实用生物信息技术期末交流 - abc
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实 用 生 物 信 息 技 术 期 末 交 流<br />
Mega 构 建 系 统 发 育 树 实 例 介 绍<br />
—— 细 菌 16s rRNA 基 因 序 列 分 析<br />
G17<br />
龚 志 婷 方 程 郑 维 豪 马 琳
主 要 内 容<br />
1. Mega 及 Mega 构 建 系 统 发 育 树 简 介<br />
2. 细 菌 16s rRNA 基 因 序 列 分 析 简 介<br />
3. 构 建 系 统 发 育 树 所 用 序 列 的 获 得<br />
4. 用 Mega 构 建 系 统 发 育 树 的 方 法<br />
5. 系 统 发 育 树 构 建 后 的 修 饰<br />
6. 总 结
1. Mega 及 Mega 构 建 系 统 发 育 树 简 介<br />
MEGA——Molecular Evolutionary Genetics Analysis<br />
主 要 功 能 : 系 统 发 育 树 的 构 建<br />
辅 助 功 能 : 序 列 比 对 、 估 算 进 化 距 离 、 氨 基 酸 组 成 比 例 差 异<br />
分 析
系 统 发 育 树
细 菌 16s rRNA 基 因 序 列 分 析 简 介<br />
16s rRNA:<br />
是 细 菌 染 色 体 上 编 码 rRNA 相 对 应 的 DNA 序 列 , 存 在<br />
于 所 有 细 菌 的 染 色 体 基 因 组 中 。<br />
特 点 : 种 类 少<br />
含 量 大<br />
分 子 大 小 适 中<br />
进 化 缓 慢
主 要 用 途 及 实 现 路 径<br />
菌 种 鉴 定<br />
细 菌 进 化 位 置 确 定<br />
环 境 内 细 菌 多 样 性 分 析<br />
数 据 库 检 索<br />
聚 类 分 析<br />
系 统 发 育 分 析<br />
系 统 发 育 树 构 建
3. 构 建 系 统 发 育 树 所 用 序 列 的 获 得<br />
1) 测 序 数 据 获 得 及 校 正<br />
2)blast 分 析 查 找 初 步 鉴 定<br />
3) 外 群 的 选 择
1) 测 序 数 据 获 得 及 校 正<br />
用 SeqMan 进 行 序 列<br />
拼 接 , 并 对 两 端 有 差<br />
异 的 序 列 进 行 校 正<br />
去 除 开 头 和 末 尾 可<br />
靠 度 低 的 数 据<br />
校 正 好 的 序 列 保 存 为 TXT 格 式
2)blast 分 析 查 找 初 步 鉴 定<br />
选 择 相 似 度 最 为 接 近 的 序 列 , 一 般 认 为 相 似 度 高 于 97% 即 有 可 能 为 同 种 ,<br />
并 查 看 这 些 序 列 下 载 , 选 择 最 为 可 能 的 2-5 条 序 列 一 起 建 树 。
3) 外 群 的 选 择<br />
外 群 的 选 择 在 课 上 已 经 讲 过 就 不 在 强 调 。<br />
如 本 研 究 所 获 得 菌 株 均 来 自 于 温 泉 , 故 选 择 了<br />
一 个 与 之 相 近 , 又 不 同 的 嗜 热 古 菌 ( Sulfolobus )<br />
为 外 群 。
将 以 上 校 正 后 的 序 列 ,blast 获 得 序 列 , 外 群<br />
都 存 于 一 个 TET 文 件 中 , 用 于 MEGA 建 树 。
4. 用 Mega 构 建 系 统 发 育 树 的 方 法
5. 系 统 发 育 树 构 建 后 的 修 饰<br />
首 先 可 以 通 过 来 对 所 建 树 进 行 修 改 , 然 后 点 击 Image 选 择 以 EMF 格<br />
式 保 存 文 件
52<br />
98<br />
56<br />
98<br />
99 bacillus licheniformis/AE01733<br />
99 TC124<br />
bacillus sp.3560BRRJ/JF309230.<br />
95 TC91<br />
Geobacillus pallidus|AB543491.<br />
100 TC175<br />
Geobacillus sp.A83/DQ642087.1/<br />
100 Geobacillus sp.SY-14/EF077219.<br />
Aneurinibacillus sp.D2/FJ26895<br />
Brevibacillus sp.UA4 2011 /HQ6<br />
Brevibacillus thermoruber/AB48<br />
99<br />
99<br />
100<br />
99<br />
Pseudomonas sp.PG5/JF345177.1/<br />
TC156<br />
Pseudomonas putida/HM446003.1/<br />
TC154<br />
Sulfolobus acidocaldarius|D14876.1|<br />
0.05<br />
点 击 右 键 , 编 辑 图 片 , 然 后 安 装 要 求 更 改 字 体 格 式 ( 种 名 斜 体 ,<br />
序 列 号 及 菌 株 编 号 正 体 加 粗 )
56<br />
98<br />
98<br />
52<br />
99 bacillus licheniformis(AE01733)<br />
99 TC124<br />
bacillus sp.3560BRRJ(JF309230)<br />
95<br />
TC91<br />
Geobacillus pallidus(AB543491).<br />
100<br />
TC175<br />
Geobacillus sp.A83(DQ642087)<br />
100 Geobacillus sp.SY-14(EF077219)<br />
Aneurinibacillus sp.D2(FJ26895)<br />
Brevibacillus sp.UA4 2011 (HQ601005)<br />
99 Brevibacillus thermoruber (AB757752)<br />
99 Pseudomonas sp.PG5(JF345177)<br />
TC156<br />
100 Pseudomonas putida(HM446003)<br />
99<br />
TC154<br />
Sulfolobus acidocaldarius(D14876)<br />
0.05
6. 总 结<br />
序 列 的 获 取<br />
序 列 聚 类 分 析<br />
构 建 系 统 发 育 树<br />
建 树 后 调 试<br />
及 格 式 设 定
谢 谢 !