nummer 4, juli 2008 - Faculteit der Wiskunde en ...

Non-traditional views on 

infl uenza virus evolution 

Studiereis Biologie 

Gorlaeus voor een weekje 

vervangen door Tokyo 

Biologie Olympiade 

Junior 2008

Redactioneel Inhoud 

Van de vos en de egel 

Volgens Frits Bolkestein zijn er twee manieren 

om te studeren. Je kan studeren als een vos, of als 

een egel. De vos ‘rent op alles af wat zijn eetlust 

prikkelt’, hij pakt veel onderwerpen in zijn stu- 

die aan en leert van alles een beetje. Bolkestein 

zelf was een vos. Hij studeerde wis- en natuur- 

kunde in de Verenigde Staten, logica bij Beth, 

wijsbegeerte bij Oldewelt, theologie bij Mönnich 

en Grieks bij Kamerbeek en Meerwaldt. Dit in 

tegenstelling tot de egel, die één onderwerp diep- 

gaand en rustig bestudeert, totdat hij zijn heer 

en meester is. In zijn toespraak Studeren als egel 

of als vos? tijdens de academische jaaropening 

van de UvA in 2000, adviseerde Bolkestein de 

studenten te studeren als een egel. Bekwaam je in 

één discipline, was zijn boodschap. Wees grondig 

en geduldig. Dat Bolkestein dat niet had gedaan, 

kwam hem later als politicus goed van pas. Des- 

avoueert dat niet zijn eigen stelling? Nee. Niet 

elke student hoeft fractievoorzitter te worden. 

‘Dat zou zelfs zeer ongewenst zijn.’ 

Jörn Venderbos 

Colofon 

2 

, jaargang 3, nummer 4, juli 2008 

Oplage: 6.200 

Redactieadres: Origin Magazine 

Einsteinweg 55 

2333 CC Leiden 

info@originmagazine.nl 

www.originmagazine.nl 

Redactie: Hoofdredactie: Gert Jan van Helden 

Eindredactie: Jörn Venderbos, 

Johan Detollenaere 

Origin - Universiteit Leiden 

Nieuws 3 

Chemical reactions with hydrogen 4 

Buitenlandstage Aafke Oldenbeuving 8 

Human flu from the cuckoo’s nest 12 

Biologie Olympiade Junior 16 

Studievereniging LIFE 18 

Studiereis Biologie 20 

Leiden Classical en Classical Builder 22 

CDL naar Boedapest en Wenen 24 

Buitenlandse excursie L.P.S.V. Aesculapius 30 

Agenda 31 

4 12 20 30 

Aan Origin werkten mee: 

Ana Lee, Geert-Jan Kroes, Hans Slabbekoorn, Aafke Oldenbeuving, 

Chi Ting Fung, Alexander Gultyaev, Annemarie Meijer, Tonny 

Regensburg, Robin Kemperman, Paula van Kranenburg, Pieter van 

Boheemen, Luke Bergwerff, Thijs Groenewegen en Hugo Meiland. 

Drukkerij: Drukkerij Groen, Leiden 

Opmaak: teambart 

Origin en al haar inhoud © Faculteit der Wiskunde en 

Natuurwetenschappen, Universiteit Leiden. 

Alle rechten voorbehouden.

Nieuws 

Tinbergenlezing 

De Tinbergenlezing 2008 vond plaats op zaterdag 24 mei 

en werd dit jaar uitgesproken door professor Neil Shubin. 

Naar aanleiding van de presentatie van 

zijn boek ‘De vis in ons’ (‘Your inner 

fish’) was hij in Nederland. De lezing 

van professor Shubin werd voorafge- 

gaan door een boeiende schets van het 

wetenschappelijke leven van Eugene 

Dubois door professor Bert Theunis- 

sen. Shubin is verbonden aan de Uni- 

versity of Chicago en aan het Field Museum in Chicago. 

Hij deed in zijn lezing, zowel als in zijn boek, verslag van 

de vondst van Tiktaalik, een fossiel dat zowel vis-eigen- 

schappen als amfibische eigenschappen heeft. Het vormt 

daarmee een soort missing link tussen leven in water en 

leven op land, al gebruikt Shubin de term ‘missing link’ 

liever niet. 

De lezingen zijn te bekijken op www.tinbergenlezing.nl 

Prof. Ewine van Dishoeck benoemd tot erelid American 

Academy of Arts and Sciences 

Afgelopen maand heeft de American Academy of Arts 

& Sciences de lijst bekend gemaakt met nieuwe leden en 

buitenlandse ereleden. Een van de 22 ‘Foreign Honorary 

Members’ dit jaar is de Leidse astronome, Prof. Dr. Ewine 

van Dishoeck, hoogleraar astrochemie en Spinoza prijs 

winnares. De American Academy of Arts and Sciences 

is een van de meest prestigieuze gezelschappen op het 

gebied van de wetenschappen in de USA. “The Academy 

honors excellence by electing to membership remarkable 

men and women who have made preeminent contribu- 

tions to their fields, and to the world” aldus Academy 

President Emilio Bizzi. 

NWO-subsidie voor nieuwe elektronenmicroscoop 

Een onderzoeksteam onder leiding van prof.dr. Jan van 

Ruitenbeek heeft een subsidie ontvangen voor een nieuw 

te ontwikkelen microscoop, onder de naam ESCHER 

(Electronic, Structural and CHEmical nanoimaging in 

Real-time). De subsidie van ruim 2,3 miljoen is één van 

de negen die is toegekend binnen het programma ‘Investe- 

Nieuws 

ringen NWO-groot’. De elektronenmicroscoop is ontwik- 

keld door Ruud Tromp, onderzoeker bij IBM en deeltijd 

hoogleraar aan de Universiteit Leiden. 

Origin - Universiteit Leiden 3

Chemical reactions with hydrogen: 

4 

a playground for the theoretical 

chemist 

Reactions of hydrogen are relevant to several important areas of 

chemistry. Examples are heterogeneous catalysis, a process used 

in the manufacturing of the majority of chemicals, and the produc- 

tion and storage of energy carriers. As will be demonstrated below, 

theorists can now successfully model a range of chemical reactions 

relevant to such applications, in spite of complications introduced 

by the quantum nature of the motion of hydrogen. 

DOOR GEERT-JAN KROES, 

THEORETICAL CHEMISTRY, 

LEIDEN INSTITUTE OF 

CHEMISTRY, LEIDEN 

UNIVERSITY. 

EMAIL: G.J.KROES@CHEM. 

LEIDENUNIV.NL 


In atompercentage, hydrogen is the third most abun- 

dant element on earth, and the single most important 

element in our universe. It is therefore not surprising 

that reactions involving hydrogen are of tremendous 

importance to many applications. Examples include 

reactions of molecules catalysed by surfaces, in a 

process called heterogeneous catalysis. Such reactions 

are important because the production of most man- 

made chemicals involves heterogeneous catalysis at 

some point or another. One of the achievements for 

which the Nobel Price in Chemistry 2007 was awar- 

ded to G. Ertl was the unravelling of the mechanism 

of the Haber-Bosch process, by which ammonia is 

produced, in elementary chemical reactions of nitro- 

gen and hydrogen atoms. 

Another important molecule-surface reaction is the 

so-called steamreforming reaction of methane with 

water, which is the currently commercial process 

for making hydrogen. This immediately brings us to 

another potentially important application of hydro- 

gen: hydrogen can also be used as a clean (carbon- 

free) energy carrier, as envisioned in the concept of 

the “hydrogen economy”, where hydrogen is used as 

the singlemost important fuel in the transportation 

sector. However, to bring about the hydrogen eco- 

nomy, effi cient processes are needed to make it and 

to store it in automobiles in such a way that the fuel 

does not take up too much volume, and the tank is 

not too heavy. These problems pose major challenges 

to chemists. 

A complication with modelling reactions of hydro- 

gen arises from its low atomic mass. As a result, its 

so-called de Broglie wavelength, which in quantum 

mechanics can be used as a measure for the uncer- 

tainty in the position of the hydrogen atom, is large. 

This means that in order to treat the dynamics of re- 

actions involving hydrogen, that is, in the description 

of how the reacting atoms move in order to combine 

into products, in principle one has to use quantum 

mechanics. The goal of the theoretical chemistry 

group in Leiden is to predict the outcome of chemical 

reactions involving hydrogen, and quantum dyna- 

mics (methods to describe nuclear motion quantum 

mechanically) forms an essential tool in our toolbox. 

In this article, I will describe three applications of 

theoretical chemistry to reactions involving hydro- 

gen. In the fi rst application we have formulated an 

answer to the following question: can the so-called 

Born-Oppenheimer approximation be used to ac- 

curately model the dissociation of hydrogen mole- 

cules into atoms bound to the surface (dissociative 

chemisorption), if the surface is a metal surface? The 

second question we recently answered is whether 

illumination of a TiO 2 surface with light provides 

enough “overpotential” to “photo-oxidise” water 

and make oxygen and protons, a crucial reaction 

in the process of making hydrogen from water and 

sunlight in a process called photo-electrolysis. The 

third question we recently addressed is how one can 

explain that metals like Ti and Sc are good catalysts 

for promoting hydrogen uptake in and release from 

the hydrogen storage material NaAlH 4 .

To compute reaction probabilities for a chemical 

reaction using quantum mechanics, theoretical che- 

mists typically adopt a divide-and-conquer approach, 

which may be labeled as the “Born-Oppenheimer 

approximation”. They fi rst solve the so-called Schrö- 

dinger equation for the motion of the electrons, for 

a large range of positions of the atomic nuclei which 

are kept fi xed in these calculations. This provides 

the so-called potential energy surface (PES), which 

defi nes the forces between the reacting atoms. This 

“force fi eld” can then be used to solve the equations 

of motion of the reacting atoms, thereby obtaining 

reaction probabilities. However, this approach beco- 

mes questionable and has to be tested if the electronic 

energies of different electronic states differ only little 

for atomic confi gurations that are important to the 

reaction. The latter is the case for reactions invol- 

ving metal surfaces, because in metal surfaces the 

electrons with the highest energy only partially fi ll 

the highest energy band of the metal. As a result, if a 

molecule approaches a surface so-called electron-hole 

pair excitations can occur with very small associated 

energy uptakes, in a friction-like process. 

How can one test if non-Born-Oppenheimer events 

like electron-hole pair excitation, a friction pheno- 

menon, have an important effect on a simple reaction 

like dissociative chemisorption of H 2 on a metal 

surface? One way is to check whether a treatment 

employing a single PES can give accurate results for 

both reaction, possibly affected by friction on the way 

to the barrier, and scattering of the molecule back 

to the gas phase without reaction, which can also be 

affected by friction on the way back. The reasoning 

is as follows: if friction is important, it is extremely 

unlikely that a “frictionless approach” like the Born- 

Oppenheimer approximation would yield an accurate 

description of both reaction and scattering, because 

friction affects these processes in fundamentally dif- 

ferent ways. We have recently shown that the Born- 

Oppenheimer approximation gives quite accurate 

results for reaction of hydrogen on metal surfaces. 

Calculations on H 2 + Pt(111) performed using this 

approximation gave accurate results for both reaction 

(Fig.1) and diffractive scattering (Fig.2), a process 

in which the velocity of the molecule parallel to the 

surface changes in a quantised way, with the “diffrac- 

tive transitions” labeled by two quantum numbers. 

Our conclusion achieved for the Pt-surface could be 

Figure 1. Theoretical reaction probabilities are compared to experimental results (squares) 

for H 2 + Pt(111), for normal and off-normal incidence with parallel translational incidence 

energy (Epar) as indicated. The results are shown as a function of incident energy. 

Figure 2. (Color) Experimentally measured diffraction probabilities (symbols) compared 

with computed results (curves) for scattering in which the velocity of the molecules parallel 

to the surface is not changed (black), and for several in-plane and out-of-plane diffractive 

scattering transitions, for which the quantised changes in the velocities parallel to the surface 

are labelled by the two diffraction quantum numbers n and m for the probability P(n,m) 

(color). Probabilities for symmetry equivalent transitions were summed. Results are given 

for two incidence directions, i.e., the so-called 

[112 − 

] and the 

generalised to metal surfaces 

€ 

because we 

€ 

could show 

that the reasons that the Born-Oppenheimer approxi- 

mation is obeyed are generic: This approximation 

accurately describes reaction of H 2 on metal surfaces 

[101 − 

] directions. 


