CR journées CATI BIOS4Biol 28 29 janvier 2013 28 janvier matinée ...

CR journées CATI BIOS4Biol
28 ­ 29 janvier 2013
28 janvier ­ matinée
Présentation programme
37 personnes sur les 40 +/­ qui composent le CATI.
Tour de table avec réponse aux questions :
­ qui suis­je
­ que fais­je
­ pour qui je le fais
­ comment je le fais
­ quel est mon principal projet"
Présentations individuelles souvent très rapides (moins des 2mn accordées). Pas un problème
en soit puisqu'il y a l'annuaire des compétences.
Présentation des différentes structures : (reprendre les présentations serait sans doute mieux ;­)
● Plate­forme Métabolomique (Bdx CGFB ­ Génomique fonctionnelle) ­ Daniel
○ Analyse/Identification métabolite
○ Moyen 3.45 kE HT
○ Personnel impliqué en 2012 23 permanents soit 7.2 ETP
○ accueil master / thèse / postdoc
○ ISO9001
○ entre services et collaborations
○ Projet principalement plante/fruits charnus
○ Réseaux RENABI, METABO (avec Saclay, Clermont, Toulouse) ...
●
Plate­forme Bioinfo Bdx CBiB ­ David
○ ISO9001
○ 10 personnes
○ Infrastructure matérielle : juste 32 cores, s'appuie sur mesocentre Aquitaine
(3000 cores)
○ Missions thèmes :
■ Prestations : hébergement / Dév logiciel / Ingénieurie Bioinfo …
■ Recherche Dév
■ Formation
■ Veille techno
○ Projets :

■
■
■
■
■
Génome abricot
Métagénomique
Génomique comparative
Métabolite
COSMOS
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Métatoul ­ Marie
○ Créé en 2005
○ métabolisme, fluxomique, RMN, lipidomique ...
○ IBISA ­ CNOC
○ ISO9001 en fin d’année
○ Moyen => 6 CR / 20 Ingénieurs
○ Biochimie métabolique
○ Chimie analytique
○ RMN …
Plate­forme métabolomique Clermont­Ferrand Theix ­ Franck
○ UMR nutrition humaine
○ Plateforme exploration du métabolisme (RMN, spectro)
○ 8 chimistes, 1 biostat, 1 info, 1 bioinfo, 1 qualité
○ ISO9001 en 02/2013
○ 3 projets ANR
○ 3 projets EU
GeT Plage ­ Claire
○ Séquençage
○ Génotypage
○ 17 pers dont 3 bioinfo
○ Production de données / mise à disposition d'infrastructure
○ NG6 (plateforme web de stockage NGS)
○ Equipement :
■ 2 HiSeq 2000
■ 1 MiSeq
■ 1 454
■ 1 BioMark
■ 1 BeadXpress
GeT genome et transcriptome ­ TRIX (Transciptomic impact of Xenobiotics) ­ Yannick
○ Microarray (agilent) et qPCR
INRA INSERM CNRS...
TOXALIM TRIX Genotoul Bioinfo
GeT genome et transcriptome

Genotoul Biostat
Privé
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GeT Biopuces ­ Sophie
○ Service GeT Biochips
○ Biochips ­ Bionanotechno ­ R&D
○ Des plans d’expé aux analyses stats
○ 13 personnes (1 chef, 5 service, 7 recherche)
GenoToul Bioinfo ­ Antoine
SIGENAE ­ Karine
UBIA ­ Damien
○ Dépt MIA
○ 2 équipes de recherche
■ MAD modélisation des agroécosystèmes
■ SaAB Stat et algo pour la biologie
○ 3 PF
■ Record
■ SIGENAE
■ Genotoul Bioinfo
○ Recherche méthodo
■ Modèle graphe stat
■ Prog par contrainte
○ Logiciel
■ Cartagene (construction de carte génétique RH)
■ MCQTL
■ ToulBar2 (design de prot)
■ Appollo RNA
■ RNAspace
■ eugene
Plateau transcriptomique de Rennes LPGP ­ Jérôme
○ 2 personnes
■ Jérôme Montfort (analyse)
■ Aurélie Le Cam (expé)
○ Réalisation
■ Microdissection laser
■ miRNA truite => puce
■ Métaanalyse

