Szekvencia IllesztÃ©s - Budapesti MÅ±szaki Ã©s GazdasÃ¡gtudomÃ¡nyi ...

More documents

Recommendations

Info

Globális illesztési probléma Cél: Megtalálni 2 string legjobb illesztését egy adott értékelési séma alkalmazása esetén Input : 2 string (v and w) és egy értékelési séma Output : Maximális értékű illesztés ↑→ = -б = 1 if match = -µ if mismatch µ : eltérés büntetése σ : indel büntetése s i,j = max s i-1,j-1 +1 if v i = w j s i-1,j-1 - µ if v i ≠ w j s i-1,j - σ s i,j-1 - σ 2010. márc. 2 <strong>Szekvencia</strong> Illesztés 58
Értékelési mátrix • Különböző nukleotid párok eltérés büntetése más és más lehet, és ezeket az értékeket ezért egy un. értékelési mátrix-ban táruljuk. • Az értékelési mátrixokat a biológiai bizonyítékok alapján hozzák létre. • Illesztéseket felfoghatjuk két – mutációk miatt eltérő – szekvenciaként. 2010. márc. 2 <strong>Szekvencia</strong> Illesztés 59
Page 1 and 2:
Bevezetés a Bioinformatikába Buda
Page 3 and 4:
Egy unaloműző játék 2 ját
Page 5 and 6:
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 0 L W 1 W W
Page 7 and 8: 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 0 L W L 1 W
Page 9 and 10: 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 0 L W L W 1
Page 11 and 12: Cistás fibrózis (CF): Öröklöd
Page 13 and 14: Bioinformatikusok belépése Gén
Page 15 and 16: Helyes Algoritmus NyersEroValto(M,
Page 17 and 18: Pénzváltási probléma: Rekurzív
Page 19 and 20: A RekurzivValto nem hatékony Pél
Page 21 and 22: DPValto: Példa 0 1 2 1 2 3 2 1 2 3
Page 23 and 24: Futási idők összehasonlítása
Page 25 and 26: Manhattan-i turista probléma (MTP)
Page 27 and 28: Manhattan-i turista probléma defin
Page 29 and 30: MTP: A mohó algoritmus (általába
Page 31 and 32: MTP: Dinamikus prog. megoldás (fol
Page 37 and 38: Manhattan nem tökéletes hálózat
Page 39 and 40: Szekvencia illesztés beszúrással
Page 41 and 42: Szerkesztési távolság kontra Ham
Page 43 and 44: Szerkesztési távolság kontra Ham
Page 45 and 46: Szerkesztési távolság: Példa TG
Page 47 and 48: DNS szekvenciák illesztése V = AT
Page 49 and 50: LKR: Példa i kordináta: v elemei
Page 51 and 52: LKR probléma mint a Manhattan-i tu
Page 53 and 54: LKR számítása Legyen v string i
Page 55 and 56: Illesztés: Dinamikus programozáss
Page 57: Egyszerű értékelés Legegyszer
Page 61 and 62: Lokális kontra globális illeszté
Page 63 and 64: Lokális illesztés: Miért? Kül
Page 65 and 66: Affin (finomított) hézag-büntet
Page 67 and 68: Affin hézag-büntetés Hézag-bü
Page 69 and 70: Illesztési Útvonalak Illesszünk
Page 71 and 72: 2-D kontra 3-D illesztési hálóza
Page 73 and 74: 3-D illesztési cella architekturá
Page 75 and 76: Többszörös illesztés páronkén
Page 77 and 78: • Optimális többszörös illesz
Page 79 and 80: Progresszív illesztés • A progr
show all

Szekvencia IllesztÃ©s - Budapesti MÅ±szaki Ã©s GazdasÃ¡gtudomÃ¡nyi ...

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?