STRUCTURE :TOOLS & PREDICTION - abc

Protein 3D Visualized ToolsLOGO‣Swiss PDBViewer 特 点 : 界 面 友 好 、 可 同 时 分 析 几 个 PDB 文 件 、 可 叠 加 起 来分 析 结 构 类 似 性 … 可 与 Swiss-Model服 务 器 连 接 , 从 软 件 直 接 连 到 Swiss-Model 服 务 器 进 行 理 论 蛋 白 立 体 结 构 构 建 。Your company slogan

Swiss PDBViewerLOGOSwiss PDBViewer 的 主 要 功 能 1、 分 析 蛋 白 特 别 是 具 有 催 化 作 用 的 酶 的 活 化 位 点 、 抗 原 决 定簇 位 点 、 蛋 白 的 金 属 结 合 位 点 及 蛋 白 间 的 相 互 作 用 位 点 ; 2、 创 建 一 个 loop; 3、 通 过 应 用 non-crystallographic symmetries 工 具 从 只 含 有 一个 蛋 白 单 体 的 pdb 文 件 构 建 一 个 对 称 的 聚 合 体 ; 4、 构 建 晶 胞 图 形 ; 5、 构 建 电 子 密 度 图 形 ;Your company slogan

Swiss PDBViewerLOGO 6、 分 析 一 个 人 为 突 变 或 认 为 重 建 一 个 loop 后 可 进 行 最 小 能量 优 化 ; 7、 将 肽 段 或 残 基 与 电 子 云 图 谱 进 行 匹 配 ; 8、 可 以 通 过 Swiss PDBViewer 的 “SwissModel” 进 行 蛋 白 质三 维 结 构 建 模 ; 9、 查 看 Phi/Psi 数 据 ; 10、 超 级 移 动 ( 即 类 似 于 fit 的 叠 合 )。Your company slogan

Swiss PDBViewerLOGO tips & tricks OpenGL 或 POV-Ray 程 序 也 可 以 加 工 这 些 蛋 白 图 形 , 使 其更 加 美 观 。Your company slogan

RasMolLOGORasMol RasMol 读 取 PDB 格 式 文 件 , 显 示 生 物 大 分 子 三 维 结 构 图 像的 软 件 ; 系 统 的 要 求 很 低 , 应 用 广 , 可 由 Unix、Windows 及Macintosh 平 台 支 持 运 行 。 RasMol 最 大 的 特 点 是 界 面 简 单 , 基 本 操 作 简 单 , 运 行 非常 迅 速 。Your company slogan

RasMolLOGO 在 Unix 系 统 下 , 可 以 直 接 用 命 令 的 方 式 , 如 RasMol1a4h.pdb help < 主 题 >,help < 主 题 >, < 亚 主 题 > 来 获 得 帮 助 , 键 入会 得 到 一 份 完 整 的 命 令 清 单 。 打 开 RasMol 后 , 会 出 现 两 个 窗 口 , 一 个 是 图 形 窗 口 , 另 外一 个 是 命 令 行 窗 口 。Your company slogan

Cn3DLOGO Cn3D 的 含 义 为 :“See in 3-D”, 是 一 个 生 物 分 子 的 三 维 结构 、 序 列 以 及 序 列 比 对 结 果 的 可 视 化 工 具 。 Cn3D 读 取 MMDB 数 据 库 来 源 的 ASN.1 格 式 的 结 构 信 息 。 MMDB 从 蛋 白 质 数 据 库 中 获 取 数 据 信 息 , 然 后 分 析 每 一 个PDB 文 件 , 进 行 验 证 和 纠 错 , 以 更 的 格 式 存 储 信 息 。Your company slogan

Cn3DLOGO 特 定 结 构 的 查 找 : Entrez 直 接 获 得 根 据 Entrez 临 近 序 列 通 过 BLAST 搜 索 通 过 已 知 的 PDB 标 识Your company slogan

Cn3DLOGO Cn3D 中 的 结 构 比 对 Cn3D 可 处 理 单 独 结 构 , 也 可 在 显 示 多 个 蛋 白 的 结 构 比 较 。 NCBI 创 建 并 且 维 护 了 一 个 比 对 数 据 库 -VAST VAST 为 每 一 对 相 关 蛋 白 做 两 件 事 : 计 算 保 守 区 的 最 佳 三 维 重 叠 ; 构 建 基 于 空 间 结 构 相 关 的 序 列 比 对Your company slogan

