Capitolo 2 - Omero

‣ Analisi sequenziale della porzione N-terminaledella proteina carbossimetilata: sottoponendo laproteina completa alla degradazione di Edman si puòottenere la sequenza dei primi 60-70 residuiamminoacidici. Tuttavia, da questo tipo di analisinon si ottiene nessun risultato nel caso diproteine con l'N-terminale bloccato. Molte proteinehanno, infatti, come amminoacido N-terminale unresiduo di acido piroglutammico (derivante dallaciclizzazione di un residuo di acido glutammico odi glutammina) o un amminoacido acetilato oformilato che non sono in grado di reagire con ilfenilisotiocianato. Nel primo caso, la proteina può essere trattata conun enzima: la piroglutammato ammino peptidasi,capace di scindere il legame peptidico tra ilpiroglutammato e il successivo amminoacido, vienequindi rilasciata una catena polipeptidica cheinizia con il secondo amminoacido e che può esseresequenziata. Nel caso di amminoacidi acetilati, invece, occorreprima frammentare la proteina, riconoscere ilpeptide corrispondente alla porzione N-terminale etrattarlo a caldo con un acido diluito.