■ OSCILE mise en évidence de profils d’expression conservés chez 4
espèces
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●
CRB­Gadie ­ Sylvain
○ Activités
■ Gestion BAC
■ Stockage échantillons bio
■ Atelier microarray commerciaux
■ Production de librairies NGS
○ CNOC IBISA ISO9001
○ 4 pers : 1IR 1IE 2Tech
Labo Physiologie de la reproduction et des comportements de Tours ­ PRC ­ Géraldine
○ Personnels:
■ 150 scientifiques, ingénieurs, techniciens et administratifs ;
■ 150 à 200 stagiaires par an.
■ 10 équipes de recherche
○ Missions
■ Département PHASE (Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage)
■ La PRC mène des recherches fondamentales et appliquées sur la
fonction de reproduction d’espèces domestiques (bovins, ovins, caprins,
équins, aviaires et porcins), d’espèces modèles (rats, souris) et sur les
comportements animaux sexuels, maternels et sociaux.
■ Études également sur l'espèce humaine.
■ Études et études de la conservation des espèces sauvages.
■ Liens forts avec les départements Génétique Animale et Santé Animale

28 janvier ­ après­midi
Travail en groupe :
­ Groupe “séquence” ­ Géraldine
BILAN de l’existant:
● les infrastructures d’appartenance communiquent entre elles, même avant la création du
CATI et particulièrement avec les deux structures coeur du CATI i.e. Genotoul bioinfo et
Sigenae
●
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●
●
le bilan des produits et réalisations des membres du groupe:
○ Ng6, Phyleasprog, Ngs­pipelines, Rnaspace, Easytoul, SVN bio­info utils,
Galaxy*, Sig­learning*, Scripts*, sig­reannot*, Benchmarking*
*à mettre en commun post­CATI
les projets: Funhymat, CartoSeq, D­livers, SOSRNA
les éléments du métier: Chaîne de traitement, Interface utilisateur, Base de données
le partage de réunions (SIGENAE – Plateau transcriptomique ­ CRB GADIE // Bioinfo
genotoul – Get­Plage )
A faire:

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●
un projet bottom­up: benchmarking
partager les compétences dans le groupe
rééquilibrer les connaissances entre bioinfo et statistiques. Organisation de formation
générique entre communauté au sein du CATI
partager les scripts Perl et python (obligation de documentation des scripts / production
d'une page de requête sur les scripts disponibles (assurer les veille sur ses scripts))
remonter annuellement des besoins de formation
partager les demandes qui viennent des utilisateurs pour de nouvelles demandes
(Forum)
annuaire de compétences à maintenir
Que pourrait produire le groupe en fin d’année :
● Publis “individuelles”
● Publis inter­structure
● Projets inter­structure
● Des rencontres, quelle thématique
○ Ouverture des réunions SIGENAE au CATI pour faire des réunions à thèmes
● Annuaire de compétences
● Site web CATI
­ Groupe infrastructure ­ Didier
● Personnes présentes :
○ Damien Leroux (Toulouse ­ développement. optimisation de code, parallélisme)
○ Patrice Déhais (Toulouse ­ développement, bioinfo install et utlisation, SGBD,
admin)
○ Didier Laborie, Marie­Stéphane Trottard (Toulouse ­ bioinfo install, SGBD, admin)
○ David Benaben (Bordeaux ­ bioinfo install, SGBD, admin)
○ Franck Giacomoni (Clermont ­ bioinfo install et utlisation, SGBD, admin)
● Ensemble :
○ Admin syst : tout le monde en fait, avec des choix divers quant aux solutions et
techniques, il semblerait judicieux de pouvoir essayer D'UNIFORMISER/
STANDARDISER pour pouvoir mieux partager ... le point suivant peut être un
moyen d'y parvenir
○ IFB (ex Grisbi) : presque tous ont eu à faire avec Grisbi (mise à disposition de
nœuds, ou simple utilisation). Une implication de certains d'entre nous dans l'IFB
permettrait de faire remonter nos besoins ou de savoir vers quoi tendre pour se
rapprocher d'un tout homogène partageable.
○ Déploiement de logiciels et machine virtuelle : la virtualisation est déjà en place
chez les différents interlocuteurs, et la solution retenue est la même (VmWare).
Un partage et mise à disposition d'outils/de solutions semble pouvoir se faire

