nummer 3, april 2008

A new European dimension
to zebrafi sh research
Genieten van 70°
noorderbreedte
Life Science Symposium
De groene bril van de
Leidse Biologen Club

Redactioneel
Inhoud
Winnaars
Nieuws 3
“Sports serve society by providing vivid
examples of excellence.” – George F. Will
De Amerikaanse journalist en publicist George
F. Will heeft gelijk. Sport geeft de samenleving
levendige en prominente voorbeelden van
uitmuntendheid. Aan bekende sporters zien
we dat succes het resultaat is van hard werken
en doelbewustheid. Ook weet iedereen dat het
leven van een topsporter geen rechte lijn naar
overwinningen is. Hetzelfde geldt voor natuurwetenschappers.
Discipline, samenwerking,
een helder doel voor ogen en het vermogen om
niet op te geven bij tegenslagen zijn de ingredienten
voor wetenschappelijke topprestaties. De
uitblinkers van 2007 van onze faculteit hebben
we tijdens de nieuwjaarsreceptie geëerd. Ook
die topprestaties zijn levendige voorbeelden van
excellentie. Vervang “Sports” door “Science” en
de stelling van Will wordt niet minder waar.
Proteins killing tumour cells 4
De week van: Chantal Stoffelsma 8
A new European dimension to zebrafish research 12
Chemokine receptoren in Zebravissen 15
Genieten van 70° noorderbreedte 17
Bio-imaging: imagine every detail 24
Toekomstperspectief scheikundigen CDL 26
De groene bril van de Leidse Biologen Club 28
Agenda 31
Jörn Venderbos
Colofon
4 12 26 30
, jaargang 3, nummer 3, april 2008
Oplage: 6.200
Redactieadres: Origin Magazine
Einsteinweg 55
2333 CC Leiden
info@originmagazine.nl
www.originmagazine.nl
Aan Origin werkten mee:
Aan Origin werkten mee: Mathieu Noteborn, Ad IJzerman, Andreas
Bender, Annemarie Meijer, Pieter van Boheemen, Chi Ting Fung,
Erica Benard, Chantal Stoffelsma, Thijs Groenewegen, Sander
Pronk en Alette Ouwerling.
Drukkerij: Drukkerij Groen, Leiden
Opmaak: teambart
Redactie:
Hoofdredactie: Gert Jan van Helden
Eindredactie: Jörn Venderbos,
Johan Detollenaere
Origin en al haar inhoud © Faculteit der Wiskunde en
Natuurwetenschappen, Universiteit Leiden.
Alle rechten voorbehouden.
2
Origin - Universiteit Leiden

Nieuws
Oratie Prof.dr. Jan van Driel ‘Goede oren
voor leerlingen, daar gaat het om’
Op maandag 7 januari werden de Juryprijs,
publieksprijs en de onderwijsprijs uitgereikt
tijdens te ‘Je bent pas een goede docent als je genoeg
praktijkervaring hebt opgedaan’, vindt Jan van Driel.
Daarom pleit de hoogleraar Didactiek van de natuurwetenschappen
ervoor de lerarenopleiding voort te zetten in
de beroepspraktijk. Vrijdag 7 maart hield hij zijn oratie.
In zijn oratie pleitte Van Driel voor het voortzetten van
de lerarenopleiding in de beroepspraktijk. ‘Uit ervaring
weten we dat in de eerste helft van de lerarenopleiding
de aandacht van de leraren in spe nog sterk gericht is op
het klassenmanagement. Onderzoek wijst uit dat zelfs
in het tweede deel van de opleiding het leren van basale
vakdidactische noties en vaardigheden slechts gedeeltelijk
succesvol verloopt. Voor de ontwikkeling tot volwaardig
vakdocent moeten we zoeken naar een organisatie van de
lerarenopleiding waarin het leerproces tijdens de eerste
periode van de beroepsuitoefening wordt voortgezet.’
Archeologen welkom bij de Bètafaculteit
Eind januari presenteerde de Task Force Graduate Studies
haar rapport over de academische en organisatorische
vormgeving en inbedding van de Leidse Graduate Schools.
Met de strategische doelstelling van de Universiteit Leiden
haar profiel als internationale Research en Graduate unversiteit
aan te scherpen als richtsnoer, heeft de Task Force
een helder plan geformuleerd om van de Graduate Schools
levendige en excellerende onderzoeksscholen te maken.
Het Colleg van Bestuur heeft op grond van het rapport van
de Task Force Graduate Studies in een bestuurlijke reactie
laten weten het eens te zijn met het voorstel tot herschikking
van de faculteiten binnen onze universiteit. De kleine
faculteiten moeten onderdeel worden van de grotere faculteiten,
waarbij het College een nieuwe faculteit der Gees-
Nieuws
teswetenschappen beoogt. Deze nieuwe faculteit moet het
resultaat zijn van een fusie tussen Letteren, Wijsbegeerte,
Godsdienstwetenschappen en Kunsten. Het College heeft
aangegeven geen bezwaar te hebben tegen een fusie van
W&N en Archeologie, waarbij archeologie als een instituut
binnen de faculteit W&N zou moeten functioneren. Zowel
W&N als Archeologie zijn enthousiast over de mogelijkheden
die een fusie zou kunnen bieden. De raakvlakken
zijn duidelijk zichtbaar. De archeologen hebben een goed
presterend onderzoeks- en onderwijsbedrijf en hebben de
laatste jaren onmiskenbaar aanknopingspunten met het
bètadomein gezocht.
Life Science Symposium groot succes
Op 6 maart 2008 vond het Life Science Symposium
“Imagine every detail” plaats, georganiseerd door studieverening
LIFE. Het was studievereniging LIFE gelukt om
grote namen naar Leiden te halen, zoals professor Gerber
uit Zwitserland en Cees Dekker uit Delft. Ook Nobelprijs
winnaar Sir John Walker had toegezegd, maar moest om
gezondheidsredenen op het laatste moment afzeggen.
Dat deed aan de uitzonderlijke sfeer en kwaliteit van het
symposium niets af. Professor Jan Pieter Abrahams nam
de lezing van professor Walker over. Abrahams had als
leerling van Walker zelf meegewerkt aan het bekroonde
onderzoek. Een volle zaal, een serie boeiende lezingen en
interessante workshops maakten het symposium tot een
geslaagde event.Verder in dit nummer lees je meer over
dit bijzondere symposium.
Frank de Boer is benoemd tot hoogleraar
Software Correctheid
Dr. Frank S. de Boer is per 15 februari bij
de Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen
benoemd tot hoogleraar Software Correctheid.
De Boer blijft daarnaast als senior onderzoeker
werkzaam bij het nationale onderzoeksinstituut Centrum
voor Wiskunde en Informatica (CWI) in Amsterdam. De
Boer (1956) studeerde in 1985 af in de filosofie in Groningen.
In zijn studie legde hij al accenten op de wiskundige
logica en de informatica. Na zijn afstuderen ging de Boer
aan de slag als onderzoeker en promovendus bij het CWI,
in het kader van het informatietechnologieprogramma
ESPRIT van de Europese Unie.
De Boer promoveerde in 1991 in de informatica op het
Origin - Universiteit Leiden 3

Proteins killing tumour cells
Huidige antikankertherapieën zijn gelimiteerd door hun toxiciteit
voor normaal weefsel en therapieresistentie van tumorcellen. De
afgelopen jaren zijn een beperkt aantal eiwitten van uiteenlopende
herkomst gevonden, die geprogrammeerde celdood (apoptose)
induceren in tumorcellen, maar gezonde normale cellen ongemoeid
laten. Deze bijzondere eiwitten (b)lijken te reageren met processen
in tumorcellen, die niet aanwezig (b)lijken te zijn in normale
gezonde cellen. Deze kennis kan ons fundamentele aspecten leren
voor wat betreft het ontstaan van tumorcellen. Daarnaast zijn de
potentiële toepassingen voor nieuwe antikankertherapieën natuurlijk
mogelijk nog interessanter.
PROF DR MATHIEU
NOTEBORN, MOLECULAIRE
GENETICA, LIC,
UNIVERSITEIT LEIDEN
Apoptin
E4Orf4
HAMLET
Mda-7
NS1
TRAIL
In Leiden wordt door ons al jaren gewerkt aan een
van deze bijzondere eiwitten, namelijk het vogelvirus
afgeleide eiwit apoptin. Een aantal onderzoeksgroepen
uit de Verenigde Staten, Canada, China, Engeland
en Australië hebben navolging gegeven aan ons
voorbeeld. Ook zij zijn aan apoptin gaan werken.
Weer andere onderzoeksgroepen hebben functioneel
vergelijkbare eiwitten gevonden, zoals is weergegeven
in Figuur 1, afgeleid van virussen, cellen of zelfs van
moedermelk. Onlangs zijn wetenschappers bijeengekomen
In het Lorentz Center in Leiden. Zij hebben
Proteins Killing Tumour Cells
Afgeleid van
Chicken anemia virus
Adenovirus
Humane moedermelk
Humane cellen
Parvovirus-H1
Humane cellen
Figuur 1. Een aantal van herkomst virale, cellulaire of moedermelk eiwitten bezitten een
tumor-specifieke celdodende activiteit.
voor het eerst hun kennis over deze zeer boeiende
eiwitten aan elkaar uitgewisseld.
In dit overzicht geef ik een korte impressie van de
eerste workshop over deze medisch en wetenschappelijk
relevante tumorspecifieke eiwitten. Meer
gedetailleerde informatie over de lezingen van de
workshop “Proteins Killing Tumour Cells” is te vinden
op de website van het Lorentz Center te Leiden.
Lorentz Center Workshop
Het feit dat ons apoptin onderzoek in Leiden een
van de eerste studies naar tumorspecifieke apoptoseinducerende
eiwitten is geweest, liet eind 2006 prof
Mahvash Tavassoli King’s College, Londen, Engeland,
voorstellen samen met dr Claude Backendorf,
prof Jannie Borst, Nederlands Kanker Instituut,
Amsterdam, en mij een Lorentz Center workshop
binnen de muren van de Universiteit Leiden te gaan
houden (Figuur 2). Nadat wij onze aanvraag voor
de workshop gehonoreerd hadden gekregen door
het Lorentz Center, zijn wij medio 2007 met enorme
steun van de medewerkers van het Lorentz Center en
diverse sponsors bezig gegaan met de daadwerkelijke
organisatie van onze workshop. Onder andere de
poster (zie Figuur 3) van de workshop werd gebruikt
om de aandacht van geïnteresseerde onderzoekers te
trekken. Van 29 oktober tot en met 2 november 2007
hebben ongeveer 50 onderzoekers uit alle delen van
de wereld lezingen gegeven, posters gepresenteerd
en/of met elkaar gediscussieerd. Daarnaast hebben
een behoorlijk aantal “lokale” onderzoekers de weg
naar het Lorentz Center gevonden en zijn 1 of meerdere
dagen onze workshop komen bezoeken (Figuur
4). Hieronder volgt een korte bloemlezing van enkele
hoogtepunten van de workshop.
Combinatie van celtransformatie en apoptose
onderzoek
Naast de logische interesse voor de tumorspecifieke
apoptose-inducerende eiwitten, hebben wij tijdens de
workshop ook uitgebreid gesproken over eiwitten en
processen die ten grondslag liggen aan het ontstaan
van tumorcellen. Immers de eiwitten die specifiek
apoptose kunnen induceren in tumorcellen, hebben
4
Origin - Universiteit Leiden

