tipizzazione e caratterizzazione di varietà precoci di patata ... - PbgLab

TIPIzzAzIONE DELL’ORIGINE DI COLTIVAzIONE DELLA PATATA ONOFRI
campione ibridato su un array, nella procedura onecolor,
possono essere utilizzati per diversi tipi di
confronto, ed espressi come fold change del campione
scelto come ‘test’ rispetto al campione scelto
come reference; nel nostro lavoro sono stati considerati
geni differenzialmente espressi quelli per
cui il valore di fold change era maggiore di 2 (geni
up-regolati) o minore di -2 (geni down-regolati).
È applicato un filtro anche alla statistica B corretta
per test multipli (>2). I risultati, quindi, non sono
espressi come valore assoluto dell’espressione genica,
ma sempre come espressione relativa, fra coppie
di campioni a confronto.
Risultati
In primo luogo va sottolineato che tutte le informazioni
ottenibili sulla regolazione dei geni nei diversi
confronti si riferiscono all’espressione genica in
tuberi maturi, e dormienti. Secondariamente è stato
osservato che un numero variabile da 34524 a 39533
sonde del chip davano segnali positivi e significativamente
al di sopra della soglia del background, numeri
che corrispondono rispettivamente al 75-85% delle
feature presenti sul vetrino. La relativa costanza di
questa percentuale nelle varie ibridazioni, nel corso
delle prove di entrambi gli anni e per tutti i confronti,
permette di ritenere il numero di geni valutato come
differenzialmente espresso come affidabile. In altre
parole, le forti fluttuazioni osservate nel numero di
geni differenzialmente espressi nei vari confronti effettuati,
non possono essere ascritte a diversità importanti
nell’efficienza di ibridazione di ciascun RNA al
suo array. Questa informazione permette di valutare
comparativamente in maniera affidabile tutte le coppie
di confronti di seguito considerate.
Confronto fra i campioni del 2008
Nella Tabella II sono sintetizzate le statistiche dei
confronti effettuati sui campioni 2008 fra alcune coppie
di località e/o varietà. L’obiettivo di questo confronto
di tipo quantitativo era verificare quale dei tre
fattori considerati (varietà, regione e località) avesse
l’effetto maggiore nel modulare l’espressione genica
genome-wide, come osservabile mediante l’array
POCI. Dai dati del 2008, e senza ancora considerare
quali geni vengano modulati, emergono alcune informazioni
preliminari. In primo luogo, il massimo
numero di geni differenzialmente espressi più di 2
volte (up- o down-regolati), è stato in questa prima
Tabella II.