6 


because the “reaction path” does not involve a deep 

molecular chemisorption well in front of the barrier, 

and because H 2 has a low affi nity for electrons. 

In principle, hydrogen can be made from water and 

sunlight through a process called photo-electrolysis. 

In photo-electrolysis, instead of electrolysing water 

by imposing an electronic voltage over two electro- 

des as in electrolysis, the potential bias is imposed 

by illuminating one of the electrodes with light. For 

instance, an electrode which is made of an oxidic 

semi-conductor, such as TiO 2 , can be illuminated 

with light, which imposes a positive voltage on this 

electrode. This electrode can then be used to evolve 

oxygen from water, also producing protons. Hydro- 

gen can then be made at the cathode through the 

reaction of the protons produced with the electrons 

released from the cathode. 

We have recently adapted a method developed for 

modelling electrolysis by J.K. Nørskov and coworkers 

at the Technical University of Denmark to the study 

of photo-electrolysis. Essentially, the method works 

as follows. First one determines what the surface of 

TiO 2 (more precisely, the (110) surface) looks like at 

the voltage imposed by illumination, which is known 

experimentally to be 3.25 eV. Calculations show that 

at this voltage the Ti-atoms in the surface are covered 

by oxygen atoms (denoted as O*), which act as re- 

action sites. The O 2 evolution reaction involves four 

elementary one-electron transfer reactions per O 2 

molecule produced. First, a H 2 O molecule reacts with 

O* leading to an adsorbed OOH molecule and the re- 

lease of a proton. Next, an O 2 molecule is formed and 

an additional proton released, leaving an uncovered 

surface Ti-ion. This ion reacts with a H 2 O molecule 

leading to an adsorbed OH* group and the release 

of an additional proton. Finally, the OH* releases 

an additional proton, and the original situation (an 

adsorbed O* group) is recovered. 

In the method of Nørskov and coworkers, the free 

energy change associated with each one electron 

transfer step is calculated as a function of the impo- 

sed voltage and pH, using density functional theory 

(DFT). We have performed the calculation for TiO 2 , 

and the results are shown in Fig.3. According to the 

model of Nørskov, the reaction will proceed if every 

elementary one-electron transfer step is down-hill 

Figure 3. (Color) The free energies of the reaction intermediates for 

photo-oxidation of water on TiO 2 (110) are shown for 4 different 

values of the potential imposed on the TiO 2 anode, for pH=0 and 14. 

in free energy. As can be seen in Fig.3, at pH=0 this 

is not the case for an imposed voltage of 0 V, and it 

is also not yet the case at 1.23 V, at which electroly- 

sis of water becomes possible thermodynamically. 

However, at a voltage of 2.01 V (which represents an 

overpotential of 2.01 – 1.23 = 0.78 V) the reaction 

becomes possible. According to experimentalists, 

illumination of TiO 2 with light provides an intrinsic 

overpotential of 0.9-1.1 V, and our calculations show 

that, according to the model, at this overpotential the 

oxidation of water can proceed. This is in agreement 

with experimental fi ndings that in photo-oxidation 

of water on TiO 2 the photo-oxidation of water does 

not need external assistance. 

Sodium alanate (NaAlH 4 ) is a potential hydro- 

gen storage material from which hydrogen can, in 

principle, be released after which it can be taken up 

again with a weight percentage of 5.5 wt%, above 

the International Energy Agency criterion of 5 wt%. 

About ten years ago it was discovered that the rate 

at which hydrogen can be released and taken up 

again can be enormously enhanced by adding Ti as a 

catalyst, and later it was found that the metals Sc and 

Zr are likewise effective for this. However, traditional 

hydrogenation catalysts (catalysts for adding hydro- 

gen to other molecules) like Pd and Pt were found to 

function very poorly for promoting hydrogen uptake 

in and release from NaAlH 4 . We have performed 

calculations with DFT aimed at determining why 

metals like Ti and Sc work well for NaAlH 4 , while

traditional hydrogenation catalysts like Pd and Pt 

perform poorly. 

Our calculations show that the solution to this pro- 

blem may lie in how the TM (transition metal) atoms 

interact with the NaAlH 4 surface. As Figure 4 shows, 

in the energetically most favorable absorption site 

for Ti, the Ti atom is exchanged with a Na ion of the 

NaAlH 4 , and this Na-atom is subsequently pushed 

out of the sodium alanate, onto the surface. This 

means that the absorption of the Ti leads to the onset 

of mass transport or separation between the (heavy) 

Na and Al ions, which is required for the solid state 

chemical reaction, 

3 NaAlH 4 (s) –› Na 3 AlH 6 (s) + 2 Al(s) + 3 H 2 (g) 

by which H 2 is released, to proceed. In contrast, in 

the energetically preferred absorption sites of Pd 

(Fig.4) and Pt, the TM atom just occupies an inter- 

stitial site in the surface region, without pushing a 

Na ion out, and without promoting mass separation 

between Na and Al. This may explain why TM atoms 

like Ti, Sc, and Zr effectively promote hydrogen re- 

lease from and uptake in NaAlH 4 , why traditional hy- 

drogenation catalysts like Pt and Pd perform poorly. 

In this article, I have shown that theoretical chemists 

can already successfully address several chemical re- 

actions involving hydrogen. However, many challen- 

ges remain. The method currently used for compu- 

ting PESs for molecule-metal surface reactions (DFT) 

is notoriously inaccurate: mean unsigned errors in 

reaction barrier heights for gas phase reactions are of 

the order of 6 kcal/mole, where 1 kcal /mole (chemi- 

cal accuracy) is desired. Many molecule-surface re- 

actions are in fact thought (or known) not to be well 

described with the Born-Oppenheimer approxima- 

tion, and so far only qualitative theoretical descripti- 

ons are available for such reactions if intermediate io- 

nic states of the reacting molecule are involved in the 

reaction, as for dissociative chemisorption of O 2 . In 

this paper, we have only shown “static” (no dynami- 

cal) calculations on problems related to production 

and storage of hydrogen. The next goal is to compute 

reaction rates for the reaction steps involved, and this 

has not yet been done. In short, there remains a lot of 

theoretical research to be done, with many challenges 

to be met. 

Figure 4. (Color) The most stable absorption site in the surface region of the (001) surface of 

NaAlH 4 is shown, for Ti (a) and Pd (b). The TM atom is shown in red, Na atoms in green, 

and Al atoms in blue, while we have omitted the H-atoms for clarity. 

Acknowledgements. The research reported in this 

article was performed in collaboration with Roar Ol- 

sen, Ernst Pijper, Alvaro Valdés, Zheng-wang Qu, Ali 

Marashdeh, and Jan-Willem Versluis of Leiden Uni- 

versity, and with Daniel Farías, Evert-Jan Baerends, 

Jan Rossmeisl, Jens Nørskov, Ole Martin Løvvik, 

Pablo Nieto, Daniel Barredo, and Guillaume Laurent. 


Voor mijn MSc thesis vertrok ik naar de tropen, naar het Smithsonian Tropical Research Institute in Panama. 

Prof. Dr. Jacques van Alpen (dierenecologie) bracht mij in contact met Dr. Allen Herre van het Smithsonian Tropical 

Research Institute in Panama. Bij hem kon ik een MSc thesis doen, over hoe vijgenbomen hun bestuivers, 

de vijgenwespen, aantrekken. 

8 

Over mijn stage in het buitenland… 

SCHRIJVER; AAFKE OLDENBEUVING, S0202231 


Ik had verschillende redenen waarom ik in het 

buitenland onderzoek wilde doen. De belangrijkste 

was simpel; ik was nog nooit in de tropen geweest. 

Nu, wilde ik na vier jaar biologie studeren zelf wel 

eens zien hoe het tropisch regenwoud en zijn biodi- 

versiteit er van dichtbij uitzagen. Ook leek me naar 

het buitenland gaan dé manier om uit te vinden of 

ik verder wilde in de wetenschap. Nu, acht maanden 

later nadert mijn verblijf zijn eind. Geen haar op mijn 

hoofd heeft spijt te zijn vertrokken. 

Het instituut 

Het Smithsonian Tropical Research Institute (STRI) 

is misschien wel de meest vooraanstaande instelling 

voor tropische biologie van de wereld. Het is onder- 

deel van de bekende Smithsonian Institutions in de 

Verenigde Staten, een Amerikaanse overheidsinstel- 

ling dus. Het is niet geheel toevallig dat STRI in Pa- 

nama zit, want het instituut stamt uit het begin van 

de tijd dat de Verenigde Staten de baas waren over het 

Panamakanaal. 

STRI is een kruispunt voor tropisch ecologen en 

evolutiebiologen. In het instituut werken 36 ‘staff 

scientists’; wetenschappers die permanent in Panama 

zijn gevestigd, en tientallen zogenaamde ‘fellows’; 

mensen die een 1- , 2- of 3-jarige post-doc doen. 

Daarbij zijn er per jaar zo’n 900 wetenschappers en 

studenten (zoals ik) die het instituut voor kortere of 

langere tijd bezoeken. Ik heb hier mensen uit de hele 

wereld ontmoet. 

Mensen die in STRI werken doen dat aan veel 

verschillende onderwerpen op verschillende plekken 

in Panama. Er zijn veldstations in het tropisch regen- 

woud en aan de kust (mariene biologie). 

Er zijn onderzoeksschepen aan beide kanten van 

Panama (in Caribische zee en in de Grote oceaan), 

er is een moleculair laboratorium en een centrum 

voor paleobiologie. 

Ik ervaar de structuur en de wetenschappers hier als 

erg open. Als je met een probleem zit is bijna altijd 

wel iemand die jou kan en wil helpen. Er worden zeer

egelmatig seminars gegeven, en achteraf is het altijd 

mogelijk om eventjes te kletsen met de spreker. 

Voor mij is hier de perfecte plek om heel veel mensen 

te ontmoeten en leren over wat er allemaal gebeurt in de 

wondere wereld van de ecologie en evolutie-biologie. 

Dr. Allen Herre 

Voor mijn MSc thesis werk ik met ‘staff scientist’ Dr. 

Allen Herre en doe ik onderzoek aan vijgenbomen. 

Dr. Herre is evolutiebioloog en werkt al bijna dertig 

jaar in STRI. Hij komt oorspronkelijk uit de Verenigde 

Staten, net zoals de meeste wetenschappers hier. Zijn 

lab werkt aan twee belangrijke mutualismen; het 

mutualisme van de vijgenbomen en hun bestuivers 

de vijgenwespen, en het mutualisme van endofi eten 

en planten. Hij werkt veel samen met mensen uit 

het buitenland en die zijn dan ook regelmatig in het 

laboratorium op bezoek. Verder zijn er drie assisten- 

ten die in Panama wonen en voor hem werken. Het 

meeste veldwerk vind plaats in één van de veldstati- 

ons van STRI; namelijk op Isla Barro Colorado. Dit 

is een eiland bedekt met tropisch bos in het Gatun- 

meer, een onderdeel van het Panamakanaal. Molecu- 

laire analyses worden gedaan in STRI laboratoria in 

Panama City of zelfs in labs in de VS of Europa. 

Vijgen 

Vijgenbomen (Ficus spp.) en hun gespecialiseerde 

bestuivers, de vijgenwespen (familie Agaonidae) 

vormen het schoolboekvoorbeeld van een mutualisme. 

Alle Ficus soorten onderscheiden zich door hun 

bijzondere bloeiwijze; een syconium met vele kleine 

bloemetjes aan de binnenkant. Wanneer een vijgen- 

boom receptief is opent het syconium zich en kunnen 

de bestuivers naar binnen door een smalle opening; 

de ostiole. De vijgenwespen gaan het syconium bin- 

nen, bestuiven de minuscule bloemen en leggen hun 

eitjes in een gedeelte van de bloemen die ze bestuiven. 

Daarna ontwikkelen de vijgenwespen en de zaden 

zich. Als na een paar weken de wespen uitkomen, 

produceert het syconium pollen. De vijgenwespen 


10 


paren onderling en terwijl ze het syconium verlaten 

verzamelen ze pollen. Alleen de vrouwtjes verlaten de 

vijgen en gaan gepaard en bedekt met pollen op zoek 

naar de volgende receptieve vijgenboom. Mannetjes 

blijven achter in de vijg die rijpt en wordt opgegeten 

door zaadverspreiders zoals vleermuizen, vogels en 

apen. 

