UFR Chimie UFR Physique, Pharmacie, ECPM. - Faculté de Chimie ...

M-S3
TYPE D’UE
FINALITE
(Recherche/Professionnelle)
INTITULE DE l’UE
UE 1
Obligatoire
Recherche et Professionnelle Chemoinformatique I
(gestion et traitement de données chimiques)
NOM, Prénom Discipline Adresse
RESPONSABLE VARNEK, Alexandre Chimie 4, rue B. Pascal
67070 Strasbourg
DESCRIPTION DES ENSEIGNEMENTS
Bases de données en chimie. ·
• Modèle relationnel. Langage SQL. Architecture (Oracle/ISIS/Accord). Relations, attributs, molécules.
Système de gestion de bases de données.
• Bases de données bibliographiques (Chemical Abstracts, Science Citation Index, Pascal), physicochimiques
(Gmelin, Beilstein), spectroscopiques (SPECINFO), cristallographiques (Cambridge et
Karlsruhe) et autres.
• Création de bases de données chimiques en utilisant les logiciels ChemAxon, ChemFinder et ISISBase.
Représentation de structures par ordinateur.
Représentation de structures 1D, 2D et 3D par ordinateur.
• Eléments de base de théorie de graphes. Tables de connexion et présentation linéaires.
• Chaînes SMILES et InChi. Empreintes moléculaires.
• Pharmacophores.
• Formats MOL, SDF, RXN et RDF
• Recherche structurale et sous-structurale. Analyse conformationnelle.
Similarité et diversité de molécules.
• Molécule comme objet dans l’espace chimique. Critères de similarité de Tanimoto, de Dice et de
Tvetsky ; métriques Euclidienne et de Manhattan.
• Recherche par similarité.
• Méthodes d’analyse de groupement des objets chimique : clustering hiérarchique et non-hiérarchique.
• Préparation de jeux de donnés diverses.
Chimie combinatoire théorique.
• Génération de bibliothèques combinatoires : les approches « monomer-based » et « product-based ».
Bibliothèques "ciblées" et "diversifiées". Logiciel ISIDA/CombiLib.
Outils de CambridgeSoft et d’Accelrys pour analyser et manipuler de données chimiques.
Travaux pratiques avec les logiciels ChemAxon, ChemOffice, ISISBase et Accelrys DIVA.
COMPETENCES VISEES
Etre capable de créer et/ou de gérer une base de données chimiques en utilisant les logiciels commerciaux.
Acquérir des notions sur les principales méthodes de traitement et de création de données chimiques (recherche
par structure/sous-structure et/ou par similarité, clustering, génération de bibliothèques combinatoires
ENSEIGNEMENTS
Matières enseignées CM TD TP
Autres
(spécifier)
Travail
personnel
étudiant
Charge horaire
totale étudiant
Coef Crédits
ECTS
Chemoinformatique I 20 15 65 h 90 h 1 3
MUTUALISATION
UE obligatoire pour le master :
Chemoinformatique
Peut constituer une UE optionnelle
pour d’autres masters :
Peut constituer une UE libre :
OUI OUI
Université de Strasbourg (Strasbourg 1, 2 et 3) – Habilitations 2009-2012 – Master – CHIMIE - Version 1 – Page 209/276