Analyse d'image numérique avec Imagej - Gabriel Lapointe

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Installation et compilation ● Les plugins sont facilement installés tout simplement en les plaçant dans le dossier plugins. ● Pour trouver où se trouve le dossier de plugins – Plugins > Utilities > ImageJ Properties... – Trouver la ligne qui commence par : Menus.getPlugInsPath ● Les plugins se retrouvent en 3 formats. ● *.java : Les codes sources, permet de modifier le plugins. Par contre, ils nécessitent d'être compilés pour pouvoir les utiliser (Plugins > Compile and run...) ● *.class : Fichier déjà compilé qui peut être utilisé directement par ImageJ. ● *.jar : Pour les plugins plus complexes, nécessitant plusieurs fichiers class, ces derniers sont regroupés dans un fichier d'archive. Ces derniers peuvent être utilisés directement par ImageJ. ● Tous les fichiers *.class, *.jar et *.txt dans le dossier plugins, et qui contiennent un « _ » dans leur nom, vont être reconnus par ImageJ et accessible dans le menu Plugins.
Bio-formats http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html ● Ce plugin permet d'ouvrir la plupart des fichiers propriétaires obtenus <strong>avec</strong> les microscopes. ● Dans la plupart des cas, il permet d'avoir accès aux métadonnées contenues dans l'image.
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