assez simplement (PRA)
○ Infrastructure : est ce qu'un mode de partage pourrait émerger
■ installation des mêmes outils/logiciels de chaque côté
■ exécution à distance et installation et maintenance uniquement par la
partie la plus opérationnelle sur le dit produit
■ pour ce qui est du stockage, l'expérience des uns peut profiter aux autres,
mais le partage ou la mise à disposition n'est pas encore à l'ordre du jour,
car les besoins nécessitent des moyens locaux pour des questions de
performance. Avec l'amélioration des réseaux et mise en place de VPN ...
pourquoi pas (SGBD, données de référence publiques ...).
○ Galaxy : semble être en vogue partout. Question : comment partager autour de
Galaxy
■ échange d'installation sous forme de VM (pose le problème des softs
sous­jacents, du cluster, de l'authentification)
■ partage des workflows (même remarque)
■ => mis à part un partage d'expériences et de pratiques, le reste ne peut
se faire sans uniformisation, standardisation des couches logicielles et
matérielles avec un partage de ces dernières.
○ Parallélisation : la parallélisation gros grain est assez bien gérée par les
personnes pouvant disposer d'un cluster, mais il y a de plus en plus de cas avec
l'arrivée du haut débit un peu partout où des logiciels "sans source et hors
maintenance" se retrouvent à leur limite d'utilisation (vrai en stat, métabolo,
génétique ...). Une parallélisation fine est alors nécessaire (multi threads, MPI,
GPU). Pour le moment le seul à avoir de telles compétences est Damien.
­ Groupe stat ­ Luc
● Peu d’outils communs (autant de statistiques différentes que de statisticiens ou de types
de données à analyser). Seul socle commun peut être : les ACP.
● Quelques problématiques communes néanmoins :
○ Sélection de variables
○ Simplification / élimination de bruits
● Des interrogations :
○ que peut on apporter aux biologistes (meilleurs outils, visualisation ...)
○ qu'attend l'INRA comme résultat des CATI
● Peut être deux sous groupes : Métabo / Microarray car difficile de mener les deux de front
en 4 ans seulement.
Présentation CATI (historique...) ­ Christophe
● D'où vient la notion de CATI ... et de la prime info
● oubli et renaissance des CATI pour légaliser cette dernière
● .../...

29 janvier ­ matinée
1. Organisation
○ Taille des groupes
■ ⅔ biofino (trop gros comment le structurer/découper)
■ ⅙ biostat
■ ⅙ système
2. Produire ­ Produire, ou développer, mettre en place une infrastructure pour répondre à
un besoin commun
○ Ce qui marche
■ SIGENAE/Bioinfo genotoul
● NGSpipeline
● RNAspace
■ Bioinfo / Plage
● NG6
3. Partager
○ Pratiques
○ Code
○ Environnement
■ Entrepôt de données
■ Chaines de traitement
■ Interfaces (NG6 ­ regrouper les données du CATI )
■ Système, cluster de calcul, virtualisation (poste de W, serveur de prod...)
■ Framework (mashup, openajax, EBI bioJS)
○ Interaction entre les 3 groupes du CATI
■ échange de ce qui marche ET de ce qui marche pas
■ script …
○ Plan expérimental (stat)
4. Projet commun
○ Formation intra CATI
○ Formation inter CATI / même objet
○ Organisation en binomes
■ bioinfo bioinfo
■ bioinfo stat
Discussion autour de la production des CATI
Ontologie La “donnée” …
5. Les moyens à demander
○ actuellement 200euros par personne
Présentation Christine GASPIN
Présentation Denis MILAN

