Marie-Christine LE PASLIER - Inra

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Les données de séquençageChangements :• Quantité de données • Type de donnéesBesoins Informatiques :• Traitements• stockageAnalyse Bioinformatique MacLean & al, Nature_avril2009EPGV Unité 1279_GAP18
Illumina-Genome Analyser (GA)technologie SolexaPaired-ends GA II GA II GA IIxcluster/seq_versionV2V3 V4 V4Analyse d’images scs2.5 scs2.6 scs2.6Lectures/run 80-100 x 10 6 80-100 x 10 6 192 x 10 6 288 x 10 6 288 x 10 6Longueur de lecture 35 bases 75/100 bases 75 bases 75 bases 100 basesOutput/run 3 Gb 7,5/10 Gb 20 Gb 36 Gb 50 GbOutput/canal 3 Gb 7,5/10 Gb 2.5 Gb 4.5 Gb 6.25 GbTps de run 3-5 jrs 4-9,5 jrs ~ 9 - 10 jrsFlexibilitéExtrémités appariéesLectures appariéesMultiplexage/adressageAvantages /InconvénientsEvolutions8 canaux200 à 5 kb8 tags/canalProfondeur / assemblageLecture à 125 puis 150 basesHiSeq1000 & HiSeq2000 : 100Gb/FC_5jrs/runEPGV Unité 1279_GAP19
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Page 29 and 30: PerspectivesE P G VEtude du Polymor
Page 31 and 32: De nouveaux formats surdes technolo
Page 33 and 34: De nouvelles technologies associée
Page 35 and 36: Multiple Shotgun Genotyping (MSG)EP
Page 37: Merci de votre attentiondiscussion

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