Obtenir des informations sur les banques : SRS : recherche d ...

Résumé des commandes de la formation F07bObtenir des informations sur les banques :Site de web de la plateforme : Biomaji : http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/biomaji/En ligne de commande :$ biomaj.sh ­­statusou$ biomaj.sh ­SDétail d'une banque :$biomaj.sh ­­status nomBanqueSRS : recherche d'information dans les banquesSite de web de la plateforme : SRS : http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/srs/La commande d'interrogation : getzSi la commande getz ne fonctionne pas initialiser votre environnement$ source /data/srs/srs/etc/prep_srsObtenir l'aideLister les banquesInformations sur une banqueSavoir si l'accession ipr000085 existeAffiche toutes les fiches d'arabidopsis$ getz ­help$ getz ­libs$ getz ­info INTERPRO$ getz '[interpro­acc:ipr000085]'$ getz ­e '[interpro­org:"Arabidopsis*"]'Extraire la séquence fasta AC011625 $ getz '[GENBANKRELEASE:AC011625]' ­view FastaSeqs >AC011625.fastaPour avoir de nombreux exemples aller : http://www.ebi.ac.uk/~srs/wiki/doku.php?id=guides:srscommandlineLanguage d'interrogation :Recherche d'une valeur :[libName-fieldName:searchTerm]Recherche dans un intervalle[libName-fieldName#startVal:stopVal]Opérateur : ou |, et &, not !ex : [SWISSPROT­description:protease]ex : [SWISSPROT­SeqLength#7000:8000]ex : [SWISSPROT­des:kinase*]&[SWISSPROT­des:inhibit*]Pour avoir de nombreux exemples aller : http://www.ebi.ac.uk/~srs/wiki/doku.php?id=guides:srsquerylanguageBlast : alignement de séquencesSite de web de la plateforme : Blast : http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/apps/blast/blast.htmlEn ligne de commande :Liste des banques interrogeables par blast$ ls /bank/blastdb/Séquence requête Banqueblastp Protéique Protéiqueblastn Nucléique NucléiqueblastxNucléique traduite en6 phasesProtéiquetblastn ProtéiqueNucléique traduite en 6phasestblastxNucléique traduite en Nucléique traduite en 66 phasesphasesLa syntaxe du blast : blastall ­p NomProgram ­i Sequence ­d Banque ­o ResultatEx: $blastall ­p blastx ­i ma_sequence.fasta ­d swissprot ­o ma_sequence.blastPlateforme bioinformatique Toulouse 1

Résumé des commandes de la formation F07bParamètres importants :­W : taille des mots­e : E-value, nombre d'alignements attendus par hasard ayant un score supérieur au score obtenu dansla banque considérée. Dépend de la taille de la banque utilisée !­m : format de sortie-m9 = tabulé avec entête des champs-m8 = tabulé sans entête des champs­M : matrice de substitutionPAM (Percent Accepted Mutation)BLOSSUM (Blocks Substitution Matrix) BLOSUM62 est un bon point de départ (= PAM120)Création de sa propre banque de données :Banque nucléique :$ formatdb ­p F ­i mes_est.fastaBanque protéique :$ formatdb ­p T ­i mes_proteines.fastaUtilisation de la banque :$ blastall ­p blastn ­i AC011626.fasta ­d mes_est.fastaPBS : utilisation du clusterPBS permet de soumettre l'exécution de programme (jobs) sur le cluster. Ces jobs sont placer dans une file d'attente, selonles priorités et le temps d'exécution le jobs sera exécuté plus ou moins rapidement.Attention lorsque l'on va envoyer des jobs sur le cluster les noms de fichiers doivent être en absolu.Nom de la queue (*) Priorité Temps maximummacroq => atomicq01, atomicq02 40 2hworkq (défaut) 30 8hlongq 20 24hunlimitq 10 illimitéCommandes générales sur les queues : qstatqstat ­Q : affiche la listes des queuesqstat ­Qf queue_name : donne le détail d'une queueSoumission d'un job (ex blast ) : qsub– créer un fichier qui contient la commande blast avec les paramètres et les noms de fichier en absolus.– soumettre le job : qsub nom_fichier– récupérer vos résultats dans les fichiers :erreur : nom_fichier.eXXXXouptut : nom_fichier.oXXXXLes options de qsub :-N job_name pour donner un nom à son job-l walltime=1:00:00 pour dire à l'ordonnanceur que la durée du job ne dépassera pas 1 heure. Intéressant carl'ordonnanceur peut faire passer ce job en priorité.-q queue_name spécifier le nom de la queue-o output_filename redirection de la sortie standard-e error_filename redirection de la sortie d'erreur-M mon_adresse@mail si un problème survient pendant l'exécution, un mail est envoyé à cette adresseEx : $qsub ­q longq ­l walltime=00:15:00 mon_script.shPlateforme bioinformatique Toulouse 2

