01.05.2013 Views

Klik hier om die volledige joernaal in PDF-formaat af te laai - LitNet

Klik hier om die volledige joernaal in PDF-formaat af te laai - LitNet

Klik hier om die volledige joernaal in PDF-formaat af te laai - LitNet

SHOW MORE
SHOW LESS

Create successful ePaper yourself

Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.

6. Metodes vir <strong>die</strong> bestuder<strong>in</strong>g van epigenetika<br />

6.1 DNA-metiler<strong>in</strong>g<br />

<strong>LitNet</strong> Akademies Jaargang 9(2), Augustus 2012<br />

Dit is byna onmoontlik <strong>om</strong> DNA-metiler<strong>in</strong>g by ’n spesifieke lokus <strong>te</strong> bestudeer sonder<br />

voor<strong>af</strong>gaande metiler<strong>in</strong>g-<strong>af</strong>hanklike behandel<strong>in</strong>gs. Die drie basiese metiler<strong>in</strong>g-<strong>af</strong>hanklike<br />

behandel<strong>in</strong>gs sluit <strong>in</strong>: restriksie-ensieme, <strong>af</strong>f<strong>in</strong>i<strong>te</strong>itsverryk<strong>in</strong>g en natriumbisulfaat<strong>om</strong>skakel<strong>in</strong>g.<br />

’n Wye verskeidenheid molekulêre biologiese <strong>te</strong>gnieke, soos <strong>die</strong> polimerasekett<strong>in</strong>greaksie<br />

(PCR), hibridiser<strong>in</strong>g- en volgordebepal<strong>in</strong>gmetodes word gebruik <strong>om</strong> 5m Cnukleotiede<br />

op <strong>te</strong> spoor nadat <strong>die</strong> gen<strong>om</strong>iese DNA op een van bogenoemde maniere behandel<br />

is. Die k<strong>om</strong>b<strong>in</strong>asie van <strong>die</strong> verskillende voor<strong>af</strong>gaande behandel<strong>in</strong>gs en daaropvolgende<br />

analitiese <strong>te</strong>gnieke het daartoe gelei dat daar vandag ’n groot verskeidenheid <strong>te</strong>gnieke is <strong>om</strong><br />

<strong>hier</strong><strong>die</strong> epigenetiese modifikasie <strong>te</strong> bestudeer (Laird 2010). Die meerderheid van <strong>hier</strong><strong>die</strong><br />

<strong>te</strong>gnieke is gemik op <strong>die</strong> bestuder<strong>in</strong>g van metiler<strong>in</strong>g op geno<strong>om</strong>-wye en lokus-spesifieke<br />

vlak. Natriumbisulfaat-<strong>om</strong>skakel<strong>in</strong>g gevolg deur volgordebepal<strong>in</strong>g is <strong>die</strong> norm en alle<br />

metiler<strong>in</strong>gspatrone behoort met <strong>hier</strong><strong>die</strong> behandel<strong>in</strong>g bevestig <strong>te</strong> word (Laird 2010).<br />

Natriumbisulfaat-behandel<strong>in</strong>g verander alle ongemetileerde sitosienbasisse na tiamien en<br />

sodoende kan metiler<strong>in</strong>g by spesifieke CpG-d<strong>in</strong>ukleotiede opgespoor word en gekwantifiseer<br />

word deur ’n volgordebepaler.<br />

Tegnieke wat gebruik maak van <strong>die</strong> polimerase-kett<strong>in</strong>greaksiemetode kan verder <strong>in</strong> twee<br />

subklasse verdeel word op grond van <strong>die</strong> <strong>in</strong>leier wat gebruik word. Die een groep gebruik<br />

<strong>in</strong>leiers wat spesifiek gemetileerde (of ongemetileerde) <strong>te</strong>mpla<strong>te</strong> amplifiseer, byvoorbeeld<br />

metiler<strong>in</strong>g-spesifieke PCR (MSP). Die tweede groep gebruik <strong>in</strong>leiers wat <strong>die</strong> <strong>te</strong>mplaat sal<br />

amplifiseer ongeag <strong>die</strong> metiler<strong>in</strong>gsprofiel, byvoorbeeld natriumbisulfaat-volgordebepal<strong>in</strong>g,<br />

restriksie-ensiem-ver<strong>te</strong>r<strong>in</strong>g en smeltkurwe-analises. Tabel 4 gee ’n oorsig van <strong>die</strong> mees<br />

algemene <strong>te</strong>gnieke vir <strong>die</strong> bestuder<strong>in</strong>g van DNA-metiler<strong>in</strong>g.<br />

Tabel 4. Metodes vir <strong>die</strong> bestuder<strong>in</strong>g van DNA-metiler<strong>in</strong>g<br />

Tegniek Beg<strong>in</strong>sel Voordele Nadele<br />

Metiler<strong>in</strong>gsensitiewe<br />

enkelstr<strong>in</strong>g-<br />

konformasie-analise<br />

(MS-SSCA) a<br />

Gemetileerde DNA-<br />

immunopresipitasie<br />

gekoppel aan DNAmikr<strong>om</strong>atriks<br />

(MeDIP- Chip) a<br />

Metiler<strong>in</strong>gsensitiewe<br />

restriksie-<br />

Natriumbisulfaat-behandel<strong>in</strong>g<br />

verander <strong>die</strong> primêre en so <strong>die</strong><br />

sekondêre struktuur van<br />

enkelstr<strong>in</strong>g-DNA.<br />

Metiler<strong>in</strong>gsdigtheid word bepaal<br />

deur veranderde mobili<strong>te</strong>it<br />

gedurende elektroforese.<br />

Gebruik <strong>te</strong>enliggame gerig <strong>te</strong>en<br />

5mC gevolg deur<br />

immunopresipitasie en<br />

hibridiser<strong>in</strong>g op ’n DNAmikr<strong>om</strong>atriks.<br />

Restriksie-ensieme word gebruik<br />

<strong>om</strong> <strong>die</strong> DNA <strong>te</strong> sny by<br />

Ekon<strong>om</strong>ies<br />

en sensitief<br />

by hoër<br />

persentasies<br />

metiler<strong>in</strong>g.<br />

On<strong>af</strong>hanklik<br />

van bisulfaat<strong>om</strong>skakel<strong>in</strong>g<br />

en ideaal vir<br />

geno<strong>om</strong>-wye<br />

analises.<br />

Ekon<strong>om</strong>ies<br />

en<br />

Lae sensitiwi<strong>te</strong>it by<br />

laer<br />

metiler<strong>in</strong>gsdigthede.<br />

Onvoltooide bisulfaat<strong>om</strong>skakel<strong>in</strong>g<br />

kan vals<br />

negatiewe resulta<strong>te</strong><br />

lewer.<br />

Duur.<br />

Metiler<strong>in</strong>gstu<strong>die</strong>s is<br />

beperk tot DNA-<br />

62

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!