SZTA Évkönyv 2016/17
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
SZENT-GYÖRGYI MENTOROK<br />
PAPP BALÁZS<br />
MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont,<br />
Biokémiai Intézet,<br />
Szintetikus és Rendszerbiológiai Egység<br />
Cím: 6726 Szeged, Temesvári krt. 62.<br />
E: pappb@brc.hu<br />
T: +36 62/599-661<br />
KUTATÁSI TERÜLET BEMUTATÁSA<br />
A modern biológiai vizsgálati módszereknek köszönhetően<br />
egyre többet tudunk meg az élőlények genetikai<br />
állományáról, a sejtjeiket felépítő molekuláris alkotókról<br />
és a köztük lévő kapcsolatokról, azaz a „molekuláris áramkörökről”.<br />
Növekvő ismereteink számos alapvető biológiai<br />
kérdés megválaszolására lehetőséget nyújtanak. Milyen<br />
általános szabályszerűségek alapján épülnek fel a molekuláris<br />
áramkörök? Az áramköri rajzok ismeretében számítógépes<br />
eljárásokkal előre tudjuk-e jelezni a sejt működését,<br />
például hogy egy baktériumsejt milyen tápanyagforrást tud<br />
hasznosítani? Hogyan befolyásolják a génekben bekövetkező<br />
mutációk és a környezeti változások (pl. gyógyszeres<br />
kezelés) az áramkörök működését? Meg tudjuk-e jósolni<br />
mely mutációk lesznek károsak az élőlény számára? Hogyan<br />
alakultak ki az evolúció során a természetben megfigyelt<br />
molekuláris áramkörök és miért pont ezek lettek sikeresek,<br />
nem pedig más, kémiailag lehetséges változatok? Csoportunk<br />
a két legjobban ismert egysejtű élőlényt, a kólibaktériumot<br />
és az élesztőgombát vizsgálva keresi a választ a<br />
fenti kérdésekre. Munkáink során egyaránt támaszkodunk<br />
számítógépes biológiai eljárásokra és nagy léptékű molekuláris<br />
adatsorokra. Kutatásaink többek között rávilágíthatnak<br />
arra is, hogyan változnak meg a baktérium molekuláris<br />
áramkörei miközben antibiotikumokkal szembeni ellenállóképességre<br />
tesz szert.<br />
VÁLOGATOTT KÖZLEMÉNYEK<br />
Notebaart, R.A., Szappanos, B., Kintses, B., Pál, F., Györkei, A.,<br />
Bogos, B., Lázár, V., Spohn, R., Csörgő, B., Wagner, A., Ruppin,<br />
E., Pál, C., Papp, B. (2014) Network-level architecture and<br />
the evolutionary potential of underground metabolism.<br />
Proc Natl Acad Sci USA 111: 1<strong>17</strong>62-1<strong>17</strong>67.<br />
Szappanos, B., Kovács, K., Szamecz, B., Honti, F., Costanzo,<br />
F., Baryshnikova, A., Gelius-Dietrich, G., Lercher, M.J., Jelasity,<br />
M., Myers, C.L., Andrews, B.J., Boone, C., Oliver, S.G., Pál, C.,<br />
Papp, B. (2011) An integrated approach to characterize<br />
genetic interaction networks in yeast metabolism. Nature<br />
Genet 43: 656-62.<br />
Pál, C., Papp, B., Lercher, M.J., Csermely, P., Oliver, S.G., Hurst,<br />
L.D. (2006) Chance and necessity in the evolution of minimal<br />
metabolic networks. Nature 440: 667-70.<br />
Papp, B., Pál, C., Hurst, L.D. (2004) Metabolic network analysis<br />
of the causes and evolution of enzyme dispensa bility in<br />
yeast. Nature 429: 661-4.<br />
Papp, B., Pál, C., Hurst, L.D. (2003) Dosage sensitivity and the<br />
evolution of gene families in yeast. Nature 424: 194-7.<br />
ELSAJÁTÍTHATÓ TECHNIKÁK<br />
Alapvető bioinformatikai és kemoinformatikai módszerek,<br />
összehasonlító genomikai módszerek, anyagcserehálózatok<br />
modellezése, metabolomika, funkcionális genomikai<br />
adatsorok integrálása, R statisztikai programnyelv, Matlab<br />
programnyelv, Perl programnyelv, statisztikai eljárások,<br />
kép elemzés, gépi tanulás.<br />
65