2010_Petras_SINxSPS.pdf
2010_Petras_SINxSPS.pdf 2010_Petras_SINxSPS.pdf
2 Konzultační den NRL pro stafylokoky, SZÚ Praha, 3.11.2010 GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ Staphylococcus intermedius jako Staphylococcus pseudintermedius Pavel Švec 1, Roman Pantůček 2, Petr Petráš 3 1 Česká sbírka mikroorganismů, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Brno Katedra genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Brno 3 SZÚ - CLČ -OML -OBRaSBI . 1
- Page 2 and 3: Staphylococcus intermedius (SIN) by
- Page 4 and 5: FENOTYPOVÉ KMENŮ ODLIŠENÍ Staph
- Page 6 and 7: VÝSLEDKY NRL pro stafylokoky 1998
- Page 8 and 9: IJSEM 2005; 55(4 July): 1569-1573 4
- Page 10 and 11: RNDr. Pavel Švec, Ph.D. Česká sb
- Page 12 and 13: RNDr. Pavel Švec, Ph.D.; CCM Brno
- Page 14 and 15: PRVNÍ SOUBOR KMENŮ srpen 2010 SIN
- Page 16 and 17: doc. RNDr. Roman Pantůček, CSc. K
- Page 18 and 19: DRUHÝ SOUBOR KMENŮ září 2010 S
- Page 20 and 21: TŘETÍ SOUBOR KMENŮ září 2010
- Page 22 and 23: SHLUKOVÁ vrchní ANALÝZA VÝSLEDK
- Page 24 and 25: V CCM byly metodě podrobeny i 3 km
- Page 26: GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ St
2<br />
Konzultační<br />
den NRL pro stafylokoky, SZÚ<br />
Praha, 3.11.<strong>2010</strong><br />
GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ<br />
Staphylococcus intermedius jako<br />
Staphylococcus pseudintermedius<br />
Pavel Švec 1, Roman Pantůček 2, Petr Petráš 3<br />
1 Česká sbírka mikroorganismů, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Brno<br />
Katedra genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Brno<br />
3 SZÚ - CLČ -OML -OBRaSBI<br />
.<br />
1
Staphylococcus intermedius<br />
(SIN)<br />
byl popsán r. 1976 prof. Václavem Hájkem z Lékařské<br />
fakulty Univerzity Palackého v Olomouci, který byl<br />
do června 1991 vedoucím NRL pro stafylokoky.<br />
2
Staphylococcus intermedius<br />
Byl to druhý koaguláza-pozitivní<br />
Nachází<br />
savců<br />
(SIN)<br />
stafylokok.<br />
se nejčastěji u psů, ale i koček, koní<br />
a dalších<br />
i ptáků. Je přítomen bezpříznakově, ale může<br />
být příčinou infekčních onemocnění.<br />
Vzácně<br />
se může vyskytnout jako agens u člověka,<br />
většinou ve spojení<br />
se zvířetem (psí<br />
kousnutí, ad.)<br />
3
FENOTYPOVÉ<br />
KMENŮ<br />
ODLIŠENÍ<br />
Staphylococcus intermedius<br />
KOAGULÁZAPOZITIVNÍCH<br />
x S. aureus<br />
Charakteristika S. intermedius S. aureus<br />
pigment – + (–)<br />
hemolyzin beta-hemolyzin alfa (delta, –, beta)<br />
volná<br />
koaguláza –/+ –/ + + / + / +<br />
clumping-faktor d (obvykle –) +<br />
