Microbiologie 1 : Virologie-Bactériologie-Parasitologie - Université ...

UNITES D’ENSEIGNEMENT DE MICROBIOLOGIEParcours : Biologie Moléculaire et CellulaireFaculté de Médecine Pierre et Marie CurieORGANISATION GENERALE1. Deux UE complémentaires et liées : 2 Fois 6 ECTS- UE de Microbiologie 1 : de la clinique au fondamental,premier semestre (janvier)- UE de Microbiologie 2 : séminaires d'investigation et de recherche en Microbiologiedeuxième semestre (mars-avril)2. Responsables- Professeur Dominique MAZIER (parasitologie) – CHU Pitié-Salpêtrière- mazier@upmc.fr- Professeur Jean-Claude NICOLAS (virologie) – CHU Tenon- jean-claude.nicolas@tnn.aphp.fr- Professeur Guillaume ARLET (bactériologie) – CHU Tenon (coordinateur)- guillaume.arlet@tnn.aphp.fr3. Capacité́ : 36 étudiants4. Renseignements:- Responsables- site Web : http://www-fmpmc.upmc.fr/fr/formation/le_lmd_m1_m2.html5. Inscriptions :Pour les DCEM-1, comme pour toutes les UEPour les autres étudiants, s'adresser à Frédéric Badin : frederic.badin@upmc.fr6. Public :Etudiants en médecine en DCEM-1, dentaire, pharmacie, écoles vétérinaires, Internes,Assistants, étudiants scientifiques entrant en Master, désireux de poursuivre une formation deMaster à l’Université Pierre et Marie Curie dans l’un des parcours de la spécialité «Microbiologie » de la mention « Biologie Moléculaire et Cellulaire ».OBJECTIFS GENERAUXLe programme de ces modules a été conçu par des enseignants-chercheurs médecins etpharmaciens et des praticiens hospitaliers très impliqués dans la recherche bio-médicale. Sonobjectif est d’initier des étudiants de formation médicale-santé à la démarche scientifique et auxoutils de la microbiologie contemporaine. Les objectifs pédagogiques ont été conçus de façon àce que les étudiants de formation médicale acquièrent un niveau scientifique, en microbiologie,comparable à celui des étudiants scientifiques ayant suivi une première année de formation deMaster dans la mention « Biologie Moléculaire de Cellulaire ». L’obtention de ces modulesconditionnera l’entrée des étudiants de formation médicale dans les parcours de microbiologiemédicale ou fondamentale du Master 2 de Microbiologie co-organisé par Paris 6, Paris 5, Paris7 et L’Institut Pasteur.Ces modules sont également ouvert aux étudiants scientifiques pour leur communiquer laculture de la microbiologie médicale et de l’infectiologie indispensable pour comprendre ladémarche scientifique des chercheurs travaillant dans ce domaine.

