Basispracticum Biologische Chemie - Biochemistry

ΔE = ΔE 0 - (RT/nF) x ln( [C].[D]/[A].[B]. [H + ]).
Dit is de wet van Nernst. Als je de [H + ]-term uit de logaritme haalt, de ln omzet
in een 10log (factor 2.3) en bij 20 °C werkt wordt de RT/nF ln term 0.0591/
n log. De Nernst formule wordt dan:
ΔE = ΔE 0 - 0.0591/n x log (1/[H + ]) - 0.0591/n x log( [C].[D]/[A].[B]).
De ΔE 0 geldt voor een [H + ] van 1 M dus pH = 0. In de biochemie worden de
standaard redox potentialen vaak bij pH = 7 gegeven. De H + -afhankelijke
term is dan in de E 0 verwerkt. Als er in een redox reactie één proton of meerdere
protonen (het aantal protonen = p) zijn betrokken dan beinvloedt de
pH de niet-concentratie term volgens de volgende formules
ΔE 0 - 0.0591/n x log (1/[H + ] p ). pH = -log[H + ].
ΔE 0 - 0.0591/n x p x pH
De concentratie onafhankelijke term van het redoxkoppel pyruvaat/lactaat
neemt 0.059 V per pH eenheid af (p = 2 en n=2) en dat van het redox koppel
NAD + /NADH 0.0295 V per pH eenheid (p = 1 en n=2). In de Excel sheet
die beschikbaar is via de internet site van dit vak (Blackboard of http://biochemistry.wur.nl/pbc/index.html)
worden de hierboven behandelde redox
reacties via berekeningen nader toegelicht. Voorts bevat de Excel sheet een
voorbeeldberekening van de vrije energie van de reactie. Deze kan gebruikt
worden om de experimentele data in te voeren van de door je bepaalde
evenwichtsconcentraties. De verkregen ΔG 0 kan dan vergeleken worden
met de theoretische ΔG 0 die uit de standaard redox potentialen volgt.
COMPUTER GRAPHICS VAN LDH (LDH-3)
Er wordt van uitgegaan dat je het theoretisch deel van deze proef heeft
bestudeerd. De onderstaande opdrachten moet je uitvoeren via het programma
“Swiss pdb Viewer” dat op de computers die op de practicumzaal
staan, aanwezig is. Indien je dit experiment nog eens wilt herhalen, kunt je
de benodigde files via de Internet site van dit practicum ophalen.
Hieronder staat een beknopte handleiding van de Swiss pdb Viewer waarin
wordt aangegeven hoe men de verschillende opdrachten kan uitvoeren. Na
de hand van de resultaten op het scherm bent je in staat de gestelde vragen
in het verslag te beantwoorden.
Het bekijken van de structuur van eiwitten met het programma Swissview
op de PC. Zorg ervoor dat het Control Panel aanwezig is. Dit kan
tevoorschijn geroepen worden via de tab ‘Window’ als er een pdb file is
geladen.
- Het op het scherm zetten van een structuur: klik op ‘File’, ‘Open PDBfile’.
De files met de structuren (extensie pdb) bevinden zich in de practicumcomputers
in de directory D:\practicum of elders. De moleculen
worden weergegeven als een draadstructuur gekleurd naar atoomtype.
- 38 -