Figuur 2. De organisatie van de eerste workshop
“Proteins killing Tumour Cells” in het
Lorentz Center te Leiden. V.l.n.r.: Dr Claude
Backendorf, prof Mahvash Tavassoli,
prof Jannie Borst en prof Mathieu Noteborn.
blijkbaar tumorgerelateerde processen nodig voor
hun activatie. In feite is dit een paradox: Tumorspecifieke
apoptose-inducerende eiwitten activeren
specifiek apoptose in tumorcellen die kunnen overleven
doordat hun apoptosemachinerie defect is geraakt.
Echter, dit gegeven maakt ons onderzoeksgebeid zo
fascinerend.
Presentaties van dr Jason Arroyo (Boston, VS) en prof
James Pipas (Pittsburg, VS) behandelden
transformerende processen
in humane cellen, die geïnduceerd
worden door eiwitdomeinen afgeleid
van het DNA tumorvirus SV40. Dr
Dongjun Peng (Leiden en Wuhan,
China) liet zien dat deze transformerende processen
nodig zijn voor de activatie van apoptin eiwit. De
kennis uit 2 geheel verschillende onderzoeksgebieden
binnen de oncologie kwamen hier op een bijzondere
wijze bijeen.
een eiwit-lipide complex
dat geproduceerd wordt uit
humane moedermelk
Een bijzonder boeiende lezing werd gegeven door
prof Catharina Svanborg (Lund, Zweden; Figuur 5).
Het eiwit Human α-lactalbumin Made Lethal to
Tumor cells (HAMLET) is een eiwit-lipide complex
dat geproduceerd wordt uit humane moedermelk.
HAMLET bevat een bijzondere, deels open, α-lactalbumin
structuur, die kan binden aan het lipide “oleic
acid”. Dit complex dringt door zowel cytoplasmatische
als kernmembranen van een
tumorcel, maar kan veel minder
doordringen in membraanstructuren
van normale cellen.
In de tumorcel worden door de
opname van HAMLET specifiek
een aantal genen op transcriptioneel niveau en op
eiwitniveau veranderd, wat resulteert in de inductie
van apoptose. Klinische experimenten met HAMLET
op bijvoorbeeld patiënten, die leden aan blaaskanker,
bleken zeer succesvol.
Mda-7 en HAMLET
Dr Rajagopal Ramesh (Houston, VS) presenteerde het
niewe tumorsuppressor eiwit “melonoma differentiation
associated gene-7” (mda-7), ook bekend als “interleukin
24” (IL-24). In tumorcellen is het mda-7 eiwit
niet detecteerbaar. Echter, overexpressie van mda-7
met behulp van bijvoorbeeld een adenovirus vector of
via nanodeeltjes resulteerde in selectieve celdood in
humane tumorcellen en niet in normale cellen. Ook
blijkt mda-7 een remmende invloed te hebben op de
bloedvatvorming rondom tumoren. De eerste klinische
experimenten zijn inmiddels in voorbereiding.
Virus-afgeleide eiwitten E4orf4 en NS1
Prof Jean Rommelaere (Heidelberg, Duitsland) werkt
al jaren aan het parvovirus-H1 afgeleide eiwit NS1,
dat specifiek tumorcellen kan doden. Hij toonde
aan dat “retargeting” van caseine kinase II α (CKII
α) door NS1 cruciaal is in de oncolytische activiteit
van het parvovirus-H1. Deze kennis toont aan dat
de oncolytische activiteit van NS1 een gereguleerd
tumorcelgerelateerde proces is. Momenteel zijn de
onderzoekers in Heidelberg naarstig op zoek naar
cellulaire partners die affiniteit hebben voor het NS1/
CKII α complex.
Origin - Universiteit Leiden 5

TumorCells_08def.indd 1 17-8-2007 15:48:47
De lezing van dr Josée Lavoie (Quebec, Canada) liet
zien dat het adenovirus afgeleide eiwit E4orf4 tumorspecifieke
apoptose induceert door een interactie
aan te gaan met oncogene Src kinasen resulterend
in actine veranderingen, dat tot uiting komt in een
verlaging van de integriteit van het Golgi-complex.
Hierdoor zal de tumorcel in apoptose gaan. Deze resultaten
tonen aan dat met behulp van E4orf4 studies
een verschil in het bewaken van de integriteit van het
Golgi-complex tussen tumor en normale proces kon
worden aangetoond. Dit verschil kan mogelijk gebruikt
worden voor de ontwikkeling van een nieuwe
antikankertherapie.
Apoptin onderzoek in Leiden en elders
Het is natuurlijk bijzonder verheugend te zien dat
mijn oorspreonkelijke ontdekkingen met apoptin
door andere onderzoekers navolging en zelfs uitbreiding
naar andere vergelijkbare eiwitten hebben
gekregen. Hieronder volgt nog een meer specifiek exposé
over de vorderingen van het apoptin onderzoek
in Leiden en elders, zoals dat tijdens de workshop
werd belicht.
Figuur 3. Poster van onze workshop die geheel in de Lorentz Center huisstijl werd samengesteld
door SuperNova Studios, Den Haag aan de hand van een fluorescentiemicroscoop
opname van Ir Rhyenne Zimmerman
Figuur 4. Veelal jonge wetenschappers bezochten de workshop.
In samenwerking met onderzoekers uit Wuhan,
China, hebben wij onlangs een 2-tal nieuwe therapeutische
strategieën ontwikkeld. De ene strategie is
gebaseerd op het koppelen van het apoptin gen aan
een eiwit dat specifiek door lever(tumor)cellen kan
worden opgenomen. Dierproeven lieten heel duidelijk
zien dat apoptin tot expressie kwam in lever
en in levertumorcellen, maar dat alleen de levertumorcellen
in apoptose gingen en niet de normale
levercellen. De andere strategie is gebaseerd op het
maken van een apoptin eiwitproduct dat in staat
is in normale en tumorcellen binnen te dringen en
specifiek tumorcellen te doden. Ook al is de weg naar
de kliniek nog lang, deze gegevens laten duidelijk de
therapeutische potentie van het apoptin eiwit zien.
Naast de therapeutische interesse is het onderzoek
met apoptin natuurlijk van belang voor wat betreft
het aantonen van verschillen in processen van tumor
versus normale cellen. Deze verschillen kunnen zogenaamde
drugtargets opleveren (Figuur 6). Onderzoek
in Leiden heeft aangetoond dat in tumorcellen een
specifieke kinase-activiteit aanwezig is die van belang
is voor de activatie van belang. Dit apoptin-gerelateerde
kinase is een mogelijke drugtarget. In samenwerking
met de groep van prof Mahvash Tavassoli
in Londen zijn we nu druk bezig dit tumorspecifieke
kinase biochemisch te identificeren.
Studies uitgevoerd door Dr. Jose Teodoro (Montreal,
Canada) samen met prof Michael Green (Worcester,
VS) heeft aangetoond dat apoptin in tumorcellen
het “anaphase promoting complex” kan inactiveren
resulterend in inductie van apoptose. Met behulp van
6
Origin - Universiteit Leiden

de tegenwoordig zeer populaire “RNA-interference”
techniek bleken zij in staat een specifieke component
van het “anaphase promoting complex” in tumorcellen
minder aanwezig te laten zijn. Hierdoor gingen de
tumorcellen dood. Een tweede potentiële drugtarget
gebaseerd op onderzoek aan apoptin is dus gevonden.
Momenteel weken wij aan andere apoptin-interacterende
eiwitten. Ir. Rhyenne Zimmerman (Leiden)
presenteerde gegevens over een apoptin partner die
tumorsuppressor activiteit bevat. Mogelijk verklaart
haar onderzoek de inactiviteit van apoptin in normale
gezonde cellen. In tumorcellen is de tumorsuppressor
p53 heel vaak niet meer functioneel, maar
wel verwante eiwitten zoals p73. Dr Poramaporn
Klamrit (Londen, Engeland) toonde in p53-deficiente
tumorcellen aan dat apoptin in staat is het niveau van
functioneel p73-isoform en zijn “downstream” proapoptotisch
substraat PUMA te verhogen. Hierdoor
zullen tumorcellen in apoptose kunnen gaan. Een
groot aantal conventionele antikankertherapieën
heeft actief p53 nodig en apoptin blijkt dus een alternatieve
route te kunnen gebruiken in tumorcellen.
Al deze gegevens laten zien hoe bijzonder actief het
onderzoek aan apoptin wereldwijd is geworden.
Toekomst
In conclusie, een nieuw wetenschappelijk netwerk
zag in Leiden in het najaar van 2007 het daglicht.
Onze Lorentz Center workshop toonde duidelijk aan
dat wereldwijd de enorme relevantie wordt onder-
Figuur 6. Een overzicht van de fundamentele onderzoeksresultaten en toepasbare
mogelijkheden van het apoptin onderzoek.
kend van eiwitten met een tumorspecifieke apoptose
activiteit. De kennis opgedaan met deze eiwitten als
zodanig of in combinatie met meer conventioneel
kankeronderzoek levert een wezenlijke bijdrage voor
het begrijpen van het ontstaan van tumorcellen en
het ontwikkelen van nieuwe verbeterde antikankertherapieën.
Wat heeft de workshop naast het nieuwe netwerk
opgeleverd? Momenteel wordt door een aantal op de
workshop aanwezige jonge wetenschappers de laatste
hand gelegd aan een verslag dat in een internationaal
tijdschrift zal worden gepubliceerd. Een selectie van
sprekers, die een lezing hebben gehouden op de workshop,
schrijven op dit moment ieder een hoofdstuk
voor het boek “Proteins Killing Tumour Cells”, dat
naar verwachting nog dit jaar of begin volgend jaar in
de serie “Apoptosis & Disease” door Research Sign-
Post zal worden uitgegeven.
De komende jaren zullen in het teken staan van het
verder ontrafelen van onbekende tumorprocessen
met behulp van een panel fascinerende tumorceldodende
eiwitten dat hopelijk zal leiden tot wereldwijde
klinische toepassingen.
Figuur 5. Prof Catharina Svanborg (rechts) in gesprek met prof
Farzin Farzaneh uit Engeland en Christel Rothe Brinkman (links)
uit Denemarken.
Origin - Universiteit Leiden 7

