tipizzazione e caratterizzazione di varietà precoci di patata ... - PbgLab

SIGILLO INdAGINE SuLLO STATO fITOSANITARIO dELLE PROduzIONI dI VARIETà PRECOCI dI PATATA dA CONSuMO
anni di sperimentazione la caratterizzazione è stata
effettuata sia con metodi sierologici (TAS-ELISA)
che molecolari (touch down multiplex RT-PCR). In
questo biennio i due metodi diagnostici sono stati
messi a confronto. La caratterizzazione sierologica
ha consentito la distinzione delle varianti in PVY O
e PVY N ma non ha permesso di distinguere i ceppi
ricombinanti. Come riportato in bibliografia, la variante
NTN non viene distinta dagli isolati PVY N così
come la variante Wilga non viene distinta dal ceppo
comune. L’identificazione dei ceppi necrotici Wilga
come varianti O conferisce ambiguità ai risultati delle
analisi diagnostiche. In alcuni paesi, per la certificazione
dei tuberi-seme, è ammessa una certa soglia
di tolleranza per gli isolati comuni mentre non è
consentita la presenza dei ceppi necrotici; in paesi
come il Canada, la mancata identificazione di questi
ultimi è stata la causa di una incontrollata diffusione
degli isolati necrotici sul territorio 26.
Il protocollo di RT-PCR messo a punto da Lorenzen
e collaboratori consente, invece, di distinguere
contemporaneamente tutte le varianti e di identificare
con maggiore precisione le infezioni miste, dovute
a due o più varianti in uno stesso tessuto.
Lo studio di caratterizzazione effettuato sui ceppi
di PVY isolati nel corso di questo lavoro ha permesso
di rilevare una maggiore frequenza degli isolati
ricombinanti rispetto agli originari. In particolare, è
stata registrata una maggiore presenza della variante
PVY NTN rispetto alla variante Wilga. Nell’anno 2008,
la totalità degli isolati provenienti dalla Puglia ricadeva
nella variante NTN e l’anno successivo se ne è
registrata una maggiore frequenza rispetto al ricombinate
Wilga, indipendentemente dall’origine geografica
dei tuberi. Risultati simili sono stati ottenuti
in seguito a monitoraggi eseguiti in Svizzera 27 e in
altri paesi europei 28.
Molto poco frequente è stato il rinvenimento del
PVY O, riscontrato solo nell’anno 2010 in tuberi provenienti
dalla Puglia, mentre le varianti PVY N e PVY C
non sono mai state ritrovate. d’altra parte, i casi di
infezione da PVY N e PVY C riscontrati sino ad oggi
sono stati piuttosto rari anche in altre aree geografiche
29, 30 e il rilevamento delle due varianti ricombinanti
nella quasi totalità dei campioni testimonia
quanto sia comune la ricombinazione genetica nei
Potyvirus in generale e nel PVY in particolare 14.
In seguito all’osservazione della distribuzione delle
diverse varianti, gli studi sono stati completati da
un’analisi filogenetica di un frammento a cavallo
della regione genica VPG-NIa. Tale analisi ha con-
sentito di distinguere gli isolati in due grossi gruppi;
nel primo sono ricaduti gli isolati appartenenti alla
variante NTN mentre, nel secondo, gli isolati Wilga
e O. La composizione in basi delle sequenze dei diversi
ceppi, nell’ambito di ciascuno dei due gruppi,
risulta essere però piuttosto omogenea e non permette
di trovare una correlazione tra sequenza e origine
geografica dell’isolato. Gli isolati della variante
PVY NTN provenienti dall’Egitto risultano essere, in
questa regione nucleotidica, del tutto simili agli isolati
ritrovati in tuberi pugliesi e siciliani e, inoltre, le
loro sequenze non si discostano di molto da quelle
riportate in banca dati per ceppi tedeschi e americani.
Risultati simili sono stati ottenuti in seguito a studi
eseguiti negli Stati uniti in cui, le sequenze di ceppi
necrotici americani sono risultate molto simili agli
isolati europei 31. Anche gli isolati Wilga rinvenuti
nei campioni analizzati sono molto simili tra loro
e le sequenze della regione nucleotidica studiata si
differenziano, seppure leggermente, da quelle riportate
in banca dati per l’isolato 261-4 (AM113988)
tedesco, per il ceppo PVY Wilga (Ef558545) polacco
o per il ceppo PVY O139 (u09509) canadese. Studi
preliminari eseguiti nella regione di ricombinazione
HC-Pro/P3 hanno invece consentito una certa distinzione
delle sequenze di isolati italiani rispetto
alle sequenze riportate in banca dati (Tomassoli L.,
comunicazione personale).
Conclusioni
In questo lavoro sono riportati i risultati delle
analisi per la valutazione dello stato fitosanitario di
tuberi di patata precoce prelevati nell’Italia meridionale
e in Sicilia.
Il patogeno che ha inciso maggiormente sulla
qualità dei tuberi analizzati è risultato essere il virus
Y della patata e, in particolare, la sua variante
PVY NTN, agente della maculatura anulare necrotica
dei tuberi. Il virus si trasmette in maniera non persistente
a mezzo di afidi ma la sua propagazione è
favorita anche dall’uso di tuberi-seme infetti 1. Nella
maggior parte dei campioni analizzati i sintomi della
malattia non erano evidenti pertanto la diagnosi con
metodi analitici risulta fondamentale per rilevare il
patogeno e per limitarne, di conseguenza, la diffusione.
Lo studio filogenetico eseguito nella regione
VPG/NIa degli isolati italiani ha consentito la distinzione
di due gruppi corrispondenti alle due varianti
ricombinanti (PVY NTN e Wilga) ma non ha messo in
68 MINERVA BIOTECNOLOGICA Marzo 2012