Ссылка - Биолого-почвенный институт ДВО РАН

More documents

Recommendations

Info

4 Таблица 1. Окончание Виды AT6 CO1 Cytb ND1 ND6 12S 16S D-петля ШЕДЬКО и др. Salmoninae Brachymystax tumensis (Корея) AF125213 AF125052 AF125513 AF125513 AF125519 B. tumensis (р. Амур) AY862340 JX261989 JX262002 EU760486 EU760491 B. lenok (р. Амур) AY862339 JX261990 JX262003 EU760488 EU760490 Hucho taimen AY862334 JX261991 JX262004 EU760487 EU760489 H. hucho AY862338 AF172397 EU729362 EU729360 H. bleekeri NC_015995 NC_015995 NC_015995 NC_015995 NC_015995 NC_015995 NC_015995 NC_015995 Parahucho perryi AY862342 JX261992 JX262005 AY862386 AY862364 Salmo salar NC_001960 NC_001960 NC_001960 NC_001960 NC_001960 NC_001960 NC_001960 NC_001960 S. trutta NC_010007 NC_010007 NC_010007 NC_010007 NC_010007 NC_010007 NC_010007 NC_010007 S. (Salmothymus) ohridanus EU282329 AF202033 AY926564 S. (Salmothymus) obtusirostris EF469834 AF488534 EF469832 Salvelinus fontinalis NC_000860 NC_000860 NC_000860 NC_000860 NC_000860 NC_000860 NC_000860 NC_000860 S. alpinus NC_000861 NC_000861 NC_000861 NC_000861 NC_000861 NC_000861 NC_000861 NC_000861 S. leucomaenis JX261993 JX262006 AF060445 DQ403177 S. namaycush EU522425 DQ451386 AF297989 S. taranetzi JX261995 JX262008 JX261983 S. curilus JX261997 JX262010 DQ403180 S. malma JX261996 JX262009 JX261984 S. levanidovi JX261994 JX262007 JX261982 S. confluentus EU524365 табл. 1 в [25] S. (Salvethymus) svetovidovi AF297990 Parasalmo clarkii NC_006897 NC_006897 NC_006897 NC_006897 NC_006897 NC_006897 NC_006897 NC_006897 P. mykiss NC_001717 NC_001717 NC_001717 NC_001717 NC_001717 NC_001717 NC_001717 NC_001717 Oncorhynchus tshawytscha NC_002980 NC_002980 NC_002980 NC_002980 NC_002980 NC_002980 NC_002980 NC_002980 O. kisutch NC_009263 NC_009263 NC_009263 NC_009263 NC_009263 NC_009263 NC_009263 NC_009263 O. nerka NC_008615 NC_008615 NC_008615 NC_008615 NC_008615 NC_008615 NC_008615 NC_008615 O. gorbuscha NC_010959 NC_010959 NC_010959 NC_010959 NC_010959 NC_010959 NC_010959 NC_010959 O. keta NC_017838 NC_017838 NC_017838 NC_017838 NC_017838 NC_017838 NC_017838 NC_017838 O. masou NC_008747 NC_008747 NC_008747 NC_008747 NC_008747 NC_008747 NC_008747 NC_008747 Примечание. Номера, выделенные жирным шрифтом, – последовательности, секвенированные в настоящей работе. ГЕНЕТИКА том 49 № 6 2013
использованы для построения консенсусного филогенетического дерева и получения оценок апостериорной вероятности его ветвлений. Молекулярное датирование кладогенеза Salmonidae проведено в рамках байесовского подхода с помощью пакета программ BEAST 1.6.2 [34] при следующих условиях: топология дерева фиксирована – ML-дерево; модель молекулярных часов – варьирующие (не строгие) часы с некоррелированным логнормальным распределением скоростей нуклеотидных замен по ветвям дерева и актами видообразования, подчиняющимися распределению Юла; модель нуклеотидных замещений – GTR + I + G; протяженность байесовского анализа – 30 × 10 6 циклов с отбором каждого двухтысячного из генерированных деревьев; burnin – 1501. Для привязки ультраметрического дерева к абсолютной шкале времени было использовано четыре калибровочных интервала. Первый из них допускал разделение лососеобразных и щукообразных в мелу (145.5–65.5 млн. лет назад) и базировался на множестве позднемеловых ископаемых остатков Esociformes [35]. Второй связывал разделение Esox и Novumbra с палеоценом (65.5–55.8 млн. лет назад) и основывался на ряде хорошо сохранившихся ископаемых остатков рыб, вполне обоснованно относимых к роду Esox [36, 37]. Третий интервал ограничивал обособление линии Salmoninae пределами эоцена (55.8–33.9 млн. лет назад) и связан с обнаружением в среднем эоцене хорошо сохранившихся ископаемых лососей Eosalmo, имеющих несколько продвинутых характеристик, которые среди современных Salmonidae присущи исключительно представителям Salmoninae [38]. Четвертый был