UFR Chimie UFR Physique, Pharmacie, ECPM. - Faculté de Chimie ...

FINALITE
M-S1 TYPE D’UE
INTITULE DE l’UE
(Recherche/Professionnelle)
UE 5
Obligatoire Recherche et Professionnelle Modélisation Moléculaire
NOM, Prénom Discipline Adresse
RESPONSABLE WIPFF, Georges (CM)
SCHURHAMMER, Rachel (TD)
Chimie (31 ème ) Institut de Chimie, 4, rue B.
Pascal, 67 000 Strasbourg
DESCRIPTION DES ENSEIGNEMENTS
Introduction. Notion de structure: effets d'environnement et effets dynamiques, (résultats expérimentaux).
Sources d'information structurale: état solide (avec aspects statistiques), liquide (RMN) et gazeux (diffraction
électronique, micro-ondes, calculs quantiques
Evaluation empirique de l'énergie intra et intermoléculaire.
Les bases de la mécanique moléculaire: transférabilité (hypothèses et limites), additivité des interactions par
paires. Approche quantique / mécanique moléculaire.
Notion de champ de forces. Cohérence interne. Sources de paramètres et champ d'application. Méthodes de
détermination de charges atomiques. Représentations de la liaison hydrogène.
Quelques champs de force typiques. Minimisations énergétiques. Principe des méthodes d'ordre zéro, un et deux.
Architecture d'un logiciel typique de modélisation moléculaire.
Dynamique moléculaire. Dynamique harmonique: applications en modélisation
Dynamique newtonienne. Principe. Echelles de temps physique et simulé; temps de relaxation.
Aspects techniques: résolution des équations de Newton; pas d'intégration; SHAKE; simulations à E constante, à
T constante, ou à P constante.
Analyse des résultats: Moyennes. Fluctuations. Corrélation. Structure du solvant: fonctions de distribution radiale.
Aspects dynamiques. Applications en chimie: échantillonnage conformationnel en phase gazeuse et en solution .
Recuit simulé. Dynamique sous contraintes.
Simulations Monte Carlo en chimie. Echantillonnage conformationnel.
Caractérisation de grandeurs moléculaires. Paramètres géométriques. Surfaces et propriétés au voisinage de la
surface.
COMPETENCES VISEES
Définition d'une stratégie de modélisation et d'analyse d'un problème. Choix d'un logiciel de modélisation et
utilisation critique. Simulation et analyse de résultats: aspects statiques, dynamiques et effets de solvatation.
Lecture critique d'articles de modélisation.
ENSEIGNEMENTS
Matières enseignées CM TD TP
Modélisation
Moléculaire
Autres
(spécifier)
Travail
personnel
étudiant
Charge horaire
totale étudiant
Coef Crédits
ECTS
20 15 65 h 100 h 1 5
MUTUALISATION
UE obligatoire pour le master : Peut constituer une UE optionnelle Peut constituer une UE libre :
Chemoinformatique
pour d’autres masters :
CPMI OUI OUI
Université de Strasbourg (Strasbourg 1, 2 et 3) – Habilitations 2009-2012 – Master – CHIMIE - Version 1 – Page 199/276