CONTENU ET ORGANISATIONModule 1 "de la clinique au fondamental".Ce module est axé sur le lien existant entre microbiologie clinique, microbiologie moléculaire,interactions hôtes-pathogènes, éléments génétiques. Chaque session traitera d'uneproblèmatique clinique actuelle et l'analysera à travers les aspects moléculaires et l'apport de larecherche fondamentale. Ce module est organisé en 3 sessions dans chacune des disciplines(Bactériologie, Virologie et Parasitologie-Mycologie de chacune 3 jours). Ces sessions sontorganisées en ED. 50h d’enseignement présentiel sous forme d'ED thématique sur une journéede 5 heures plus 10h de travail personnel. Volume horaire : 2 semaines à temps plein.Bactériologie1. Physiopathologie des infections à partir de quelques exemples. Rôle des bactéries dansles diarrhées (le modèle Clostridium difficile), les méningites (L. monocytogenes) et le cancer(H. pylori). Facteurs de virulence associées aux infections graves à Escherichia coli (1 journée).2. Tuberculose : épidémiologie clinique, épidémiologie de la résistance, bases génétiques de larésistance de Mycobacterium tuberculosis, bases moléculaires des nouvelles techniquesdiagnostiques, développement de nouveaux antibiotiques et de nouvelles stratégiesthérapeutiques (infection expérimentale) (1 journée).3. Multirésistance aux antibiotiques : aspects cliniques et thérapeutiques, épidémiologie enville et à l’hôpital, contrôle, diffusion, origine des gènes, mécanismes de mobilisation de cesgènes à partir de l’environnement et éléments génétiques impliqués dans cette mobilisation etcette diffusion (séquences d’insertion, transposons, intégrons, plasmides) (1 journée).VirologieDifférents modèles d’infection virale seront abordées (VIH, Herpes , Hépatites , Grippe …)au travers de trois thématiques transversales :1 - Mécanismes et conséquences de la variabilité génétique des virus (1 journée).2 - Relation Virus et système immunitaire (1 journée).3 - Stratégies antivirales et mécanismes de résistance (1 journée).Parasitologie Mycologie1. Paludisme : A partir des signes cliniques et biologiques de patients atteints de paludismegrave, on déduira les mécanismes potentiellement responsables des complications (pathogénèse).Des démarches de recherche explorant chacun de ces mécanismes seront ensuite présentées. Onanalysera enfin les avantages et inconvénients des modèles d’études utilisés, et les applicationspossibles des résultats : nouveaux médicaments ou vaccins. (1 journée).2. Aspergillus : Les Aspergillus occupent aujourd'hui une place essentielle au seindes microorganismes responsables d'infections opportunistes (incidence croissante, mortalitéimportante). La taxonomie moléculaire bouleverse les classifications basées sur le phénotype ettrouve son intérêt dans l'adaptation thérapeutique. Les interactions entre le champignon et lemacrophage alvéolaire sont au centre des études de physiopathologie. De nouvelles moléculesexercent une activité anti-aspergillaire fongicide et des drogues ciblant la paroifongique pourraient trouver leur intérêt dans des associations. (1 journée).3. Toxoplasmose : L’infection humaine à Toxoplasma gondii est le plus souventasymptomatique. La mise en évidence récente d’atteintes oculaires et de formes graves chezl’immunocompétent a permis la mise en évidence d’une diversité génétique chez ce parasite dontla signification diagnostique, clinique et thérapeutique n’est pas encore claire. Les manifestationscliniques et les méthodes diagnostiques sont très dépendantes de l’hôte et du parasite etreprésentent un modèle didactique d’interaction hôte-parasite. L’évaluation de nouvellesmolécules passe par des études in vitro. (1 journée).

Module 2 : séminaire d'investigation et de recherche en MicrobiologieContenu et organisationCe deuxième module est organisé par groupe de 4 étudiants soit 9 groupes. Chaque groupe de4 étudiants aura, à partir d'un article portant sur une thématique microbiologique actuelle etsous la tutelle d'un enseignant, à faire une analyse et une recherche bibliographique sur lesujet, à faire une synthèse et proposer une démarche d'axes de recherche future sur ce mêmesujet.- La première journée est consacrée à la mise en place du séminaire (comment analyser unarticle, en tirer une bibliographie ciblée, rechercher les données importantes, faire unesynthèse et savoir la présenter).- Les 4 journées suivantes seront un travail collectif de recherche bibliographique et d'analyseen relation avec le tuteur (qui se rendra disponible 2h par jour).- Les 3 premiers jours de la semaine suivante seront un travail de synthèse fait en groupeavec la préparation d'un diaporama de 40 minutes sur leur travail d'analyse bibliographique.- Les 2 derniers jours seront réservés à la présentation des diaporamas et aux questions.VALIDATION DES DEUX UE1. La première UE sera validée sous forme d'un examen commun sous forme de questions desynthèse portant sur les sessions thématiques2. La deuxième UE sera validée à la fin des séminaires, à la fois, par la qualité de la recherchebibliographique, la qualité de la synthèse, la qualité du diaporama et celle des perspectivesdéveloppées et la réponse aux questions posées par les autres étudiants. Un jury composéde trois personnes (1 par discipline) évaluera ces différentes démarches en liaison avec lestuteurs.