De week van..
Chantal Stoffelsma
Ik ben Chantal Stoffelsma, 20 jaar en derdejaars Scheikunde student. Ik ben op dit moment bezig
met de laatste studieonderdelen van mijn bachelor, zodat ik in september aan een masteropleiding
kan beginnen.
Maandag 10 maart
‘s Ochtends moet ik bijtijds op, want om negen uur
hoor ik aanwezig te zijn op mijn stage. Dit is de
laatste week van mijn bachelorstage, die officieel zo’n
3 maanden duurt. Ik ben in oktober begonnen, maar
aangezien ik een aantal weken vrij heb genomen voor
o.a. tentamens ben ik nu pas klaar. Ik loop stage bij
een scheikundige vakgroep, Soft Condensed Matter
(SCM). Onze vakgroep is erg divers: er wordt onderzoek
gedaan in de fysische chemie, naar drug delivery
moleculen en naar polymeren. Met dat laatste onderwerp
houd ik mij bezig. Op de gemiddelde stagedag
sta ik voornamelijk op het lab en ben ik bezig met
maken van moleculen voor de polymerisatie. Omdat
het einde van de stage nadert, is het echte labwerk een
beetje voorbij en ben ik vooral bezig met metingen
en karakterisaties. Zo kan ik zien of mijn polymeren
zuiver genoeg zijn en welke eigenschappen ze hebben,
met behulp van wat metingen en berekeningen kan
ik bijvoorbeeld uitrekenen of ze uit de juiste hoeveelheid
monomeren (eenheden) bestaan. Mijn stagedag
eindigt meestal rond een uurtje of half zes.
Vandaag moet ik wat eerder weg, want om kwart over
vijf moet ik op Plexus zijn voor een vergadering met
mijn bestuur. Ik ben dit jaar penningmeester van
Stichting RooFS, dit is een stichting waarbij Leidse
studenten hun kamer in de onderhuur kunnen doen
aan een buitenlandse student, als ze bijvoorbeeld zelf
een tijdje naar het buitenland gaan. We hebben een
heel gezellig bestuur bestaande uit vier vrouwen. Tijdens
de vergadering hebben we het onder andere over
wat veranderingen die we willen doorvoeren op onze
site, ook breng ik nog wat financiële puntjes. Verder
hebben we een uitnodiging voor een constitutieborrel
die de week erop gegeven wordt; gezellig, vooral
als blijkt dat we met drie van de vier erheen gaan.
Na de vergadering ga ik snel door naar een cordialgenootje.
Ik ben derdejaars bij Augustinus en met mijn
cordial (jaarclub) eet ik elke maandag. Daarnaast
gaan we samen op vakantie, naar feesten en nog meer
leuke dingen. We zijn met vijftien vrouwen, dit zorgt
dus altijd voor een gezellige, enigszins luidruchtige
drukte. Na het eten gaan we eerst nog een drankje
doen in de Roebels. Vervolgens gaan we door naar
de borrel op Augustinus. Het is erg gezellig, maar
ik maak het niet te laat, want de volgende dag is het
weer gewoon vroeg op en naar stage.
8
Origin - Universiteit Leiden

Dinsdag 11 maart
’s Ochtends ben ik bezig op stage, maar na de lunch
is het tijd voor college, met deze keer een gastspreker
prof. Marc Koper. Het vak dat ik volg, gaat over katalyse
en het gastcollege in
het specifiek gaat over katalyse
in de elektrochemie.
Een belangrijk deel van het
college wordt gewijd aan de
brandstofcel die we nodig
hebben als we waterstof als
brandstof willen gebruiken.
Door alle steeds maar opnieuw oplaaiende discussies
over fossiele brandstoffen, blijft de brandstofcel een
actueel onderwerp. Daarnaast krijgen we ook nog wat
te horen over andere katalytische processen. Het college
loopt wat uit, dus ik ga erna weer snel terug naar
het lab om nog wat metingen te kunnen doen.
Woensdag 12 maart
Vandaag is een productieve dag, ik kan met als enige
onderbreking een lunch in de CDL kamer, ongestoord
‘Ik blijf nog even gezellig
hangen op het lab voor ik
naar huis ga’
doorwerken op m’n stage. Woensdag is ook de dag
dat ik altijd van vijf tot acht ’s avonds voor RooFS in
Plexus werk. Ik ben vandaag voornamelijk bezig met
de kamers van Leidse studenten aan een geschikte
buitenlandse student
te matchen. Er komen
ook regelmatig studenten
langs aan de
balie met hun vragen,
bijvoorbeeld over een
specifieke kamer of, in
het geval van buitenlandse
studenten, als zij hun inschrijfgeld willen betalen
(en daar word ik als penningmeester natuurlijk
erg blij van). Het is erg interessant om wat langer met
buitenlandse studenten te spreken over hoe ze Leiden
ervaren. Soms hoor je dan schrijnende verhalen, zo
had ik een paar maanden geleden een studente uit
Frankrijk aan de balie. Omdat ze nog geen kamer had
kunnen vinden, sliep ze al een paar weken noodgedwongen
in haar auto. Echt vreselijk, maar gelukkig
kunnen wij van RooFS dan wat voor haar betekenen.
Origin - Universiteit Leiden 9

wel van het onderzoek dat bij onze vakgroep gedaan,
maar juist dat maakt het interessant om naar te luisteren.
Ook de presentatie trekt de aandacht: een roze/
paarse achtergrond met witte letters. Fabiola vertelde
me dat opvallend kleurgebruik volgens haar laat zien
dat je leuk vindt wat je doet en het houdt de aandacht
van het publiek vast, in tegenstelling tot een simpele
zwart/witte presentatie
’s Middags is het weer tijd voor college, hetzelfde
vak als dinsdag, alleen vandaag hebben we presentaties
van studenten. Iedereen die dit vak volgt, moet
op een bepaald moment een presentatie geven, die
bepaald de helft van je uiteindelijke cijfer. Ik heb de
mijne gelukkig al een paar weken geleden gegeven,
dus kan ik nu rustig luisteren en wat aantekeningen
te maken.
’s Avonds is het tijd voor een feestje: het CDL (Chemisch
Dispuut Leiden) organiseert een feest in de
Classics en als ik zie dat bijna de helft van m’n cordial
wil gaan, gaat het bij mij kriebelen. Ik was namelijk
eigenlijk niet van plan te gaan, vrijdag wordt namelijk
een nogal drukke dag. Maar ik besluit uiteindelijk
toch te gaan. Vooraf doen we met een paar nog
even een drankje in de Olo Roso. Vervolgens gaan
we door naar de Classics. Het is echt weer eens een
gezellig feest en we vermaken ons goed. Het gevolg is
wel dat ik heel wat later in bed lig dan gepland. Maar
ach, dat moet ook wel eens kunnen.
Donderdag 13 maart
Vandaag is om elf uur de werkbespreking van mijn
vakgroep. Dit houdt over het algemeen in dat iemand
van de vakgroep (student, aio of medewerker) een
presentatie houdt over zijn of haar onderzoek.
Vandaag hebben we een praatje van onze nieuwe aio,
de Italiaanse Fabiola. Het gaat over het onderzoek
waarop zij in Italië is gepromoveerd. Dit verschilt
Vrijdag 14 maart
Als de wekker gaat, ben ik bij lange na nog niet
uitgerust. Maar na een verkwikkende douche kan ik
er weer tegen aan. ’s Ochtends eerst nog wat dingetjes
doen op de vakgroep en dan is het om half één tijd
voor de vergadering met mijn buitenlandreiscommissie.
Ik ben voorzitter van de commissie die de
CDL studiereis organiseert: we gaan naar Boedapest
en Wenen van 26 april tot en met 6 mei. Hier gaan we
chemische bedrijven en de chemische departementen
van twee universiteiten bezoeken, natuurlijk is
er ook een groot aandeel cultuur in het programma
opgenomen. Al met al is de voorbereiding van de reis
veel georganiseer, maar gelukkig heb ik een leuke en
actieve commissie waardoor alles op rolletjes loopt.
Tijdens de vergadering bespreken we onder andere de
laatste puntjes m.b.t de deelnemersbijeenkomst die
deze middag zal plaatsvinden.
10
Origin - Universiteit Leiden

Maar voor het zover is, gaan we eerst met z’n vijven
door naar de lunchlezing van het CDL. Er worden
presentaties gegeven door Hewitt, een bedrijf dat
adviezen uitbrengt op het gebied van pensioenen en
human resources. Leuk, maar verder niet echt mijn
ding.
Na de lezing maken we snel een paar foto’s van de
commissie, deze zullen in het reisboekje komen die
elke deelnemer krijgt. Als de bijeenkomst begonnen
is, stel ik eerst mijn commissie voor en daarna geef
ik alvast wat tipjes van de sluier over de activiteiten
tijdens de reis. Iedereen was gevraagd wat lekkers mee
te nemen dat typisch Hongaars of Oostenrijk is. Er
was massaal aan onze oproep gehoor gegeven, met
als gevolg een bijzonder grote hoeveelheid eten, met
name taarten. Ik had zelf gisteravond voor het feest
begon nog een Wiener Sachertorte (soort chocoladetaart)
gemaakt, deze viel goed in de smaak. Na
nog wat socializen en een leuke quiz is het einde van
de bijeenkomst al weer aangebroken. We ruimen de
spullen op en ik ga terug naar m’n stage.
Daar heb ik een gesprekje met mijn begeleider en wat
blijkt: als ik nog een paar metingen doe, ben ik klaar
met mijn stage! Nou ja dat is niet helemaal waar, er
moet namelijk nog een verslag en een presentatie
komen, dus daar ga ik mij de komende tijd op concentreren.
Ik blijf nog even gezellig hangen op het lab voor ik
naar huis ga. En dan is het tijd om lekker uit te rusten
van de drukke week.
Origin - Universiteit Leiden 11

A new European dimension to
zebrafish research
Zebrafish embryo expressing green fluorescent protein in neutrophils in the tail region
No other vertebrate model organism’s popularity has grown as quickly as that of the zebrafish. The reputation of this small
tropical fish was firmly established during the nineties when two big genetic screening projects in the US and Europe led to
the discovery of hundreds of mutants that gave novel insights into the functions of essential developmental genes.
These and other genetic studies confirmed that the
zebrafish is a good predictive model for human development.
The second reason for the rapid expanse
of zebrafish colonies in research labs is the
optical transparency of the zebrafish embryos.
This property makes them ideally
suited for microscopical imaging of life
processes. European funding has greatly
stimulated the introduction of the zebrafish
model into Leiden. The signaling dynamics
underlying innate immunity and cancer in the
zebrafish embryo model has now become our major
research topic.
ZF-MODELS
Zebrafish research in Europe was boosted in 2004
when the European Union awarded 12 million
Euros to the ZF-MODELS research consortium to
study zebrafish models for human development and
disease. ZF-MODELS has contributed enormously to
the creation of common resources for the zebrafish
community, such as libraries of knock-out mutants
and collections of transgenic fish. Our main roles in
the ZF-MODELS project were to study the zebrafish
innate immune system and provide expertise in
microarray and proteomics technology to the European
partner labs. The first step was to validate the
usefulness of zebrafish embryo system for vertebrate
immunity research. We first focused our attention
on the family of Toll-like receptors
(TLRs), which are known as the major class
of innate immune receptors in other vertebrates.
We could show that the TLR family
is highly conserved between human and
zebrafish (Meijer et al., 2004) and that zebrafish
embryos already use TLR signaling to respond to a
bacterial infection when they are just one day old
(Van der Sar et al, 2006). Furthermore, microarray
analysis of the response to infections with bacterial
pathogens confirmed that the early innate immune
response of embryonic zebrafish is well conserved
with responses in adult mammalian animal models.
Therefore, we can now go a step further and take advantage
of the power of zebrafish genetics to try and
discover novel gene functions involved in the innate
immune response. Furthermore, we can exploit the
transparency of zebrafish embryos for in vivo imaging
of host-pathogen interactions. A new transgenic
zebrafish line that expresses the green fluorescent
protein (GFP) in a subset of the innate immune cells
(neutrophils) will be extremely useful for this work
12
Origin - Universiteit Leiden

