laboratoire de biologie des protistes umr cnrs 6023 - Jacquet Stephan
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LABORATOIRE DE BIOLOGIEDES PROTISTESUMR CNRS <strong>6023</strong>PrésentationduLaboratoireUniversité Blaise Pascal Clermont-Fd
UMR CNRS-UBP <strong>6023</strong> – LBP‘Biologie <strong>de</strong>s Protistes’I - Problématique généraleEtu<strong>de</strong> <strong>de</strong>s Microorganismes (Protistes enparticulier) comme :a) Modèle biologique d'intérêt général(morphogenèse)b) Acteurs essentiels du fonctionnement <strong>de</strong>sécosystèmes aquatiques et terrestresc) Modèle d'étu<strong>de</strong> <strong>de</strong>s relations hôte-parasite auniveau génomique et post-génomiqueUMR CNRS <strong>6023</strong> - Biologie <strong>de</strong>s Protistes
Cadre scientifique généralII - Démarche scientifiqueAssocier compétences et approches au niveau :1- <strong>de</strong> la <strong>biologie</strong> <strong>de</strong>s populationset <strong>de</strong>s éco-systèmes et <strong>de</strong> l'écologie2- <strong>de</strong> la génomique et post-génomique⇒ Approches à divers niveaux d’intégration biologique(molécule -> écosystème) et à échelles totalementdifférentes=> Spécificité <strong>laboratoire</strong> : étu<strong>de</strong>s à différents niveauxd’intégration sur un modèle biologique communUMR CNRS <strong>6023</strong> - Biologie <strong>de</strong>s Protistes
Organigramme 2004 - 2007Directeur : C. Amblard - Directeur - Adjoint : C. VivaresBiodiversitémicrobienne etfonctionnement<strong>de</strong>s écosystèmesaquatiquesG. FontyEcotoxicologiemicrobienneJ. BohatierGénomiqueintégrée <strong>de</strong>sInteractionsmicrobiennesP. PeyretCytosquelette etMorphogenèse<strong>de</strong>s ProtistesB. ViguesParasitologiemoléculaire etcellulaireC. VivaresAmblard C. DRBourdier G. PRCarrias J.F. MCCharpin M. MCDebroas D. PRDesvilettes C. MCDévaux J. PrBatisson I. MCBohatier J. PrFajon C. MCLafosse J. MCMallet C. MCBonnet M. MCDossat V. MCGagne G. MCGonçalves O. MCPeyret P. PrPeyretailla<strong>de</strong> E. MCVeissiere P. MCBouchard P. MCBricheux G. CRBrugerolle G. DRCoffe G. CRHenou C. MCRavet V. MCViguès B. CRBata J. MCCornillot E. PrDelbac F. MCDenise H. MCMetenier G. MCPrensier G. PrTexier C. MCFonty G. DRVivares C. PrSean K. MCSime-Ngando T. CR- Enseignants - chercheurs : 30- Chercheurs CNRS : 7-ITA-IATOS : 13,6- DEA, Doctorants : 16- Post-doctorants : 4,5UMR CNRS <strong>6023</strong> - Biologie <strong>de</strong>s Protistes
Equipe « Parasitologie moléculaire et cellulaire »- GENOMIQUE COMPARATIVEStructures génomique et génique <strong>de</strong>s eucaryotesparasites intracellulaires obligatoires(cartographie physique, séquençage à gran<strong>de</strong> échelle)- DYNAMIQUE DES GENOMES° Polymorphisme antigénique° Etu<strong>de</strong> <strong>de</strong>s éléments mobiles- Organismes modèles :° Microsporidies (Mammifères : homme, bétail ; Poissons ; Insectes)° Myxosporidies (Poissons),° Apicomplexa (Toxoplasme), Flagellés (Histomonas)UMR CNRS <strong>6023</strong> - Biologie <strong>de</strong>s Protistes
Equipe « Cytosquelette et Morphogenèse <strong>de</strong>s Protistes »Modèle flagellé Trichomonas vaginalisForme nageuse(+ Paramecium)Forme amiboï<strong>de</strong>Perception dusignalTransductionRéorganisationcytosquelettiqueEtu<strong>de</strong> <strong>de</strong> la réorganisation du cytosquelette actine au cours <strong>de</strong>l ’adhésion du parasite aux cellules épithélialesUMR CNRS <strong>6023</strong> - Biologie <strong>de</strong>s Protistes