Het genus Ficus is een pantropische soort met maar- 

liefst 750 soorten. Iedere soort heeft een andere soort 

vijgenwesp als bestuiver. Lang werd aangenomen dat 

één-op-één relatie van bomen en wespen zeer strict 

was (d.w.z. dat iedere wespensoort gespecialiseerd 

was op één vijgenboomsoort). De grote diversiteit 

van vijgenbomen en hun wespen zou door co-evo- 

lutie zijn ontstaan. Tot op zekere hoogte is dit ook 

correct, maar er is meer aan de hand. 

Recent fylogenetisch onderzoek heeft aangetoond 

een vijgenboomsoort meerdere bestuivers kun- 

nen hebben, en ook dat verschillende boomsoorten 

bestoven kunnen worden door dezelfde wespensoort. 

Tevens blijken in de evolutionaire geschiedenis van 

de vijgenbomen ‘host shifts’ en hybridisatie voor te 

komen; dit kan gebeuren als een bestuiver een fout 

maakt. 

Vijgenbomen en hun bestuivers hebben een ver- 

gaande invloed gehad op elkaar’s evolutie, maar van 

strikte co-evolutie is dus geen sprake. In plaats van 

een genus met aparte soorten met gespecialiseerde 

bestuivers, vormen vijgenbomen en –wespen in som- 

mige gevallen als het ware een complex van soorten. 

Evolutie van nieuwe soorten heeft in het genus Ficus 

op allerlei manieren plaatsgevonden. 

Door hun diversiteit, hun mutualisme met de bestui- 

vers en hun bijzondere bloeiwijze is het genus Ficus 

bijzonder geschikt als modelorganisme in de evolu- 

tiebiologie. Allerlei aspecten van evolutie worden en 

zijn bestudeerd; soortsvorming, co-evolutie, de stabi- 

liteit van mutualismen, evolutie van sex ratios en de 

evolutie van virulentie van parasieten zijn een paar 

voorbeelden. Het vraagstuk waar ik aan werk is; hoe 

trekken vijgenbomen hun wespen aan en waarom 

blijft een vijgenwesp gastheerspecifi ek? Vooral dat 

laatste is in het licht van het recente moleculaire 

onderzoek erg interessant. 

Mijn onderzoek 

Vijgenbomen trekken hun bestuivers aan met 

speciale geurstoffen die ze produceren wanneer de 

vrouwelijke bloemen receptief zijn. Het aantrek- 

ken van bestuivers is maatwerk in vijgenbomen; de 

vijgenwesp vindt altijd de juiste boomsoort en vindt 

deze altijd binnen één dag, want langer leven ze niet. 

Het feit dat vijgenwespen niet veel groter zijn dan 

een millimeter en dat ze soms meer dan 12 kilome- 

ter ver vijgenbomen bestuiven maakt dit proces nog 

indrukwekkender. Al met al hebben vijgenbomen 

effectieve bestuivers die de vijgenbomen genetisch 

divers houden. 

Het doel van mijn onderzoek is beter te begrijpen hoe 

vijgenwespen ‘weten’ dat een vijgenboom receptief 

is en hoe ze hun ‘eigen’ boomsoort kunnen onder- 

scheiden van andere. Met andere woorden; welke 

chemische stoffen verantwoordelijk zijn voor het 

aantrekken van de bestuivers. Ik hoop dit te kunnen 

ontdekken door geurprofi elen van de vijgenboom op

verschillende momenten van de voortplantingscy- 

clus met elkaar te vergelijken en chemische stoffen 

te kunnen selecteren die alleen voorkomen vlak voor 

of tijdens de bestuiving. Dit doe ik voor verschil- 

lende soorten, zodat ik uiteindelijk kan zeggen welke 

stoffen voor verschillende soorten belangrijk zijn. 

Tenminste, dat hoop ik. Het is de bedoeling om deze 

stoffen in bioassays te gaan testen op levende wespen. 

Maar deze experimenten vallen buiten mijn MSc 

thesis. 

De techniek die ik gebruik om de geurstoffen te 

verzamelen is de zogenaamde ‘headspace adsorption 

method’. Het betekent dat ik alle lucht die om een 

tak hangt door een fi lter pomp. Dit fi lter bevat een 

polymeer dat kleine moleculen kan binden. In het 

kort; ik doe een plastic zak om een tak (met of zonder 

vijgen), pomp aan de ene kant lucht naar binnen, en 

door het fi lter de lucht weer naar buiten (zie foto). 

Het fi lter kan ik wassen met dichloromethaan (een 

oplosmiddel). Het residu bevat de stoffen uit de fi lter 

en daarmee kan ik het geurstofprofi el van de boom 

op dat moment bepalen. Met gaschromatografi e en 

massaspectrometrie (GC-MS), een techniek om te 

bepalen hoeveel van welke chemische stof er aanwe- 

zig is in een vloeistof, analyseer mijn monsters in het 

lab. 

Panama 

Ik ervaar Panama als geweldig land om te wonen en 

te werken. Ik heb voor het veldwerk 6 maanden op 

Barro Colorado Island gewoond (op het veldstation) 

en daardoor het tropische bos goed leren kennen. Het 

is één van de mooiste dingen die ik ooit heb gezien. 

Het is jammer dat er relatief veel grond is ontbost, 

maar er zijn in dit land nog veel mooie plekken te 

bezoeken. 

Ook verder is leven is hier goed. De Panamezen erg 

zijn aardig; het is makkelijk om vrienden te maken. 

Verder is het strand altijd dichtbij, ook niet onprettig. 

Echt maf om op zondagmorgen te bedenken: “Goh, 

laten we naar het strand gaan.” En dan ’s middags 

tussen het koraal te staan. Ook is het wel gek dat het 

in december nog steeds 30 graden C is. 

Verder heb ik zelfs nog wat Spaans kunnen leren en 

een klein beetje salsa. Helaas liggen in dat laatste niet 

mijn grootste talenten. 

Mijn toekomst 

Ik kan gerust zeggen dat deze stage mijn ideeën 

over mijn toekomst erg hebben veranderd. Door de 

geweldige tijd die ik hier heb, ben ik er inmiddels 

wel achter dat wetenschap toch wel iets voor mij is. 

Natuurlijk weet ik niet of ik ook echt professor kan 

worden, maar voorlopig wil ik dit nog wel even doen. 

Als ik terugkom in Nederland wil ik afstuderen en 

dan op zoek naar een PhD positie; het liefst ééntje 

met veldwerk in de tropen. 

Verder kan ik iedereen zeggen die erover denkt zijn 

thesis in het buitenland te doen: gaan! Met alle res- 

pect voor de universiteit en de biologieprofessoren: ik 

zou nooit zoveel hebben geleerd en vooral niet zoveel 

wetenschappers hebben ontmoet als ik in Leiden was 

gebleven. En dat is waarvan ik meest geniet hier. 


Human flu from the cuckoo’s nest: 

The molecular mechanisms behind the pathogenic properties of 

different strains of influenza virus are usually sought in the amino 

acid sequences of their proteins. However, the protein amino acid 

sequences are not the only messages to be found in RNA molecules 

of the virus genome. 

DR. ALEXANDER P. GULTYAEV, 

THEORETISCHE BIOLOGIE, 

IBL, UNIVERSITEIT LEIDEN 

12 


Non-traditional views on 

Almost all of us have experienced influenza disease 

(flu), and every year millions of people are infec- 

ted by new influenza virus strains. There is a huge 

variation in the pathogenicity of the different strains, 

ranging from relatively mild symptoms caused by 

continuously circulating strains to the very high 

mortality during pandemics by for instance the 

infamous “Spanish flu” of 1918. Especially agressive 

strains are those that acquired some or all of their 

genes from viruses infecting other hosts, because 

in such cases the human immune response is not ade- 

quate. Although there is no clear picture of the origin 

of the Spanish flu, it is thought that it was caused by 

avian virus strains. The two other great pandemics 

of the 20th century, the “Asian flu” of 1957 and the 

“Hong Kong flu” of 1968, were due to the so-cal- 

led reassortment of viral genes between human and 

avian strains during a mixed infection. Recently, we 

have witnessed examples of direct virus transmission 

from animals to humans, in particular, the cases of 

the highly pathogenic bird flu which is now wide- 

spread in poultry of South-East Asia. This poses a 

continuous threat of a new devastating pandemic. 

What makes some viruses so virulent while other 

strains only prevent us from working for a week? A 

lot of research has been done on comparing genome 

sequences of various strains, and tens of thousands 

of influenza sequences are stored in the databases 

nowadays. The so-called antigenic determinants, the 

amino acid sequences of virus proteins that attack 

human cells, are among the main factors that con- 

tribute to the virulence of a certain strain. However, 

comparisons of various strains show that the picture 

may be much more complicated, and traditional ways 

to search for certain “virulent” amino acid sequences 

are not enough. For instance, the success (fitness) of 

a given virus may also be determined by the struc- 

tures folded by its genomic RNA molecules or its 

encoded mRNAs that may influence their functio- 

ning: replication, transcription, protein expression, 

packaging into virus particles. 

The possible role of RNA structure is now explored 

by two Leiden groups, working closely together on 

a project that has been recently received support 

from the European Commission in the framework 

of the FP7 program, “Supporting highly innovative

influenza virus evolution 

inter-disciplinary research on influenza”. The group 

of Alexander (Sacha) Gultyaev (IBL) is working on 

theoretical analysis of virus RNA structures, while 

the group of René Olsthoorn from LIC is focused 

on experimental probing of structures and assaying 

their function. 

Similar to some models of in- 

fluenza evolution, the history of 

the project (named RNAFLU) is 

“punctuated”, with some surpri- 

sing turns. One of participants 

(Sacha Gultyaev) used to work 

many years ago on the analy- 

sis of possible structures folded by influenza RNA 

while he was employed by the Institute of Influenza 

in St.Petersburg, Russia. Interesting structures were 

predicted, but due to their non-classic (pseudok- 

not) topologies and the absence of experimental or 

comparative support a publication was not pursued 

and this work was interrupted. The predictions lay in 

the drawer for about 10 years until new opportunities 

arose because of the enormous growth of the number 

of known virus RNA sequences and the possibility to 

Further studies turned out to 

be even more intriguing 

Dr. René Olsthoorn with a toy model of virion structure. 

get more reliable sequence comparisons to support 

theoretical predictions. The old data were revived 

and substantiated by new information, and this was 

presented at one of the work discussions chaired by 

the well-known Leiden expert on RNA pseudoknots, 

Prof. Kees Pleij. René Olsthoorn was intrigued by the 

unusual pseudoknot topology and started investiga- 

ting this further using in vitro 

structure probing and NMR 

experiments on model oligonu- 

cleotides. The results confirmed 

the pseudoknot formation by 

influenza RNA sequences. 

Further studies turned out to be even more intri- 

guing. In addition to the pseudoknot, the expe- 

riments suggested the existence of an alternative 

hairpin structure, apparently in a dynamic equili- 

brium with the pseudoknot. The balance between the 

mutually exclusive pseudoknot or hairpin confor- 

mations turned out to be very sensitive to sequence 

changes observed in various influenza strains. For 

example, a unique point mutation, strongly favoring 

the hairpin structure, has been identified in the line- 


Conformational shift in infl uenza RNA. 

14 


age of very dangerous avian fl u strains of subtype 

H5N1. While never observed in any strain before the 

year 2001, this mutation is widespread in the cur- 

rently circulating dominant H5N1 genotype. As it is 

never observed in other infl uenza virus subtypes, it 

means that a unique conformational shift occurred 

in RNA structures of avian fl u viruses in 2001/2002 . 

And such a shift seems to be very important, because 

the mutation does not change important amino 

acids of the two proteins encoded in this region of 

virus genome, and yet it is remarkably stable, being 

present in all H5N1 strains isolated in recent years 

from birds and poultry outside of China and South 

East Asia (main reservoir and source of new strains) 

and in all recent H5N1 strains isolated from humans. 

This means that drastic conformational changes in 

virus RNA, caused by single mutations, can mark 

important shifts, so-called “epochs” in the virus 

evolution. These results were published by the Leiden 

researchers, together with Hans Heus, an NMR-ex- 

pert from Nijmegen, in 2007 (Gultyaev AP, Heus H & 

Olsthoorn RCL (2007) Bioinformatics 23:272-276). 

