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Estrazione di DNA totale da lievito I ceppi sono stati inoculati in terreno liquido e fatti crescere fino ad una densità di 10 8 cellule/ml alla temperatura di 28°C sotto agitazione. Le cellule sono state raccolte mediante centrifugazione, lavate con TE (Tris EDTA), e trattate con tampone di estrazione (Triton X-100, SDS 1%, NaCl 100mM, TE pH 8). La sospensione è stata trattata con PCI (fenolo,/CHCl 3 /alcool isoamilico in rapporto 25:24:1 rispettivamente) e le cellule sono state sottoposte a rottura meccanica con palline di vetro su vortex per 4 minuti. Dopo aggiunta di 0,2 ml di TE e dopo centrifugazione è stata recuperata la fase acquosa ed il DNA è stato precipitato con l’aggiunta di tre volumi di etanolo 95°. Dopo centrifugazione e rimozione dell’etanolo il DNA veniva ridisciolto in TE+RNAasi per eliminare la contaminazione dovuta allo RNA. Amplificazione del DNA tramite PCR L’amplificazione è stata eseguita utilizzando il kit della TaKaRa SHUZO CO., LTD con le seguenti modalità: DNA 50ng MgCl 2 25mM Tampone PCRII 10X dNTP 50µM Oligo Forward 50pmole/l Oligo Reverse 50pmole/l Taq polimerasi 2,5U/l H 2 O dd Fino a volume di 50μl Le condizioni di tempo e temperatura delle reazioni erano le seguenti: DENATURAZIONE: 5 minuti 94°C 30 CICLI · Denaturazione 30 secondi a 94°C · Ibridazione 30 secondi a 58°C · Allungamento 45 secondi a 72°C TERMINE ALLUNGAMENTO: 4 minuti a 72°C I prodotti di amplificazione sono stati controllati su gel di agarosio alla concentrazione del 1,2% . Il DNA è stato messo in evidenza mediante l’aggiunta al gel di agarosio di bromuro di etidio alla concentrazione finale di 0,5mg/ml e mediante illuminazione con raggi UV. 4
SCHEMA DI AMPLIFICAZIONE DEI GENI AdH GENE Primers AdH1 AdH2 AdH3 AdH5 Diretto 5’ ATCCCAGAAACTCAAAAAGGTG 3’ Inverso 5’ AGTGTCAACAACGTATCTACCA 3’ Diretto 5’ CAAGTTGGAGCATAAGGATATC 3’ Inverso 5’ AGTGTCAACAACGTATCTACCA 3’ Diretto 5’ ACGTCAACATTGTTCACCAGG 3’ Inverso 5’ AGTATCGACGACGTATCTACCC 3’ Diretto 5’ TGGCCATTTCAATTGAAATTTCC 3’ Inverso 5’ AGTCTCAACAACATATCTACCA 3’ Taglia amplificato PCR Temperatura di ibridazione 1.033 bp 58°C 990 bp 58°C 1.100bp 58°C 876 bp 58°C Primers, dimensioni in paia di basi (bp) dei prodotti di PCR attesi e temperatura di ibridazione. 4
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SCHEMA DI AMPLIFICAZIONE DEI GENI AdH<br />
GENE Primers<br />
AdH1<br />
AdH2<br />
AdH3<br />
AdH5<br />
Diretto<br />
5’ ATCCCAGAAACTCAAAAAGGTG 3’<br />
Inverso<br />
5’ AGTGTCAACAACGTATCTACCA 3’<br />
Diretto<br />
5’ CAAGTTGGAGCATAAGGATATC 3’<br />
Inverso<br />
5’ AGTGTCAACAACGTATCTACCA 3’<br />
Diretto<br />
5’ ACGTCAACATTGTTCACCAGG 3’<br />
Inverso<br />
5’ AGTATCGACGACGTATCTACCC 3’<br />
Diretto<br />
5’ TGGCCATTTCAATTGAAATTTCC 3’<br />
Inverso<br />
5’ AGTCTCAACAACATATCTACCA 3’<br />
Taglia amplificato<br />
PCR<br />
Temperatura di<br />
ibridazione<br />
1.033 bp 58°C<br />
990 bp 58°C<br />
1.100bp 58°C<br />
876 bp 58°C<br />
Primers, dimensioni in paia di basi (bp) dei prodotti di PCR attesi e temperatura di ibridazione.<br />
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