其 它 可 视 化 软 件LOGO 其 它 可 视 化 软 件 CHIME 2.6 IE 与 NetScape 浏 览 器 插 件 安 装 后 可 以 直 接 用 浏 览 器 观 看 PDB 格 式 的 文 件 ; ICMLite 三 维 分 子 浏 览 工 具 是 MolSoft 公 司 的 软 件 ICM 的 简 化 版 , 免 费 推 出 , 功 能 强 大 。 可读 取 PDB 格 式 及 其 他 数 种 格 式 的 分 子 文 件 。Your company slogan

其 它 可 视 化 软 件LOGO POV-Ray3.5 是 一 个 高 质 量 、 完 全 免 费 创 造 三 维 图 像 的 非常 有 名 的 工 具 。 3D-mol viewer, 带 动 windows 系 统 下 生 物 软 件 革 新 的 vectorNTIsuite 中 的 一 员 。 Molmol 主 要 用 来 进 行 各 种 分 子 文 件 的 转 换 , 支 持 30 种 主要 分 子 格 式 。 MAGE 是 能 读 取 分 子 结 构 信 息 文 件 的 非 标 准 格 式 。Your company slogan

Protein 3D Structure PredictionLOGO 蛋 白 质 结 构 解 析 方 法 : X-Ray 和 NMR(nuclear magnetic resonance) X 晶 体 衍 射 : 首 先 要 得 到 蛋 白 质 的 晶 体 。 大 肠 杆 菌 表 达 重 组 蛋 白 ; 提 纯 之 后 摸 索 结 晶 条 件 ; 拿 到 晶 体 之 后 , 将 晶 体 进 行 x 射 线 衍 射 , 收 集 衍 射 图 谱 ; 通 过 计 算 , 能 得 到 蛋 白 质 的 原 子 结 构 。Your company slogan

X-RayLOGO 优 点 : 速 度 快 , 通 常 只 要 拿 到 晶 体 , 就 能 得 到 结 构 ; 不 受 大 小 限 制 , 无 论 是 多 大 的 蛋 白 , 或 者 复 合 体 , 无 论 是蛋 白 质 还 是 RNA、DNA, 还 是 结 合 了 什 么 小 分 子 , 只 要能 够 结 晶 就 能 够 得 到 其 原 子 结 构 。 x 射 线 方 法 解 析 蛋 白 的 关 键 是 摸 索 蛋 白 结 晶 的 条 件 。Your company slogan

NMRLOGO 首 先 通 过 基 因 工 程 的 方 法 , 表 达 出 目 的 蛋 白 ; 提 纯 之 后 , 摸 索 一 下 蛋 白 稳 定 的 条 件 , 如 蛋 白 没 有 聚 合 ,折 叠 良 好 , 装 入 核 磁 管 中 , 放 入 程 控 核 磁 谱 仪 中 , 电 磁 波激 发 蛋 白 中 的 原 子 ; 收 集 受 激 发 的 原 子 所 放 出 的 “ 能 量 ”, 收 集 处 理 数 据 、 谱 图处 理 、 电 脑 计 算 从 而 得 到 蛋 白 的 原 子 结 构 ; 优 点 : 在 液 体 中 得 到 结 构 , 动 态 的 结 构 ; 发 表 的 NMR 结 构 都 是 多 个 结 构 的 集 合 。Your company slogan

Structure PredictionLOGO 结 构 预 测 是 最 复 杂 和 最 困 难 的 预 测 技 术 。 序 列 差 异 与 三 维 构 象 最 常 见 的 是 同 源 建 模 (homology modeling) 和 穿 针 引 线法 (threading)。 PSI-BLAST 方 法 也 可 以 把 查 询 序 列 分 配 到 合 适 的 蛋 白 质 折叠 家 族 。 ……Your company slogan

同 源 建 模LOGO 根 据 同 源 蛋 白 质 三 级 结 构 的 保 留 性 超 过 蛋 白 质 序 列 的 理 论( identity>30%)。 序 列 一 致 性 越 高 , 三 维 结 构 其 准 确 性 越 高 。Your company slogan