hyaluronidáza – +<br />
PYRtest + –<br />
4
VÝSLEDKY NRL pro stafylokoky 1998 -<br />
IDENTIFIKACE 3815 KMENŮ<br />
Z KLINICKÉHO MATERIÁLU<br />
4<br />
S.hominis subsp.<br />
novobiosepticus 10,1 %<br />
nejčastější<br />
:<br />
73,8 %<br />
S.hominis subsp.<br />
hominis 11,6 %<br />
2009<br />
non S. aureus<br />
S.epidermidis<br />
30,4 %<br />
S.haemolyticus<br />
21,7 %<br />
5
VÝSLEDKY NRL pro stafylokoky 1998 -<br />
IDENTIFIKACE 3815 KMENŮ<br />
Z KLINICKÉHO MATERIÁLU<br />
4 + 8 = 12<br />
ostatní (21 druhů) 7,1 %<br />
S. xyl osus<br />
S.intermedius<br />
S.ca pi ti s s. ur eol yti cus<br />
S. simulans<br />
S. sci ur i sp.<br />
S.lugdunensis<br />
S.warneri<br />
S. sap. s. saprophyticus<br />
S.hominis s.<br />
novobiosepticus<br />
nejčastějších :<br />
S.hominis s. hominis<br />
2009<br />
non S. aureus<br />
92,9 %<br />
S.epidermidis<br />
S.haemolyticus<br />
6
VÝSLEDKY NRL pro stafylokoky 1998 -<br />
IDENTIFIKACE 3815 KMENŮ<br />
Z KLINICKÉHO MATERIÁLU<br />
2009<br />
non S. aureus<br />
11. nejčastější: S.intermedius: 59 kmenů<br />
S.intermedius<br />
1,5 %<br />
ostatní (21 druhů) 7,1 %<br />
S. xyl osus<br />
S.capitis s. ureolyticus<br />
S. simulans<br />
S. sci ur i sp.<br />
S.lugdunensis<br />
S.warneri<br />
S. sap. s. saprophyticus<br />
S.hominis s.<br />
novobiosepticus<br />
S.hominis s. hominis<br />
S.epidermidis<br />
1,5 %<br />
S.haemolyticus<br />
7
IJSEM 2005; 55(4 July): 1569–1573<br />
48.<br />
S. pseudintermedius<br />
4 kmeny izolovány z klinického veter.<br />
materiálu (kočka, pes, kůň, papoušek)<br />
„pseud“<br />
= falešný S. intermedius<br />
Luc A. Devriese, M.Vancaneyet, M. Baele, et al. Gent, Belgie<br />
fenotypově<br />
prakticky shodné<br />
s S. intermedius<br />
včetně produkce sfingomyelinázy,<br />
beta-hemolyzinu, s pozitivním CAMPtestem a „cold“ efektem.<br />
8
IJSEM 2005; 55(4 July): 1569–1573<br />
48.<br />
S. pseudintermedius<br />
fenotypově<br />
prakticky shodné<br />
s kmeny S. intermedius<br />
Charakteristika S. intermedius S. pseudintermedius<br />
clumping-faktor d (obvykle –) –<br />
Voges-Proskauer test<br />
(produkce acetoinu)<br />
–/w +<br />
maltóza –/w +<br />
9
RNDr. Pavel Švec, Ph.D.<br />
Česká<br />
sbírka mikroorganismů<br />
Ústav experimentální<br />
Identifikace bakterií<br />
CCM<br />
biologie, PřF MU, Brno<br />
metodou<br />
rep-PCR s primerem (GTG)5<br />
rep-PCR metody<br />
PCR produktů<br />
Na lodi v Atlantickém oceánu<br />
jsou založeny na shlukové<br />
analýze<br />
získanými s primery komplementárními<br />
k rozptýleným repetitivním sekvencím.
