tipizzazione e caratterizzazione di varietà precoci di patata ... - PbgLab

ONOFRI TIPIzzAzIONE DELL’ORIGINE DI COLTIVAzIONE DELLA PATATA
queste tecniche, tradizionalmente utili in ricerche
svolte in ambiente controllato, su materiali di campo,
a meno di non aver svolto una prolungata analisi
dell’effetto dell’annata sulla trascrizione genica.
A parte i limiti di cui si è discusso, è evidente che
la stessa sensibilità che può costituire un problema,
è anche una risorsa in quanto la massa di dati ottenibili
per ciascuna condizione analizzata (varietà, regione,
località) costituisce un patrimonio di informazioni
il cui accumulo nel tempo potrà davvero fornire
un quadro interessantissimo della risposta, a livello
dell’espressione genica, dei tuberi alle condizioni ambientali
nelle quali maturano. Basti considerare che
per ogni coppia di confronti effettuati in questo lavoro,
sono stati ottenuti dati relativi a circa 42000 geni
di patata, molte delle quali a funzione ignota e potenzialmente
importanti nella risposta all’ambiente della
pianta. Una via per l’utilizzazione di questi dati è la
costituzione di database di sequenze espresse nelle
varie località il cui prodotto si voglia tipizzare; ma,
soprattutto, la possibilità di incrociare ed integrare i
dati di espressione come quelli qui descritti, con i
dati relativi al profilo proteico e metabolico dei tuberi
maturati nelle stesse condizioni, in modo da costituire
un profilo unico di ciascuna combinazione fra varietà
e luogo di origine del prodotto.
Un altro elemento da prendere in considerazione
per valutare l’analisi del trascrittoma mediante microarray
come elemento di caratterizzazione della
patata, è che i confronti sono stati effettuati su tuberi
maturi e dormienti; da notare che, almeno nel materiale
del 2009, il numero di geni differenzialmente
espressi è stato comparabile a quello riportato da
Ducreux et al. (2008), ma che in ogni caso il numero
di geni che mostra regolazione è piuttosto basso
rispetto al numero di sequenze rappresentate sul
microarray (intorno al 4-5% al massimo). Questo è
probabilmente dovuto al fatto che si sono esaminati
tuberi dormienti, e che forse per questo specifico
livello di analisi, una fase pre-maturità, durante la
quale il tubero in sviluppo potrebbe essere maggiormente
influenzato da specifiche condizioni ambientali,
potrebbe essere più indicata di un’analisi dei
trascritti di un tubero ormai entrato in dormienza.
Questa ulteriore possibilità andrà monitorata nel lavoro
futuro, confrontando una stessa varietà in due
diverse località, ben caratterizzate nelle loro differenze
climatiche ambientali e pedologiche, in almeno
2 o 3 fasi dello sviluppo del tubero prima della
maturazione; è possibile che la regolazione di geni
che governano l’accrescimento ed il riempimento
del tubero, ovviamente esclusi dall’analisi effettuata
su tuberi maturi, possa fornire indicazioni più utili ai
fini di una caratterizzazione geografica.
L’analisi di espressione genica fornisce dunque un
prezioso supporto ad altre modalità di analisi del
prodotto tubero, ma la sua complessità è tale da
richiedere attente indagini preliminari, ripetute in
molte annate ed in diverse e ben caratterizzate condizioni
ambientali.
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Finanziamenti.—Lavoro svolto con il finanziamento del MiPAF per il
progetto TIPIPAPA (Tipicizzazione e caratterizzazione di varietà precoci
di patata con l’impiego di tecniche molecolari e spettroscopiche).
22 MINERVA BIOTECNOLOGICA Marzo 2012