(Meijer et al., 2007). We identified this line in a collection
of GFP lines that the group of Thomas Becker
at the University of Bergen (Norway) created for the
ZF-MODELS consortium.
ZF-TOOLS and ZF-CANCER
The success of ZF-MODELS has paved the way for
two new European projects, ZF-TOOLS and ZF-
CANCER, both coordinated by our group. ZF-
TOOLS (coordinated by Annemarie Meijer) started
in January 2007 and is focussed on the development
of high-throughput tools for biomedical screens in
zebrafish, particularly in the field of immunity and
cancer. In ZF-TOOLS, we are using various genomics
approaches, including novel megasequencing technology,
to discover new disease-related marker genes
and we will establish convenient assays to analyze
these markers in a high-throughput manner. The
project works towards a case study of an anti-tumor
drug screening system. This system will combine
fluorescence monitoring of growth and migration of
implanted tumor cells with high-throughput analysis
of marker gene expression. The ZF-CANCER project
(coordinated by Ewa Snaar-Jagalska) will start in
April 2008. In this project transgenic zebrafish
cancer models will be used as well as implantation
systems with fluorescent zebrafish or human tumor
cells (xeno-implantation). Non-invasive imaging of
cancer cells in the transparent host embryos will be
coupled with RNA interference technology with the
aim to identify novel gene targets that drive tumor
progression in a range of cancers. Automation of
fluorescent readouts, and other cancer gene specific
readouts, will accelerate the screening process of chemical
libraries for the discovery of new compounds
involved in different aspects of cancer progression
and inhibition. ZF-CANCER is also the start of a new
collaboration with the group of Professor Bob van de
Water to develop quantitative, multi-colour fluorescent
systems for simultaneous monitoring of all hallmarks
of tumor progression: migration, proliferation,
angiogenesis induction and metastasis. The beautiful
new microscopy and zebrafish aquarium facilities in
the Cell Observatory and at the Sylvius location will
greatly stimulate this work.
SmartMix
Recently, the Netherlands has followed the example
set by the European Commission by awarding a
Mammalian tumor cells (labeled red) implanted into a zebrafish embryo with green
fluorescent blood vessels
major grant to the zebrafish SmartMix consortium,
which is coordinated by Professor Michael Richardson.
In the SmartMix project, our group will explore
the use of zebrafish for discovery of anti-inflammatory
drugs. Furthermore, ZF-screens, a spin-off
company founded by Herman Spaink and Guido van
den Thillart, aims to commercialize the results of
the SmartMix and European projects. The SmartMix
project was further highlighted in the previous issue
of Origin.
EMBO workshop at the Lorentz Center
To bring together the leading scientist currently
using the zebrafish model for immunity and cancer
research, we organized the workshop “Model Systems
for Infectious Disease and Cancer in Zebrafish”,
which was supported by EMBO and the Lorentz
Center. For three days (16–18 July 2007) a group of
72 scientists discussed their most recent findings and
the exciting new possibilities of the zebrafish model.
Despite the fact that the immune system plays a
major role both in infectious disease and in cancer,
researchers working in these two different disease
fields don’t often meet in such an intimate setting as
that offered by the Lorentz Center. Therefore, it was
an excellent opportunity to have these people united
Origin - Universiteit Leiden 13

and discuss how similarities or differences between
defense mechanisms against microbes and cancer
cells may give new insights into specific determinants
of innate immune responses with potential medical
applications. The growing number of scientists
who now use zebrafish in their research in this area
promises many new exciting discoveries in the near
future.
Molecular Cell Biology, Institute of Biology
The new zebrafish aquaria in the Cell Observatory. From left to right: Ewa Snaar-Jagalska,
Annemarie Meijer and Herman Spaink.
Annemarie Meijer
Ewa Snaar-Jagalska
Herman Spaink
e-mail: a.h.meijer@biology.leidenuniv.nl
Group picture of the EMBO workshop participants taken in front of the Lorentz Center
14
Origin - Universiteit Leiden

Studenten over hun onderzoek
Chemokine receptoren in Zebravissen
Ik ben Erica Benard, 4e jaars Biologiestudente. Ik volg de track
‘Molecular and Cellular Biology’ en ben in januari 2008 begonnen
met mijn eerste Masteronderzoekstage op de afdeling Molecular Cell
Biology van het IBL onder begeleiding van Annemarie Meijer.
DOOR ERICA BENARD
Mijn onderzoek gaat over het aangeboren afweersysteem
van de zebravis (Danio rerio). Gedurende de
eerste paar ontwikkelingsweken van een zebravisembryo
is dit aangeboren systeem de enige manier
van afweer.
Ik zal mijn onderzoek verrichten tijdens de eerste vier
dagen van ontwikkeling en zal gericht kijken naar
chemokines en hun receptoren. Een groot voordeel
is dat de embryos in deze ontwikkelingsfase volledig
transparant zijn, zodat ze zeer geschikt zijn voor
microscopische imaging.
In geval van infectie of weefselschade, worden chemokines
uitgescheiden door verschillende cellen.
Leukocyten die chemokinereceptoren bevatten, zijn
in staat om te migreren naar de plaats van infectie of
schade door de gradiënt van chemokines te volgen
(chemotaxis). In een embryo van 1 dag oud, komen
al twee typen leukocyten voor die betrokken zijn
bij de immuunrespons: macrofagen en neutrofielen.
Deze twee typen differentiëren uit een precursorcel
die in het embryo te herkennen is door expressie van
de transcriptiefactor PU.1.
Uit eerder onderzoek van de afdeling is gebleken dat
een specifieke chemokinereceptor hoog tot expressie
komt in de embryonale leukocyten en hun precursorcellen
(PU.1-cellen). Ik wil nu allereerst de volgende
vraag beantwoorden:
‘In welk type leukocyt komt deze chemokine receptor
tot expressie?’.
Er is al beschreven dat zebravissen 63 mogelijke
chemokines bevatten en 24 mogelijke receptoren. Er
DNA fragmenten scheiden d.m.v gel electroforesis
is dan ook erg weinig bekend over welke specifieke
chemokines zich binden aan welke specifieke receptoren
in zebravissen. Hier gaat mijn tweede onderzoeksvraag
over:
‘Wat is de functie van mogelijke chemokines die zich
binden aan mijn receptor?’.
De belangrijkste techniek die toegepast wordt om
het type leukocyt te bepalen is ‘Fluorescente in situ
hybridisatie’. Door middel van deze techniek kunnen
celtypen zichtbaar gemaakt worden die mijn chemokinereceptor
tot expressie brengen. Met behulp van
een zelfontworpen probe kan de locatie waar mijn
chemokinereceptor tot expressie komt in een embryo
zichtbaar gemaakt worden met een fluorescente
kleur. Het mooie van deze techniek is dat in hetzelfde
embryo een tweede probe gebruikt kan worden
voor een andere specifieke genexpressie. Deze wordt
vervolgens gelocaliseerd met een andere fluorescente
kleur. Zo zijn er al probes die specifiek zijn voor
neutrofielen, macrofagen en precursorcellen. Met
behulp van verschillende combinaties van probes kan
Origin - Universiteit Leiden 15

zichtbaar gemaakt worden of het celtype waar mijn
chemokinereceptor tot expressie komt, overlapt met
de andere leukocyt typen. Zo heb ik bepaald in welk
type leukocyt mijn chemokine receptor tot expressie
komt. De expressie van mijn chemokinereceptor
expressie overlapt met een probe die specifiek is voor
macrofagen (co-localisatie) terwijl er geen co-localisatie
plaatsvindt met een probe die specifiek is voor
neutrofielen (zie afbeelding rechts). Mijn chemokinereceptor
komt dus tot expressie in de embryonale
macrofagen. In hoeverre de expressie ook overlapt
met de precursorcellen ga ik nog onderzoeken.
Om de tweede onderzoeksvraag te beantwoorden heb
ik vier zebravis chemokines uitgekozen die vergelijkbaar
zijn met menselijke chemokines waarvan al
bekend is dat ze binden met de menselijke variant van
mijn chemokinereceptor. Wetenswaardig is dat men
in de groep al aangetoond heeft dat deze chemokines
sterk verhoogd tot expressie komen in zebravisembryos
na een Salmonella infectie.
Om de functie van de chemokines te bepalen, ben ik
nu constructen aan het maken waarmee ik de mRNAs
van de chemokines kan produceren. De mRNAs van
de chemokines zullen in één cel van embryos geinjecteerd
worden als deze zich in het 16-32 celstadium bevinden.
Wanneer deze embryos verder ontwikkelen,
zal de mRNA zich alleen bevinden in dat gedeelte van
de embryo dat ontwikkeld is uit die specifiek geinjec-
Leukocyte kleuringen in zebravis embryo: rood = chemokine receptor
expressie en groen = neutrofiel
teerde cel. Dit zal te controleren zijn door tegelijk met
het chemokine mRNA ook een mRNA coderend voor
een rood fluorescent eiwit te injecteren.
Eerst zal gebruik gemaakt worden van een transgene
lijn van zebravissen. Deze speciale zebravissen hebben
groen fluorescente PU.1cellen. Zo kan de migratie
gevolgd worden van de leukocytprecursor cellen. Er
zal met live imaging gekeken worden of deze precursor
cellen migreren naar de plaats waar de geinjecteerde
chemokines zich bevinden.
Vervolgens zal gekeken worden naar migratie van cellen
die mijn specifieke chemokinereceptor tot expressie
brengen. Dit wordt zichtbaar gemaakt met behulp
van de fluorescente in situ hybridisatietechniek. Dit
kan een eerste aanwijzing geven welke chemokine
specifiek bindt met mijn chemokinereceptor. Samen
zijn ze dus in staat om de migratie van macrofagen te
regelen (omdat de receptor macrofaagspecifiek is).
Tot dusver is het gelukt om de eerste onderzoeksvraag
te beantwoorden en kan ik mij nu richten op de tweede
onderzoeksvraag. Een AIO van mijn afdeling is nu
bezig om de expressie van mijn chemokine receptor
uit te schakelen met behulp van de zogenaamde
morpholino knock-down techniek. Afhankelijk van
de verdere resultaten ga ik mogelijk nog werken aan
morpholino knock-down van een van de chemokines.
Embryos selecteren met behulp van de microscoop
16
Origin - Universiteit Leiden

