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Vivirett 56 - Associazione Italiana Sindrome di Rett

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convegno siena 18-19-20 giugno 2010<br />

<strong>di</strong> genitori e pazienti che si sono resi<br />

<strong>di</strong>sponibili per nuove valutazioni. le<br />

pazienti con delezioni C-ter <strong>di</strong> questo<br />

gruppo includono varianti parlanti<br />

e pazienti non parlanti con un<br />

quadro più lieve oltre ad un soggetto<br />

femminile normale, con inattivazione<br />

del cromosoma X border-line, ed<br />

al maschio con c.1163_1207del44<br />

può essere considerato con fenotipo<br />

rett classico.<br />

i livelli <strong>di</strong> metilazione delle isole CpG<br />

sono stati quantificati me<strong>di</strong>ante<br />

dna chip <strong>di</strong> metilazione, in particolare<br />

utilizzando l’Infinium assay <strong>di</strong><br />

Illumina, Methylation Bead Stu<strong>di</strong>o<br />

assay, che permette <strong>di</strong> verificare lo<br />

stato <strong>di</strong> metilazione <strong>di</strong> 27578 isole<br />

CpG pari a 14495 geni. i geni presenti<br />

sul microarray includono quelli<br />

con annotazione refseq, ad esempio<br />

isole CpG già note presenti a<br />

monte <strong>di</strong> 150 geni proteici che hanno<br />

mostrato pattern <strong>di</strong> metilazione<br />

<strong>di</strong>fferenziale durante la progressione<br />

del cancro, e <strong>di</strong> 110 geni per microrna.<br />

oltre alle coorti <strong>di</strong> pazienti,<br />

sono stati processati come campioni<br />

<strong>di</strong> controllo 10 soggetti della popolazione<br />

generale in età pe<strong>di</strong>atrica<br />

(9 femmine ed 1 maschio). l’analisi<br />

statistica è stata effettuata utilizzando<br />

la “Between Group analysis”<br />

(BGa) (Culhane et al., 2002), un potente<br />

metodo statistico impiegabile<br />

per filtrare e pre-selezionare le variabili<br />

quando il loro numero è molto<br />

maggiore rispetto al numero <strong>di</strong> casi,<br />

situazione tipica dei microarray. allo<br />

scopo <strong>di</strong> evidenziare geni <strong>di</strong>fferenzialmente<br />

metilati sono stati confrontati<br />

ciascuno dei 6 gruppi <strong>di</strong> pazienti<br />

rett, definiti appunto in base alla<br />

specifica mutazione presente nel<br />

gene meCP2 vs la coorte <strong>di</strong> controlli<br />

normali in<strong>di</strong>viduando 75 loci <strong>di</strong>fferenzialmente<br />

metilati in modo significativo<br />

(p

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