同 源 建 模LOGO数 据 库 搜 寻选 择 模 版多 重 序 列 排 列骨 架 的 建 构 , 环 状结 构 仿 真 及 侧链 仿 真 能 量 最 小 化结 构 合 理 性 评 估Your company slogan

SWISS-MODELLOGO SWISS-MODEL 与 ExPASy 网 站 是 紧 密 相 联 系 。 目 前 有 30000 个 蛋 白 质 三 维 结 构 模 型 。 SWISS-MODEL 由 Manuel Peitsch 于 1993 年 发 起 成 立 。 服 务 公 众 。Your company slogan

SWISS-MODELLOGO SWISS- MODEL 的 工 作 模 式 : 简 捷 模 式 (first approach mode): 通 过 web 界 面 提 交 氨 基 酸 序 列 或 者 Swiss-Prot 编 号 , 服 务 器 自动 建 模 。 若 相 似 度 大 于 25%, 建 模 程 序 便 自 动 开 始 运 行 。 此 模 式 只 能 进 行 大 于 25 个 残 基 的 单 链 蛋 白 质 三 维 结 构 预 测 。Your company slogan

SWISS-MODELLOGO 比 对 界 面 ( alignment interface): 用 户 可 以 通 过 此 界 面 上 传 以 FASTA、MSF、CLUSTALW、PFAM 和 SELEX 格 式 的 多 重 序 列 比 对 结 果 。 序 列 中 必 须 至 少 包 含 一 条 目 标 序 列 和 一 条 来 自 于 ExpasyProtein Database(ExPdb) 的 模 板 序 列 。Your company slogan

SWISS-MODELLOGO 项 目 模 式 (project mode): 用 户 可 将 经 过 手 工 优 化 的 请 求 提 交 给 服 务 器 。 可 使 用 DeepView 来 建 立 一 个 项 目 文 件 , 它 包 含 模 板 结 构 、目 标 序 列 和 模 板 序 列 的 比 对 结 果 。 蛋 白 质 较 验 工 具 WhatCheck:http://www.cmbi.kun.nl/gv/whatcheck 平 均 势 能 的 web 界 面 http://swissmodel.expasy.org/anolea 或 者 使 用 某 些 商 业 软 件 包 提 供 的 检 验 算 法 来 计 算 。Your company slogan

EMBL AGADIRLOGO AGADIR 是 一 种 基 于 螺 旋 / 卷 曲 转 化 理 论 。 可 以 在 残 基 水 平 上 准 确 预 测 单 体 肽 螺 旋 行 为 的 算 法 。 可 以 预 测 肽 链 的 平 均 螺 旋 含 量 、α 碳 和 α 氢 原 子 的 构 象 、偶 合 常 数 等 参 数 。 此 算 法 对 短 肽 链 , 即 三 级 互 作 不 明 显 时 , 预 测 准 确 很 高 。 利 用 AGADIR 的 预 测 数 据 , 可 以 参 考 其 对 肽 链 螺 旋 , 及 蛋白 结 构 进 行 适 当 修 饰 。Your company slogan

其 它 结 构 预 测 相 关 程 序 及 数 据 库LOGO CPHmodels 神 经 网 络 同 源 模 建 方 法 :http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/ threading 法 3D-PSSM :http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~3dpssm/ 从 头 预 测 法 HMMSTR/Rosetta:http://www.bioinfo.rpi.edu/~bystrc/hmmstr/server.php PROSITE 蛋 白 质 功 能 位 点 :http://kr.expasy.org/prosite/ FSSP 已 知 空 间 结 构 的 蛋 白 质 家 族 :http://www.ebi.ac.uk/dali/fssp/fssp.html SCOP 蛋 白 质 分 类 数 据 库 :http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ CATH 蛋 白 质 分 类 数 据 库 :http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/ Pfam 蛋 白 质 家 族 和 结 构 域 :http://pfam.wustl.edu/ Bryant-Lawrence:ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/pkb DALI:http://www.embl-heidelberg.de/dali/dali.html FSSP:http://www.embl-heidelberg.de/dali/fssp/fssp.html TOPITS:http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.htmlYour company slogan

其 它 结 构 预 测 相 关 程 序 及 数 据 库LOGO 三 级 结 构 分 析 : STRAP:http://www.charite.de/bioinf/strap/ iMolTalk:http://i.moltalk.org/Your company slogan

LOGOThank You !Your company slogan