RNDr. Pavel Švec, Ph.D.; CCM Brno<br />
Rozptýlené repetitivní sekvence (Interspersed<br />
Repetitive Sequences) < 500 bp, nekódující, rozšířeny<br />
v genomech prokaryot v různé orientaci a poloze.<br />
V bakteriální taxonomii nejčastěji využívané primery<br />
ERIC (enterobacterial repetitive intergenic<br />
consensus),<br />
REP (repetitive extragenic palindromic sequence)<br />
BOX a<br />
(GTG)5 - popsán původně u Salmonella spp., Shigella<br />
spp.,<br />
primer: 5'-GTG GTG GTG GTG GTG-3'<br />
11
RNDr. Pavel Švec, Ph.D.; CCM Brno<br />
genomová DNA<br />
PCR reakce<br />
shluková analýza<br />
PCR produkty o velikostech 200 až 5000 bp<br />
(4-5 kb limit Taq polymerázy)<br />
HC21<br />
HC22<br />
HC6<br />
HC10<br />
IR13<br />
IR21<br />
IR23<br />
IR26<br />
IR12<br />
IR20<br />
IR25<br />
gelová ELFO<br />
12
RNDr. Pavel Švec, Ph.D.; CCM Brno<br />
Výhody rep-PCR:<br />
dobrá diskriminační schopnost - druhově až kmenově<br />
specifická<br />
dobrá reprodukovatelnost - nutná optimalizace a<br />
standardizace<br />
jednoduché provedení, časová nenáročnost a<br />
rychlost, nízká cena<br />
Nevýhody rep-PCR:<br />
velký vliv metodiky provedení na výsledný profil -><br />
problematická mezilaboratorní<br />
reprodukovatelnost a přenositelnost výsledků<br />
vliv metody izolace DNA, použitého termocykleru, …<br />
13
PRVNÍ<br />
SOUBOR KMENŮ<br />
srpen <strong>2010</strong><br />
SIN PRO rep-PCR<br />
Č. č. NRL DRUH MATERIÁL BAKTERIOLOG LOKALITA HEMOLYZIN poznámka<br />
1 93/0601 SIN rána Lambe<br />
Johnson City,<br />
USA<br />
2 93/0896 SIN pes Hájek Olomouc β<br />
3 94/0455 SIN pes Hásková Hořovice β<br />
4 94/0489 SIN pes Petráš Praha α, β<br />
5 02/179 SIN krev Horová Bulovka −<br />
6 02/438 SIN rána Balejová Č. Budějovice β<br />
7 03/131 SIN moč Šimečková Strakonice α, β<br />
8 03/464 SIN potkan Černá SZÚ, Praha β<br />
9 05/902 SIN liquor Knotková Martin, SK β<br />
10 06/526 SIN pes Rousková Benešov β<br />
11 09/493 SIN rána Jurčová Uherské Hradiště −<br />
β<br />
14
PRVNÍ<br />
SOUBOR KMENŮ<br />
srpen <strong>2010</strong><br />
SIN PRO rep-PCR<br />
Č. č. NRL DRUH MATERIÁL BAKTERIOLOG LOKALITA HEMOLYZIN VÝSLEDEK rep-PCR<br />
1 93/0601 SIN rána Lambe<br />
Johnson City,<br />
USA<br />
β S. pseudintermedius<br />
2 93/0896 SIN pes Hájek Olomouc β S. pseudintermedius<br />
3 94/0455 SIN pes Hásková Hořovice β S. pseudintermedius<br />
4 94/0489 SIN pes Petráš Praha α, β S. pseudintermedius<br />
5 02/179 SIN krev Horová Bulovka − S. pseudintermedius<br />
6 02/438 SIN rána Balejová Č. Budějovice β S. pseudintermedius<br />
7 03/131 SIN moč Šimečková Strakonice α, β S. pseudintermedius<br />
8 03/464 SIN potkan Černá SZÚ, Praha β ??<br />
9 05/902 SIN liquor Knotková Martin, SK β S. pseudintermedius<br />
