Mándoki - Állatorvostudományi Doktori Iskola - Szent István ...

A „Fa” primer-párral vizsgált 607bp hosszúságú termékbıl a direkt nukleotid sorrend
meghatározás után 465bp hosszúságú szekvenciát tudtunk valamennyi vizsgált törzs esetében
összeilleszteni. Ezért ezeknek szakaszoknak a filogenetikai vizsgálatát végeztük el. A
filogenetikai fa alapjául szolgáló 465bp hosszúságú DNS szekvenciák hivatkozási számai a
következık: DQ327608 - DQ327618 (9. táblázat).
9. táblázat: Az ANV magyarországi törzseinek 465bp hosszúságú szekvenciái
Szám Név Jelölés
56
Iktatási
szám
Életkor
(nap)
1. DQ327608 Sza1 114 8 Bél
2. DQ327609 Sza2 136 13 Bél
3. DQ327610 Zal1 262 18 Bél
Szerv
4. DQ327611 Laj1 844 11 Vese
5. DQ327612 Imr1 865 12 Bél
6. DQ327613 Imr2 876 14 Vese
7. DQ327614 Hos1 947 10 Bél
8. DQ327615 Boc1 1045 7 Bél
9. DQ327616 Beb2 2827 15 Vese
10. DQ327617 Kec1 4239 11 Vese
11. DQ327618 Sze1 11156 10 Vese
6.7. Filogenetikai elemzés
A PCR termékek nukleotid szekvenciáját meghatároztuk és elhelyeztük a génbankban
(NCBI) (táblázat DQ327608-DQ327618). Minden általunk kapott szekvencia a génbankban
(NCBI) közölt japán referencia törzs (NC_003790, Imada és mtsai, 2000) ORF1 régiójával
mutatta a legnagyobb hasonlóságot a BLAST homológiakeresés során. A szekvenciákat
egymáshoz és a referencia törzshöz illesztettük, amely alapján 76 és 86% között változott a
hasonlóság mértéke. Az ismert nukleotid sorrendő szekvenciákat az aminosavakat kódoló
tripletek ismeretében polipeptid lánccá alakítottuk, az így kapott 154 aminosav hosszúságú
polipeptidek, amelyek a vírus nem strukturális fehérjéjének egy részét képezték, 88 és 93%