Basispracticum Biologische Chemie - Biochemistry

Figuur 2.8
De overgangstoestand voor de
reversibele reductie van pyruvaat
door NADH
sentieel voor de katalyse.
Vraag 6
De pKa van het aminozuurresidue dat een proton zou kunnen leveren is
mogelijk te laag om bij pH waarde van 7.5 en hoger voldoende geprotoneerd
te zijn. Welk aminozuurresidu is in staat de pKa van het protonleverende
aminozuurresidue naar hogere waarden te verschuiven?
Vraag 7
Welke aminozuurresiduen zouden de overgangstoestand stabiliseren?
Anders gezegd welke aminozuurresiduen induceren een polarisatie in de
carbonylbinding van pyruvaat/oxamaat.
Vraag 8
Zijn er in de structuur apolaire aminozuurresiduen te vinden in het
bindingsoppervlak van NADH? Deze micro-omgeving van NADH op het
enzymoppervlak verklaart de toename van de NADH fluorescentie door
binding.
Vraag 9
Kunt je een verklaring geven voor de afname van de NADH fluorescentie
nadat oxamaat is gebonden aan het NADH-LDH complex? Zie het NADH
fluorescentie experiment. Tip: NADH is fluorescent en NAD + niet.
Slotopmerking
Door middel van de uitgevoerde opdrachten en het beantwoorden van de
vragen hopen we dat je gezien heeft hoe de aminozuurresiduen van een
eiwit specifieke interacties met het coenzym (cosubstraat) en het substraat
aangaan bij binding van genoemde moleculen. Door deze interactiemogelijkheden
is een eiwit in staat de reactanten als het ware specifiek te solvateren,
te omringen met aminozuurresiduen in plaats van watermoleculen.
Mede hierdoor worden de twee substraten op het enzymoppervlak zeer pre-
- 43 -