scienze della vita roma, 22-23 ottobre 2012 - SIF

8. Savojardo C, Fariselli P, Alhamdoosh M, Martelli PL, Pierleoni A, Casadio R-Improving the prediction of
disulfide bonds in Eukaryotes with machine learning methods and protein subcellular localization- Bioinformatics
27:2224-2230 (2011) (*)
9. Piovesan D, Luigi Martelli P, Fariselli P, Zauli A, Rossi I, Casadio R -BAR-PLUS: the Bologna Annotation
Resource Plus for functional and structural annotation of protein sequences- Nucleic Acids Res 39:W197-W202 (2011)
(*)
10. Pierleoni A, Indio V, Savojardo C, Fariselli P, Martelli PL, Casadio R -MemPype: a pipeline for the annotation
of eukaryotic membrane proteins- Nucleic Acids Res 39:W375-W380 (2011) (*)
11. Pantaleo MA, Astolfi A, Indio V, Moore R, Thiessen N, Heinrich MC, Gnocchi C, Santini D, Catena F,
Formica S, Martelli PL, Casadio R, Pession A, Biasco G -SDHA Loss-of-Function Mutations in KIT-PDGFRA Wild-
Type Gastrointestinal Stromal Tumors Identified by Massively Parallel Sequencing- J Natl Cancer Inst 103:983-987
(2011) (*)
12. Pierleoni A, Martelli PL, Casadio R -MemLoci: predicting subcellular localization of membrane proteins in
Eukaryotes- Bioinformatics 27:1224-1230 (2011) (*)
PROSPETTIVE ED OBIETTIVI PER I PROSSIMI TRE ANNI
Sviluppo di tools e piattaforme integrate per l’analisi di dati derivanti da sequenziatori di ultimissima generazione. Il
gruppo ha di recente acquisito un ION TORRENT (vedi Genome Biology Group:
www.biocomp.unibo.it/centregenomebio) per varie applicazioni di genetica animale e medica.
COLLABORAZIONI INTERNAZIONALI IN ATTO
1. RGB-Net: a Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology
(http://www.biocomp.unibo.it/rabbit/)
2. Prof. David Jones - University College London, Department of Computer Science
(http://www0.cs.ucl.ac.uk/staff/d.jones/)
3. Prof. Hongbin Shen - Department of Automation, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai
(http://www.csbio.sjtu.edu.cn/index_Eng.htm)
PRINCIPALI ATTREZZATURE DI CUI DISPONE L’UNITÀ DI RICERCA
i) Cluster high performance: 5 dual Xeon core2 servers, per un totale di 28 processori e 15 TB di capacità di
data storage;
ii) Cluster di 2 servers dual Opteron dual core e 6 server dual xeon;
iii) 2 File servers;
iv) 8 Linux workstation.
PAROLE CHIAVE
LS2_13 Bioinformatics
LS2_14 Computational biology
LS2_16 Systems biology
LS2_9 Proteomics
LS2_8 Genomics, comparative genomics, functional genomics
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