Although published in a non-virological journal, 

the article did not go unnoticed by the virological 

community. Other research groups (Rotterdam, 

Luxembourg, Nigeria, Burkina Faso) confi rmed the 

striking continued persistence of the hairpin-stabi- 

lizing mutation in the more recent viruses isolated 

in various geographic regions: Europe, Russia and 

Africa. In the meantime, the Leiden researchers were 

addressed by Prof. Stefan Schwartz from Uppsala, 

Sweden, with the suggestion to study functional 

aspects of infl uenza virus RNA motifs. This resulted 

in an EU-funded project, also with participation 

of the group of dr. Amelia Nieto (Madrid, Spain). 

While the Leiden groups will mostly concentrate 

on structural aspects of infl uenza virus RNAs, the 

Spanish group will study specifi c structural motifs 

important for translation and the Swedish team will 

focus on the regulation of the viral mRNA proces- 

sing. Together, these four groups form the consor- 

tium called “RNAFLU”. In addition, the consortium 

has two prominent infl uenza experts as advisors: 

Prof. Ron Fouchier (Rotterdam) and Prof. Juan Ortin 

(Madrid). 

The RNAFLU project will further study functional 

infl uenza RNA structures. At the Leiden Institute 

of Chemistry, dr. Maarten de Smit has expressed 

interest in the project and will be in part supported 

by EU fi nancing to investigate virus RNA structures 

in vitro. Another researcher will soon be employed 

to carry out massive bioinformatic and theoretical 

studies at the Leiden Institute of Biology. The fi rst 

results are promising. In addition to the previously 

discovered structures, some other important folds 

are revealed that also exhibit an intriguing pattern of 

“punctuated” evolution of structures and the presen- 

ce of host-specifi c nucleotide interactions. Our fi rst 

data already show that the knowledge of structural 

motifs in infl uenza virus RNA (mostly unknown yet) 

is very important for analysis of virus evolution, ap- 

pearance of novel strains, host adaptation, infl uenza 

prevention and control. Thus, the RNAFLU project 

promises exciting new studies and results.

RNAFLU participants at the consortium 

meeting in Uppsala. 

From left to right: Stefan Schwartz (Uppsala), 

Emilio Yanguez (Madrid), René Olsthoorn 

(Leiden), Amelia Nieto (Madrid), Samir 

Abdurahman, Anna Tranell, Fia Lindström 

(Uppsala), Juan Ortin (Madrid), Maarten de 

Smit, Sacha Gultyaev (Leiden). 

Dr. Alexander P. Gultyaev (left) and 

dr. Maarten de Smit. 


16 

Biologie Olympiade Junior 2008 

Dit jaar was de Universiteit Leiden voor de tweede keer de gastheer 

van de eindronde van de Biologie Olympiade Junior. Deze Junior 

Olympiade is bedoeld voor vwo leerlingen van klas 1, 2 en 3. 

Het aantal scholen dat mee doet wordt ieder jaar groter. Dit jaar 

waren het er 110 met een recordaantal van 6680 leerlingen. Voor 

de eindronde in Leiden zijn 20 leerlingen geselecteerd die het beste 

hebben gepresteerd bij de voorrondetoets op de scholen. De eind- 

ronde wil deze slimme leerlingen een extra uitdaging bieden. In drie 

dagen krijgen de olympisten leerstof uit de bovenbouw aangeboden 

en in practica maken ze kennis met technieken die biologiestudenten 

in hun eerste jaar leren. 

DOOR ANNEMARIE MEIJER / TONNY REGENSBURG / ROBIN KAMPERMAN / PAULA VAN KRANENBURG 


“Het was moéilijk, je moest écht nadenken” zeiden de 

olympisten na afloop en dat was nu precies de bedoe- 

ling. De sfeer van de olympiades kenmerkt zich door 

nieuwsgierigheid naar nieuwe informatie, het “op- 

slurpen” van kennis en de uitdaging van de omgang 

met mensen met hetzelfde denkniveau. 

Olympisten blijken veelal begaafde, zo niet hoog- 

begaafde, leerlingen te zijn. Sommigen vervelen 

zich op school omdat de leerstof te eenvoudig en te 

weinig uitdagend is. Tijdens de eindronde worden ze 

uitgedaagd met kennis op een hoger niveau die ze in 

korte tijd moeten verwerken. Bovendien vinden ze het 

stimulerend om zich te kunnen meten met “soortge- 

noten”. Junior-olympisten krijgen vaak zo de smaak te 

pakken van de olympiadesfeer dat ze later ook weten 

door te dringen tot de eindronde van de Bovenbouw 

Olympiade. 

Tijdens de practicumtoets kregen de olympisten een 

maatschappelijk relevante casus voorgeschoteld. 

Ze moesten met behulp van de PCR-techniek de 

kenmerken bepalen van verschillende rijstplanten en 

vervolgens uitwerken hoe je deze planten onderling 

zou moeten kruisen om planten te krijgen die beter 

bestand zijn tegen droogte en schimmelinfecties. 

De laatste maanden is veelvuldig in het nieuws 

geweest dat de prijs van rijst en andere graangewas- 

sen op de wereldmarkt naar recordhoogte is gestegen 

ten gevolge van tegenvallende oogsten. Het is een 

groot probleem dat er door de klimaatverandering 

en toenemende verstedelijking in ontwikkelingslan- 

den steeds minder gebied beschikbaar blijft voor de 

rijstteelt. Daarom is de ontwikkeling van droogte- 

en ziekteresistente rijstplanten van groot belang. 

Onderzoeker Pieter Ouwerkerk van het Instituut 

Biologie Leiden coördineert verschillende internatio- 

nale projecten waarin Europese onderzoeksgroepen 

samenwerken met onderzoekers uit China, Noord- 

Afrika en Indonesië aan strategieën voor de ontwik-

keling van droogteresistente rijst. Het practicum 

liet de olympisten kennismaken met de moleculaire 

technieken die bij dit onderzoek komen kijken. In 

een oefenpracticum hadden ze geleerd hoe je DNA 

kunt vermeerderen met behulp van een PCR-reactie 

en hoe je DNA-bandjes kunt scheiden met behulp 

van gelelectroforese. Hierbij werden ze geholpen door 

biologiestudenten die bezig zijn met hun bachelor 

of Master of Science stages en die uitstekend hun 

best hebben gedaan om de olympisten in korte tijd 

bij te brengen hoe je moet pipetteren, verdunnen en 

gels kunt gieten en runnen. Bij de practicumtoets 

moesten de olympisten alle technieken zelfstandig 

uitvoeren en de casus oplossen. Het spreekt voor zich 

dat hierbij niet alleen slimheid maar ook handigheid 

kwam kijken. De meeste olympisten hadden uitste- 

kende resultaten. Hierbij heeft het zeker geholpen 

dat de firma Bioké uit Leiden het practicum wilde 

sponsoren met het uiterst betrouwbare PCR-enzym 

Phusion, maar natuurlijk waren de goede resultaten 

in de eerste plaats de verdienste van de olympisten 

zelf. Zij hebben hiermee overtuigend aangetoond 

hoe goed ze hun nog maar net geleerde vaardigheden 

in de praktijk konden brengen. En ze hebben er met 

volle teugen van genoten. In de woorden van een van 

de olympisten: “Het practicum was héél vet!” 

Na afloop van het practicum en nog een theoreti- 

sche toets kregen de kandidaten een rondleiding in 

het Clusiuslaboratorium waar ze de plantenkassen, 

weefselkweekkamers, laboratoriumruimten, zebra- 

visaquaria en de microscopie-unit konden zien. We 

hopen dat we hiermee hun interesse in biologie heb- 

ben aangewakkerd en misschien sommige van hen 

later terug zien in de collegebanken. ’s Avonds stond 

er een barbecue op het programma georganiseerd 

door de Leidse Biologen Club (LBC). Hier konden de 

olympisten bijkomen van alle nieuwe ervaringen en 

zich ontspannen met megatwister, een LBC-spel dat 

altijd succes heeft. 

Op de dag van de prijsuitreiking ging de groep olym- 

pisten eerst op excursie naar het Natuurhistorisch 

Museum Naturalis en de Hortus botanicus. Daarna 

werden de uitslagen van de Olympiade bekend 

gemaakt en de prijzen uitgedeeld door Prof. Bas Ha- 

ring, die de olympisten kennen van populair weten- 

schappelijke televisieprogrammas. Op de derde plaats 

eindigde Tycho van Die van het Stedeljk Gymnasium 

in Leiden, de tweede plaats was voor Chris Jungerius 

van het Gymnasium Celeanum in Zwolle, en de gou- 

den medaille ging naar Bram Hoonhout, leerling van 

het Damstede te Amsterdam. 


18 

Afgezegd? We komen wel langs! 

Veel leden van studievereniging LIFE hadden zich in maart verheugd 

op een lezing van Nobelprijswinnaar John Walker. Toen hij op het 

laatste moment moest afzeggen is direct het idee opgepakt om hem 

in Cambridge te bezoeken. 


Elk jaar verbreedt een groep LS&T studenten haar 

horizon door een studiereis in Europa te onderne- 

men. Na Madrid en Barcelona in 2006, Parijs, Lyon 

en Grenoble in 2007, zijn nu Cambridge en 

Dublin aan de beurt. Gedurende het jaar 

heeft de Buitenlandreiscommissie (Bul- 

aco) haar best gedaan om een interessante 

en afwisselende reis samen te stellen. Er 

zal aan verschillende bedrijven, instel- 

lingen, musea en universiteiten een bezoek worden 

gebracht. 

Vanaf Eindhoven vliegen we naar Cambridge, waar 

we ’s middags in de voetsporen van Watson en Crick 

zullen treden. Met een bezoek aan het Cavendish 

museum wordt ontdekking van de structuur van het 

DNA uit de doeken gedaan. Eén van de verdere hoog- 

tepunten van de reis zal een bezoek zijn aan het MRC 

Dunn Human Nutrition Unit. Hier is prof. Walker 

werkzaam en zal alsnog de lezing gegeven worden die 

op het Life Science Symposium moest ontbreken. 

Natuurlijk is er ook aan vermaak gedacht. Op 16 juni 

wordt in Ierland Bloomsday gevierd. Deze feestdag 

is afgeleid van het wereldberoemde boek Ulysses 

geschreven door James Joyce. De deelnemers van de 

reis hebben een uitgebreide presentatie gehad van 

Eelco Vijzelaar over het boek en dag, om alvast in 

de stemming te komen. En als echte Life Science & 

Technology student mag een bezoekje aan een van de 

populairste toegepaste vakgebieden niet ontbreken: 

de Guinness brouwerij. 

Tijdens de meivakantie gingen de studenten ook al 

op pad. Toen ging een groep van 30 leden naar de 

noordelijke stad Groningen. Daar werden de be- 

drijven BioClear en SynCom bezocht. Op allemaal 

dezelfde gehuurde fietsen trok de stoet door de stad. 

Allemaal jonge mensen in pak op de fiets, dat trekt 

zoals gewoonlijk de aandacht. 

Het collegejaar zal traditiegetrouw met een barbecue 

na afloop van het laatste reguliere tentamen in de 

Delftse Hout worden afgesloten. Op het introkamp 

na zit het werk van het 11 e bestuur er dan weer op. 

Gelukkig staat er weer een nieuw team van 5 

enthousiaste LIFE’ers te springen om volgend jaar 

weer minstens zo’n succes te maken.

Stage in het Kluyverlaboratorium; 

Een mooie plek om je bachelor af te sluiten 

Ik ben Luke, 3e jaars LST student. Ik doe momenteel mijn bachelorstage in het Kluyverlaboratorium van de Technische 

Universiteit in Delft. Ik doe mijn stage in de groep Bioprocess Technology. Sef Heijnen staat aan het hoofd van deze groep 

en de groep zelf richt zich op het verhogen van de opbrengst van bioprocessen door aan het metabole netwerk te sleutelen. 

De groep heeft veel kennis over het meten van metabolietconcentraties en over het maken van modellen. 

Het doel van mijn stage is het ontwerpen van drie 

enzym assays voor enzymen uit de schimmel Penicil- 

lium chrysogenum die penicilline vormen. Met name 

de eerste week was er heel veel te lezen aan artikelen 

en boeken. Mijn begeleider, Lodewijk de Jonge, heeft 

zelf LST gestudeerd. Hij heeft me veel informatie 

gegeven. Het onderzoek naar penicilline productie 

is al meer dan 50 jaar oud en er zijn heel veel artike- 

len over gepubliceerd. Zelfs nu, zo halverwege mijn 

stage, loont het vaak nog steeds om naar artikelen te 

zoeken. 