основан на многочисленных ископаемых остатках лососевых рыб, проявляющих продвинутые черты тихоокеанских лососей рода Oncorhynchus (см.: [39], а также литературу из этой работы), и ограничивал время начала диверсификации рецентных линий Oncorhynchus интервалом позднего миоцена (11.6–5.3 млн. лет назад). РЕЗУЛЬТАТЫ После удаления из составной матрицы участков с двусмысленным выравниванием, а также всех стоп-кодонов в белковых генах, ее размерность составила 53 × 16388 пн. Итоговая матрица данных включала в себя последовательности 18 полных мтДНК-геномов, 6 митогеномов без контролирующих участков (в митогеномах представителей Stomiiformes и Argentiformes эти участки были исключены из-за невозможности произвести их полноценное выравнивание с таковыми остальных последовательностей), а также 29 составных нуклеотидных последовательностей. Суммарная длина последних варьировала в пределах 543–5064 пн (в среднем 2660 пн). ГЕНЕТИКА том 49 № 6 2013 ФИЛОГЕНИЯ ЛОСОСЕВЫХ РЫБ 5 В результате филогенетического анализа подразделенной матрицы данных с помощью метода взвешенной максимальной экономии было найдено единственное MP-дерево (рис. 1). Большая часть внутренних ветвей (37 из 49) этого дерева имела высокий уровень бутстрэп-поддержки, равный или превышающий 70%. Топология MPдерева, полученного методом трансверсионной максимальной экономии, практически полностью повторяла таковую дерева на рис. 1, но общий уровень бутстрэп-поддержки оказался несколько ниже – только 30 из 49 внутренних ветвей имели уровень поддержки в 70 и более процентов. Кладограмма, полученная в результате подразделенного ML-анализа, приведена на рис. 2. Ее топология имеет лишь одно существенное отличие от топологии MP-дерева – на ML-дереве сиговые образовали одну кладу с хариусовыми, в то время как на MP-дереве сиговые объединились с лососевыми. Топология ML-дерева, построенного на основе анализа RY-кодированных данных, ничем существенным не отличалась от таковой дерева на рис. 2. В целом 38 из 50 внутренних ветвей дерева на рис. 2 имели высокий (равный или превышающий 70%) уровень бутстрэп-поддержки в том или ином варианте ML-анализа (в обоих случаях – 31 внутренняя ветвь). Кладограммы, полученные в результате байесовского анализа, с учетом всех типов нуклеотидных замен или без учета транзиций, мало чем отличались друг от друга, и их топология (рис. 3) практически полностью повторила таковую MLкладограммы. По общему числу ветвлений, получивших высокую поддержку (38 из 49 внутренних ветвей имели вероятность 0.95 и выше), и их распределению по дереву BA- и ML-кладограммы также оказались чрезвычайно сходны. Как это можно видеть (рис. 1–3), построенные тремя различными методами кладограммы оказались в основном конгруэнтны. Исключение составило резко отличное взаиморасположение линий хариусовых, сиговых и лососевых рыб на максимально экономной кладограмме (рис. 1) и кладограммах, построенных при использовании максимально-правдоподобного или байесовского методов (рис. 2, 3). Чтобы оценить, насколько это отличие существенно, было проведено сравнение трех альтернативных вариантов филогенетических взаимоотношений хариусовых, сиговых и лососевых рыб с помощью нескольких статистических тестов, основанных на анализе оценок правдоподобия и реализованных в пакете программ CONSEL [40] (табл. 2). Большинство из них показали, что отличия наиболее предпочтительного варианта филогении Salmonidae (рис. 2, 3) от альтернативных (включая вариант, приведенный на рис. 1) статистически не значимы.
Page 1 and 2: ГЕНЕТИКА, 2013, том 49,
Page 3: Таблица 1. Перечень
Page 7 and 8: 100 100 100 100 100 100 100 94 де
Page 9 and 10: но с использование
Page 11 and 12: уровне бутстрэп-по
Page 13 and 14: гов из генома S. salar
Page 15 and 16: in North American fresh waters // J

Ссылка - Биолого-почвенный институт ДВО РАН

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?