UFR Chimie UFR Physique, Pharmacie, ECPM. - Faculté de Chimie ...

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SEMESTRE 3 Equipe pédagogique du semestre o Enseignants-chercheurs, enseignants, chercheurs EPST NOM, Prénom Qualité Section CNU VARNEK, Alexandre PR 31 SCHURHAMMER, Rachel MC 31 MARCOU, Gilles MC 31 DEJAEGERE, Annick MC CHRISTOFFEL, Eric MC 61 o Autres intervenants Tél. Fax, Courriel 03 90 24 15 60 varnek@chimie.u-strasbg.fr 03.90.24.15.51 rschurhammer@chimie.u-strasbg.fr 03 90 24 13 04 gmarcou@chimie.u-strasbg.fr 03.90.24.12.09, 03 90 24 06 69 christof@fresnel.u-strasbg.fr NOM, Prénom Qualité Domaine d’expertise Tél. Fax, Courriel MICHEL, Laurent IR (CNRS) Programmation sous UNIX, conception orientée objets, programmation orientée objets (C++, Java, O2C), bases de données orientées objets Equipe de recherche Laboratoire UMR 7177 Laboratoire d’Infochimie UMR 7177 Laboratoire MSM UMR 7177 Laboratoire d’Infochimie UPR 292 UFR Sciences Physiques 03 90 24 24 37 laurent.michel@astro.u-strasbg.fr Université de Strasbourg (Strasbourg 1, 2 et 3) – Habilitations 2009-2012 – Master – CHIMIE - Version 1 – Page 208/276
M-S3 TYPE D’UE FINALITE (Recherche/Professionnelle) INTITULE DE l’UE UE 1 Obligatoire Recherche et Professionnelle Chemoinformatique I (gestion et traitement de données chimiques) NOM, Prénom Discipline Adresse RESPONSABLE VARNEK, Alexandre Chimie 4, rue B. Pascal 67070 Strasbourg DESCRIPTION DES ENSEIGNEMENTS Bases de données en chimie. · • Modèle relationnel. Langage SQL. Architecture (Oracle/ISIS/Accord). Relations, attributs, molécules. Système de gestion de bases de données. • Bases de données bibliographiques (Chemical Abstracts, Science Citation Index, Pascal), physicochimiques (Gmelin, Beilstein), spectroscopiques (SPECINFO), cristallographiques (Cambridge et Karlsruhe) et autres. • Création de bases de données chimiques en utilisant les logiciels ChemAxon, ChemFinder et ISISBase. Représentation de structures par ordinateur. Représentation de structures 1D, 2D et 3D par ordinateur. • Eléments de base de théorie de graphes. Tables de connexion et présentation linéaires. • Chaînes SMILES et InChi. Empreintes moléculaires. • Pharmacophores. • Formats MOL, SDF, RXN et RDF • Recherche structurale et sous-structurale. Analyse conformationnelle. Similarité et diversité de molécules. • Molécule comme objet dans l’espace chimique. Critères de similarité de Tanimoto, de Dice et de Tvetsky ; métriques Euclidienne et de Manhattan. • Recherche par similarité. • Méthodes d’analyse de groupement des objets chimique : clustering hiérarchique et non-hiérarchique. • Préparation de jeux de donnés diverses. Chimie combinatoire théorique. • Génération de bibliothèques combinatoires : les approches « monomer-based » et « product-based ». Bibliothèques "ciblées" et "diversifiées". Logiciel ISIDA/CombiLib. Outils de CambridgeSoft et d’Accelrys pour analyser et manipuler de données chimiques. Travaux pratiques avec les logiciels ChemAxon, ChemOffice, ISISBase et Accelrys DIVA. COMPETENCES VISEES Etre capable de créer et/ou de gérer une base de données chimiques en utilisant les logiciels commerciaux. Acquérir des notions sur les principales méthodes de traitement et de création de données chimiques (recherche par structure/sous-structure et/ou par similarité, clustering, génération de bibliothèques combinatoires ENSEIGNEMENTS Matières enseignées CM TD TP Autres (spécifier) Travail personnel étudiant Charge horaire totale étudiant Coef Crédits ECTS Chemoinformatique I 20 15 65 h 90 h 1 3 MUTUALISATION UE obligatoire pour le master : Chemoinformatique Peut constituer une UE optionnelle pour d’autres masters : Peut constituer une UE libre : OUI OUI Université de Strasbourg (Strasbourg 1, 2 et 3) – Habilitations 2009-2012 – Master – CHIMIE - Version 1 – Page 209/276
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