Nadat ik genoeg informatie had verzameld, heb ik 

een eerste experimentele opstelling gebouwd en dit 

in het lab uitgeprobeerd. Een van de belangrijkste 

dingen die je leert op je stage is wat je vooral niet 

moet doen! Zo moet je bijvoorbeeld altijd het maxi- 

mum aantal toeren afl ezen (of weten) voordat je de 

centrifuge instelt. 

De assay bestaat uit drie verschillende delen; de 

eiwit-zuivering, de assay en de analyse. De opzuive- 

ring is het eerste probleem waarmee ik me bezig heb 

gehouden. Bij de opzuivering die ik uiteindelijk heb 

gekozen, wordt onder andere gebruik gemaakt van 

vloeibare stikstof (het is iedere keer weer fascinerend 

om te zien hoe je iets in een kokende vloeistof stopt 

en het er vervolgens weer diepgevroren er weer uit 

haalt), centrifuges en een cell disruptor (een machine 

die een grote overdruk op de cellen zet, zodat ze 

kapot gaan). Voor de assay zelf moet ik nog veel werk 

verrichten. Ik heb al een opstelling gebouwd voor één 

van de enzymen, maar voor de andere twee moet ik 

nog aan de assays gaan werken. 

Mijn meeste tijd tot nu toe is in de analyse gaan zit- 

ten, de stoffen in oplossingen worden geïdentifi ceerd 

met een HPLC. De methode die voor de identifi catie 

en kwantifi catie van penicilline gebruikt wordt, was 

echter niet toereikend voor de substraten en produc- 

ten van mijn assays en dus heb ik een methode nage- 

bouwd uit de literatuur die nu zeer goede resultaten 

oplevert. 

Het leuke aan mijn stage is dat er naast het labwerk in 

de groep ook veel informatie wordt uitgewisseld. Ie- 

dere week heeft de groep een werkbespreking waarin 

twee mensen de voortgang over hun onderzoek 

bespreken of een artikel bediscussiëren. Verder zijn 

er vanuit het Kluyverlaboratorium ook lezingen van 

mensen die afgestudeerd zijn en over hun onderzoek 

komen vertellen en wordt er iedere twee weken een 

spreker van buiten de TU uitgenodigd. 

Er is dus heel veel te doen in het Kluyverlaboratori- 

um, maar het mooiste hier vind ik dat je iedereen van 

naam of gezicht kent. Helaas staan er geen mensen op 

deze foto’s om dit te laten zien, maar het zorgt voor 

een gezellige sfeer en een rijke bron aan informatie. 

Ik vind dat ik het heel erg goed getroffen heb met 

mijn stage en het is een zeer leerzame manier om 

mijn bachelor zo af te sluiten. 

Luke Bergwerff 


Studiereis Biologie: 

Quo Vadis Zweden 

Voor de jaarlijkse studiereis van Biologie is dit voorjaar het prach- 

tige Zweden bezocht. Dit was de eerste studiereis waarin de Leidse 

biologen zich waagden in dit schitterende Scandinavische land. Voor- 

gaande edities van de studiereis vonden plaats in Duitsland, Kroatië, 

Spanje en Oostenrijk. Na deze succesvolle reizen, was het dit jaar 

ook weer een uitdaging een net zo succesvolle reis te organiseren. 

Gelukkig werd de keus voor Zweden met groot enthousiasme onder 

alle biologen ontvangen, niet eerder heeft de reis zo snel vol geze- 

ten als dit jaar. Het eerste succes van de reis was een feit... 

20 


Toen de reis op vrijdag 25 mei offi cieel van start 

ging, vlogen de dagen voorbij. De eerste dag bestond 

voornamelijk uit reizen. Zweden ligt niet om de hoek, 

sterker nog: je hebt vanuit Leiden een uur of zes met 

de bus en vanuit de haven in Duitsland een overtocht 

van 7 uur nodig om hier voet aan wal te 

zetten. Om het gedeelte van Zweden met 

de allermooiste, ongerepte en verrassende 

natuur te vinden (Centraal-Zweden), is 

nog een halve dag extra noordwaarts reizen 

nodig. 

In de tussenliggende kilometers werd er 

door de deelnemers onder andere genoten 

van het bezoek aan een groepje elanden, 

omheind en wel. Deze grootste hertensoort (en tevens 

grootste ambassadeur van Zweden) komt normaal 

gesproken alleen in centraal tot noordelijk Zweden 

voor, maar is speciaal voor de Zuid-Zweed (en luie 

toeristen) ook naar het zuiden gebracht. Later op 

de reis, in centraal Zweden, hebben de oplettende 

deelnemers een gezellig groepje elanden in het wild 

gespot. Een ervaring die zeker hoort bij een bezoek 

aan Zweden, hét land van de eland. Dezelfde dag en 

verder Zweden in ligt een groot vogelspotters paradijs, 

namelijk het meer Horn borga. Met tamelijk weinig 

inspanning kunnen hier verschillende bijzondere 

vogels worden gespot. Voor de beginnende vogelaar 

dé kans om ervaring op te doen! 

Na deze echte biologische dag werd na een barbecue 

bij het hostel te Orebro zoals elke avond onder het 

genot van een biertje de reisdag besproken, gepokerd 

en met de mee gebrachte gitaren liedjes gezongen en 

verzonnen. Aangezien de Zweden een aardig hoge 

accijns op hun bier heffen, was het een goed plan ons 

eigen Hollandse bier te importeren. De ochtenden 

verliepen hierdoor iets moeizamer dan de avonden, 

maar na een ontbijt met of zonder knäckebröd kon 

een nieuwe dag beginnen... 

Hoe noordelijker in Zweden, hoe ongerepter. Bij het 

bezoek op de derde dag van de reis aan het park

Farnebofjarden bleek dit zeker. Het bezoek is benut 

om ons de Zweedse flora, mossen en vogels meer 

eigen te maken. In verschillende specialisatiegroepen 

hebben we genoten van de korstmossen (indicator 

voor schone lucht), overvliegende kraanvogels en 

bloeiende bosanemonen. Een veel te kort bezoek voor 

wat er allemaal te zien was, dus een geschikte omge- 

ving om nog een andere keer te komen. 

In dezelfde buurt werden de volgende twee nachten 

dicht aan een meer doorgebracht, dus de plek bij 

uitstek voor een gezellig kampvuur. Deze avonden 

werden de gesprekken interessanter, de pokerskills 

verbeterd en de verzonnen liedjes geperfectioneerd 

tot potentiële hits. 

Naarmate het slaaptekort toenam, werd de bus steeds 

geschikter als dommelplek. Onderweg naar elke 

nieuwe bestemming was het onder het genot van een 

filmpje of muziekje heerlijk even de nodige slaap in te 

halen. Want waar in voorgaande edities van de reis de 

collegebanken dienst deden voor dit soort bezighe- 

den, was dit tijdens het bezoek aan de universiteit 

van Uppsala totaal niet aan de orde. De praatjes van 

de studenten over het studentenleven en het studeren 

evenals de presentaties van de sprekers waren stuk 

voor stuk erg fris en verrassend interessant. Met een 

rondleiding door de botanische tuinen van de univer- 

siteit als afsluiter was deze zonnige dag zeer geslaagd. 

De volgende dag was het berenpark te Mora het 

belangrijkste deel van het programma. Zweden heeft 

bruine beren rondlopen in haar uitgestrekte natuur, 

dus een bezoek aan dit berenpark paste prima in het 

programma. Misschien was dit bezoek wel het mooi- 

ste en indrukwekkendste bezoek van de reis. Doordat 

het park precies de goede natuurlijke omstandighe- 

den voor aanwezige dieren heeft gecreëerd, was de 

sensatie van het zien van een bruine beer, lynx, veel- 

vraat of wolf hier veel groter dan in eerste instantie 

werd verwacht. 

De volgende twee dagen is in Stockholm overnacht, 

een ervan was het 30 april, koninginnedag. Toevallig 

ook de dag waarop de Zweedse koning Gustav zijn 

verjaardag viert. Het blijkt dat men in studen- 

tensteden als Uppsala helemaal losgaat op deze 

dag, maar helaas bleek het niet zo’n feest 

te zijn in Stockholm. Misschien 

maar goed ook, de volgende 

dag was het namelijk weer 

vroeg uit de veren, want het 

openluchtmuseum Skansen 

stond op de agenda. Op dit ei- 

land midden in Stockholm werd 

de groep vrijgelaten en kon op zoek gaan naar zijn 

favoriete stuk van het park. Het bestaat uit verschil- 

lende delen, namelijk een dierenpark, een aquarium 

en een ‘historisch Zweden’ gedeelte. Natuurlijk was 

het park de moeite waard, maar als je in Stockholm 

bent, moet dat ook ontdekt worden. Gelukkig was het 

goed weer, dus de stad verkennen was geen verkeerde 

bezigheid. ’s Avonds werd als afsluiter van de reis nog 

een gezellige discotheek opgezocht waar eveneens de 

karaokekwaliteiten geshowd konden worden aan de 

plaatselijke bevolking van Stockholm. 

Heerlijk brak gingen we de volgende ochtend vanuit 

Stockholm weer terug naar Malmo (zuidelijk puntje 

van Zweden). Met het gekweekte eelt op de billen was 

dit natuurlijk een reis van niks. Een filmpje, muziekje 

en boekje verder werd in Malmo een heerlijk avond- 

maal genuttigd waarna alle bedankjes voor de reis en 

andere leuke mededelingen konden worden gedaan. 

Hierna werden de laatste Hollandse biertjes genut- 

tigd, de laatste mooie gesprekken op Zweedse grond 

gevoerd, de opgedane pokerkwaliteiten ten volste be- 

nut en de gemaakte hits voorzien van een ander jasje. 

De laatste nacht in het mooie Zweden was een feit. 

Vanuit Malmo is het drie kwartier tot de boot, 

zeven uur varen en zes uur met de bus naar Leiden. 

Maar door de zoektocht naar een geopend Duits of 

Nederlands restaurant is veel tijd verloren. Hierdoor 

arriveerde de bus pas om 1.30 uur in Leiden vol met 

vermoeide, doch voldane biologen. 

De deelnemers hebben een goed beeld van Zweden 

kunnen krijgen, en natuurlijk de keus gemaakt dit 

mooie land vaker te bezoeken. Voor de bioloog is er 

in ieder geval genoeg te beleven om je er een tijdje te 

vermaken. 


22 

CDL naar Boedapest en Wenen 

Het Chemisch Dispuut Leiden heeft elke twee jaar een grote buiten- 

landreis. Afgelopen periode reisde het CDL af naar Boedapest en 

Wenen voor een 11-daagse indrukwekkende en zonnige studiereis. 

Deze vond plaats van 26 april tot en met 6 mei 2008. 


Het begon allemaal met de vorming van de com- 

missie ongeveer een jaar geleden. Een buitenlandreis 

voor chemiestudenten vergt namelijk veel voorbe- 

reiding! Vier enthousiaste studenten scheikunde 

en MST én onze assessor onderwijs gingen zich een 

geruime periode inzetten om een 11-daagse reis neer 

te zetten naar een mooie bestemming, zij noemden 

zichzelf de ‘Reiscosy’. Het programma van een der- 

gelijke studiereis bevat natuurlijk studiegerelateerde 

onderdelen, maar ook is het de bedoeling om onze 

leden wat van de buitenlandse culturele aspecten te 

laten zien. De commissie heeft contact gezocht met 

(chemische) bedrijven, de plaatselijke universiteit, 

musea en andere bezienswaardigheden zodat wij met 

een twintigtal CDL leden in alle enthousiasme de 

steden Boedapest en Wenen konden bezoeken. 

Dag 1 aankomst Boedapest 

Na een lange inchecksessie op Schiphol en een 

voorspoedig verlopen vliegreis kwamen we aan in 

Boedapest. De stad die bijna 20% van alle Hongaarse 

inwoners (1,7 mln) herbergt kent twee delen, name- 

lijk Boeda en Pest. Boeda is het stadsdeel dat tegen 

een berg aangebouwd is. Beide stadsdelen worden 

gescheiden door de Donau. Op deze eerste dag trok 

menigeen eropuit om de stad te verkennen. Al snel 

werd duidelijk dat Boedapest een stad is van kroeg- 

jes en restaurantjes. Door de toch wel vermoeiende 

reis, ploften we na enkele drankjes tevreden op onze 

hostelstapelbedjes. 