Genieten van 70° noorderbreedte
Het is 2 januari 2007 als ik voor bijna zes maanden naar Noord-
Noorwegen vertrek vanaf Schiphol. Rond middernacht land ik op 70
graden noorderbreedte en kan ik direct in een nabijgelegen hotel
de sleutel voor mijn studentenkamer ophalen. Een uur na aankomst
lig ik al op mijn steriel gemeubileerde kamertje in Kvaløysletta een
voordorpje van Tromsø.
Het nachtleven
Helaas was mijn beddengoed nog niet klaargelegd
door de universitaire verhuurder en moest ik het
doen met de gordijnen, geitenwollensokken en thermo-ondergoed.
Een zware eerste nacht in mijn kamer
waar het haast vroor en de kachel niet aan wilde (dit
doordat de stekker niet in het contact zat, bleek toen
ik wakker werd). Als ik schrijf nacht, bedoel ik hier
overigens wat wij Nederlanders nacht noemen.
Van 21 november tot 21 januari komt zo noordelijk
de zon niet boven de horizon, ik moest dus nog
bijna drie weken wachten om de zon op mijn huid
te voelen. Tijdens mijn eerste dagen, waarin perfect
georganiseerde introductiedagen voor internationale
studenten plaats hadden, was het slechts enkele uren
schemerig. Hierdoor kon ik ondanks veel gaten in
mijn rooster weinig van de omgeving ontdekken. De
donkere tijd heeft op veel
mensen het effect dat hun
lichaam denkt dat het avond
is en daarmee tijd om te slapen,
je ziet echt veel mensen
gapen. Gelukkig behoorde
ik tot de tien procent van de
mensen die tegenovergesteld
reageert op een voortdurende
nacht. Ik werd helemaal niet
geprikkeld om te slapen,
wat ’s avonds laat wel lastig
is maar overdag voordelen
biedt ten opzichte van
anderen.
Op ‘t fietsie
Als echte Hollander had ik op dag twee al een oude
mountainbike op de kop getikt bij een vuildump, op
deze fiets zou ik veel avonturen beleven. Fietsen op
sneeuw en ijs op heuvelachtig terrein is namelijk al
een avontuur op zich. Dit avontuur maakte ik groter
door goed voorbereid te zijn: geen verlichting, geen
helm en geen gereedschap voor het herstellen van
kleine ongemakken. Mijn studentenkamer lag zo’n
tien kilometer van zowel het centrum als de universiteit
en om daar te komen moest ik via een dertig
meter hoge brug een fjord oversteken en grotendeels
langs het water in de volle wind over de fietspaden
zwoegen. De universiteit en het stadscentrum lagen
ook nog aan de andere zijde van het eiland wat
betekende dat ik ook nog een flinke klim en afdaling
diende te maken. Mijn fiets was vrij ok, al kwam mijn
stuur soms los en waren niet alle versnellingen even
goed te gebruiken. Na drie weken moesten mijn remblokken
al vervangen, op dat moment kon ik bijna
niet meer stoppen als de weg daalde.
Gedurende het semester zou ik slechts vier keer vallen
en moest ik maar een enkele keer lopen. Mijn
fietsgrenzen bleken: meer dan tien centimeter verse
sneeuw, sneeuwduinen tijdens storm en een gepolijste
ijsvloer op het fietspad met bijbehorende tegenwind.
Gedurende de winter (tot 1 mei viel er sneeuw)
fietsen er overigens maar weinig studenten en als ze
dat doen is dat met spijkerbanden, maar die vond ik
te duur.
Beter een goede buurT...
De straat waar ik woonde bestond uit acht huizen
waarin zes kamers zaten, in mijn huis was ik de eerste
weken de enige bewoner. De rest van de straat was
ook bijna uitgestorven, het bleek dat de Noren bijna
allemaal een lange kerstvakantie bij hun ouders thuis
of in een buitenhuisje houden. Helaas hadden ze de
bak met organisch afval niet geleegd bij vertrek en
moest ik de paddenstoelenkwekerij opruimen. In
Tromsø scheiden ze overigens papier, karton, plastic,
groenafval, blik en glas zelfs in studentenhuizen! Elk
huis had een woonkeuken die perfect was ingericht,
Origin - Universiteit Leiden 17

in het midden van de straat was een benedenverdieping
ingericht als straatfusie inclusief sauna. De voorzieningen
zijn echt goed en de huur is relatief laag.
Helaas is het verboden iets aan de huizen te doen,
ook de Noren hebben dus allemaal de saaie standaard
inrichting. Eind januari kwamen de eerste bewoners
terug naar Tromsø. Een jongen die ik in zes maanden
twee keer een zin heb horen spreken waarvan een
toen ik hem voor het eerst zag en de ander toen hij
dronken was. Vervolgens kwam er een meisje thuis,
maar die merkte alleen op dat de keuken nu eens
opgeruimd was en draaide zich toen om ten teken dat
ons gesprek voorbij was, dat was mijn laatste gesprek
met haar. Was het dan allemaal zo slecht? Nee hoor,
er kwam nog een Zweeds meisje in huis wonen, die
hield net als ik van praten en zo kwam het toch nog
goed in huisje ‘wel tevree’. Omdat ik dacht het slecht
te hebben getroffen in mijn huis ging ik vaak naar de
straatfusie, daar heb ik Julia, een Russische, en Anders,
een Amerikaan leren kennen. Slechts drie keer
heb ik er een paar Noren gezien. De straatfusie werd
zo mijn eigen huis dat ik deelde met Anders, samen
hebben we daar veel lol gehad en heerlijk in de sauna
gezeten en het schaats- en wielerseizoen kunnen
volgen, al viel Anders altijd in slaap tijdens de vijf en
tien kilometer.
Vanuit mijn kamer en nog beter vanuit de woonkeuken
had ik fantastisch uitzicht over het fjord dat ik
elke dag over moest om de stad te bereiken. Daarachter
lagen de besneeuwde bergen en vanaf februari
zag ik er de zon schijnen. Op een dag zag ik zomaar
een groep van ruim twintig grienden zwemmen.
Al tien jaar was er niet zo’n groep langs gekomen, en
ze bleven zeker twee weken rondjes zwemmen. Het
water was 500 meter van mijn huis maar toch kan
ik zeggen dat ik vanuit mijn slaapkamer walvissen
heb kunnen zien! Later heb ik in het fjord nog een
stel otters gezien en er waren enkele zeearenden die
hier rondjes cirkelden. Toen andere internationale
studenten hoorden dat er vlakbij mijn huis grienden
zwommen vonden ze het opeens niet meer te ver (alle
andere studentencomplexen stonden op het eiland
van de stad en de universiteit).
Achter mijn huis begon direct het bos. Door de helling
en de noorderbreedte was dit bos niet erg breed,
de boomgrens lag al op 200 meter, en ik woonde op
50 meter boven zeeniveau. De bomen (bijna uitsluitend
berken) zijn niet hoger dan een meter of vijf
en krijgen pas bladknoppen in de loop van april.
Het terrein achter mijn huis was wijds, bergachtig
(tot 1050 m), onbewoond en ongerept. Zodra er wat
18
Origin - Universiteit Leiden

gaten in de sneeuw vielen begin mei ben ik meteen
begonnen met ontdekkingswandelingen. Het is echt
een super ervaring om gewoon te lopen waar je wilt,
je kan blijven gaan en het uitzicht blijft fascineren.
Zowel alleen als met vrienden ben ik er heerlijk van
open plek naar open plek geklommen, soms tot je
lies wegzakkend in de sneeuw. Naar beneden ging
het altijd een andere weg, wat meestal betekende dat
het slechter begaanbaar was. Als je sokken eenmaal
doorweekt zijn van de gesmolten sneeuw was de beste
manier gewoon rennend, als een hordeloper door de
sneeuw ploegend.
Het nachtleven II
Om snel in te burgeren ben ik netjes naar alle gratis
Noorse taallessen gegaan én had ik me aangemeld
als vrijwilliger in het studentencafé Driv. Een Noors
studentencafé bleek niet helemaal wat ik er van
verwachtte. Het hield eigenlijk vooral in dat het
personeel uit studenten bestond, de klanten waren
‘gewone’ mensen die van de lagere prijzen kwamen
profiteren. Als burger betaal je maar acht euro voor
een halve liter bier! Als vrijwilliger kreeg je vijftig
procent korting, dat is toch best aardig. Via dit werk
leer je wel aardig wat extra Noors. Het ook handig dat
ik Nederlands sprak voor de wat onbeholpen Nederlanders
die met enige regelmaat ons café aandeden.
Driv was tevens de plaats voor het internationale
studentenleven (mede door de studentenkorting op
bier), al was dat beperkt tot de zaterdagavond van
23.00 tot 3.00. Wat me brengt tot de volgende wat
teleurstellende ervaring. De Noren die ik heb ontmoet
waren niet bepaald gezellig. Indrinken ben ik
als geboren West-Fries wel gewend maar bij ons was
dat een sociale aangelegenheid. De paar keer dat ik
met Noren heb ingedronken was dit puur efficiënt en
goedkoop zuipen, er werd erg weinig gepraat. Ik ging
meestal al vroeg naar de kroeg, er waren altijd wel
een aantal mensen die ik kende, en vaak ook moest ik
tot tienen zelf werken. Om tien uur kwamen meestal
de eerste internationale studenten binnen, rond elf
uur werd de dansvloer redelijk vol en om twaalf
uur kwamen de eerste Noren binnen. Die waren
dan vooral erg dronken en de vrouwen (te) schaars
gekleed. Rond een uur is bijna iedereen binnen en om
precies drie uur gaat het licht alweer aan. Ik heb echt
heerlijke avonden gedanst, maar vond het jammer
dat het met uitsluitend internationale studenten was.
Al die dronken mensen zorgen er wel voor dat je zelf
niet veel drinkt, wat weer gunstig was voor de toch al
lege portemonnee.
Het nachtleven III
Onlosmakelijk verbonden aan de lange donkere tijd is
de nog langere lichte tijd. Van 22 april tot 22 augustus
wordt het in Tromsø niet meer echt donker. De zon
gaat helemaal niet onder van 22 mei tot 22 juli, wat
heerlijk is. 24 Uur per dag lentezon (zomer bestaat
er niet) op je hoofd. Tijdens disco avonden is het wel
wat vreemd dat de rokers buiten in de zon staan en
dat je om drie uur op de fiets naar huis het zonnetje
in je gezicht voelt. Last heb ik er niet van gehad, mijn
gordijnen hoefde niet eens dicht en toch sliep ik elf
uur per dag! Ik had weer geluk, ik hoorde bij de tien
procent die bij afwezigheid van nacht de hele dag kan
slapen.
Oh ja, ik heb ook nog gestudeerd, drie mastervakken
en allemaal gehaald!
Origin - Universiteit Leiden 19

