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Résumé des commandes de la formation F07bJobArrayPermet à partir d'un fichier contenant un ensemble de commande de lancer n job sur le cluster.Exécuter un Job Array : Jobarray.plCommandes PBS spécifiques :liste uniquement les Job Array qstat ­Jliste la totalité des jobs et sous-jobs qstat ­tliste la totalité des jobs et pour les Job Array précise le pourcentagede sous-jobs déjà exécutéssupprime le Job Array de la queueqstat ­pqdel jobArray_id[]Les options à qstat sont cumulables.Le status B indique que le Job Array a démarré.Les JobArray s'identifient et se différencient des jobs traditionnels par des crochets [][] : un double crochet vide indique le Job Array[n] : un double crochet avec un numéro indique l'un des sous-jobsLes résultats seront dans le répertoire outputAstuces pour créer un fichier contenant la liste des commandes :Créer un fichier qui contient la liste des commandes blast à lancer sur le cluster :Dans le terminal taper la commande suivante :[loulou@cat ~/]$ foreach a ( `ls /home/loulou/*.fasta` )foreach? echo "blastall ­e 0.0001 ­p blastx ­i $a ­d swissprot">>blast_listforeach? end[loulou@cat ~/]$Cette commande va ajouter des lignes dans le fichier blast_list, pour tous les fichiers fasta du repertoire /home/loulou/.Attention le ls est entre cote ` qui correspondent au chiffre 7 du clavier, cela permet l'exécution du ls.Autre solution :Créer un fichier nommer script_blast.sh contenant les lignes suivantes :#!/bin/shforeach a ( `ls /home/loulou/*.fasta` )echo "blastall ­e 0.0001 ­p blastx ­i $a ­d swissprot">>blast_listendDonner les droits d'exécution :$chmod +x script_blast.shPuis dans votre terminal exécuter le script:$./script_blast.shUn fois le script exécuté, vous aurez un fichier blast_list qui aura été créé.$Jobarray.pl ­file blast_listLes résultats seront créé dans le répertoire output.Concaténer tous vos résultats :$cat ./output/* > tous_mes_résultats.blastPlateforme bioinformatique Toulouse 4