utilrap2008. - Aandrijvenenbesturen.nl

STW-projecten 1997 / Utilisatierapport STW 2008
65
D E DYNAM I E K VAN G I ST G LYC O LYS E
REALISTIC CHARACTERIZATIONS
OF THE BIODEGRADATION OF
COMPOUNDS
THE THREE-DIMENSIONAL
STRUCTURE OF ALFA
1,3-FUCOSYLTRANSFERASE
03995
BAA
04151
BCA
04211
BAA
projectleider Dr. H.W. van Verseveld †
totale toewijzing in
projectleider Prof.dr. S.A.L.M. Kooijman
totale toewijzing
projectleider Dr. D.H. Joziasse
totale toewijzing in euro
euro 244.090,00 contracten Bijdrage: Quest
International; DSM Bakery Ingredients inkomsten in
euro 28.586,07
in euro 304.828,00
330.965,00 contracten Samenwerking onderzoek:
Schering-Plough BV, CW-NWO, UU-BWSKBC, VU
inkomsten in euro 40.000,00
doelstelling Door substraattoevoer is de samenstelling
van gist niet gelijkmatig. Dit project wil de invloed op
gist van die toevoer meten; wil de invloed bepalen
van cel-cel communicatie op de fysiologie en de
productiviteit; bepalen of er autonome metabole
oscillaties optreden in hoge dichtheid continue
cultures; bepalen of er metabole oscillaties geïnduceerd
worden door de externe oscillerende condities,
en wil de invloed van signalerende concentraties
van de communicator acetaldehyde meten op
productiviteit, fysiologie en cellulaire oscillaties.
resultaat na 5 jaar
De uitkomst van het project maakt
het waarschijnlijk dat in het algemeen, intracellulair
gedrag van gistmetabolisme niet statisch, maar
dynamisch is en bepaald wordt door een combinatie
van intracellulaire en extracellulaire condities. In
een vervolgproject wordt dit verder uitgezocht. Op
basis van modelleren is geconcludeerd dat gedurende
industriële fermentaties bij lage glucoseconcentraties
fluctuaties in extracellulaire substraten de gemiddelde
groeiopbrengst en daardoor de effectiviteit van de
fermentatie behoorlijk kan beïnvloeden.
resultaat na 10 jaar
Er zijn geen verdere gegevens
bekend.
gebruiker(s)
Akzo Nobel, Arnhem / DSM Food
Specialties, Delft / GBI Holding BV, Delft / Heineken
Technical Services BV, Zoeterwoude / Kerry Bio-
Science Almere, Almere
doelstelling De Dynamische Energie Budget theorie
zal gebruikt worden voor het opstellen van modellen
voor de afbraak van chemische stoffen door microorganismen.
Naast een theoretisch gedeelte zal een
parallel experimenteel gedeelte worden opgezet om
de ontwikkelde modellen te testen tegen data uit
routinematige bioassays voor afbraak van stoffen
en om realistische maten te vinden voor de afbraaksnelheid.
resultaat na 5 jaar
Voor 3 afbraakverschijnselen (a) de
groei van micro-organismen in vlokken in plaats van
in suspensie, (b) co-metabolisme en (c) adaptatie)
zijn modellen gemaakt en zijn softwaremodules
geschreven. De modellen zijn succesvol getoetst
tegen experimentele data. Enkele bedrijven hebben
gratis experimenten en analyses uitgevoerd. Het
computerprogramma DEBtox voor het analyseren
van toxiciteitsdata zal binnenkort worden uitgebreid
met de DEBdeg module voor de afbraak van stoffen.
Het totale programma is voor iedereen vrij downloadbaar
vanaf het electronisch DEB laboratorium:
www.bio.vu.nl/thb/.
resultaat na 10 jaar
Omdat de software vrij downloadbaar
is, is het niet bekend hoeveel bedrijven de modellen
direct in hun installaties hebben toegepast. Wat
wel bekend is, is dat het aantal citaties naar DEBpublicaties
exponentieel stijgt en dat er twee vervolgonderzoeken
aan de VU direct in het verlengde van
het STW-project zijn opgestart. Deze projecten zijn in
samenwerking met de Université de la Mediterranée
(Marseille) uitgevoerd. Verder worden de resultaten
uit het STW-project gebruikt in een project binnen het
NWO Computational Life Sciences programma.
doelstelling Doel van het project is de opheldering
van de 3D-kristal structuur van het enzym
GDP-Fuc:Gal*1,4GlcNAc E3-fucosyltransferase.
Deze structuuropheldering wordt gecombineerd
met een biochemische structuur-functie analyse
van de E3-fucosyltransferases. De kennis hierover
vormt het startpunt voor een ‘rational design’ van
fucosyltransferase remmers, die toe te passen zijn
als een nieuwe generatie ontstekingsremmers.
resultaat na 5 jaar
De doelstellingen zijn ten dele
gerealiseerd. Er is nauw samengewerkt met NV
Organon, de enige gebruiker. Het enzym werd op
grote schaal geproduceerd en na zuivering uitgebreid
biochemisch en biofysisch gekarakteriseerd. Directe
toepassingen van de resultaten van het onderzoek
zijn er dan ook niet. Alle resultaten zijn inmiddels in
de wetenschappelijke literatuur gepubliceerd. Een
vervolgonderzoek bleek ook niet opportuun.
resultaat na 10 jaar
Er zijn geen nieuwe ontwikkelingen te
melden.
gebruiker(s)
NV Organon, Oss
gebruiker(s)
Procter & Gamble, Strombeek-Bever
(België) / Rijksinstituut voor Volksgezondheid en
Milieu, Bilthoven / Rijksinstituut voor Volksgezondheid
en Milieu, Bilthoven / Royal Haskoning BV, Nijmegen /
University of Glamorgan, Pontypridd (Groot Brittannië)