Dag 2 sightseeing Boedapest & bezoek badhuis 

Onze eerste volledige dag in Boedapest begon 

om 09.00 uur met het arriveren van onze gidsen, 

Viktória Fábos en László Orha, twee AiO’s van de 

Eötvös Loránd Universiteit van Boedapest. Zij lieten 

ons hun versie van de stad zien door middel van een 

stadswandeling. De stadswandeling bracht ons langs 

verschillende oude en beruchte gebouwen van Boe- 

dapest. Rond 14.00 uur werd het tijd om eens even 

heerlijk te relaxen in de beroemde Széchenyi Fürd, 

een traditioneel Hongaars badhuis. Het badhuis 

heeft meerdere baden waaronder een zwavelbad, een 

groot zwembad en stoombaden. Alle baden wor- 

den verwarmd met water dat uit een thermale bron 

komt onder het badhuis. Nadat iedereen verfrist en 

aangekleed weer buiten stond, vertrokken we via het 

Heldenplein terug naar een luxe restaurant voor een 

3-gangen diner. Later op de avond kwamen velen 

reisgenoten elkaar weer tegen in de cocktailbar om 

de hoek van het hostel, waar het deze avond goed 

toeven was. 

Dag 3 bedrijfsbezoek Akzo Nobel 

Na een mooie en rustige dag achter de rug te heb- 

ben, moesten de deelnemers er op maandag alweer

vroeg uit om naar de site van Akzo Nobel te gaan in 

de industriestad Tiszaújváros. Deze van oudsher eco- 

nomisch belangrijke stad lag echter op ongeveer 200 

kilometer van het hostel in Boedapest vandaan. Om 

deze afstand te overbruggen had Akzo voor een bus 

gezorgd die ons mee zou voeren naar de site. 

Eenmaal daar aangekomen werden we vriendelijk 

onthaald door de plaatselijke R&D manager. Direct 

kregen we een presentatie met informatie over deze 

Akzo Nobel vestiging. Zo was de site reeds in de 

zestiger jaren gebouwd door het toenmalige commu- 

nistische bewind. In deze tijd was het ‘booming busi- 

ness’ omdat het merendeel van alle verf dat werd ge- 

bruikt in het Oostblok afkomstig was uit Hongarije. 

Momenteel wordt voor deze landen de meeste verf 

geproduceerd in Rusland. Rusland kan de verf goed- 

koper maken omdat het niet te doen heeft met de 

strenge Europese milieuwetten. Desondanks was de 

blik op de toekomst positief. Er worden steeds meer 

kwalitatief hoogwaardige producten gemaakt voor 

West-Europa en dit doet de productie stijgen. Tevens 

werden er grote hoeveelheden harsen gemaakt. Deze 

harsen werden voor het grootste deel binnen Akzo 

Nobel zelf verkocht. Hierna kregen we nog twee korte 

presentaties over de chemie en technologie binnen 

Akzo Nobel. Na een heerlijke broodjeslunch werd het 

tijd om eens een kijkje te gaan nemen op het terrein. 

We verlieten het Gebouw voor sociale betrekkingen 

en liepen naar het nabij gelegen fabrieksgebouw. 

Daar beklommen we het dak om te kijken naar de 

condensbuizen. Hoewel menigeen verbaasd was 

over de rook die het dak uitkwam, zag alles er goed 

onderhouden uit. Vervolgens gingen we de reactoren 

bezichtigen die zich in een lager gelegen verdieping 

bevonden. De bouw van de reactoren kwam overeen 

met de verwachtingen, al had een deel van de groep 

ze wel iets groter verwacht. Met een drankje namen 

we afscheid van de vriendelijke rondleiders en was 

het weer tijd om ons richting Boedapest te begeven. 

Dag 4 bedrijfsbezoek Zwack Palinka stokerij 

Vandaag stond het bezoek aan een traditionele sto- 

kerij van Palinka op de planning. Onze bestemming 

was het dorpje Kecskemét, gelegen op ongeveer 80 

kilometer ten oosten van Boedapest. De stokerij van 

Zwack is een Hongaars familiebedrijf dat bekend is 

door zijn Unicum en Palinka’s, een soort Hongaarse 

vruchten jenever. Op het bedrijfsterrein aangekomen, 

kregen we een film te zien over de rijke geschiedenis 

van Zwack. Het Palinka proces begint met de inkoop 

en het verwerken van de vruchten welke gebeurt in 

de lente. De vruchten worden ontdaan van hun pitten 

en vervolgens opgeslagen (onder het vriespunt) in 

silo’s. Als ze lang genoeg gerijpt hebben, kunnen deze 

vruchten door naar de destillatiekolommen. Hier 

wordt de drank gemaakt onder streng toezicht van de 

werknemers zodat kwaliteit gewaarborgd kan wor- 

den. Hierna gaat de Palinka door naar de bottelarij, 

waar zelfs met de hand etiketten op de flessen worden 

geplakt om alles nog een exclusief tintje te geven. 

Na de interessante rondleiding was het tijd voor de 

productconfrontatie. We kregen de kans om pruimen 

en abrikozen Palinka te ruiken en te proeven. Niet 

iedereen van ons vond de Palinka even lekker en had 

toch liever een Hollandse jenever. Na een bezoekje 

aan de museumwinkel kon iedereen op eigen gelegen- 

heid terug naar Boedapest. 

Dag 5 bezoek ELTE Universiteit 

Op woensdag 30 april bracht ons gezelschap een 

bezoek aan het chemische departement van de Eötvös 

Loránd University (ELTE) te Boedapest. De dag 

begon met een praatje van Prof. István Horváth over 

de geschiedenis van ELTE en een introductie over de 

faculteit. Deze aardige en humoristische spreker wist 

de aandacht goed vast te houden. Zijn verhaal begon 

bij de oprichting van de universiteit: in 1635 was door 

een aartsbisschop een katholieke universiteit voor 

theologie en filosofie opgericht. Dit gebeurde in een 

landelijk stadje ongeveer 80 km van Boedapest, in het 

huidige Slowakije. Anderhalve eeuw later werd deze 

universiteit verhuisd naar Boeda (aan de westelijke 

kant van de Donau). Prof. Horváth over het stadsdeel 

Boeda: ‘There are only two kinds of people in Buda- 

pest: people who live in Buda and people who would 


24 


like to live in Buda.’ In de loop der eeuwen groeide de 

universiteit en kwamen er steeds meer studies bij. Pas 

sinds 1950 kent de universiteit ook een natuurweten- 

schappelijke faculteit. Het was ook in dat jaar dat de 

universiteit haar huidige naam kreeg: Eötvös Loránd 

University, vernoemd naar een van de natuurkundige 

professoren. De natuurwetenschappelijke faculteit 

ligt in het zuiden van Boeda, aan de Donau. Het is 

momenteel de modernste campus van heel Hongarije. 

In het scheikundig departement wordt, met name 

door prof. Horváth, veel gewerkt aan de zogenaamde 

‘Green Chemistry’. Het doel hierbij werd aangegeven 

als het zoeken naar alternatieven voor vervuilende 

chemicaliën en de oprakende fossiele brandstoffen, 

met daarbij wel als eis winstgevendheid. Hierna werd 

er een lezing gehouden door drs. Tiddo Mooibroek. 

Deze AiO van de vakgroep Coördinatie en Bio-Anor- 

ganische Chemie van onze eigen universiteit was de 

dag ervoor ingevlogen en zou ons een aantal dagen 

vergezellen. Onderwerp van de lezing was de synthese 

van aromatische isocyanaten, hierbij werd de traditi- 

onele weg vergeleken met een katalytisch alternatief 

uit zijn onderzoek. 

De laatste lezing werd gehouden door Viktória Fábos. 

Binnen de groene chemie werkt zij aan een alterna- 

tieve brandstof. Deze moet aan veel verschillende 

eisen voldoen: zo moet het natuurlijk energierijk zijn, 

makkelijk te transporteren zijn, koolstof bevatten 

en een lage giftigheid hebben. Het molecuul dat hier 

ultiem geschikt voor lijkt te zijn is -valerolactone 

(GVL). Met een smeltpunt van -31ºC, een kookpunt 

van 207ºC, geen giftige eigenschappen en wel stabiel 

in water en lucht, lijkt GVL aan veel van de eisen 

te voldoen. De synthese wordt uitgevoerd met de 

grondstoffen methaanzuur en 4-oxopentaanzuur en 

de Shvo’s katalysator. Volgens Fábos en prof. Horváth 

zijn er nog geen nadelen gevonden van deze mogelijke 

brandstof. Om ons te demonstreren dat deze stof ook 

echt als brandstof gebruikt kan worden, werd een 

olielamp gevuld en aangestoken. De middag werd 

gevuld met een aantal rondleidingen. We begonnen 

in het Green Chemistry Lab, welke ook daadwerke- 

lijk groen geschilderd is. Helaas waren er slechts 2 

zuurkasten aanwezig voor 16 studenten! In dit lab 

mochten wij zelf een experiment uitvoeren: de meta- 

these reactie waar Grubbs in 2005 de Nobelprijs voor 

gekregen had. Verder omvatte de rondleiding een 

bezoek aan de organische en analytische vakgroep 

en er werd een kijkje genomen op de NMR-afdeling 

en bij het GC/LC-MS lab. Al met al was dit een volle 

en leerzame dag geweest en menigeen was enigszins 

vermoeid toen wij omstreeks 16.00 uur de universi- 

teit verlieten. 

’s Avonds werd er ter ere van Koninginnedag een be- 

zoek gebracht aan hét Nederlands café in Boedapest: 

Amstel River Café. Hier bleek later op de avond een 

besloten Oranjefeest plaats te vinden van studen- 

ten uit Nijmegen. Her en der werden wat drankjes 

gedronken en in sommige gevallen ook nog voetbal 

gekeken. Anderen gingen nog tot in de vroege uurtjes 

door in de plaatselijke discotheek en feestten uitbun- 

dig op deze Koninginnedag. 

Dag 6 treinreis naar Wenen & sightseeing Wenen 

De treinreis van Boedapest naar Wenen duurde drie 

uur. Aangekomen op het treinstation ‘Wien West- 

bahnhof’ werd de tocht ingezet naar onze slaapplek 

genaamd ‘Happy Hostel’. Hierna kon de rondlei- 

ding door de binnenstad van Wenen beginnen, 

welke gegeven werd door scheikunde studenten van 

de Weense Universiteit. We liepen langs prachtige 

Weense gebouwen en pleinen. Duidelijk was het 

verschil met Boedapest te zien. 

De rondleiding begon op de prachtige Ringstrasse dat 

om de binnenstad heen loopt. Vervolgens wandelend 

langs het Rathauspark, kwamen we uit op een plein 

waarop aan de ene kant het stadhuis was te bezich- 

tigen en aan de andere kant het Burgtheater. Hierna 

volgde het fraaie Parlementsgebouw, het natuur- en 

kunstmuseum en het Hofburg keizerlijk paleis. 

Tegenwoordig bevat het complex de nationale biblio- 

theek, de nationale schatkamer, het museum voor 

etnografie en ook nog de ‘Spanische hofreitschule’. 

Bij de poort van Hofburg op Michaeler Platz werd 

het reisgezelschap verrast door een opgraving van

een Romeins huis. Dit huis werd gevonden tijdens de 

bouw van een ondergrondse parkeerplaats en stamt 

uit de tijd van het bijna 2000 jaar geleden opgerichte 

stadje Vindobona. De laatste bezienswaardigheid op 

de rondleiding door Wenen was St. Stephen’s kathe- 

draal. De kathedraal is gebouwd in 1147 en met zijn 

137 meter is het ook lange tijd het hoogste bouwwerk 

geweest in Europa. 

Dag 7 bezoek Universiteit van Wenen 

Op vrijdag 2 mei bezochten we de Universiteit van 

Wenen. Het bezoek begon met een rondleiding door 

het gebouw. Binnen twintig minuten hadden we een 

kijkje genomen bij alle vakgroepen en een aantal 

voorbeelden gehoord over het onderzoek dat zij doen. 