10 06/526 SIN pes Rousková Benešov β S. pseudintermedius<br />
11 09/493 SIN rána Jurčová<br />
Uherské<br />
Hradiště<br />
15<br />
− S. pseudintermedius
doc. RNDr. Roman Pantůček, CSc.<br />
Katedra genetiky a molekulární<br />
Ústav experimentální<br />
rpoB sekvenace<br />
doc. Pantůček<br />
bude podrobně<br />
biologie,<br />
biologie, PřF MU, Brno<br />
hovořit ve své<br />
„Identifikace stafylokoků<br />
sekvenace“<br />
přednášce<br />
prostřednictvím<br />
I touto metodou byla u všech 10 kmenů, které<br />
rep-PCR jako Staphylococcus pseudintermedius<br />
tato identifikace potvrzena.<br />
Na lodi v Tichém oceánu<br />
vyšly pomocí<br />
16
DRUHÝ SOUBOR KMENŮ<br />
září<br />
<strong>2010</strong><br />
SIN PRO rep-PCR<br />
Č. č. NRL DRUH MATERIÁL BAKTERIOLOG LOKALITA HEMOLYZIN<br />
12 93/892 SIN kůže Hájek Olomouc β<br />
13 94/085 SIN pes Petráš Praha β<br />
14 94/441 SIN krk Petráš Praha β<br />
15 94/822 SIN<br />
kožní<br />
defekt<br />
Eliášová Č. Budějovice β<br />
16 94/921 SIN kůže Petráš Praha β<br />
17 00/227 SIN rána Audesová Plzeň β<br />
18 00/470 SIN rána (pes) Ježek Příbram −<br />
19 00/621 SIN krev Votava Brno β<br />
20 00/892 SIN rána Ježek Příbram −<br />
21 00/984 SIN rána (pes) Ježek Příbram β<br />
22 01/719 SIN stěr z vředu Ježek Příbram β<br />
23 01/777 SIN ucho Pivoňka Plzeň β<br />
24 01/824 SIN vřed Ježek Příbram β<br />
25 01/900 SIN vřed Fryštátská Příbram β<br />
17
DRUHÝ SOUBOR KMENŮ<br />
září<br />
<strong>2010</strong><br />
SIN PRO rep-PCR<br />
Č. č. NRL DRUH MATERIÁL BAKTERIOLOG LOKALITA HEMOLYZIN VÝSLEDEK rep-PCR<br />
12 93/892 SIN kůže Hájek Olomouc β S. pseudintermedius<br />
13 94/085 SIN pes Petráš Praha β S. pseudintermedius<br />
14 94/441 SIN krk Petráš Praha β S. pseudintermedius<br />
15 94/822 SIN<br />
kožní<br />
defekt<br />
Eliášová Č. Budějovice β S. pseudintermedius<br />
16 94/921 SIN kůže Petráš Praha β S. pseudintermedius<br />
17 00/227 SIN rána Audesová Plzeň β S. pseudintermedius<br />
18 00/470 SIN rána (pes) Ježek Příbram − S. pseudintermedius<br />
19 00/621 SIN krev Votava Brno β S. pseudintermedius<br />
20 00/892 SIN rána Ježek Příbram − S. pseudintermedius<br />
21 00/984 SIN rána (pes) Ježek Příbram β S. pseudintermedius<br />
22 01/719 SIN stěr z vředu Ježek Příbram β S. pseudintermedius<br />
23 01/777 SIN ucho Pivoňka Plzeň β S. pseudintermedius<br />
24 01/824 SIN vřed Ježek Příbram β S. pseudintermedius<br />
18<br />
25 01/900 SIN vřed Fryštátská Příbram β S. pseudintermedius
TŘETÍ<br />
SOUBOR KMENŮ<br />
září<br />
<strong>2010</strong><br />
SIN PRO rep-PCR<br />
Č. č. NRL DRUH MATERIÁL BAKTERIOLOG LOKALITA HEMOLYZIN<br />
26 02/013 SIN<br />
ložisko<br />
brada<br />
Šimečková Strakonice β<br />
27 02/139 SIN vřed Ježek Příbram β<br />
28 02/172 SIN zvukovod Šimečková Strakonice β<br />