Résumé des commandes de la formation F07bToutes les options précédemment décrites peuvent être intégrées directement dans le script (fichier) soumis à PBS avec qsubCréer un fichier mon_script.sh et saisir :#!/bin/sh#PBS ­o /home/riri/test­pbs/tmp/sortie_standard.txt#PBS ­e /home/riri/test­pbs/tmp/sortie_erreur.txt#PBS ­l walltime=00:00:30#PBS ­q workq#PBS ­M riri@mon.mail# Mon programme commence icils#Fin de mon programmeLes lignes précédées d'un- « #PBS » : sont interprétées par l'ordonnanceur pbs- « # » : sont des lignes de commentaireUne ligne correspond à une commande.Un blast doit être sur la même ligne.Astuce : parfois nedit insère des retours à la ligne.Pour éviter cela aller dans le menu Preferences ->Default Settings -> Wrap -> NoneContrôle des jobs dans les queuesAide qstatjob de l'utilisateurman qstatjobs avec le status R (exécution) qstat ­rjobs qui n'ont pas le status R (exécution) qstat ­inom des noeuds du cluster alloués aux jobs en exécution qstat ­naffiche le résultat sur une ligne qstat ­1Supprimer un jobqstat ­u nom_utilisateurqdel mon_job_id$qstatJob id Name User Time Use S Queue­­­­­­­­­­­­­­­­ ­­­­­­­­­­­­­­­­ ­­­­­­­­­­­­­­­­ ­­­­­­­­ ­ ­­­­­740065.nodeadm2 STDIN mickey 295:27:4 R workq43311.nodeadm2 run_srs_refseqr donald 04:26:35 R srsq743381.nodeadm2 run_srs_genbank gontran 0 Q srsqDétail des colonnes :1. Job id : identifiant unique du job assigné par l'ordonnanceur2. Name : nom du job, la valeur par défaut est le nom du programme3. User : nom de l'utilisateur propriétaire du job4. Time use : le temps CPU utilisé5. S : l'état du job en abréviation :E : le job se termineH : le job est gelé, et doit être débloqué manuellementQ : le job est en attente d'exécution, il n'y a pas de ressource disponible pour l'exécuterR : le job est en cours d'exécutionB : c'est un Job Array en cours d'exécution6. Queue : nom de la queue sur laquelle le job est présentPlateforme bioinformatique Toulouse 3

Résumé des commandes de la formation F07bJobArrayPermet à partir d'un fichier contenant un ensemble de commande de lancer n job sur le cluster.Exécuter un Job Array : Jobarray.plCommandes PBS spécifiques :liste uniquement les Job Array qstat ­Jliste la totalité des jobs et sous-jobs qstat ­tliste la totalité des jobs et pour les Job Array précise le pourcentagede sous-jobs déjà exécutéssupprime le Job Array de la queueqstat ­pqdel jobArray_id[]Les options à qstat sont cumulables.Le status B indique que le Job Array a démarré.Les JobArray s'identifient et se différencient des jobs traditionnels par des crochets [][] : un double crochet vide indique le Job Array[n] : un double crochet avec un numéro indique l'un des sous-jobsLes résultats seront dans le répertoire outputAstuces pour créer un fichier contenant la liste des commandes :Créer un fichier qui contient la liste des commandes blast à lancer sur le cluster :Dans le terminal taper la commande suivante :[loulou@cat ~/]$ foreach a ( `ls /home/loulou/*.fasta` )foreach? echo "blastall ­e 0.0001 ­p blastx ­i $a ­d swissprot">>blast_listforeach? end[loulou@cat ~/]$Cette commande va ajouter des lignes dans le fichier blast_list, pour tous les fichiers fasta du repertoire /home/loulou/.Attention le ls est entre cote ` qui correspondent au chiffre 7 du clavier, cela permet l'exécution du ls.Autre solution :Créer un fichier nommer script_blast.sh contenant les lignes suivantes :#!/bin/shforeach a ( `ls /home/loulou/*.fasta` )echo "blastall ­e 0.0001 ­p blastx ­i $a ­d swissprot">>blast_listendDonner les droits d'exécution :$chmod +x script_blast.shPuis dans votre terminal exécuter le script:$./script_blast.shUn fois le script exécuté, vous aurez un fichier blast_list qui aura été créé.$Jobarray.pl ­file blast_listLes résultats seront créé dans le répertoire output.Concaténer tous vos résultats :$cat ./output/* > tous_mes_résultats.blastPlateforme bioinformatique Toulouse 4