Sandra GUILLOUD - Inra
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MONASTIR 2011Génotypage SNP Haut débit :Chimie KASPar /LC480® et Biomark®<strong>Sandra</strong> Guilloud - ContaminePrésentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANEUMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
MONASTIR 2011Génotypage SNP haut débit sur la plate-formeEn Multiplex :Illumina Golden Gate Veracode (BeadXpress)En Simplex :Chimie KASParselon configurationdu projetLC480®RocheBiomark®FluidigmPlate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANEUMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
MONASTIR 2011Principe de la chimie KASPar (KBiosciences Allele Specific PCR)Amorces allèlesspécifiquesExemple SNP C/TAGCVICAmorcecommuneFAMQQQPrésentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANEUMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
MONASTIR 2011Les outils pour le génotypage KASparLC480®Biomark®Support Plaque 384 Puces : - 48*48- 96*96Type de projetQuelques SNPsAu moins 48 SNPsVolumeréactionnelµL nLDébit 20 plaques/jour :7680 données2 puces/jour :18240 données(puces 96*96)Présentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANEUMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
MONASTIR 2011ConclusionTechniques robustes, simplesBiomark® :- très puissant : 1 puce 96*96 = 24 plaques 384LC480® : très flexible- permet de diminuer le nombre de pipetage- faible consommation de réactifs et d’ADNPrésentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANEUMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
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