Antibiorésistance des Escherichia coli pathogènes pour la volaille ...
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1. IntroductionEn France, comme dans de nombreuxpays, l’évolution de <strong>la</strong> résistance bactérienneaux antibiotiques est suivie depuisde nombreuses années, aussi bien enmédecine humaine que vétérinaire(Stelling et O'Brien, 1997, Wray et Gnanou,2000, Sanders, 2001). En 1982, l’AFSSA –Site de Lyon a mis en p<strong>la</strong>ce un réseau <strong>des</strong>urveil<strong>la</strong>nce de l’antibiorésistance <strong>des</strong>principales bactéries <strong>pathogènes</strong> isoléeschez les bovins (RESABO) qui a été étenduaux filières avicole et porcine à partir de2001 grâce à un financement de <strong>la</strong>Direction Générale de l’Alimentation. Cenouveau réseau (RESAPATH) est piloté à<strong>la</strong> fois par l’AFSSA – Sites de Lyon et dePloufragan (Martel et al., 2000, Jouy etal., 2002)Les données enregistrées par le RESA-PATH proviennent <strong>des</strong> <strong>la</strong>boratoires d’analysesvétérinaires publics et privés adhérents.Les modalités de <strong>la</strong> col<strong>la</strong>borationentre ces <strong>la</strong>boratoires et le réseau sontdécrites dans une charte. Le fonctionnementet les résultats du RESAPATH sontanalysés annuellement par un comité depilotage (Jouy et al., 2002).2. Matériels etmétho<strong>des</strong>Les bactéries surveillées dans le cadrede RESAPATH sont isolées d’animauxma<strong>la</strong><strong>des</strong> par les <strong>la</strong>boratoires d'analysesvétérinaires. Il s’agit essentiellementd’<strong>Escherichia</strong> <strong>coli</strong>, de Salmonel<strong>la</strong>, deStaphylococcus, de Streptococcus et dePasteurel<strong>la</strong>ceae.Lorsque <strong>des</strong> antibiogrammes sont réalisés,les <strong>la</strong>boratoires adhérents adressentles résultats aux coordinateurs du réseau.Les données associées aux bactéries etaux antibiogrammes (espèce animale,date et nature du prélèvement, pathologieobservée) sont également enregistréespar le RESAPATH.La technique d'antibiogramme utiliséepar tous les <strong>la</strong>boratoires adhérentsconsiste à faire pousser un tapis bactériensur un milieu gélosé en présence dedisques imprégnés d'antibiotiques(Feillou et Martel, 1996, Soussy et al.,2004). Les résultats d'antibiogrammessont <strong>des</strong> diamètres de zones d'inhibition■ Figure 1 : Résultats de l'antibiogramme de <strong>la</strong> souche d'E. <strong>coli</strong> de Référence (CIP 7624) vis-à-visde 16 antibiotiques (Technique de diffusion en milieu gélosé).■ Figure 2 : Exemple de distribution : E. <strong>coli</strong> vis-à-vis de <strong>la</strong> <strong>coli</strong>stine (1934 souches)70060050040030020010006 7 8 9 10 1 1 13 14 15 16 17 18 19 22 26 31 32 33 34 35 36 37 3 39 40dont <strong>la</strong> taille est inversement proportionnelleà <strong>la</strong> concentration minimale inhibitrice(CMI) de l'antibiotique vis-à-vis de <strong>la</strong>bactérie (figure 1).La technique d’antibiogramme est soumiseà <strong>des</strong> contrôles qualité internes (réaliséspar le <strong>la</strong>boratoire d’analyses) etexternes (essais inter-<strong>la</strong>boratoires organiséspar l’AFSSA).Les antibiotiques utilisés dans les antibiogrammescorrespondent aux famillesd’anti-infectieux prescrits en médecinevétérinaire.La sensibilité d'une popu<strong>la</strong>tion bactériennevis-à-vis d'un antibiotique est donccaractérisée par <strong>la</strong> fréquence <strong>des</strong> différentsdiamètres d’inhibition dont <strong>la</strong> distribution(figure 2) permet de mettre en évidencel'existence éventuelle d'une (de)sous-popu<strong>la</strong>tion(s) résistante(s). Les diamètrescritiques thérapeutiques, déterminésen médecine humaine <strong>pour</strong> chaqueantibiotique (Soussy et al.), peuvent êtreutilisés de façon épidémiologique enmédecine vétérinaire s'ils séparent égalementles sous-popu<strong>la</strong>tions bactériennesd'origine animale. Pour les molécules àusage spécifiquement vétérinaire, les diamètrescritiques sont indiqués par les<strong>la</strong>boratoires fabricants.TECHNIQUESciences et Techniques Avicoles - Avril 2004 - N° 4717