Vervolgens werden we naar een collegezaal gebracht 

waar de decaan, Dr. Franz L. Dickert, ons hartelijk 

ontving. Nadat het gezelschap de tijd had gekregen 

om iets te drinken en de taart te nuttigen begon de 

welkomstpresentatie van de decaan. Allereerst wer- 

den we terug de tijd in genomen. Daarover leerden 

wij dat dit de oudste Duits sprekende universiteit van 

de wereld was en dat deze ook een aantal zeer belang- 

rijke mensen heeft voortgebracht zoals de Nobel prijs 

winnaar Erwin Schrödinger en de uitvinder van het 

schrijven van chemische formules, Johann Los- 

chmidt. Verder werd ons verteld dat de Faculteit voor 

Scheikunde bestaat uit acht departementen en wat 

deze departementen voor onderzoek doen. Hieruit 

bleek dat kanker onderzoek zeer hoog op de agenda 

stond. Zo waren ze bij anorganische chemie bezig 

met angioneogenese waarbij er verbindingen wor- 

den ontwikkeld die inhibitie in een kankercel plaats 

laten vinden zodat deze cel niet meer kan groeien of 

vermenigvuldigen. De decaan sloot uiteindelijk zijn 

welkomstpresentatie af met zijn visie op de chemie. 

De chemie is zoals evolutie en deze evolutie zal meer 

en meer verlopen van micromoleculen naar macro- 

moleculen, ofwel de toekomst ligt in de macromole- 

culen. 

De tijd was nu gekomen voor de presentatie van drs. 

Tiddo Mooibroek, de AiO die nog steeds mee was op 

deze reis. De presentatie ging ditmaal over de supra- 

moleculaire interacties met betrekking tot aromati- 

sche zesringen. In zijn onderzoek was drs. Mooibroek 

erachter gekomen dat deze supramoleculaire interac- 

ties wel degelijk bestaan. S-triazine 1 was een aromaat 

waarbij de interacties goed te meten waren en met 

behulp van deze stof was ontdekt dat de interacties 

qua energie iets zwakker zijn dan waterstof bindin- 

gen. Het onderzoek naar deze interacties, wist drs. 

Mooibroek ons te vertellen, zou vooral relevant kun- 

nen zijn voor transport in biologische systemen en de 

reversibiliteit van deze systemen. Na deze onderhou- 

dende presentatie was het bezoek aan de Universiteit 

van Wenen, alweer tot een eind gekomen. 

Een grote groep deelnemers besloten hun middag 

te besteden op de Donauinsel, een prachtige plek 

om te zonnen en een rustig middagje te houden. Na 

een avondmaal in de stad was het dan tijd om naar 

Wiener Prater te gaan waar een amusementspark was 

gelegen. In dit park staat het welbekende reuzenrad 

waarmee heel Wenen is te overzien. De meerderheid 

van het gezelschap was zeer enthousiast om gebruik 

te maken van het reuzenrad en zodoende te genieten 

van Wenen bij nacht. De avond in het amusements- 

park werd afgesloten met een rit in een aparte acht- 

baan waarna een select groepje het nachtleven van 

Wenen, die ze eerder vanuit het reuzenrad hadden 

gezien, zijn gaan opzoeken. 

Dag 8 bezoek Technisch Museum van Wenen 

Op zaterdag bezochten we met alle deelnemers het 

Technisch Museum van Wenen. Het museum had 4 

verdiepingen vol met technische apparaten verdeeld 

in categorieën. Op de eerste verdieping stonden 

kleine natuurkundige proefjes waar men zich kon 

verwonderen over de verschijnselen in de natuur- 

kunde. De meeste proefjes waren voor onze schei- 

kundigen wel al bekend natuurlijk. De tweede, derde 

en vierde verdiepingen hadden tentoonstellingen 

van verschillende uitvindingen in chronologische 

volgorde. Zo kon je bijvoorbeeld zien hoe de boek- 

drukkunst zich in de tijd heeft ontwikkeld. Voor een 

kleine extra bijdrage gingen wij met ons gezelschap 

naar een show in de ‘High Voltage Room’. Hier werd 

met behulp van een enorme Van de Graaff genera- 

tor lading opgewekt, zodat spectaculaire vonken te 

zien waren. Daarnaast liet één van onze deelnemers 

vrijwillig stroom door haar heen voeren waardoor de 

haren omhoog gingen staan. Het was in ieder geval 

een leuk en gezellige bèta middag. 

Dag 9 Schloss Schönbrunn 

Op zondag 4 mei werd een bezoek gebracht aan 

Schloss Schönbrunn, een van de belangrijkste cul- 

turele erfgoederen van Oostenrijk en misschien wel 

beter bekend als het zomerpaleis van keizerin Sissi. 


26 


Al in de 17 e eeuw werd op de huidige plek van Schloss 

Schönbrunn een jachtslot gebouwd door de Habs- 

burgers, een belangrijk Europees vorstengeslacht. 

Uit deze tijd stamt ook de naam ‘Schönbrunn’, wat 

‘mooie bron’ betekent. Het hof consumeerde water 

uit een nabije bron en volgens de legende riep keizer 

Maximiliaan II toen hij deze voor het eerst zag: ‘Wat 

een mooie bron!’. Het jachtslot van de Habsburgers 

werd in 1683 tijdens het Turks beleg van Wenen ver- 

woest en nooit herbouwd. Na de overwinning op de 

Osmanen kreeg een Oostenrijkse barokarchitect van 

keizer Leopold I de opdracht een nieuw jachtslot te 

ontwerpen. Hierbij werd Versailles als voorbeeld ge- 

nomen. Het nieuwe slot bleef echter niet lang intact: 

toen Maria Theresa ongeveer 50 jaar later gekroond 

werd tot keizerin, liet zij Schönbrunn tot haar offi cië- 

le zomerresidentie in rococostijl ombouwen. Hiermee 

heeft zij haar sporen achtergelaten; want hoewel we 

inmiddels zo’n 275 jaar later leven, is nog steeds een 

groot deel van het paleis ingericht in de zogenaamde 

‘Theresiaanse’ stijl. 

In Schloss Schönbrunn zijn in totaal veertig ka- 

mers, compleet met authentieke inrichting, open ter 

bezichtiging. In een kamer met een lambrisering van 

walnotenhout met bladgouden versiering hield keizer 

Frans Jozef I audiëntie. Frans Jozef trouwde in 1854 

met zijn nicht Elisabeth, zij is later bekend geworden 

als keizerin Sissi. Hoewel zij gedurende haar leven 

steeds minder in Wenen aanwezig was, wordt de be- 

zoeker van Schloss Schönbrunn regelmatig aan haar 

herinnerd door de vele portretten. 

Zoals genoemd heeft vooral Maria Theresia haar 

stempel weten te drukken op het paleis. Ze had een 

grote voorliefde voor, de destijds modieuze, kunst 

uit China en Japan. De tuinen van Schönbrunn zijn 

sinds 1779 open voor het publiek en zijn sindsdien 

ook een belangrijke recreatieplek voor de Weense 

bevolking. Samen met het paleis zijn ze in 1996 op de 

Unesco World Heritage lijst geplaatst. Als je vanuit 

het paleis de tuin in stapt, is het eerste dat je opvalt 

het belvedère op de heuvel, de Gloriette. Maria The- 

resa heeft de Gloriette laten bouwen ter ere van de 

machtigheid van de Habsburgers. Bezoekers kunnen 

naar het uitzichtplatform bovenop de Gloriette voor 

een mooi panorama van Schloss Schönbrunn en het 

achterliggende Wenen. 

Dag 10 bedrijfsbezoek Boehringer Ingelheim & 

Intercell 

Op de laatste volledige dag in Wenen bezochten we 

twee bedrijven. ’s Ochtends vertrokken we vroeg 

om het farmaceutisch bedrijf Boehringer Ingelheim 

te bezoeken. Hier kregen we een introductie van 

een Nederlandse manager die naar Wenen geëmi- 

greerd is. Hij vertelde ons over het onderzoek van 

Boehringer Ingelheim en de geschiedenis van het 

bedrijf. Tijdens een rondleiding kregen we een kijkje 

in het onderzoek naar nieuwe moleculen voor het 

ontwerpen van nieuwe medicijnen. Een visuele 

3D demonstratie was spectaculair om de ‘gewone’ 

chemische moleculen nu eens anders te bekijken, wat 

heel nuttig bleek bij het begrijpen van interacties van 

kleine moleculen met bepaalde enzymen. ‘s Middags 

bezochten we Intercell alwaar we eerst een inleidend 

praatje kregen. Hieruit bleek dat het nog een relatief 

klein bedrijf was en dat ze zich vooral bezighouden 

met het maken van vaccins ter preventie en behande- 

ling van infectieziekten. Na het praatje kregen we een 

rondleiding door een deel van het laboratorium. 

Dag 11 terugreis naar Nederland 

De meeste deelnemers gingen op deze laatste dag nog 

even snel winkelen in het centrum of lekker relaxen 

bij een van de vele cafés. Om 13.30 uur vertrokken 

we naar het vliegveld, dat bij aankomst erg rustig 

bleek waardoor we binnen 5 minuten ingecheckt 

waren. Hierdoor waren we echter nog een aantal uur 

te vroeg voor vertrek. Deze tijd werd met spelletjes 

en koffi e doorgebracht in de lounge hoek van de 

StarBucks naast de gate. Om 17.25 uur vertrok het 

vliegtuig terug naar Nederland. Om 21.00 uur was ie- 

dereen weer aangekomen in Leiden en was de reis ten 

einde. De commissie en de deelnemers zagen terug 

op een succesvolle reis en de deelnemers hadden een 

verzadigd maar tevreden gevoel overgehouden aan 

een informatieve en gezellige reis. We kunnen niet 

wachten tot de volgende buitenlandreis!

Leiden Classical en Classical Builder: 

Moleculaire modellen op het beeldscherm 

Leidse scheikundestudenten hoeven (reactie-)dynamica niet langer droog uit een boekje te leren. Ze krijgen nu hulp van 

Classical, een open-sourceprogramma dat realistische moleculaire modellen niet alleen kan simuleren maar ook op het 

computerscherm kan tonen. De applicatie is ontwikkeld door de Theoretische Chemie groep van het Leids Chemisch Instituut. 

In het afgelopen jaar zijn inmiddels al een aantal projecten geweest waarin studenten met het programma konden werken. 

Model van een zoutzuurmolecuul 

in een wateromgeving. Dit is een 

eerstejaars project geweest. 

Real-time 

In Classical voeren studenten gegevens in over ato- 

men en hun onderlinge interacties. Op basis daarvan 

rekent het programma de verschillende moleculaire 

systemen door en kan het de dynamica daarvan 

tegelijkertijd visualiseren. Studenten kunnen nu 

verschillende modellen bestuderen, aanpassen en 

doorrekenen gebruik makende van de gangbare 

wetten van Newton. 

Dertigduizend computers 

Vaak blijken er veel mogelijkheden binnen een model 

te kiezen en een enkele computer heeft voor het veel- 

vuldig doorrekenen dan al vaak uren nodig. 

Daarom kan er ook gebruik gemaakt worden van een 

‘grid’, een netwerk van computers die elk een stukje 

van de benodigde rekencapaciteit leveren. 

Zo’n dertigduizend computers over de hele wereld 

zijn nu al aangemeld op http://boinc.gorlaeus.net. 

De site biedt ook de nodige informatie, voorbeelden 

en programmatuur. Alles is klaar voor gebruik, voor 

iedereen die een bijdrage wil leveren of zelf modellen 

wil opzetten en doorrekenen. 

Simulatie bouwen 

Onlangs is in samen werking met de Hoge School 

Leiden de Classical Builder gebouwd. Deze Java3D 

applicatie stelt de gebruiker in staat om een simulatie 

op te bouwen of een van de voorbeelden in te laden 

en die aan te passen met behulp van een grafi sche 

omgeving die speciaal is ontworpen voor dit soort 

werk. 


L.P.S.V. ‘Aesculapius’ Gorlaeus voor een weekje vervangen 

Het is mij een eer en genoegen u een verslag te mogen brengen 

over de jaarlijkse Buitenlandse excursie der L.P.S.V. „Aesculapius”. 

Na een jaar aan voorbereidingen te hebben getoffen aan wat bekend 

staat als de BUEX onder de Aesculapen, was het op 19 April 2008 dan 

eindelijk zover. Aesculapius vloog met een select groepje van 

30 personen met Finnair naar Tokio, Japan. 

28 


Onze begeleiders voor deze reis, Prof. Dr. M. Danhof, 

wetenschappelijk directeur van het LACDR en Prof. 

