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实 用 生 物 信 息 技 术 期 末 交 流
Mega 构 建 系 统 发 育 树 实 例 介 绍
—— 细 菌 16s rRNA 基 因 序 列 分 析
G17
龚 志 婷 方 程 郑 维 豪 马 琳

主 要 内 容
1. Mega 及 Mega 构 建 系 统 发 育 树 简 介
2. 细 菌 16s rRNA 基 因 序 列 分 析 简 介
3. 构 建 系 统 发 育 树 所 用 序 列 的 获 得
4. 用 Mega 构 建 系 统 发 育 树 的 方 法
5. 系 统 发 育 树 构 建 后 的 修 饰
6. 总 结

1. Mega 及 Mega 构 建 系 统 发 育 树 简 介
MEGA——Molecular Evolutionary Genetics Analysis
主 要 功 能 : 系 统 发 育 树 的 构 建
辅 助 功 能 : 序 列 比 对 、 估 算 进 化 距 离 、 氨 基 酸 组 成 比 例 差 异
分 析

系 统 发 育 树

细 菌 16s rRNA 基 因 序 列 分 析 简 介
16s rRNA:
是 细 菌 染 色 体 上 编 码 rRNA 相 对 应 的 DNA 序 列 , 存 在
于 所 有 细 菌 的 染 色 体 基 因 组 中 。
特 点 : 种 类 少
含 量 大
分 子 大 小 适 中
进 化 缓 慢

主 要 用 途 及 实 现 路 径
菌 种 鉴 定
细 菌 进 化 位 置 确 定
环 境 内 细 菌 多 样 性 分 析
数 据 库 检 索
聚 类 分 析
系 统 发 育 分 析
系 统 发 育 树 构 建

3. 构 建 系 统 发 育 树 所 用 序 列 的 获 得
1) 测 序 数 据 获 得 及 校 正
2)blast 分 析 查 找 初 步 鉴 定
3) 外 群 的 选 择

1) 测 序 数 据 获 得 及 校 正
用 SeqMan 进 行 序 列
拼 接 , 并 对 两 端 有 差
异 的 序 列 进 行 校 正
去 除 开 头 和 末 尾 可
靠 度 低 的 数 据
校 正 好 的 序 列 保 存 为 TXT 格 式

2)blast 分 析 查 找 初 步 鉴 定
选 择 相 似 度 最 为 接 近 的 序 列 , 一 般 认 为 相 似 度 高 于 97% 即 有 可 能 为 同 种 ,
并 查 看 这 些 序 列 下 载 , 选 择 最 为 可 能 的 2-5 条 序 列 一 起 建 树 。

3) 外 群 的 选 择
外 群 的 选 择 在 课 上 已 经 讲 过 就 不 在 强 调 。
如 本 研 究 所 获 得 菌 株 均 来 自 于 温 泉 , 故 选 择 了
一 个 与 之 相 近 , 又 不 同 的 嗜 热 古 菌 ( Sulfolobus )
为 外 群 。

将 以 上 校 正 后 的 序 列 ,blast 获 得 序 列 , 外 群
都 存 于 一 个 TET 文 件 中 , 用 于 MEGA 建 树 。

4. 用 Mega 构 建 系 统 发 育 树 的 方 法

5. 系 统 发 育 树 构 建 后 的 修 饰
首 先 可 以 通 过 来 对 所 建 树 进 行 修 改 , 然 后 点 击 Image 选 择 以 EMF 格
式 保 存 文 件

52
98
56
98
99 bacillus licheniformis/AE01733
99 TC124
bacillus sp.3560BRRJ/JF309230.
95 TC91
Geobacillus pallidus|AB543491.
100 TC175
Geobacillus sp.A83/DQ642087.1/
100 Geobacillus sp.SY-14/EF077219.
Aneurinibacillus sp.D2/FJ26895
Brevibacillus sp.UA4 2011 /HQ6
Brevibacillus thermoruber/AB48
99
99
100
99
Pseudomonas sp.PG5/JF345177.1/
TC156
Pseudomonas putida/HM446003.1/
TC154
Sulfolobus acidocaldarius|D14876.1|
0.05
点 击 右 键 , 编 辑 图 片 , 然 后 安 装 要 求 更 改 字 体 格 式 ( 种 名 斜 体 ,
序 列 号 及 菌 株 编 号 正 体 加 粗 )

56
98
98
52
99 bacillus licheniformis(AE01733)
99 TC124
bacillus sp.3560BRRJ(JF309230)
95
TC91
Geobacillus pallidus(AB543491).
100
TC175
Geobacillus sp.A83(DQ642087)
100 Geobacillus sp.SY-14(EF077219)
Aneurinibacillus sp.D2(FJ26895)
Brevibacillus sp.UA4 2011 (HQ601005)
99 Brevibacillus thermoruber (AB757752)
99 Pseudomonas sp.PG5(JF345177)
TC156
100 Pseudomonas putida(HM446003)
99
TC154
Sulfolobus acidocaldarius(D14876)
0.05

6. 总 结
序 列 的 获 取
序 列 聚 类 分 析
构 建 系 统 发 育 树
建 树 后 调 试
及 格 式 设 定

谢 谢 !