T ECHNIQUESciences et Techniques Avicoles - Avril 2004 - N° 473. RésultatsEn ce qui concerne <strong>la</strong> filière avicole,15 <strong>la</strong>boratoires ont transmis 2615 résultatsd’antibiogrammes à l'AFSSA – Site dePloufragan au cours de l'année 2002. Lamajorité de ces antibiogrammes (67 %) aété réalisée <strong>pour</strong> <strong>des</strong> bactéries isoléesd'organes profonds (septicémie). Lafigure 3 présente les différentes bactériesisolées chez <strong>la</strong> vo<strong>la</strong>ille qui ont fait l'objetd'un antibiogramme en 2002.Les prélèvements proviennent majoritairementde <strong>la</strong> dinde (39,5 %) et du poulet(39,2 %). Près de 80 % <strong>des</strong> bactéries dontles résultats d’antibiogramme ont étéadressés au RESAPATH sont <strong>des</strong> E. <strong>coli</strong>.Les sérovars recherchés dans <strong>la</strong> filièreavicole sont O78K80, O2K1 et O1K1. Ilsreprésentent respectivement 18,7 %,11,5 % et 1,5 % de l’ensemble <strong>des</strong> bactériesqui ont fait l'objet d'un antibiogramme.Une autre espèce bactérienne est fréquemmentrencontrée chez <strong>la</strong> dinde :Ornithobacterium rhinotracheale. Cettebactérie, isolée depuis le début <strong>des</strong>années 90, est incriminée dans <strong>des</strong> casd'infections de l'appareil respiratoire et/ou<strong>des</strong> articu<strong>la</strong>tions. Ornithobacterium rhinotrachealeayant une croissance trèslente (minimum 48 h sur gélose au sang)son isolement est assez difficile à réaliser.Face à ce problème méthodologiqueet à cette émergence assez récente, ilparaît prématuré d'intégrer <strong>la</strong> surveil<strong>la</strong>ncede <strong>la</strong> résistance aux antibiotiquesd'Ornithobacterium rhinotracheale dansle cadre du RESAPATH. Néanmoins, il estnécessaire de continuer à suivre sa prévalenceet d'optimiser les techniquesd'isolement, d'identification et d'antibiogramme.En 2002, 193 résultats d'antibiogrammesconcernant cette bactérieont été adressés à l'AFSSA – Site dePloufragan.Le tableau 1 montre les résultats de <strong>la</strong>sensibilité aux antibiotiques <strong>des</strong> E. <strong>coli</strong>isolés chez <strong>la</strong> vo<strong>la</strong>ille en 2002 (tous prélèvementsconfondus) vis-à-vis de16 molécules couramment utilisés dansles antibiogrammes. Les <strong>pour</strong>centages<strong>des</strong> souches qui n'ont acquis aucun mécanismede résistance vis-à-vis de <strong>la</strong> tétracycline,de l'amoxicilline et de l'associationsulfami<strong>des</strong>/triméthoprime sontrespectivement de 16,1 %, 45,6 % et■ Figure 2 : Origine et identification <strong>des</strong> bactéries dont les antibiogrammes ont été adressés auRESAPATH <strong>pour</strong> <strong>la</strong> filière avicole en 2002. E. <strong>coli</strong> NT correspond aux E. <strong>coli</strong> non typés ou non typablesavec les réactifs <strong>pour</strong> <strong>la</strong> recherche <strong>des</strong> sérovars O78 K80, O2 K1 et O1 K1.A origins origines non ré isé s : 25,2%- iO 8 (n=35)O ( 18)- Salmo- a y =65)- s ur- rec s =11)A areil re pir toire : 3,4 %- E. c NT =41O2K1 (- Paste elll l (n=21)55,9 %. Les <strong>pour</strong>centages de sensibilitéles plus élevés (> 85 %) sont obtenus avecles fluoroquinolones (enrofloxacine etdifloxacine), les aminosi<strong>des</strong>, les céphalosporines,le florfénicol et <strong>la</strong> <strong>coli</strong>stine. Les<strong>pour</strong>centages de souches sensiblesappartenant au sérovar O78 K80 sont statistiquementplus faibles que ceux <strong>des</strong>sérovars O2 K1 et O1 K1 <strong>pour</strong> 9 moléculesparmi les 16 étudiées.Or e r ds ep icémie) : 67,0%- E. cO 4)O2K1 n= 56)O n= 2)- te- Staphycu(n )4. DiscussionArt s : 4,5 %- c NTO 16)O (n 4)- a y (n )- s ur )Tableau 1 - Résultats d’autopsies <strong>des</strong> animaux : Nb de poulets atteints sur 6 autopsiés avec indicelésionnel (Nb * Indice)Antibiotiques E. <strong>coli</strong> E. <strong>coli</strong> E. <strong>coli</strong> Test Chi-2Total O78 K80 O2 K1 et O1 K1 Différencesignificativen % S n % S n % S (5 %) *Amoxicilline 2212 45,6 501 36,5 348 60,6 ouiAmox. + c<strong>la</strong>v.** 307 71,3 76 56,6 65 70,8 nonCéfalexine 180 97,2 30 100,0 35 97,1 nonCeftiofur 1923 99,4 434 100,0 330 99,4 nonNéomycine 1594 89,7 425 78,8 325 98,2 ouiGentamicine 1926 93,5 434 94,5 329 97,0 nonSpectinomycine 1524 87,1 411 86,9 308 90,3 nonFlorfénicol 574 99,7 66 100,0 65 100,0 nonTétracycline 2149 16,1 469 6,6 354 28,8 ouiDoxycycline 1445 14,3 304 5,9 230 25,2 ouiColistine 1934 99,5 438 99,8 332 99,7 nonSulfa. + trim.