SZTA Évkönyv 2017/18

SZENT-GYÖRGYI MENTOROK
PAPP BALÁZS
MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont,
Biokémiai Intézet,
Szintetikus és Rendszerbiológiai Egység
Cím: 6726 Szeged, Temesvári krt. 62.
E: pappb@brc.hu
T: +36 62/599-661
KUTATÁSI TERÜLET BEMUTATÁSA
A modern biológiai vizsgálati módszereknek köszönhetően
egyre többet tudunk meg az élőlények genetikai
állományáról, a sejtjeiket felépítő molekuláris alkotókról
és a köztük lévő kapcsolatokról, azaz a „molekuláris áramkörökről”.
Növekvő ismereteink számos alapvető biológiai
kérdés megválaszolására lehetőséget nyújtanak. Milyen
általános szabályszerűségek alapján épülnek fel a molekuláris
áramkörök? Az áramköri rajzok ismeretében számítógépes
eljárásokkal előre tudjuk-e jelezni a sejt működését,
például hogy egy baktériumsejt milyen tápanyagforrást tud
hasznosítani? Hogyan befolyásolják a génekben bekövetkező
mutációk és a környezeti változások (pl. gyógyszeres
kezelés) az áramkörök működését? Meg tudjuk-e jósolni
mely mutációk lesznek károsak az élőlény számára? Hogyan
alakultak ki az evolúció során a természetben megfigyelt
molekuláris áramkörök és miért pont ezek lettek sikeresek,
nem pedig más, kémiailag lehetséges változatok? Csoportunk
a két legjobban ismert egysejtű élőlényt, a kólibaktériumot
és az élesztőgombát vizsgálva keresi a választ a
fenti kérdésekre. Munkáink során egyaránt támaszkodunk
számítógépes biológiai eljárásokra és nagy léptékű molekuláris
adatsorokra. Kutatásaink többek között rávilágíthatnak
arra is, hogyan változnak meg a baktérium molekuláris
áramkörei miközben antibiotikumokkal szembeni ellenállóképességre
tesz szert.
VÁLOGATOTT KÖZLEMÉNYEK
Notebaart, R.A., Szappanos, B., Kintses, B., Pál, F., Györkei, A.,
Bogos, B., Lázár, V., Spohn, R., Csörgő, B., Wagner, A., Ruppin,
E., Pál, C., Papp, B. (2014) Network-level architecture and
the evolutionary potential of underground metabolism.
Proc Natl Acad Sci USA 111: 11762-11767.
Szappanos, B., Kovács, K., Szamecz, B., Honti, F., Costanzo,
F., Baryshnikova, A., Gelius-Dietrich, G., Lercher, M.J., Jelasity,
M., Myers, C.L., Andrews, B.J., Boone, C., Oliver, S.G., Pál, C.,
Papp, B. (2011) An integrated approach to characterize
genetic interaction networks in yeast metabolism. Nature
Genet 43: 656-62.
Pál, C., Papp, B., Lercher, M.J., Csermely, P., Oliver, S.G., Hurst,
L.D. (2006) Chance and necessity in the evolution of minimal
metabolic networks. Nature 440: 667-70.
Papp, B., Pál, C., Hurst, L.D. (2004) Metabolic network analysis
of the causes and evolution of enzyme dispensa bility in
yeast. Nature 429: 661-4.
Papp, B., Pál, C., Hurst, L.D. (2003) Dosage sensitivity and the
evolution of gene families in yeast. Nature 424: 194-7.
ELSAJÁTÍTHATÓ TECHNIKÁK
Alapvető bioinformatikai és kemoinformatikai módszerek,
összehasonlító genomikai módszerek, anyagcserehálózatok
modellezése, metabolomika, funkcionális genomikai
adatsorok integrálása, R statisztikai programnyelv, Matlab
programnyelv, Perl programnyelv, statisztikai eljárások,
kép elemzés, gépi tanulás.
64