UFR Chimie UFR Physique, Pharmacie, ECPM. - Faculté de Chimie ...
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M-S3<br />
TYPE D’UE<br />
FINALITE<br />
(Recherche/Professionnelle)<br />
INTITULE DE l’UE<br />
UE 2<br />
Obligatoire<br />
Recherche et Professionnelle Chemoinformatique II<br />
(extraction et exploitation <strong>de</strong>s connaissances)<br />
NOM, Prénom Discipline Adresse<br />
RESPONSABLE VARNEK, Alexandre <strong>Chimie</strong> 4, rue B. Pascal<br />
67070 Strasbourg<br />
DESCRIPTION DES ENSEIGNEMENTS<br />
Concept <strong>de</strong> <strong>de</strong>scripteurs.<br />
• Descripteurs 1D, 2D et 3D: fragments moléculaires, fingerprints, indices topologiques, propriétés<br />
physico-chimiques, paramètres d’iso-surfaces moléculaires et énergétiques, pharmacophores et<br />
autres..<br />
Métho<strong>de</strong>s structure-activité (QSAR/QSPR).<br />
• Approches <strong>de</strong> Hansch et <strong>de</strong> Free-Wilson. Normalisation <strong>de</strong> <strong>de</strong>scripteurs. Sélection <strong>de</strong> <strong>de</strong>scripteurs<br />
pertinents. Techniques mathématiques <strong>de</strong> développement <strong>de</strong> modèles : l les régressions multilinéaires,<br />
Machines à Vecteurs Supports, Arbres <strong>de</strong> classification et <strong>de</strong> Régression, les Réseaux <strong>de</strong> Neurones,<br />
métho<strong>de</strong>s probabilistes et autres.. Validation <strong>de</strong> modèles.<br />
• QSAR en 3D : analyse comparative <strong>de</strong> champs moléculaires ("CoMFA ").<br />
• Exemples d’application <strong>de</strong> métho<strong>de</strong>s QSAR pour le développement <strong>de</strong> nouveaux composés d’interet<br />
chimique ou pharmaceutique.<br />
Criblage virtuel et <strong>de</strong>sign « in silico » <strong>de</strong> nouveaux composés.<br />
• Filtres (les règles <strong>de</strong> Liminski et autres).<br />
• Docking d’un ligand dans une protéine. Fonctions <strong>de</strong> score. Chimiothèques et cibliothèques.<br />
• Utilisation <strong>de</strong> modèles QSAR pour un criblage virtuel. Optimisation d’un « lead ».<br />
Travaux pratiques avec les logiciels ISIDA, DRAGON et CODESSA-PRO (QSAR/QSPR)<br />
COMPETENCES VISEES<br />
Etre capable <strong>de</strong> sélectionner <strong>de</strong>s <strong>de</strong>scripteurs pertinents, d’obtenir <strong>de</strong> modèles QSAR et d’utiliser ces modèles<br />
pour un criblage virtuel<br />
ENSEIGNEMENTS<br />
Matières enseignées CM TD TP<br />
Autres<br />
(spécifier)<br />
Travail<br />
personnel<br />
étudiant<br />
Charge horaire<br />
totale étudiant<br />
Coef Crédits<br />
ECTS<br />
Chemoinformatique II 20 15 65 h 90 h 1 3<br />
MUTUALISATION<br />
UE obligatoire pour le master :<br />
Chemoinformatique<br />
Peut constituer une UE optionnelle<br />
pour d’autres masters :<br />
Peut constituer une UE libre :<br />
OUI OUI<br />
Université <strong>de</strong> Strasbourg (Strasbourg 1, 2 et 3) – Habilitations 2009-2012 – Master – CHIMIE - Version 1 – Page 210/276
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