*** 2225 55,9 498 53,8 354 67,2 ouiFluméquine 2216 70,9 500 58,8 349 80,2 ouiAcide oxolinique 1927 76,0 438 67,8 325 81,8 ouiEnrofloxacine 1273 87,1 301 85,4 210 92,3 ouiDifloxacine 1273 88,0 301 85,0 210 92,3 ouin = nombre de souches testées% S = <strong>pour</strong>centage de souches sensibles* Test du Chi-2 réalisé entre le sérovar O78 K80 et les sérovars O2 K1 et O1 K1** Amoxicilline + acide c<strong>la</strong>vu<strong>la</strong>nique *** Sulfami<strong>des</strong> + triméthoprimeA l'exception de quatre molécules (ceftiofur,florfénicol, enrofloxacine et difloxacine),le nombre de souches sensibles estdéterminé avec <strong>des</strong> diamètres critiquesétablis <strong>pour</strong> <strong>la</strong> médecine humaine.L'impact thérapeutique de ces <strong>pour</strong>centagesen médecine vétérinaire est donclimité. Néanmoins, ces chiffres permet-18
tent de mettre en évidence <strong>la</strong> proportion<strong>des</strong> bactéries qui ont acquis un ou plusieursmécanismes de résistance. LeRESAPATH permet de suivre l'évolution deces <strong>pour</strong>centages au cours du temps ainsique leur variation <strong>pour</strong> différentes bactériesou différents sérovars d'une mêmebactérie.Les nouveaux phénotypes de résistancedoivent être détecter le plus rapidementpossible afin de pouvoir limiter efficacementleur diffusion (chaîne alimentaire,environnement) et de préserver l'actionthérapeutique <strong>des</strong> antibiotiques utilisésen élevage. Concernant les E. <strong>coli</strong>, l’existencede rares souches d’origine animalerésistantes à <strong>la</strong> <strong>coli</strong>stine ou au ceftiofura pu être confirmée par l'AFSSA grâce à <strong>la</strong>réactivité <strong>des</strong> <strong>la</strong>boratoires adhérant auRESAPATH. Il s'agit maintenant d'étudierplus particulièrement les mécanismes derésistance de ces souches et de suivreétroitement l'évolution de leur nombre ausein de l'ensemble <strong>des</strong> E. <strong>coli</strong>.Les coordinateurs du RESAPATH, en col<strong>la</strong>borationavec les responsables <strong>des</strong> <strong>la</strong>boratoiresd'analyses, travaillent égalementà l'amélioration de <strong>la</strong> standardisation <strong>des</strong>techniques d'antibiogrammes. En effet,<strong>la</strong> fiabilité de <strong>la</strong> surveil<strong>la</strong>nce de l'antibiorésistanceainsi que le succès thérapeutiqueen élevage dépendent de <strong>la</strong> qualité<strong>des</strong> résultats d'antibiogrammes et de leurinterprétation.RemerciementsLes auteurs remercient les <strong>la</strong>boratoiresd'analyses vétérinaires publics et privés<strong>pour</strong> leur participation active, baséesur le volontariat.Les auteurs remercient également <strong>la</strong>Direction Générale de l'Alimentation<strong>pour</strong> le soutien financier apporté aufonctionnement du RESAPATH.TECHNIQUEFeillou C. et Martel J.L., 1996. Programme d’accréditation n°116 duCOFRAC, textes français de référence sur les techniques d'antibiogrammesBA 10 et BA 20.Jouy E. Meunier D., Martel J-L., Kobisch M., Coudert M. et Sanders P.,2002. Méthodologie du réseau national de surveil<strong>la</strong>nce de <strong>la</strong> résistanceaux antibiotiques chez les principales bactéries <strong>pathogènes</strong> <strong>des</strong> animauxde rente (RESAPATH). Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France, 155,259-266.Martel J.L., Tardy F., Brisabois A., Lailler R., Coudert M., Chaslus-Danc<strong>la</strong> E.,2000. The french antibiotic resistance monitoring programs. Int. J.Antimicrob. Agents, 14, 275-283.Références bibliographiquesSanders P., 2001. Résistance aux antibiotiques en pratique vétérinaire.Etat <strong>des</strong> lieux et mesures de prévention. Antibiotiques, 3, 225-232.Soussy C.J. et al., 2004. Communiqué du Comité de l’Antibiogramme de<strong>la</strong> Société Française de Microbiologie. www.sfm.asso.frStelling J.M., O'Brien T.F., 1997. Surveil<strong>la</strong>nce of antimicrobial resistance:the whonet program. Clin. Infect. Dis., 24 suppl. 1, 157-168.Wray C, Gnanou J.C., 2000. Antibiotic resistance monitoring in bacteriaof animal origin: analysis of national monitoring programmes. Int. J.Antimicrob. Agents, 14, 291-294.Sciences et Techniques Avicoles - Avril 2004 - N° 4719