A New Initiative at Leiden University for the Analysis of Life Science Data
Using State-of-the-Art Computer Science Methods
The Pharma-IT Platform
‘Life Sciences’ – a term that comprises a wide field of disciplines
generating data at an ever-increasing speed. How to make sense of
this wealth of data – some call it data deluge - is the aim of a new
initiative at Leiden University that comprises researchers from the
Leiden / Amsterdam Center for Drug Research (LACDR), the Leiden
Institute for Advanced Computer Science (LIACS) as well as the
Mathematical Institute (MI).
Andreas Bender (LACDR) and Michael Emmerich
(LIACS) are the two newly appointed tenure-track
assistant professors that are heading what is now called
the Pharma-IT Platform.
When asked, Andreas elaborates on this a little bit
further. “The amount of data generated in the life sciences
is increasing by the second: genomes are being
sequenced, molecules are getting
synthesized in chemical laboratories,
structures of proteins are
being elucidated by analytical
techniques such as X-ray diffraction
and NMR spectroscopy, and
the state of cells is being profiled
such as by mass spectrometry. While the type of
data generated by each particular experiment can
vary widely, the commonality is that data analysis is
a crucial component of every experiment. And not
only that, the real challenge is to transform this data
into information, and information into knowledge,
such that eventually the outcome can be applied in
areas such as drug discovery and to understand living
systems at a better level.”
Compounds
having different effects
in the human body
of (usually) physical detection methods, the underlying
phenomenon one attempts to explain is usually of
a different nature, as is the subsequent data analysis
method. Take any of the examples Andreas just mentioned
– genomes, if sequenced, are information that
does fundamentally belong to the biology domain.
On the other hand, whatever precise algorithm might
be used in each particular case, the information acquired
will be analyzed employing
algorithms from yet another scientific
discipline – by using computer
science algorithms. The same holds
true for, say, the structure elucidation
of proteins: Again, the problem
one is analyzing is of fundamentally
biological nature, while detection (for instance by
X-ray diffraction) employs physical phenomena, followed
by a data analysis step that is more the domain
of mathematicians and computer scientists than of
biologists. Now – who can be the genius being able
to understand biology, while also simultaneously
being able to understand the physics of an analytical
instrument, and design and implement the advanced
data analysis algorithms?”
What one needs to analyze data – and why it fails
(more often than one would like to)
“There is a problem, though,” adds Michael. “While
generating scientific data by the gigabyte is the result
Where the Pharma-IT Platform fits in
Ad IJzerman, LACDR professor of medicinal chemistry
and one of the initiators of the Pharma-IT
Platform, comments: “While being the dream of
20
Origin - Universiteit Leiden

every supervisor, a person with all these qualities
united is scarce, if at all possible and desirable. Thus,
when Joost Kok of LIACS and I first thought about
the initiative, we attempted to address this shortcoming
in a different way, by pooling expertise from
all domains involved in the analysis of life science
data. The Pharma-IT Platform combines expertise
from the chemical, biological and pharmacological
domains through the contribution of the Leiden /
Amsterdam Center for Drug Research. The Mathematical
Institute brings in novel ways of describing
natural phenomena, while scientists at the Leiden
Institute for Advanced Computer Science are our
heroes of computer algorithms and databases.”
So, Andreas, Michael and Ad see the Pharma-IT Platform
ideally suited to apply state-of-the-art computer
science algorithms to all sorts of life science data, due
to its unique combination of expertise.
Which research is currently being done at the
Pharma-IT Platform?
Despite the Platform being very young, quite a few
students have already joined the initiative. They’re
working on a number of subjects, which we’ll discuss
to some extent now. The first deals with subgraph
mining of chemical compounds. Puzzled? Well, here
is what it is.
Compounds having different effects in the human
body, such as medicines, have properties that are
closely related to their chemical structure. While
not every minute detail of compound activity can
be explained in every case, there are still molecular
properties that can be used to generate a general rule
as to the behavior of this compound – for example
with respect to which molecular targets it binds to,
an enzyme maybe or a receptor. Knowledge about
this ‘ligand-target’ binding on the scale of 100,000s
of compounds is available to us, with the number of
targets in the hundreds. At the LACDR Eelke van der
Horst is now analyzing with the aid of graph mining
algorithms developed at the LIACS, which classes of
structures contain certain characteristic features, or
subgraphs (see also Figure 1) – with the aim to understand
which structural features make molecules
selective for a given drug target. Of course the final
Figure 1. Subgraph mining, as illustrated in this figure, aims to discover molecular substructures
that are more frequent in chemicals with a certain property (e.g. binding to a receptor, or being
able to cause a certain effect) than in other, ‘background’ compounds. In this example, going
from top to bottom, substructures become larger, and at the same time more specific for the set
of GPCR (receptor) ligands shown on the left-hand side of the figure. While the concept is rather
easy to explain, its implementations are computationally demanding due to the large number
of substructures that can be constructed from a set of molecular structures (‘combinatorial
explosion’).
goal is to design molecules with the desired activity
profile against receptors and/or enzymes.
Activity prediction of drugs
Before pharmaceutical companies test new potential
drugs experimentally, they would ideally have an
idea which compounds are most likely to succeed in
the tests. Likewise, if a physician prescribes a certain
drug to a patient with a certain disease, he/she would
like to have the highest possible confidence that application
of the drug will be successful.
There is good hope now that we can apply property
prediction models and make predictions as to which
drugs should be screened, or prescribed, respectively.
Gerard van Westen at the LACDR is currently exploring
novel techniques such as so-called proteochemometrics
models which include information about
both the compound (or drug) and the receptor the
compound would potentially interact with (Figure 2).
Origin - Universiteit Leiden 21

By applying information from both sources, we can
for example predict which drugs would be efficacious
against certain mutants of a pathogen – which in case
of retroviruses such as HIV is of tremendous importance
due to high mutation rates.
Figure 2. The prediction of properties such as bioactivity of ‘new’, untested molecular structures
is a key interest of cheminformatics research. While conventional predictive models
only take information of the ligand structure into account, proteochemometrics approaches
such as those developed in our group also include information from the target protein
structure – thus, the models are able to predict additional properties of molecules, such as
whether drugs are active or inactive against a particular mutant protein of interest. This
is particularly relevant in case of retroviruses such as HIV, which is a key interest of our
research.
22 Origin - Universiteit Leiden
Exploration of chemical space: de novo compound
generation
One of the problems a pharmaceutical company is
confronted with is which compounds would actually
make good drugs against a particular target. While
companies today possess huge archives with chemical
compounds that are tested routinely against a
target of interest, of the order of around 1-2 million
compounds, this is still a small number compared
to the estimated size of ‘chemical space’ (molecules
which are synthesizable as well as of reasonable size
as drugs) of around 10 63 . All the matter in the universe
would not be enough to synthesize this amount
of compounds. Therefore, in cases where good but
not ideal compounds are obtained as starting points
in drug discovery, it is necessary (and by no means
trivial) to develop good follow-up compounds to
guide further development. In an ongoing collaboration
between LACDR and LIACS Johannes Kruisselbrink
is developing a program for the evolutionary
optimization of chemical structures towards a set
of criteria, such as (presumed) bioactivity, solubility,
and stability of the structure. This approach
is shown in Figure 3 which illustrates the so-called
‘recombination operator’ as well as eleven ‘mutation
operators’ that are known to the program to produce
new molecules (the ‘offspring’) from a given set of
molecules (the ‘parent generation’).
Novel Methods to Protein Sequence Analysis
The above example of generating new ligands for
target proteins is coping with the need to devise new
chemical structures: the area of ‘cheminformatics’.
The Pharma-IT Platform also addresses target-based
questions, and then we’re talking bioinformatics.
When a medicinal chemist designs a ligand with a
desired activity against a target, the off-target (or
side) effects of the compound need to be considered
too. Most commonly, side-effects are due to
action against proteins related to the target protein,
so understanding the function of protein residues
(the amino acids) with regard to ligand selectivity
is crucial. In the LACDR Kai Ye developed sequence
analysis methods, such as the ‘two-entropy analysis’
approach (Figure 4), which is able to characterize
protein residues with respect to variability within
a target class and in a complete set of sequences
– which gives important information as to the function
of the residue. For this analysis, informationtheoretical
approaches are employed with further
developments occurring in the future.

Figure 3. While ‘chemical space’, which comprises all theoretically synthesizable and stable molecules, is vast, we are able to devise new structures
which are likely to possess the molecular properties of interest by using directed search algorithms such as genetic approaches. In this example, a
recombination operator as well as mutation operators are able to modify a set of molecular structures. By iterating this variation/selection process
the set of molecules gradually is transformed into a set of molecules that fulfil the target specifications and have improved predicted properties as
compared to the initial set.
Future plans - and how you can help us!
Ever since January 2008, with the launch of the
Pharma-IT Platform, Andreas and Michael have
been discussing research interests within the Faculty.
They see as their main goal for the months to come
to identify suitable research partners within Leiden
University including the LUMC as well as in private
companies. Andreas and Michael concluding ‘unisono’:
“We see ourselves as a ‘service station’ in areas
where life science data are analyzed – and with the
combined expertise from the LACDR, LIACS and the
MI we are confident that we are able to understand
the nature of each particular dataset and to apply suitable
solutions to analyze the data in the desired way.
Please don’t hesitate to contact us if you are dealing
with life science data in this regard. Also we are offering
MSc projects for students who possess either a
life science background and who would be interested
in data analysis, or to students with a computer
science or mathematical background who would like
to apply their knowledge to life science data. We are
looking forward to hearing from you.”
Well, why not call or email them if you’re interested?
Have a look at www.pharma-it.net for the coordinates
of both Andreas and Michael.
Figure 4. By employing the Two-Entropy Analysis developed by PhD student Kai Ye, we are
able to analyze the variability (more precisely, the information entropy) of various residues
of G-protein coupled receptors. Analyzed are the information entropy within defined subfamilies
of a receptor family (here, class A GPCRs) as well as the whole dataset of sequences at
that position. We see that, for example, residues in the binding site possess a clearly different
degree of information entropy than residues from other position in the receptors. This can be
used both for functional interpretation as well as for sophisticated feature selection methods
for classification models.
Origin - Universiteit Leiden 23

