Obtenir des informations sur les banques : SRS : recherche d ...

Résumé des commandes de la formation F07bParamètres importants :­W : taille des mots­e : E-value, nombre d'alignements attendus par hasard ayant un score supérieur au score obtenu dansla banque considérée. Dépend de la taille de la banque utilisée !­m : format de sortie-m9 = tabulé avec entête des champs-m8 = tabulé sans entête des champs­M : matrice de substitutionPAM (Percent Accepted Mutation)BLOSSUM (Blocks Substitution Matrix) BLOSUM62 est un bon point de départ (= PAM120)Création de sa propre banque de données :Banque nucléique :$ formatdb ­p F ­i mes_est.fastaBanque protéique :$ formatdb ­p T ­i mes_proteines.fastaUtilisation de la banque :$ blastall ­p blastn ­i AC011626.fasta ­d mes_est.fastaPBS : utilisation du clusterPBS permet de soumettre l'exécution de programme (jobs) sur le cluster. Ces jobs sont placer dans une file d'attente, selonles priorités et le temps d'exécution le jobs sera exécuté plus ou moins rapidement.Attention lorsque l'on va envoyer des jobs sur le cluster les noms de fichiers doivent être en absolu.Nom de la queue (*) Priorité Temps maximummacroq => atomicq01, atomicq02 40 2hworkq (défaut) 30 8hlongq 20 24hunlimitq 10 illimitéCommandes générales sur les queues : qstatqstat ­Q : affiche la listes des queuesqstat ­Qf queue_name : donne le détail d'une queueSoumission d'un job (ex blast ) : qsub– créer un fichier qui contient la commande blast avec les paramètres et les noms de fichier en absolus.– soumettre le job : qsub nom_fichier– récupérer vos résultats dans les fichiers :erreur : nom_fichier.eXXXXouptut : nom_fichier.oXXXXLes options de qsub :-N job_name pour donner un nom à son job-l walltime=1:00:00 pour dire à l'ordonnanceur que la durée du job ne dépassera pas 1 heure. Intéressant carl'ordonnanceur peut faire passer ce job en priorité.-q queue_name spécifier le nom de la queue-o output_filename redirection de la sortie standard-e error_filename redirection de la sortie d'erreur-M mon_adresse@mail si un problème survient pendant l'exécution, un mail est envoyé à cette adresseEx : $qsub ­q longq ­l walltime=00:15:00 mon_script.shPlateforme bioinformatique Toulouse 2