.000,00
doelstelling De doelstelling is te onder-
doelstelling Cardiovasculaire MRI is uit-
doelstelling Ontwikkeling van methoden
zoeken of in planten, net als in gist,
de frequentie van gene-targeting via
homologe recombinatie kan worden
verhoogd door inhibitie van non-homologous
end-joining (NHEJ). Er zullen
daartoe onder andere planten worden
gegenereerd waarin NHEJ tijdelijk is uitgeschakeld
door middel van RNAi of
peptide aptameren. De resultaten van dit
onderzoek kunnen worden gebruikt om
nieuwe cultivars te genereren, waarbij
transgenen in enkele kopie op een van te
voren bepaalde plaats zijn geïntegreerd.
resultaat na 5 jaar
Uitschakeling van NHEJ
zorgt er voor dat planten, net als gist,
gevoeliger worden voor DNA schade
(bleomycine). De gene-targeting (GT)
frequentie is enigszins verhoogd in een
van deze mutanten, maar de meeste
T-DNA integratie vindt desondanks
plaats via niet-homologe recombinatie.
Dit laat zien dat er een alternatieve
integratieroute is, die ook uitgeschakeld
dient te worden om de random
T-DNA integratie te voorkomen en de
frequentie van GT sterker te verhogen.
Het onderzoek wordt vervolgd. Er is
een nieuwe promovendus gestart met
onderzoek gericht op het vinden van de
genen betrokken bij de alternatieve integratieroute.
Het (tijdelijk) uitschakelen
van genfuncties via peptide aptameren
lijkt een bruikbare methode in planten.
gebruiker(s)
De Ruiter Seeds CV,
Bergschenhoek / Enza Zaden BV,
Enkhuizen / Keygene NV, Wageningen /
Monsanto Holland BV, Wageningen /
Nickerson-Zwaan BV, Made / Nunhems
Netherlands BV, Nunhem / Rijk Zwaan
Breeding BV, Fijnaart / Universiteit
Leiden
gegroeid tot een methode om ziektebeelden
aan hart en vaten op te sporen.
Zelfs wordt naar MRI cardiac imaging al
verwezen als de ‘one-stop-shop’: in 1
uur alle aspecten van de hartfunctie in
beeld brengen. Dit maakt het des te
meer noodzakelijk dat automatische
verwerking van de beelden mogelijk is.
Er kunnen twee doelen geformuleerd
worden: (1) ontwikkeling van contourdetectietechnieken
die gebruikmaken
van verschillende bronnen van beeldinformatie
(2) ontwikkeling van methoden
om anatomische gegevens te betrekken
bij de geautomatiseerde analyse van
cardiovascualire MR-beelden.
resultaat na 5 jaar
De benodigde algoritmen
zijn opgesteld die de geautomatiseerde
beeldverwerking mogelijk
maken. Hierbij is gebruik gemaakt van
een zogenaamde evidence based active
appearance model. Er werd bereikt dat
gegevens uit een perfusiescan en uit
‘delayed enhancement’ registraties
automatisch gecombineerd kunnen
worden tot relevante klinische informatie:
de zogenaamde ‘single analysis
button’. De succesvolle onderzoeker zal
worden ingezet op andere projecten
binnen het LKEB lab. De validatie van
de software en de integratie ervan in
een groter systeem zullen in nauwe
samenwerking met het bedrijfsleven
afgemaakt worden. Het bedrijfsleven
heeft grote belangstelling deze software
te commercialiseren. Daartoe is
een overeenkomst op gesteld tussen
Medis, LUMC en STW.
gebruiker(s) Leids Universitair Medisch
Centrum, Leiden / Medis Medical
Imaging Systems bv, Leiden
voor het verwijderen van selecteerbare
merker genen uit genetisch gemodificeerde
planten en tegelijkertijd het
gericht integreren van transgenen,
middels eiwittherapie met plaatsspecifieke
recombinatie-eiwitten.
Verwijderen van merkergenen uit
genetisch gemanipuleerde planten zal
ecologisch risico’s van verspreiding
beperken, en staat hergebruik van
merkers toe. Controle over de integratiepositie
vermindert variatie in genexpressie
en insertie mutaties.
resultaat na 5 jaar
Een methode genaamd
‘Recombinase mediated cassette
exchange’ werd ontwikkeld waarin
plaatsgerichte integratie door toediening
van recombinatie eiwit via T-DNA
plaats vindt met een frequentie van
1 tot 4 per 1000 willekeurige DNA
insertie gebeurtenissen. Het FieC31-
Integrase eiwit is actief bevonden in
planten. Dat is aangetoond door het
introduceren van een GFP merkergen
in het plantengenoom. Na recombinatie
door het integrase, wordt dit gen
geactiveerd en de activiteit is waarneembaar
middels fluorescentie
microscopie.
gebruiker(s)
Keygene NV, Wageningen /
Nunhems Netherlands BV, Nunhem /
Plant Research International,
Wageningen / Rijk Zwaan Zaadteelt en
Zaadhandel BV, De Lier / Universiteit
Leiden