Life Science Symposium
Bio-imaging: imagine every detail
Menig LS&T-student had er lang naar deze dag uitgekeken. De verwachtingen
waren dan ook groot aan het begin van een dagje verdieping in de
wereld van Bio-imaging. Donderdag 6 maart stond het Gorlaeus namelijk
in het teken van het derde Life Science Symposium.
De deelnemers werden enthousiast verwelkomd door
prof. Abrahams en de voorzitter van de symposiumcommissie
van studievereniging LIFE Maarten
Rotman. Al snel werd duidelijk dat iedereen een
interessante dag te wachten stond. Helaas was er ook
de vervelende mededeling dat prof. Walker vanwege
medische redenen niet op het symposium aanwezig
kon zijn. Deze teleurstelling ebde echter al snel weg
toen de aanwezigen getrakteerd werden op lezingen
van de overige vooraanstaande sprekers.
De openingsspeech werd verzorgd door prof. Janneke
Gerards. Velen zullen haar kennen als voorzitter van
de Jonge Akademie van de KNAW. In haar lezing ging
ze in op de sociale en maatschappelijke gevolgen van
de ontwikkelingen in de Life Sciences. Eén van haar
voorstellen was om in elk wetenschappelijk onderzoek
ook hier aandacht aan te besteden. Er bestaat
immers altijd een verschil tussen de huidige stand
van wetenschap en de wetgeving. Er werd aandachtig
geluisterd naar deze lezing en dit resulteerde dan ook
in een levendige discussie na afloop. Door de deelnemers
werd het sterk gewaardeerd dat ook deze kant
van de Life Science op het symposium werd belicht.
Het eerste ochtendblok werd afgesloten door een
lezing van prof. Christoph Gerber. Hij gaf inzicht
in de nieuwste ontwikkelingen op het gebied van
Atomic Force Microscopie. Alhoewel dit onderwerp
misschien wat natuurkundig aandoet, werd
al snel duidelijk dat ook de Life Sciences hier nuttig
gebruik van kunnen maken. Nieuwe methoden die
zijn onderzoeksgroep in Basel toepassen maken het
mogelijk om bijvoorbeeld in een sample op één enkel
gen te screenen. Het continu kunnen monitoren
voor bepaalde substanties in een monster biedt een
toekomstperspectief waarin iedereen een apparaatje
draagt waarmee eventuele ziekten al in een vroeg
stadium opgemerkt kunnen worden.
Tijdens de koffiepauze werden de kersverse indrukken
verwerkt en kon men zich opmaken voor de
laatste lezing van de ochtend. Prof. Rombouts doet
vooraanstaand onderzoek op het gebied van functionele
Magnatic Resonance Imaging. Hiermee is het
mogelijk om de functionele indeling van de hersenen
empirisch te bepalen. Op een hele inzichtelijke en
behapbare manier werden de deelnemers het fMRI
onderzoeksveld ingeleid. Hoewel ook deze techniek
nog maar aan het begin van zijn evolutie staat, is het
nu al duidelijk dat we hier in de toekomst nog meer
van gaan horen. Een inspirerende lezing voor alle
aanwezigen dus.
24
Origin - Universiteit Leiden

Na de lunch begon het parallelle deel van het symposium.
Een deel van de bezoekers bleef in collegezaal
C1 om nog 3 lezingen aan te horen. De overige deelnemers
kregen in 3 workshops de kans om bio-imaging
aan den lijve te ondervinden. De 3 workshops
vonden plaats in het Huygens laboratorium, het Cell
Observatory en de Experience Tour huisveste in het
LCP.
Het Cell Observatory bood de bezoekers een vogelvlucht
door de methode die gebruikt wordt om
de structuur van eiwitten te ontrafelen. Het type
onderzoek wat dus bijdroeg aan het werk waarmee
prof. Walker de Nobelprijs won. Eén van de cruciale
stappen in dit proces is het produceren van de juiste
kristallen. Deelnemers kregen de kans om die zelf onder
de microscoop te bekijken.
Vervolgens werden alle stappen
die vanaf het verkrijgen van het
kristal tot de oplossing van de
drie dimensionale structuur
leiden toegelicht.
Het tweede deel van deze
workshop bestond uit een presentatie van nieuw
onderzoek op het gebied van Micro Fluid systemen.
In de opstelling die gepresenteerd werden 3 verschillende
gekleurde stromen vloeistof bij elkaar gebracht,
en geheel tegen de verwachting van de aanwezigen
in mengden de vloeistoffen niet. Dit terwijl zij een
bochtig systeem doorstroomden.
De Experience Tour gaf de deelnemers de kans om
kennis te maken met de basisprincipes van een heel
scala aan imagingtechnieken. Door middel van
inzichtelijke opstellingen werden onder andere NMR,
Fluoriscentie microscopie, AFM en EM toegelicht.
Van opstelling naar opstelling transformeerden de
aanwezigen van leek tot expert. Maar ook de experts
kwamen tot nieuwe inzichten. De opstellingen zullen
we nog vaker terugzien op bijvoorbeeld opendagen.
Tegelijkertijd met deze workshops werden de overige
symposiumbezoekers getrakteerd op lezingen van
Op de grens van nano en bio
zijn allerlei interessante nieuwe
ontwikkelingen.
prof. Dekker, dr. Hoedemaker en dr. Schasfoort. Cees
Dekker ga een overzicht van het gebied van de nanoscience
en nanotechnologie. In dit nano-vakgebied
draait het om het waarnemen, bestuderen, en manipuleren
van enkele atomen en moleculen. Na een
korte algemene inleiding werd er ingezoomd op het
grensgebied tussen nanotechnologie en de biologie.
Op de grens van nano en bio zijn allerlei interessante
nieuwe ontwikkelingen. De wisselwerking van eiwitten
en DNA moleculen kan zelfs gemeten worden op
het niveau van enkele moleculen. Er werden chips
getoond met nanovloeistofkanalen waar biologische
motoren buisjes heen en weer duwen.
Dr. Hoedemaker lichtte toe hoe ver het stond met de
ontwikkeling van een Common Visualization Platform.
Het doel van dit platform
is om analoog aan “Google
Earth” een soort “Google Cell”
te ontwikkelen waarbij alle imagingtechnieken
gecombineerd
worden tot een soort super
microscoop. Dr. Schasfoort,
werkzaam aan de Universiteit Twente, vertelde over
een nieuwe Label Free Biosensor, waarbij gebruik
gemaakt werd van Surface Plasmon Resonance technologie.
Dit biedt met namelijk mogelijkheden in het
detecteren van eiwitbindingen en zodoende inzicht in
regulatie.
Aan het einde van de dag stond eigenlijk Nobelprijswinnaar
John Walker op het programma. Vanwege
zijn afwezigheid was prof. Abrahams bereid gevonden
om in te vallen. Mede dankzij de ludieke opening
van de lezing door het opdragen van een sensationeel
gedicht, werd dit bijzonder goed ontvangen.
Studievereniging LIFE en al haar leden hebben bijzonder
genoten van deze dag. En er zal nog vaak aan
terug gedacht worden. Het eerstvolgende symposium
staat pas weer voor het lustrumcollegejaar 2009-2010
op het programma, maar de commissie wil haar opvolgers
alvast het volgende meegeven: beat this!
Origin - Universiteit Leiden 25

Toekomstperspectief scheikundigen
Chemisch Dispuut Leiden
Afgelopen tijd heeft het Chemisch Dispuut Leiden weer vele
activiteiten georganiseerd en hebben haar leden weer volop genoten
van gezellige borrels, bèta-gala, feestjes, waaronder één samen met
de studievereniging Emile (Pedagogische Wetenschappen), interessante
lezingen en bedrijvenexcursies.
Elk jaar probeert het CDL de leden kennis te laten
maken met verschillende bedrijven om zo een mogelijk
toekomstperspectief voor de scheikundigen te
bieden. Vaak zal een dergelijke activiteit in de vorm
zijn van een carrière/recruitment lezing, workshop of
excursie zijn.
In de afgelopen maanden heeft er een interactieve
Shell workshop plaatsgevonden en een recruitment
lezing van Hewitt Associates. De kennis van onze studenten
en hun analytische skills werden getest op het
gebied van complexe problemen die bij een multinational
als Shell komen kijken. De eerstejaars studenten
zijn op excursie geweest bij Océ in Venlo en de
ouderejaars hadden een bedrijfsbezoek in Antwerpen
bij Evonik Degussa. Beide bezoeken bevatten een
uitgebreide rondleiding, demonstraties en natuurlijk
ook recruitment informatie. Voor de eerstejaars was
het belangrijk om een goed beeld te kunnen krijgen
over wat je staat te wachten wanneer je kiest voor de
major Technologie, Scheikunde of Duurzaamheid. Bij
MS&T is het namelijk de bedoeling dat je een major
kiest na het eerste jaar. Hieronder volgt een wat uitgebreider
verslag van de Shell workshop en de Hewitt
lunchlezing.
Shell
Op vrijdag 22 februari kwam een groep van ruim
40 enthousiaste studenten naar het Gorlaeus om een
workshop van Shell te volgen. Het Chemisch Dispuut
Leiden en De Leidsche Flesch hadden namelijk een
middagprogramma ingericht voor Shell om onze
studenten wat te vertellen en te laten doen. Na een
heerlijke gratis lunch was de sfeer goed genoeg om
met de workshop te beginnen. De eerste spreker was
Joep Völkers. Hij begon met een praatje over Shell
in het algemeen, hieruit kwam vooral naar voren
dat Shell en heel groot en internationaal bedrijf is,
26
Origin - Universiteit Leiden

hetgeen bijna iedereen reeds wist. Shell houdt zich
zowel bezig met upstream processen, hieronder
vallen bijvoorbeeld het zoeken naar olie en gas, als
downstream processen, bijvoorbeeld raffineren, distribueren
en het maken van producten uit olie en gas.
Hoewel Nederlanders denken dat Shell een voornamelijk
Nederlands bedrijf is, is slecht 9 procent van
de werknemers van Nederlandse nationaliteit.
Na deze korte introductie stelden Joep Völkers en
Georg Stockinger zich persoonlijk voor. Dhr. Völkers
studeerde ooit Wiskunde aan de Universiteit Leiden
en werkt nu al vele jaren bij Shell, maar telkens bij
andere bedrijfstakken. Hij is nu bezig met de IT van
de afdeling Exploratie en Productie. Hij vertelt dat
Shell op zoek is naar jong talent, omdat het een nog
steeds groeiend bedrijf is. Hiernaast zegt hij dat het
idee dat Shell werknemers over de hele wereld stuurt
achterhaald is en dat werknemers tegenwoordig zelf
mogen kiezen of ze in het buitenland willen werken.
Dhr. Stockinger vertelt dat hij een relatief nieuwe
werknemer van Shell is. Na zijn studie Scheikunde in
Leiden en bestuur te zijn geweest van het CDL, is hij
via de Gourami Business Challenge bij Shell terecht
gekomen. Hoewel hij afgestudeerd is in biochemie,
werkt hij nu vooral bij projecten die met water te
maken hebben, zo heeft hij bijvoorbeeld de stadsverwarming
van Rotterdam geholpen te vernieuwen.
Hij vertelt dat de verscheidenheid van studies bij de
werknemers van Shell steeds groter wordt.
Hierna was er een pauze met koffie, thee en lekkere
koekjes om de motivatie erin te houden.
Na de pauze kon dan echt met de workshop begonnen
worden. De groep werd verdeeld in groepjes van
ongeveer zes mensen, die enkele vraagstukken voorgeschoteld
kregen. De vragen kwamen voort uit echte
problemen waarmee werknemers van Shell te maken
hadden gehad en werden geïllustreerd door mooie
interactieve filmpjes. Er waren vier grote vraagstukken,
over Exploration, Production, Research en Manufacturing.
Met deze vier grote vraagstukken werd
een goed beeld gegeven van de verscheidenheid van
het werk dat bij de verschillende afdelingen van Shell
gebeurt en de problemen die daarmee gemoeid zijn.
De middag werd afgesloten met een lekkere borrel
waarbij nogmaals over de antwoorden van de workshop
gediscussieerd kon worden en natuurlijk lekker
geïntegreerd kon worden.
Hewitt Associates
Na een scheikundig bedrijf op het Gorlaeus gehad te
hebben, kwam op vrijdag 14 maart Hewitt Associates
bij het CDL op bezoek om de scheikundigen wat meer
te vertellen over een heel andere richting van carrière
na het afstuderen. Hewitt Associates is een internationaal
adviesbureau op het gebied van HRM consulting
en outsourcing. Zij houden zich vooral bezig
actuarieel advies en pensioenuitvoering. Hewitt heeft
jaarlijks goede betà’s nodig om hun team te versterken,
analytisch denken is belangrijk in de hun vak.
Vandaar dat ze ook geïnteresseerd zijn in scheikundigen,
natuurkundigen, wiskundigen en eigenlijk alle
afgestudeerden van de faculteit W&N.
Na een lekkere broodjeslunch gaf Laura Goeree
(recruiter) informatie over het bedrijf en daarna
vertelde haar collega Mark Buningh over zijn carrière
bij Hewitt. Zijn werk bij Retirement & Financial Management
bestond uit drie onderdelen: Accounting,
Funding en Projects/Research. Hoewel hijzelf niet
in eerste instantie opgeleid was tot consultant, kon hij
toch bij Hewitt aan het werk. In ieder geval gaf deze
lezing ons voldoende informatie over een ander soort
toekomstperspectief dan van een standaard chemicus.
Na deze twee leuke en interessante activiteiten hebben
we in ieder geval een beter beeld gekregen van
waar we na de studie heen zouden kunnen gaan. Het
Chemisch Dispuut Leiden is van plan om dit jaar nog
een carrièrelezing te organiseren waarbij een promovendus
zijn/haar werk uitlegt. Op deze manier krijgen
de leden van een aantal toekomstrichtingen een
mooi perspectief en kunnen zij alvast keuzes maken
tijdens de studie.
Origin - Universiteit Leiden 27

