01.05.2013 Views

Klik hier om die volledige joernaal in PDF-formaat af te laai - LitNet

Klik hier om die volledige joernaal in PDF-formaat af te laai - LitNet

Klik hier om die volledige joernaal in PDF-formaat af te laai - LitNet

SHOW MORE
SHOW LESS

Create successful ePaper yourself

Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.

ensieme gevolg deur<br />

PCR<br />

(MSRE-PCR) a<br />

Gek<strong>om</strong>b<strong>in</strong>eerde<br />

bisulfaat- en<br />

restriksie-ensiemanalise<br />

(COBRA) a<br />

Metiler<strong>in</strong>g-spesifieke<br />

hoë- resolusie-<br />

smeltkurwe-analise<br />

(MS-HRM) a<br />

Volgordebepal<strong>in</strong>g<br />

deur s<strong>in</strong><strong>te</strong>se<br />

(Pyrosequenc<strong>in</strong>g) a<br />

gemetileerde óf ongemetileerde<br />

C-nukleotiede. PCR sal <strong>die</strong><br />

produk slegs <strong>in</strong> <strong>die</strong> <strong>af</strong>wesigheid<br />

van splits<strong>in</strong>g amplifiseer.<br />

Natriumbisulfaat-<strong>om</strong>skakel<strong>in</strong>g<br />

word gevolg deur PCR wat <strong>die</strong><br />

hele volgorde van belang<br />

amplifiseer. Restriksie-ensieme<br />

word gebruik <strong>om</strong> by CpGd<strong>in</strong>ukleotiede<br />

<strong>te</strong> sny voordat<br />

densit<strong>om</strong>etrie gebruik word <strong>om</strong><br />

<strong>die</strong> hoeveelheid splits<strong>in</strong>g <strong>te</strong><br />

bepaal.<br />

Natriumbisulfaat-<strong>om</strong>skakel<strong>in</strong>g<br />

word gevolg deur kwantitatiewe<br />

PCR, waarna <strong>die</strong> smeltkurwes<br />

ontleed word deur hoë-resolusiesmeltkurwe-sag<strong>te</strong>ware.<br />

Sitosien<br />

bly behoue tydens <strong>om</strong>skakel<strong>in</strong>g<br />

<strong>in</strong><strong>die</strong>n gemetileerd. Meer<br />

sitosien-guanien-basis-pare<br />

smelt by ’n hoër <strong>te</strong>mperatuur.<br />

Natriumbisulfaat-<strong>om</strong>skakel<strong>in</strong>g<br />

gevolg deur volgordebepal<strong>in</strong>g<br />

gee <strong>die</strong> metiler<strong>in</strong>gsprofiel by ’n<br />

spesifieke CpG-d<strong>in</strong>ukleotied.<br />

a Algemene Engelse <strong>af</strong>kort<strong>in</strong>gs vir <strong>te</strong>gnieke.<br />

6.2 Histoonmodifikasies<br />

<strong>LitNet</strong> Akademies Jaargang 9(2), Augustus 2012<br />

tydbesparend. volgordes wat herken<br />

word deur <strong>die</strong><br />

restriksie-ensieme.<br />

Be<strong>te</strong>r<br />

sensitiwi<strong>te</strong>it<br />

<strong>in</strong><br />

vergelyk<strong>in</strong>g<br />

met ander<br />

restriksieensiem<strong>te</strong>gnieke.<br />

Sensitief en Duur.<br />

tydbesparend.<br />

In<strong>te</strong>nsiewe <strong>te</strong>gniek wat<br />

beperk is tot DNAvolgordes<br />

wat herken<br />

word deur <strong>die</strong><br />

restriksie-ensieme.<br />

Sensitief en Afhanklik van absolu<strong>te</strong><br />

tydbesparend. <strong>om</strong>skakel<strong>in</strong>g deur<br />

natriumbisulfaat.<br />

Kennis aangaande <strong>die</strong> histoonmodifikasies oor ’n spesifieke geen (of regulatoriese element)<br />

is noodsaaklik <strong>om</strong> <strong>die</strong> epigenetiese kon<strong>te</strong>ks rond<strong>om</strong> geenuitdrukk<strong>in</strong>g <strong>te</strong> verstaan. Chr<strong>om</strong>atienimmunopresipitasie<br />

(ChIP) word algemeen vir <strong>hier</strong><strong>die</strong> doel <strong>in</strong>gespan. Die standaard ChIPtoepass<strong>in</strong>g<br />

beg<strong>in</strong> met <strong>die</strong> isolasie van selkerne waarna kernpro<strong>te</strong>ïene geëkstraheer en kovalent<br />

aan DNA gekruiskoppel word (dikwels d.m.v. formaldehied). Ná kernlise word <strong>die</strong><br />

chr<strong>om</strong>atien gefragmen<strong>te</strong>er met sonikasie of ensiematiese ver<strong>te</strong>r<strong>in</strong>g en kor<strong>te</strong>r chr<strong>om</strong>atienfragmen<strong>te</strong><br />

word gepresipi<strong>te</strong>er deur ’n <strong>te</strong>enliggaam gerig <strong>te</strong>en <strong>die</strong> spesifieke<br />

histoonmodifikasie. Chr<strong>om</strong>atienfragmen<strong>te</strong> wat nie <strong>die</strong> betrokke modifikasie bevat nie, bly dus<br />

<strong>in</strong> oploss<strong>in</strong>g. Hierna word <strong>die</strong> DNA uit <strong>die</strong> presipitaat gesuiwer vir verdere analises. Die<br />

polimerase-kett<strong>in</strong>greaksie (PCR) en kwantitatiewe PCR (qPCR) kan gebruik word <strong>om</strong> <strong>te</strong><br />

bepaal of ’n spesifieke DNA-volgorde met <strong>die</strong> betrokke histoonmodifikasie geassosieer was<br />

(ChIP-PCR). Dit is eg<strong>te</strong>r ook moontlik <strong>om</strong> <strong>die</strong> assosiasie van ’n spesifieke<br />

histoonmodifikasie geno<strong>om</strong>-wyd vas <strong>te</strong> s<strong>te</strong>l deur <strong>die</strong> gesuiwerde DNA op ’n mikr<strong>om</strong>atriks <strong>te</strong><br />

hibridiseer (“ChIP-on-Chip”). Die mees moderne benader<strong>in</strong>g is eg<strong>te</strong>r <strong>om</strong> <strong>die</strong> gesuiwerde<br />

DNA se basisvolgorde <strong>te</strong> bepaal deur middel van volgordebepal<strong>in</strong>g deur s<strong>in</strong><strong>te</strong>se (“ChIP-<br />

Seq”). Deur <strong>die</strong> aanvanklike immunopresipitasie met <strong>te</strong>enliggame <strong>te</strong>en verskillende<br />

63

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!