Dr. D.D. Breimer voormalig rector magnificus van 

Universiteit Leiden beiden Japan fanaten zouden we 

eenmaal aangekomen in Tokio in de avond treffen 

in ons hotel. Op dezelfde avond zijn we uitgenodigd 

door onze japanse begeleider, de vooraanstaande 

Prof. Dr. T. Nagai, om met hem op z’n japans te gaan 

barbeque-en. Die avond leerden we o.a. dat Sapporo 

een van japan’s beste bieren was, dat Nagai Sensei 

naast zijn ongelofelijke prestaties op farmaceutisch 

gebied tevens even ongelofelijke prestaties kon leve- 

ren op het gebied van snel een biertje opdrinken, zelfs 

vergeleken met onze bestuursmannen en dat zegt 

heel wat en dat op z’n japans barbeque-en een indoor 

activiteit was. De avond vloog om en voordat we het 

wisten was het weer tijd om terug naar ons hotel te 

gaan want een drukke week met een spectaculair 

programma stond ons te wachten. Immers 3 phar- 

maceutische bedrijven, 2 instituten, 2 universiteiten, 

culturele activiteiten en diverse diners stonden op het 

programma. 

De aftrap begon met een bezoek aan Sankyo Research 

Institute, een onderdeel van het bedrijf Daiichi Sank- 

yo. Daiichi Sankyo doet onderzoek en ontwikkeld ge- 

neesmiddelen op het gebied van diabetes, cardiovas- 

culaire aandoeningen en kanker. Erg interessant voor 

ons als Leidsche bio-pharmaceuten gezien er binnen 

ons eigen faculteit, bij het LACDR afdelingen zijn die 

zich eveneens in deze onderwerpen verdiepen. Na een 

interessante ochtend en een heerlijke japanse lunch 

doken we weer als echte japanners het metrosysteem 

in om de wijk Ginza, bekend om zijn dure winkels, 

eens van dichtbij te bekijken. 

Helaas, bleef het inderdaad bij kijken omdat de 

gemiddelde student zich geen merken zoals Gucci en 

Louis Vitton kon veroorloven. Na deze winkeltocht 

vertrokken we naar het Japans-Nederlands instituut 

waar er een presentatie is gehouden over de betrek- 

kingen tussen Japan en Nederland en waar we heb- 

ben genoten van een receptie. De dag eindigden we 

met een late maaltijd bij “Mosburger”, een fastfood 

restaurant, onder het motto je moet toch alles een 

keer hebben geprobeerd in Japan. 

De volgende dag ontbeten we met een rijstbal en 

misosoep. De misosoep werd na een week beter 

bekend als zeewiersoep onder de BUEX-gangers en 

leidde bij sommigen tot dieeten of ontbijt inslaan bij 

de 24 uurs geopende winkel op de hoek. Na het ont- 

bijt vertrokken we in de vroege uurtjes naar Tsukuba, 

een wetenschappelijke voorstad van Tokyo. 

Daar bezochten we Eisai pharmaceuticals en Banyu 

pharmaceuticals. Beide bedrijven waren zo schoon 

dat het leek alsof de schoonmaker continu aan het 

werk was en merkten we dat ze een groot deel van 

de winst van het bedrijf terug lieten vloeien naar de 

afdeling Research and Development. 

Woensdag en donderdag was het dan de beurt aan de 

universiteiten. Bij Tokyo University, nummer 12 op 

de ranglijst van werelds beste universiteiten, kregen 

we indrukwekkende onderzoeksverhalen over vor- 

deringen omtrend crossing the blood brain barrier 

en alzheimer te horen en tevens een ongecensureerde 

rondleiding door de labruimtes van de universiteit. 

Bij Keio University, een prive universiteit, werden 

we totaal anders ontvangen. De opzet was dat we 

in groepjes werden opgedeeld waarna de japanse 

studenten met de groepjes Tokyo gingen verkennen. 

De intergratie was op deze dag optimaal en iedereen 

kwam terug met enthousiaste verhalen. Ook hebben 

prof. Danhof, prof. Breimer en prof. Nagai lezingen 

gehouden naast de lezing van prof. Sakamoto. In deze 

twee dagen bezochten we tevens Akihabara (electric 

town), daar waar alle nieuwste gadgets worden ver- 

kocht, verschillende japanse tempels en shrines. 

In de avonduren waren we aanwezig bij een Leiden 

club party, welke gehouden werd in een 5 sterren ho-

door Tokyo 

tel. Ook aanwezig waren o.a. voormalig ambasadeur van 

Japan en vertegenwoordigers van beide universiteiten. 

De avond begon met speeches van allerlei prominente 

aanwezigen en een japanse proost die ingezet werd door 

prof. Nagai. Nee, het proosten op z’n japans vergeten 

we nooit meer nadat we herhaaldelijk “Ganpei” heb- 

ben geroepen. Op verzoek van prof. Nagai en andere 

aanwezigen hebben we ook ons mooie verenigingslied 

laten klinken. Later op de avond leerden een paar BUEX 

gangers dat japanners van volle glazen houden dus als 

men geen dorst mee heeft moet je je glas niet steeds leeg 

drinken, vooral niet als het om sake gaat. Op donder- 

dagavond stond een diner met Elsevier science publis- 

hers op het programma. We hebben genoten van een 

‘japans met een westers tintje’-buffet en tevens vloeiden 

de alcoholische versnaperingen rijkelijk. Tijdens het 

diner werd gesproken over waar Elsevier science publis- 

hers zich mee bezig hield en wat er allemaal afspeelde in 

de kantoren van Elsevier in Japan. 

Na twee dagen waarin voornamelijk de universiteiten in 

de schijnwerpers stonden gingen we naar ons laatste be- 

drijvenbezoek, Taisho Omiya, een bedrijf vergelijkbaar 

met Unilever. Ze produceren van vitaminedrankjes tot 

aan tandpasta. Taisho liet ons zien dat Japan inderdaad 

voorliep wat betreft automatisering. Een afdeling had 

slecht 15 mensen als personeel en hun taak was toezicht 

houden dat alle processen, uitgevoerd door robotten 

en machines, goed verliep. Echter, merkten we al gauw 

dat Japan vele kanten had want voordat we het wisten 

stonden we in de middag in Omiya 

bonsaiboompjes te bekijken. Na de bonsaiboompjes 

brachten we nog een bezoek aan de Nederlandse am- 

basade in Tokyo en ’s avonds was het alweer tijd voor 

het traditionele einddiner gehouden in de Metropolitan 

hotel. Hier namen we tevens afscheid van onze begelei- 

ders nadat we ze hadden bedankt voor hun vele inzet 

want zonder hen zou ondergetekende, h.t. assessor II 

aescualpii en menig andere veel meer moeite hebben 

moeten doen voor de afgelopen reis. De reis zou zelfs 

onmogelijk zijn geweest zonder hulp van prof. Danhof, 

prof. Breimer en prof. Nagai. 

Nu alle “officiele” activiteiten afgelopen waren, was het 

tijd om het uitgaansleven in Tokyo te verkennen. 

Zo gingen we na het einddiner met z’n allen gehuld in 

ons BUEX-polo’s stappen in Ropongi, waar de meest 

trendy bars te vinden zijn. In Ropongi vertoefden we 

tot in de vroege uren zodat we meteen door konden 

gaan naar de beroemde Tsujiki fishmarket om 5 uur 

in de ochtend. Het geplande gezamelijke ontbijt op de 

vismarkt hebben de meesten niet meer gehaald want 

slaap stond bij de meesten toch hoger in het priori- 

teitenlijstje dan voedsel na een drukke week en een 

nacht zonder een oog dicht te hebben gedaan. 

Zaterdag en zondag ging ieder hun weg om Tokyo 

en omgeving te verkennen. Een delegatie Aesculapen 

hebben nog een ontmoeting gehad met studenten van 

een pharmaceutische studentenvereniging in Tokyo. 

Verder passeerden een baseball stadion, een rondreis 

door Tokyo en een ongeplande hike op de Takao 

mountain de revue. 

BUEX 2008 naar Tokyo is een leerzame en een onver- 

getelijke reis geweest. Voor velen van ons was het de 

eerste keer naar Japan en hopelijk niet de laatste... 

Rest mij alleen nog te zeggen, Vivat Crescat Floreat, 

„Aesculapius”. Assessoraat hoog! 

Ana Lee h.t. assessor I aesculapii 


Wat vindt jij leuk aan Origin? 

30 

Beste scholier, 


Zoals bekend is Origin een magazine van de Faculteit 

der Wiskunde en Natuurwetenschappen, gericht 

op de studenten en medewerkers van de opleidingen 

Bio- Farmaceutische Wetenschappen, Biologie, 

Molecular Science & Technology en Life Science & 

Technology. 

Origin wordt ook onder geïnteresseerde scholieren 

verspreid zodat zij kennis kunnen maken met de 

wondere en boeiende wereld die onze faculteit is. 

Origin is in de afgelopen jaren tot stand gekomen in 

samenwerking met het Platform Bèta Techniek, een 

organisatie die van de overheid de opdracht heeft 

gekregen om te zorgen voor voldoende kwalitatief 

goed opgeleide bèta’s en technici. Het Platform Bèta 

Techniek wil graag weten wat jij als scholier van 

Origin vindt. Op www.originmagazine.nl vind je 

een enquêteformulier met tien vragen en wij zouden 

het fi jn vinden wanneer je dit formulier zou willen 

invullen. 

Om het ook de moeite waard te maken verloten we 

een aantal prijzen onder de scholieren die de enquête 

invullen. De hoofdprijs is een ballonvaart met de 

luchtballon van de Universiteit Leiden en de Facul- 

teit der Wiskunde en Natuurwetenschappen voor 

twee personen. Daarnaast verloten we ook nog tien 

museumjaarkaarten. In Leiden alleen al kan je bij 

acht musea terecht, waaronder de Hortus Botanicus, 

Naturalis en Museum Boerhave. 

Het formulier moet wel voor 15 augustus 2008 

worden ingevuld. Wij beseffen dat er vaak gevraagd 

wordt om enquêtes of formulieren in te vullen dus we 

willen je alvast bedanken voor de moeite. 

De Originredactie

Agenda 

Vrijdag 8 augustus tot zondag 10 augustus 

Eerstejaarsweekend Studieverenigingen 

Maandag 11 augustus tot vrijdag 15 augustus 

EL CID-week 2008 

Onder het motto “Livin’ la Vida Leiden” worden de 

nieuwe eerstejaars wegwijs gemaakt in Leiden. 

Maandag 1 september 

Opening Academisch Jaar 

Plechtige opening van het academisch jaar 2008/2009 

Agenda 

in de Leidse Pieterskerk. 

Promoties 

Dinsdag 24 juni, 15.00 uur 

Promotie: E.L. Munteanu 

Titel: Dynamics and regulation at the tip: 

A high resolution view on the 

microtubule assembly 

Promotor: Prof.dr. M. Dogterom 

Woensdag 25 juni, 16.15 uur 

Promotie: O.M. Shir 

Titel: Nichting in derandomized evolution 

strategies and its applications in 

Promoties 

quantum control 

Promotor: Prof.dr. T.H.W. Bäck 

Maandag 1 september 

Eerstejaars Boekproject 

De eerstejaars van de opleidingen wiskunde, informa- 

tica, sterrenkunde, natuurkunde en biologie zijn uitge- 

nodigd om mee te doen aan het Eerstejaars Boekpro- 

ject. Zij lezen en bespreken het boek Tirza van Arnon 

Grunberg en zijn welkom in de Hooglandse Kerk om 

daar vragen te stellen aan de schrijver. 

Donderdag 26 juni, 13.45 uur 

Promotie: I. van der Sluijs 

Titel: Divergent mating preferences and 

nuptial coloration in sibling species 

of cichlid fish 

Promotor: Prof.dr. J.J.M. van Alphen 

Prof.dr. O. Seehausen 

Donderdag 26 juni, 15.00 uur 

Promotie: M.O. de Kok 

(Univ. Bern, Zwitserland) 

Titel: Broken Symmetries in Field Theory 

Promotor: Prof.dr. P.J. van Baal 

Prof.dr. J.W. van Holten (VU A’dam) 


Nieuwe geneesmiddelen ontdekken in Leiden. 

Nog steeds zijn er veel ernstige ziektes waar geen medicijn voor 

bestaat. Ontdekking van nieuwe geneesmiddelen is dan ook van 

groot belang. De uitdaging is om de snelheid waarmee nieuwe 

geneesmiddelen worden ontwikkeld terug te brengen en het aantal 

stoffen wat ook echt op de markt komt te verhogen. Daardoor 

worden geneesmiddelen goedkoper en beschikbaar voor iedereen. 

www.science.leidenuniv.nl 

Universiteit Leiden. Universiteit om te ontdekken.

nummer 4, juli 2008 - Faculteit der Wiskunde en ...

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?