De groene bril van de
Als onmisbare wervel in de ruggengraat van de Leidse Biologen Club brengt de excursiecommissie Sacculina biologen naar
tal van onderzoeksvelden en vakgebieden waarin ‘het leven’ centraal staat. Het gaat Sacculina om zowel het leven van een
zoogdier als de mens, als het microbiële leven in petrischalen, leven hoog in de lucht of om het leven diep onder de grond.
Op een grote verscheidenheid van plaatsen is een nog
grotere verscheidenheid aan organismen te vinden.
Omdat de opleiding Biologie ook zo’n grote verscheidenheid
aan vakgroepen heeft, probeert Sacculina
die praktijk aan biologen kenbaar te maken. Dit doen
zijn door het organiseren van excursies waarbij de
educatieve waarde van
de excursie een grote rol
speelt.
Om maar even een greep te nemen uit de grote pot
van excursies die Sacculina organiseert, hebben wij
ons afgelopen tijd kunnen verheugen op een bezoek
aan Stichting AAP, een wandeling langs de slaapbomen
van halsbandparkieten in Den Haag, een wandeling
door een bos met grote verscheidenheid aan
fungi, vogels, planten en al dat andere levend spul dat
te vinden is in een bos, en als klap op de vuurpijl, zij
het wat minder educatief maar wel leuk: een dagje
hout hakken in De Horsten. Vanzelfsprekend werden
deze excursies altijd bijgestaan door experts.
Dit laat maar een klein deel zien van de activiteiten
die georganiseerd worden door Sacculina. In de nabije
toekomst liggen er echter nog veel meer activiteiten
in het verschiet. Sommigen worden voor het eerst
georganiseerd, terwijl anderen al jaren op de agenda
terugkeren.
Zo is er bijvoorbeeld een jaarlijks terugkerende excursie
‘Vleermuizen vangen’. Onder begeleiding van
een professionele onderzoeker, wordt onder een brug
in Stompwijk een net opgehangen waar de vliegende
muisjes in terechtkomen. Vervolgens worden zij uit
het net gehaald, gewogen en gemerkt. Dit gebeurd
allemaal onder het oog van geïntrigeerde biologen
die soms worden ingeschakeld om zo’n beestje vast
te houden (uiteraard met de nodige veiligheidsmaatregelen
en onder begeleiding van een professional).
Afgelopen jaar hadden we een geweldige vangst van
zo’n 15 vleermuizen!
28
Origin - Universiteit Leiden

Leidse Biologen Club
Een andere jaarlijkse excursie is het snorkelen in
Grevelingen. Het zal eenieder verbazen wat voor
verscheidenheid aan dieren in het brakke water van
Nederland leven. Grote krabben, krabbenzakken,
kreeften, zeenaalden, grote vissen en allerlei soorten
algen! Wat het spotten van exotische organismen
betreft, is het ook niet mis. Japans bessenwier en
Japanse blaasjeskrabben zorgen voor een fraai onderwater
uitzicht.
Ook ethische aspecten worden door Sacculina aan het
licht gebracht. Een excursie naar het primatenonderzoekcentrum
BPRC geeft biologen te denken of dit
wel of niet verantwoord is.
Maar, laat het duidelijk zijn dat Sacculina niets
betekend zonder al die geïnteresseerde biologen die
de excursies vullen. Komend jaar heeft de commissie
nog een volle planning en zodra het veldseizoen weer
begint, schieten de excursies weer als paddenstoelen
uit de grond. Biologen en andere geïnteresseerden,
wees voorbereid op een jaar vol spannende ontdekkingen
en avonturen in het veld!
Tot ziens op een van onze activiteiten!
Met groene groet,
Aan het kleine wordt ook aandacht geschonken.
In het NKI in Amsterdam kunnen biologen zich
bijvoorbeeld buigen over hun technieken en bevindingen.
Dit laat wat meer van de medische kant van
biologie zien.
Namens de excursiecommissie van de Leidse Biologen
Club “Sacculina”
Thijs Groenewegen
Origin - Universiteit Leiden 29

van het bestuur. De afgelopen jaren is dit steeds binnen
Europa gebleven maar door een huidig ambitieus
assessoraat is het gelukt om dit jaar een intercontinentale
reis te gaan maken en wel naar Japan. We
zullen door de lange reisduur maar 8 dagen in Japan
zelf zijn dus de dagen zijn vol gepland met excursies
en andere uitjes. Over het programma ga ik niet al te
veel uitwijden aangezien in de volgende editie van
de Origin een zeer uitgebreid verslag van de reis te
lezen is.
Verdere activiteiten zijn bijvoorbeeld nog de maandelijse
borrels, een biercantus, een oudbesturendiner,
een BBQ en een lustrum-Panacea feestje. Panacea
Geachte lezer,
is de eerstejaarscommissie van ,,Aesculapius’’. Op
23 maart 1933 is deze commissie opgericht en dus
was afgelopen zondag 23 maart het 75 jarig en dus
het 15 e lustrum van deze commissie. Uiteraard moet
Het collegejaar is inmiddels al ver over de helft. Stiekem kijkt iedereen dit heugdelijke feit gevierd worden en dus is het dan
alweer uit naar de tijd dat we lekker op de terrasjes van het zonnetje weer tijd voor een feestje. Tevens heb ik per motie de
kunnen gaan genieten.
opdracht gekregen om een biercantus te organiseren
en dus zal dit jaar voor het eerst een ,,Aesculapius’’-
cantus komen. Zodra het weer beter weer wordt,
Maar helaas is het nog niet zover. De lente is inmiddels
al wel begonnen maar het mooie weer laat nog
ook zoals
gaan we
even op zich wachten. Niet verschrikkelijk omdat
ieder jaar
iedereen nog druk is met stage, colleges en/of practica
en dus eigenlijk geen tijd heeft om middagen op
BBQ-en.
weer lekker
terrasjes te gaan zitten. Nog even geduld dus nog..
Zoals jullie
kun-
De aanvang van de lente is het begin van een nieuwe
tijd. Het wordt weer warmer, de bloemen beginnen
nen lezen
de bloeien. Kleine lammetjes worden geboren en
belooft de
springen rond in de wei. Normaal begint de lente op komende tijd nog een mooie tijd te worden. Dus ook
21 maart maar dit jaar begon deze op 20 maart.
al is het nog niet zulk mooi weer, bij ,,Aesculapius’’
Voor ons als bestuur was 20 maart ook het begin van is het volop genieten van wat we allemaal te bieden
een nieuwe tijd, de tijd van het inwerken van onze hebben. Wij hopen dat de activiteiten lekker druk
potentiele opvolgers. Op donderdagavond 20 maart bezocht worden. Hou de site (www.aesculapius.nl) in
mocht het kandidaatsbestuur zich onthullen op een de gaten voor de komende activiteiten.
eigen georganiseerd feestje. Als bestuur was dit feestje
toch wel weer een rare gewaardwording. Je bestuurs-
Rest mij te zeggen: Vivat, Crescat, Floreat, ,,Aescula-
jaar zit er nog niet eens op want er staan nog zoveel
‘Alet it be’
activiteiten op de planning maar toch moet je vanaf
nu je potentiele opvolger gaan inwerken en komt het
moment van het daadwerkelijk overdragen van het
spreekwoordelijke stokje angstvallig dichtbij.
Maar gelukkig hebben we als bestuur nog een kleine
3 maanden. 3 maanden die bomvol staan met hele
mooie activiteiten. Zo vertrekken we op 19 april voor
10 dagen naar Tokio, Japan. Ieder jaar wordt er een
buitenlandse reis georganiseerd door de assessoren
pius’’
Namens het 122 ste bestuur der L.P.S.V. ,,Aesculapius’’
‘Alet it be’
Alette Ouwerling
h.t. praeses aesculapii
30
Origin - Universiteit Leiden

Agenda
Vrijdag 18 april
Open Dag
28 t/m 31 mei
Biologie Olympiade Jr
Van 28 t/m 31 mei 2008 wordt de 14e eindronde van
de Biologie Olympiade Junior gehouden in Leiden.
De Junior Olympiade is voor havo-vwo leerlingen
van klas 1, 2 en 3. Ieder jaar doen meer dan 100
scholen mee. In 2007 ging het om bijna 5000 leerlingen
en dit aantal wordt ieder jaar groter.
Vrijdag 20 juni 2008
Last Minute Leiden
Je kunt Last Minute Leiden op vrijdag 20 juni bezoeken
om je studiekeuze definitief vast te leggen.
Maak een studiekeuzetest, bezoek workshops over
studeren in Leiden en kom langs bij één van de
Leidse opleidingen.
Agenda
Promoties
Woensdag 23 april, 13.45 uur
Promotie: X.O. Weenink
Titel: Protein secretion in the filamentous fungus
Aspergillus niger
Promotor: Prof.dr. C.A.M.J.J. van den Hondel
Donderdag 24 april, 13.45 uur
Promotie: M. Niemantsverdriet
Titel: 14-3-3 proteins and the p 53 family:
a study in keratinocytes
Promotor: Prof.dr. J. Brouwer
Woensdag 23 april, 16.15 uur
Promotie: H.A. van Veen
Donderdag 24 april, 16.15 uur
Promotie: M. Zaccheddu
Titel: Production and Characterization of
Recombinant Human Lactoferrin
Titel: First-principles calculations of electronic
excitations of photoactive bio-molecules
Promotor: Prof.dr. H.A. de Boer
Promoties
Promotor: Prof.dr. J.M. van Ruitenbeek
Prof.dr.ir. W. van Saarloos
Origin - Universiteit Leiden 31

Advertentie Bio