Participation aux questions/réponses de Frédérick Garcia
Discussion avec Christine GASPIN, Denis MILAN et Frédérick GARCIA
● Qu’est ce qui caractérise ce CATI
● Quel périmètre
● Auberge espagnole
● Coeur fort autour de deux PF (bioinfo / SIGENAE)
● Supra CATI (Christine responsable)
● Production du CATI :
○ “Pas spécialement mais on regardera en quoi le fait d’être dans un CATI améliore
votre production”
● Christine ­ qu’attendez vous de nous => Interface DU
● Denis : le CATI est une coquille vide pour légaliser la prime. l'INRA a voulu en tirer
quelque chose de plus : une première structuration (fourre­tout), puis une seconde (sans
doute encore trop verticale) ont abouti à cette dernière mouture. À nous de remplir cette
coquille et d'en faire quelque chose d'utile.
En théorie il devrait y avoir des lettres de missions pour les responsables scientifiques et
techniques ... mais pratiquement il n'y en aura pas, sauf en cas de problème. Donc dans
la pratique, il n'y a pas véritablement de ligne directrice. Les textes eux­mêmes sont très
ouverts (possibilité de monter des projets, de faire des demandes de recrutements),
ceux qui empiète sur les compétences jusqu'à lors détenues par les unités et de leurs
responsables.
● Toujours un flou et une confusion dans la suite de la discussion autour des mots
"Produire" et "Rapport".
Note perso, Patrice: à bien y réfléchir, je ne pense pas que la production au sein d'un
CATI ne doive dépasser le cadre du développement ou de la mise en commun
d'infrastructure, de logiciel, ou de méthode. Tout l'aspect production de donnée ou
traitement doit rester au sein des entités (plate­formes, unités, ...).
=> La notion de rapport d'activité ne devra donc concerner que ce qui aura été fait
ensemble pour faciliter la production individuelle de chacun au sein de nos équipes
respectives ...
=> La notion de projet par le CATI peut avoir son sens dans des structures comme
EADgenes, mais pas vraiment par exemple dans une ANR en tant que service ou
collaborateur, hormis dans le cadre de recherche en (bio)info pure.
=> La demande de poste, toujours dans ce cadre de non production/traitement, bien que
possible d'après les textes, devient sans doute plus difficile voire uniquement théorique.
29 janvier ­ après­midi
Plan d’action 2013
Que partager :
● NG6 (stockage des données) ­ 4
● Pratiques / Savoir faire ­ 20

● Choix techno ­ 12
● Bouts de code / Forge (SVN) ­ 25
● Formations ­ 13
● Liste / analyse des besoins utilisateurs et le notre ­ 3
● Worflow ­ 14
● Partage de moyens logiciels / BD / VM ­ 3
● Collabo dév ­ 4
● Annuaire des compétences ­ 5
● Canal IRC ­ 2
● Lettre info
● Ouverture réunion ­ séminaire CATI ­ 3
● Info mail (site)
Retenus :
● Séminaire visio mensuel (réunion groupe SIGENAE juste avant) ­ Christophe
● Canal IRC ­ Damien
● Workflow / galaxy ­ Sarah
● Bouts de code ­ Olivier
● Site web (wiki) / Logo / Charte graphique ­ Céline Hélène Cédric Philippe
Remarques :
● Groupe phylogénie évolution (géraldine ­ hélène ­ claire ­ francois ­ sarah … )
En cours de réflexion sur du moyen/long terme
Formation phylogénie
Pipeline galaxy
● Réunion anuelle 2014
○ Tour de table des pers. et réalisations
○ Réunion par groupe (problème des personnes à cheval entre deux groupes)
○ Partage inter groupe
○ Fédération des travaux pour la période à venir