Antibiorésistance des Escherichia coli pathogènes pour la volaille ...

1. IntroductionEn France, comme dans de nombreuxpays, l’évolution de la résistance bactérienneaux antibiotiques est suivie depuisde nombreuses années, aussi bien enmédecine humaine que vétérinaire(Stelling et O'Brien, 1997, Wray et Gnanou,2000, Sanders, 2001). En 1982, l’AFSSA –Site de Lyon a mis en place un réseau desurveillance de l’antibiorésistance desprincipales bactéries pathogènes isoléeschez les bovins (RESABO) qui a été étenduaux filières avicole et porcine à partir de2001 grâce à un financement de laDirection Générale de l’Alimentation. Cenouveau réseau (RESAPATH) est piloté àla fois par l’AFSSA – Sites de Lyon et dePloufragan (Martel et al., 2000, Jouy etal., 2002)Les données enregistrées par le RESA-PATH proviennent des laboratoires d’analysesvétérinaires publics et privés adhérents.Les modalités de la collaborationentre ces laboratoires et le réseau sontdécrites dans une charte. Le fonctionnementet les résultats du RESAPATH sontanalysés annuellement par un comité depilotage (Jouy et al., 2002).2. Matériels etméthodesLes bactéries surveillées dans le cadrede RESAPATH sont isolées d’animauxmalades par les laboratoires d'analysesvétérinaires. Il s’agit essentiellementd’Escherichia coli, de Salmonella, deStaphylococcus, de Streptococcus et dePasteurellaceae.Lorsque des antibiogrammes sont réalisés,les laboratoires adhérents adressentles résultats aux coordinateurs du réseau.Les données associées aux bactéries etaux antibiogrammes (espèce animale,date et nature du prélèvement, pathologieobservée) sont également enregistréespar le RESAPATH.La technique d'antibiogramme utiliséepar tous les laboratoires adhérentsconsiste à faire pousser un tapis bactériensur un milieu gélosé en présence dedisques imprégnés d'antibiotiques(Feillou et Martel, 1996, Soussy et al.,2004). Les résultats d'antibiogrammessont des diamètres de zones d'inhibition■ Figure 1 : Résultats de l'antibiogramme de la souche d'E. coli de Référence (CIP 7624) vis-à-visde 16 antibiotiques (Technique de diffusion en milieu gélosé).■ Figure 2 : Exemple de distribution : E. coli vis-à-vis de la colistine (1934 souches)70060050040030020010006 7 8 9 10 1 1 13 14 15 16 17 18 19 22 26 31 32 33 34 35 36 37 3 39 40dont la taille est inversement proportionnelleà la concentration minimale inhibitrice(CMI) de l'antibiotique vis-à-vis de labactérie (figure 1).La technique d’antibiogramme est soumiseà des contrôles qualité internes (réaliséspar le laboratoire d’analyses) etexternes (essais inter-laboratoires organiséspar l’AFSSA).Les antibiotiques utilisés dans les antibiogrammescorrespondent aux famillesd’anti-infectieux prescrits en médecinevétérinaire.La sensibilité d'une population bactériennevis-à-vis d'un antibiotique est donccaractérisée par la fréquence des différentsdiamètres d’inhibition dont la distribution(figure 2) permet de mettre en évidencel'existence éventuelle d'une (de)sous-population(s) résistante(s). Les diamètrescritiques thérapeutiques, déterminésen médecine humaine pour chaqueantibiotique (Soussy et al.), peuvent êtreutilisés de façon épidémiologique enmédecine vétérinaire s'ils séparent égalementles sous-populations bactériennesd'origine animale. Pour les molécules àusage spécifiquement vétérinaire, les diamètrescritiques sont indiqués par leslaboratoires fabricants.TECHNIQUESciences et Techniques Avicoles - Avril 2004 - N° 4717

