Le système d'information - plateforme Génomique
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http://crgs.genopole-toulouse.prd.fr<br />
La <strong>plateforme</strong> Génomique<br />
CRGS<br />
Campus INRA Auzeville<br />
Denis Milan – Gérald Salin<br />
Responsable scientifique – Responsable informatique
<strong>Le</strong>s objectifs<br />
• Mettre à disposition de la communauté scientifique<br />
du matériel, et un réseau de compétences pour :<br />
– <strong>Le</strong> séquençage de fragments PCR ou génomiques<br />
– <strong>Le</strong> génotypage de marqueurs génétiques<br />
– La gestion de collection de clones bactériens et leur<br />
utilisation (production de fragments PCR, réalisation de<br />
membranes …)<br />
– L’analyse de l’expression des gènes en temps réel<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
L’atelier Génotypage & Séquençage<br />
MATERIEL :<br />
• 1 Robot pipeteur TECAN 200 x 8 aiguilles<br />
• 4 Thermocycleurs ABI 9700 2 blocs 384<br />
• 1 Séquenceur ABI 3730 48 capillaires<br />
• 1 Séquenceur ABI 3100 16 capillaires<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
L’atelier Gestion des banques<br />
MATERIEL :<br />
• 1 Robot piqueur de clones Biorobotics Biopick<br />
• 1 Robot grideur Biorobotics Biogrid<br />
• 1 Robot grideur Biorobotics Microgrid II (64 aiguilles)<br />
• 1 Scanner Fujibas 5000<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
L’atelier PCR automatisée<br />
MATERIEL :<br />
• 1 Robot pipeteur TECAN 150 x 8 aiguilles/porte cônes<br />
• 2 Tétrades MJ Research 4 blocs 96<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
L’atelier PCR Quantitative<br />
MATERIEL :<br />
• 1 Thermocycleur en temps réel ABI7900HT<br />
– Bloc 96 puits<br />
– Bloc 384 puits<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
L’atelier Stockage d'échantillons (2007)<br />
MATERIEL :<br />
• Congélateurs -80°C & -20°C (enregistrement température et<br />
alarmes)<br />
• <strong>Le</strong>cteurs code-barres 1D & 2D<br />
• Imprimante code-barre 1D<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
L’équipe du CRGS<br />
• Un personnel dédié :<br />
– Cécile Tonon-Donnadieu (titulaire INRA)<br />
– Gérald Salin (CDD)<br />
– Julien Sarry (CDD)<br />
– Pauline Lasserre (CDD)<br />
Une adresse mail : equipe.crgs@toulouse.inra.fr<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
Un nouveau bâtiment en janvier 2007<br />
• Un bâtiment<br />
– déménagement début janvier 2007<br />
– commun avec le CNRGV (centre national des ressources génomiques végétales)<br />
– 282 m2 de SHON sur Auzeville<br />
CNRGV<br />
CRGS<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Trois objectifs principaux :<br />
– Gestion de la <strong>plateforme</strong><br />
– Traçabilité des objets<br />
– Traçabilité des manipulations<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Gestion de la <strong>plateforme</strong><br />
– Laboratoires<br />
– Utilisateurs<br />
– Robots<br />
– Accréditations<br />
Base<br />
de<br />
données<br />
centrale<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
– Objectifs / intérêts<br />
1. Localiser rapidement<br />
2. Accéder à l'historique d'utilisation<br />
3. Gérer plus efficacement la <strong>plateforme</strong><br />
– Principe :<br />
1. Tout objet code-barré<br />
2. Relation contenu / contenant<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
– Identification des types d'objets<br />
– Identification des types d'actions<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
– Identification des types d'objets<br />
– Identification des types d'actions<br />
– Génération des codes-barres<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des objets (plaques / tubes ...)<br />
– Pas de gestion du contenu des plaques et des tubes<br />
– Système utilisable par les labos extérieurs pour gérer leurs<br />
objets<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des manipulations<br />
– Objectifs / intérêts<br />
1. Centralisation des données<br />
2. Accessibilité via web<br />
3. Simplification de la gestion des données<br />
– Principe<br />
1. Association fichiers / utilisateur<br />
2. Chargement sur le serveur<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des manipulations<br />
Fichier de programmation robot<br />
Windows 2000<br />
Windows NT<br />
Windows XP<br />
Fichier log<br />
Fichier résultat<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des manipulations<br />
– La donnée de base est le fichier<br />
– <strong>Le</strong> framework .NET uniformise les OS<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des manipulations<br />
– Application sur chaque PC pilotant un robot<br />
– Configuration par fichier XML<br />
– Tolérance aux problèmes réseau<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des manipulations<br />
– Accès aux données via portail web<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des manipulations<br />
– Accès aux données via portail web<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Traçabilité des manipulations<br />
– Accès aux données via portail web<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• <strong>Le</strong> portail web CRGS<br />
– Typo3<br />
– News<br />
– Forums<br />
– Informations scientifiques et techniques<br />
– Téléchargements d'outils pour les utilisateurs<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
<strong>Le</strong> système <strong>d'information</strong><br />
• Pour conclure<br />
– Développements génériques pour les <strong>plateforme</strong>s<br />
technologiques<br />
– Ouverts à la diffusion de nos applications<br />
– RDV au stand pour plus d'infos (face entrée hall)<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
Remerciements<br />
• Aux Equipes qui travaillent sur la plate-forme et la font<br />
vivre …<br />
• Aux Subventions de :<br />
– FEDER (personnel sur 2 ans)<br />
– RNG (maintenance, équipement)<br />
– Région Midi-Pyrénées (Bâtiment, CPER, PRAI)<br />
• Aux organismes partenaires de la Génopole<br />
• A la Plate-forme Bioinformatique (hébergement)<br />
23 novembre 2006, ENSA Toulouse
Présentation disponible sur le site Internet de<br />
la <strong>plateforme</strong> :<br />
http://crgs.genopole-toulouse.prd.fr/
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