Circuits et systemes de modelisation analogique de neurones ...

Chapitre I : éléments de neurobiologie et de modélisation neurophysiologique4.4.Simulation numérique.Tous ces modèles et leurs paramètres ouvrent la porte à la simulation qui n'est rien d'autre quela résolution des équations qui les composent. L'approche la plus simple est la résolutionnumérique à l'aide d'outils informatiques.Il est sans doute impossible de dénombrer tous les logiciels conçus pour cette tâche, car il enexiste probablement autant que de groupes de recherche travaillant sur le sujet. En effet,souvent confronté à des problèmes spécifiques, le chercheur est amené à mettre au point sapropre application. Ainsi les solutions proposées sont très variées ne serait-ce que par le typede machine et d'outils de développement utilisés. Cette grande diversité forme un obstacle à ladiffusion et l'échange de résultats scientifiques. Quelques groupes universitaires ont doncdéveloppé des logiciels distribués gratuitement dont une des particularités est qu'ils sonttotalement ouverts afin de pouvoir répondre aux impératifs de chaque équipe mais avec desoutils communs.Citons trois de ces logiciels, parmi les plus populaires : Genesis.Mis au point au California Institute of Technology (Caltech), il fournit un cadre généralpour la simulation de neurones, sans avoir à réécrire tous les algorithmes nécessaires à larésolution des différentes équations, à l'affichage graphique des résultats, etc.. Il possèdeaussi une version multiprocesseur permettant d'augmenter la puissance de calcul lors del'étude de réseaux importants[GENESIS]. Neuron.Il est développé et distribué depuis plusieurs années conjointement par le centre médicalde l'université de Duke et l'université de Yale. Il est conçu pour résoudre les équations depropagation et les mécanismes membranaires non-linéaires, mais son architecture utiliseun langage "scripté" permet d'adjoindre aisément de nouveaux formalismes. Le codesource est disponible et il a été compilé pour différents types de plateforme informatique :windows, MacOS, unix [NEURON]. QuB.Ce logiciel est lui aussi d'origine universitaire (Université de Buffalo, New York). Il estspécifiquement destiné à l'étude des modèles de markov et propose un ensemble d'outilsinformatiques permettant le traitement de données expérimentales en vue de l'extractiondes paramètres de modèle [QUB].34