T ECHNIQUESciences et Techniques Avicoles - Avril 2004 - N° 473. RésultatsEn ce qui concerne la filière avicole,15 laboratoires ont transmis 2615 résultatsd’antibiogrammes à l'AFSSA – Site dePloufragan au cours de l'année 2002. Lamajorité de ces antibiogrammes (67 %) aété réalisée pour des bactéries isoléesd'organes profonds (septicémie). Lafigure 3 présente les différentes bactériesisolées chez la volaille qui ont fait l'objetd'un antibiogramme en 2002.Les prélèvements proviennent majoritairementde la dinde (39,5 %) et du poulet(39,2 %). Près de 80 % des bactéries dontles résultats d’antibiogramme ont étéadressés au RESAPATH sont des E. coli.Les sérovars recherchés dans la filièreavicole sont O78K80, O2K1 et O1K1. Ilsreprésentent respectivement 18,7 %,11,5 % et 1,5 % de l’ensemble des bactériesqui ont fait l'objet d'un antibiogramme.Une autre espèce bactérienne est fréquemmentrencontrée chez la dinde :Ornithobacterium rhinotracheale. Cettebactérie, isolée depuis le début desannées 90, est incriminée dans des casd'infections de l'appareil respiratoire et/oudes articulations. Ornithobacterium rhinotrachealeayant une croissance trèslente (minimum 48 h sur gélose au sang)son isolement est assez difficile à réaliser.Face à ce problème méthodologiqueet à cette émergence assez récente, ilparaît prématuré d'intégrer la surveillancede la résistance aux antibiotiquesd'Ornithobacterium rhinotracheale dansle cadre du RESAPATH. Néanmoins, il estnécessaire de continuer à suivre sa prévalenceet d'optimiser les techniquesd'isolement, d'identification et d'antibiogramme.En 2002, 193 résultats d'antibiogrammesconcernant cette bactérieont été adressés à l'AFSSA – Site dePloufragan.Le tableau 1 montre les résultats de lasensibilité aux antibiotiques des E. coliisolés chez la volaille en 2002 (tous prélèvementsconfondus) vis-à-vis de16 molécules couramment utilisés dansles antibiogrammes. Les pourcentagesdes souches qui n'ont acquis aucun mécanismede résistance vis-à-vis de la tétracycline,de l'amoxicilline et de l'associationsulfamides/triméthoprime sontrespectivement de 16,1 %, 45,6 % et■ Figure 2 : Origine et identification des bactéries dont les antibiogrammes ont été adressés auRESAPATH pour la filière avicole en 2002. E. coli NT correspond aux E. coli non typés ou non typablesavec les réactifs pour la recherche des sérovars O78 K80, O2 K1 et O1 K1.A origins origines non ré isé s : 25,2%- iO 8 (n=35)O ( 18)- Salmo- a y =65)- s ur- rec s =11)A areil re pir toire : 3,4 %- E. c NT =41O2K1 (- Paste elll l (n=21)55,9 %. Les pourcentages de sensibilitéles plus élevés (> 85 %) sont obtenus avecles fluoroquinolones (enrofloxacine etdifloxacine), les aminosides, les céphalosporines,le florfénicol et la colistine. Lespourcentages de souches sensiblesappartenant au sérovar O78 K80 sont statistiquementplus faibles que ceux dessérovars O2 K1 et O1 K1 pour 9 moléculesparmi les 16 étudiées.Or e r ds ep icémie) : 67,0%- E. cO 4)O2K1 n= 56)O n= 2)- te- Staphycu(n )4. DiscussionArt s : 4,5 %- c NTO 16)O (n 4)- a y (n )- s ur )Tableau 1 - Résultats d’autopsies des animaux : Nb de poulets atteints sur 6 autopsiés avec indicelésionnel (Nb * Indice)Antibiotiques E. coli E. coli E. coli Test Chi-2Total O78 K80 O2 K1 et O1 K1 Différencesignificativen % S n % S n % S (5 %) *Amoxicilline 2212 45,6 501 36,5 348 60,6 ouiAmox. + clav.** 307 71,3 76 56,6 65 70,8 nonCéfalexine 180 97,2 30 100,0 35 97,1 nonCeftiofur 1923 99,4 434 100,0 330 99,4 nonNéomycine 1594 89,7 425 78,8 325 98,2 ouiGentamicine 1926 93,5 434 94,5 329 97,0 nonSpectinomycine 1524 87,1 411 86,9 308 90,3 nonFlorfénicol 574 99,7 66 100,0 65 100,0 nonTétracycline 2149 16,1 469 6,6 354 28,8 ouiDoxycycline 1445 14,3 304 5,9 230 25,2 ouiColistine 1934 99,5 438 99,8 332 99,7 nonSulfa. + trim.