Basispracticum Biologische Chemie - Biochemistry

- Het werken met het Control panel: haal het Control panel te voorschijn
door op ‘Window’, ‘Control panel’ te klikken. Hierin staat de sequentie met
een aantal attributen. Let op: als je meerdere structuren in één scherm
hebt geladen, geeft de naam linksboven in het Control panel aan welke
structuur actief is. Als je op die naam klikt, krijg je een lijst met alle geladen
structuren en kun je een andere selecteren dan de actieve structuur.
Een vinkje in het hokje ‘visible’ onder de naam geeft aan of een structuur
zichtbaar is; door hierop te klikken kun je een structuur laten verdwijnen.
Je kunt aminozuren of andere residuen selecteren in de lijst door op de
naam te drukken met de linker muistoets. Een geselecteerd aminozuur
wordt rood weergegeven in de lijst. Met de ‘Ctrl’ of ‘Shift’ toets ingedrukt
kun je meerdere residuen selecteren.
- Het kleuren van een (deel van een) molecuul: a) klik op ‘Color’ en kies
een optie, bijv.: ‘by CPK’: deze optie kleurt op atoomtype (CPK-kleuren:
wit: C; blauw: N; rood: O; geel: S); ‘by layer’: hiermee kan je een verschillende
kleur aan twee over elkaar geprojecteerde moleculen geven. b)
voor het kleuren van een deel van een molecuul of een afzonderlijk
aminozuur/ cofactor: zoek de residuen die je wilt kleuren (bijv. NAD) op
in het Control panel (let op als je meerdere structuren geladen hebt dat
de goede structuur actief is), klik op het blokje achter de naam van het
residu. Op het scherm dat verschijnt kun je nu een kleur kiezen.
Om de kleurinstelling van een item ongedaan te maken, moet het item
worden geselecteerd en het kleurinstelwindow zonder selectie via het
indrukken van de enterknop worden afgesloten.
- Het maken van een Stick of CPK structuur: ‘Ball-and-Stick’ is niet mogelijk,
wel een ‘stick’ structuur. Klik op ‘Display’, ‘Use Open GL rendering’
en daarna nog eens op ‘Display’, ‘Render in solid 3D’. Beide opties zijn nu
‘aangevinkt’. ‘CPK’ (of ‘Van der Waals’) structuur kan worden weergegeven
door in het Control panel achter de naam van een residu met de linker
muisknop te klikken in de kolom gemerkt ‘::ν’. (dit werkt alleen als ‘Use
Open GL rendering’ en ‘Render in solid 3D’ geselecteerd zijn). Klikken met
de ‘Shift’ knop ingedrukt geeft alle residuen als CPK weer.
- Het verplaatsen/inzoomen/roteren van structuren op het scherm:
dit gebeurt met de tweede t/m vierde knop van de knoppenbalk. Hand:
verplaatsen; vierkant: in/uitzoomen; gebogen pijl (default): draaien. De
beweging wordt uitgevoerd door de muis te bewegen met de linker
muisknop ingedrukt (N.B.: de cursor moet zich bevinden in het scherm
waarin de afbeelding staat). Als je structuur ‘kwijt’ bent, klik dan op de
meest linkse knop in de knoppenbalk. De structuur verschijnt dan weer
midden op het scherm.
- Het identificeren van atomen: klik op de achtste knop van de knoppenbalk
(met plaatje ‘Leu 41 ?’). Klik vervolgens op een atoom in de structuur.
Je krijgt dan iets als ‘Met54CE’ op je scherm. Dit betekent dat je hebt geklikt
op het C-ε atoom van aminozuur 54, een methionine. Om de labels
weer te verwijderen: klik op ‘Display’, ‘Label kind’, ‘Clear user labels’.
- Het meten van afstanden tussen atomen: klik op de vijfde knop van de
- 39 -