29 02/218 SIN absces Šimečková Strakonice β<br />
30 02/264 SIN píštěl Balejová Č.Budějovice β<br />
31 02/423 SIN furunkl Balejová Č.Budějovice β<br />
32 02/589 SIN píštěl Prokůpková Kladno β<br />
33 02/682 SIN<br />
kožní<br />
defekt<br />
Šimečková Strakonice β<br />
34 02/718 SIN vřed Ježek Příbram β<br />
35 03/033 SIN<br />
kožní<br />
defekt<br />
Šimečková Strakonice β<br />
36 03/087 SIN spojivka Havlová Duchcov δ<br />
37 03/215 SIN rána Balejová Č.Budějovice β<br />
38 03/378 SIN rána Eliášová Č.Budějovice β<br />
19
TŘETÍ<br />
SOUBOR KMENŮ<br />
září<br />
<strong>2010</strong><br />
SIN PRO rep-PCR<br />
Č. č. NRL DRUH MATERIÁL BAKTERIOLOG LOKALITA HEMOLYZIN VÝSLEDEK rep-PCR<br />
26 02/013 SIN<br />
ložisko<br />
brada<br />
Šimečková Strakonice β S. pseudintermedius<br />
27 02/139 SIN vřed Ježek Příbram β S. pseudintermedius<br />
28 02/172 SIN zvukovod Šimečková Strakonice β S. pseudintermedius<br />
29 02/218 SIN absces Šimečková Strakonice β S. pseudintermedius<br />
30 02/264 SIN píštěl Balejová Č.Budějovice β S. pseudintermedius<br />
31 02/423 SIN furunkl Balejová Č.Budějovice β S. pseudintermedius<br />
32 02/589 SIN píštěl Prokůpková Kladno β S. pseudintermedius<br />
33 02/682 SIN<br />
kožní<br />
defekt<br />
Šimečková Strakonice β S. pseudintermedius<br />
34 02/718 SIN vřed Ježek Příbram β S. pseudintermedius<br />
35 03/033 SIN<br />
kožní<br />
defekt<br />
Šimečková Strakonice β S. pseudintermedius<br />
36 03/087 SIN spojivka Havlová Duchcov δ S. intermedius<br />
37 03/215 SIN rána Balejová Č.Budějovice β S. pseudintermedius<br />
38 03/378 SIN rána Eliášová Č.Budějovice β S. pseudintermedius<br />
20
SHLUKOVÁ<br />
ANALÝZA VÝSLEDKŮ<br />
rep-PCR<br />
21
SHLUKOVÁ<br />
vrchní<br />
ANALÝZA VÝSLEDKŮ<br />
část dendrogramu<br />
rep-PCR<br />
22
SHLUKOVÁ<br />
spodní<br />
ANALÝZA VÝSLEDKŮ<br />
část dendrogramu<br />
rep-PCR<br />
03/087<br />
23
V CCM byly metodě<br />
podrobeny i<br />
3 kmeny S. intermedius z jedné<br />
sbírky.<br />
VÝSLEDEK:<br />
rep-PCR s primerem (GTG)5<br />
renomované<br />
2 kmeny vyšly jako S. pseudintermedius<br />
1 kmen vyšel jako S. schleiferi subsp.<br />
☺<br />
coagulans<br />
evropské
ZÁVĚR<br />
•<br />
•<br />
•<br />
Všechny identifikace S. pseudintermedius<br />
metodou rep-PCR byly potvrzeny metodou rpoB<br />
sekvenace.<br />
Kmeny „olomouckého“ taxonu pana prof. Hájka<br />
S. intermedius jsou zřejmě vzácné.<br />
Je pravděpodobné, že velká část našich záchytů,<br />
původně určených jako S. intermedius budou<br />
kmeny S. pseudintermedius.
GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ<br />
Staphylococcus intermedius jako<br />
Staphylococcus pseudintermedius<br />
Pavel Švec, Roman Pantůček, Petr Petráš<br />
Děkuju za pozornost !
Change language