*** 2225 55,9 498 53,8 354 67,2 ouiFluméquine 2216 70,9 500 58,8 349 80,2 ouiAcide oxolinique 1927 76,0 438 67,8 325 81,8 ouiEnrofloxacine 1273 87,1 301 85,4 210 92,3 ouiDifloxacine 1273 88,0 301 85,0 210 92,3 ouin = nombre de souches testées% S = pourcentage de souches sensibles* Test du Chi-2 réalisé entre le sérovar O78 K80 et les sérovars O2 K1 et O1 K1** Amoxicilline + acide clavulanique *** Sulfamides + triméthoprimeA l'exception de quatre molécules (ceftiofur,florfénicol, enrofloxacine et difloxacine),le nombre de souches sensibles estdéterminé avec des diamètres critiquesétablis pour la médecine humaine.L'impact thérapeutique de ces pourcentagesen médecine vétérinaire est donclimité. Néanmoins, ces chiffres permet-18

tent de mettre en évidence la proportiondes bactéries qui ont acquis un ou plusieursmécanismes de résistance. LeRESAPATH permet de suivre l'évolution deces pourcentages au cours du temps ainsique leur variation pour différentes bactériesou différents sérovars d'une mêmebactérie.Les nouveaux phénotypes de résistancedoivent être détecter le plus rapidementpossible afin de pouvoir limiter efficacementleur diffusion (chaîne alimentaire,environnement) et de préserver l'actionthérapeutique des antibiotiques utilisésen élevage. Concernant les E. coli, l’existencede rares souches d’origine animalerésistantes à la colistine ou au ceftiofura pu être confirmée par l'AFSSA grâce à laréactivité des laboratoires adhérant auRESAPATH. Il s'agit maintenant d'étudierplus particulièrement les mécanismes derésistance de ces souches et de suivreétroitement l'évolution de leur nombre ausein de l'ensemble des E. coli.Les coordinateurs du RESAPATH, en collaborationavec les responsables des laboratoiresd'analyses, travaillent égalementà l'amélioration de la standardisation destechniques d'antibiogrammes. En effet,la fiabilité de la surveillance de l'antibiorésistanceainsi que le succès thérapeutiqueen élevage dépendent de la qualitédes résultats d'antibiogrammes et de leurinterprétation.RemerciementsLes auteurs remercient les laboratoiresd'analyses vétérinaires publics et privéspour leur participation active, baséesur le volontariat.Les auteurs remercient également laDirection Générale de l'Alimentationpour le soutien financier apporté aufonctionnement du RESAPATH.TECHNIQUEFeillou C. et Martel J.L., 1996. Programme d’accréditation n°116 duCOFRAC, textes français de référence sur les techniques d'antibiogrammesBA 10 et BA 20.Jouy E. Meunier D., Martel J-L., Kobisch M., Coudert M. et Sanders P.,2002. Méthodologie du réseau national de surveillance de la résistanceaux antibiotiques chez les principales bactéries pathogènes des animauxde rente (RESAPATH). Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France, 155,259-266.Martel J.L., Tardy F., Brisabois A., Lailler R., Coudert M., Chaslus-Dancla E.,2000. The french antibiotic resistance monitoring programs. Int. J.Antimicrob. Agents, 14, 275-283.Références bibliographiquesSanders P., 2001. Résistance aux antibiotiques en pratique vétérinaire.Etat des lieux et mesures de prévention. Antibiotiques, 3, 225-232.Soussy C.J. et al., 2004. Communiqué du Comité de l’Antibiogramme dela Société Française de Microbiologie. www.sfm.asso.frStelling J.M., O'Brien T.F., 1997. Surveillance of antimicrobial resistance:the whonet program. Clin. Infect. Dis., 24 suppl. 1, 157-168.Wray C, Gnanou J.C., 2000. Antibiotic resistance monitoring in bacteriaof animal origin: analysis of national monitoring programmes. Int. J.Antimicrob. Agents, 14, 291-294.Sciences et Techniques Avicoles - Avril 2004 - N° 4719