Equipe « Génomique intégrée <strong>de</strong>s interactions microbiennes »--------------------------------------------------------------------------------------------------Objectifs scientifiques :• Conception <strong>de</strong> puces dédiéesau suivi <strong>de</strong> communautésmicrobiennes complexesDosage polluantsSuivi <strong>de</strong> ladépollution16 S /18S 23 S/28SITSSon<strong>de</strong>s familles ou groupes spécifique• Evaluation <strong>de</strong> la biodiversitémicrobienne• I<strong>de</strong>ntification <strong>de</strong> souchesd’intérêt• Caractérisation <strong>de</strong>s enzymesclefs• Caractérisation <strong>de</strong>s mécanismesd’adaptation <strong>de</strong>s communautésmicrobiennes (Bioremédiation)SOL CONTAMINE : METAUX,HAP, POC, SOLVANTS...BIOREMEDIATION :DIAGNOSTIC ET SUIVIDE LA DEPOLLUTIONSOL SAINsuivi qualitatif et semi-quantitatif<strong>de</strong>s populations microbiennesUMR CNRS <strong>6023</strong> - Biologie <strong>de</strong>s Protistes
Equipe « Ecotoxicologie microbienne »Impact <strong>de</strong> xénobiotiques sur les communautés microbiennes aquatiquesDevenir <strong>de</strong>s polluantsxénobiotiquesEvaluation <strong>de</strong> la toxicité :microbiotestseauCommunautésmicrobiennesaffectées par<strong>de</strong>s polluantssédimentAXE 3Appréhension <strong>de</strong>s impacts au niveau systémiqueModifications fonctionnelles Modifications structuralesAXE 2Adaptation d ’espèces bactériennes aux xénobiotiquesUMR CNRS <strong>6023</strong> - Biologie <strong>de</strong>s Protistes
Equipe « Biodiversité et Fonctionnement <strong>de</strong>s Ecosystèmes Aquatiques »-> Étu<strong>de</strong> <strong>de</strong>s principaux facteurs <strong>de</strong> régulation<strong>de</strong> biodiversité microbienne :- ressources,- prédation,- lyse virale,-> Signification fonctionnelle <strong>de</strong> la biodiversitémicrobienne : => Relation diversité – fonctionnement<strong>de</strong>s écosystèmes° Approche écosystémique et expérimentale (réseau + modélisation)° Suivi <strong>de</strong> biomarqueurs et <strong>de</strong> composés essentiels dans les réseaux trophiques° Développement Ecologie moléculaire (virus, bactéries, <strong>protistes</strong>)UMR CNRS <strong>6023</strong> - Biologie <strong>de</strong>s Protistes
CADRE SCIENTIFIQUEPROCESSUS ETUDIESNUTRIMENTSMINERAUX"Réseaux trophiques microbiens en milieu pélagique lacustre"MATIERE ORGANIQUEALLOCHTONE"Facteurs <strong>de</strong> régulationascendants et <strong>de</strong>scendants<strong>de</strong>s microorganismes <strong>de</strong> laboucle microbienne"PRODUCTEURSPRIMAIRESMicroalguesCyanobactériesMATIEREORGANIQUEAUTOCHTONEMATIEREORGANIQUEDISSOUTEPARTICULAIRE-Abondance ?-Rôles ?ORIGINE, QUALITÉ,TRANSFORMATION<strong>de</strong> la MATIÈREORGANIQUEDISSOUTEMETAZOAIRESZOOPLANCTON- Microrustacés-RotifèresPREDATEURSPOISSONSAMIBES NUESVIRUSBACTERIES HETEROTROPHES+ PICOALGUES+ PICOCYANOBACTERIESBOUCLEMICROBIENNEPROTISTESFLAGELLESPROTISTESCILIESECOLOGIE MICROBIENNE DES ZONES ANOXIQUES-Abondance ?-Rôles ?INTERACTIONSTROPHIQUES ausein <strong>de</strong> laBOUCLEMICROBIENNEPROTOZOAIRES=SOURCES DECOMPOSÉSESSENTIELS pourZOOPLANCTONMÉTAZOAIRE
RECHERCHES EN COURSStructures et activités <strong>de</strong>s communautés picoplanctoniques lacustres(Didier Debroas, Delphine Bouchet, Cécile Lepère)Approche <strong>de</strong> la diversité <strong>de</strong>s <strong>protistes</strong> flagellés hétérotrophes lacustres àl’ai<strong>de</strong> <strong>de</strong> son<strong>de</strong>s oligonucléiques(J-François Carrias, Christian Amblard, Emilie Lefèvre)Impact <strong>de</strong>s virus sur la diversité bactérienne lacustre(Télesphore Sime-Ngando, Pra<strong>de</strong>ep Ram)Relations Calanoï<strong>de</strong>s-microorganismes dans les lacs d’altitu<strong>de</strong>: approche par lesbiomarqueurs(Christian Desvilettes, Gilles Bourdier, Aurélie Véra)Structures et métabolismes <strong>de</strong>s bactéries anaérobies du lac Pavin(Gérard Fonty, Catherine Lehours)