Brochure Genotest - CIAQ
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Le testage génomique, pour vous aider à prendre de meilleures décisions de gestion<br />
Un service de testage génomique pour les producteurs laitiers,<br />
offert par Holstein Canada et les partenaires de L’Alliance Semex<br />
(Westgen, Gencor, Eastern Breeders et <strong>CIAQ</strong>)<br />
GENCOR
GÉNOMIQUE 101<br />
La génomique est l’étude de l’ADN, ces molécules qui recèlent les gènes de chaque individu. Pour<br />
plusieurs au sein de l’industrie de la génétique laitière, la génomique est perçue comme la plus<br />
importante avancée depuis l’avènement de la semence congelée. Le testage génomique est un<br />
outil qui procure plus de précision du mérite génétique d’un animal. Le gain de précision est plus<br />
significatif chez les jeunes sujets (tableau 1). Il s’applique à n’importe quel caractère pour lequel des<br />
évaluations génétiques traditionnelles existent. Cette nouvelle technologie ouvre la porte à de nouvelles<br />
opportunités en matière de progrès génétique. Les producteurs laitiers du Canada sont désormais bien<br />
outillés pour pouvoir profiter de la génomique.<br />
OPPORTUNITÉS POUR LES PRODUCTEURS<br />
QUI UTILISENT LE TESTAGE GÉNOMIQUE<br />
La génomique est une méthode rapide et pratique pour pouvoir prédire avec plus d’exactitude le<br />
potentiel génétique d’un animal. Avec les coûts d’élevage d’une génisse qui atteignent 2 000 $ ou plus<br />
au Canada, le fait de pouvoir prendre de meilleures décisions en matière de sélection, de réforme ou<br />
de commercialisation à un plus jeune âge peut avoir un impact important sur la rentabilité globale du<br />
troupeau.<br />
Les résultats génomiques donnent aux producteurs des renseignements additionnels qui leur permettent<br />
de prendre de meilleures décisions de sélection, avec un accent mis sur l’accroissement du progrès<br />
génétique. Le choix des meilleurs taureaux – en allant peut-être jusqu’à utiliser de la semence sexée<br />
– sur les meilleures génisses est un exemple de l’application de cette nouvelle technologie. La prochaine<br />
génération de femelles est votre meilleure occasion d’améliorer le niveau génétique général de votre<br />
troupeau.<br />
3
TABLEAU 1 - GAIN MOYEN DE FIABILITÉ DE L’IPV AVEC<br />
L’UTILISATION DE LA GÉNOMIQUE<br />
Holstein<br />
Août 2010<br />
Génisses<br />
Jeunes vaches<br />
(1 re ou 2 e lactation)<br />
Vaches étrangères avec<br />
MACE au Canada<br />
% moyen de fiabilité de l’IPV<br />
Traditionnel 50K SNP 3K SNP*<br />
37 65 62<br />
54 69 67<br />
43 67 65<br />
Source : Réseau laitier canadien<br />
* Note : Le gain réel en fiabilité avec l’utilisation du test 3K dépend de l’information disponible sur les<br />
ancêtres de l’animal testé.<br />
4
AVANTAGES ÉCONOMIQUES DES<br />
AMÉLIORATIONS À L’INDICE DE PROFIT À<br />
VIE (IPV)<br />
La génomique est un outil qui apporte plus de précision pour la sélection des génisses, ce qui améliore<br />
le taux du progrès génétique. L’Indice de profit à vie (IPV) fournit une mesure globale de la valeur<br />
économique d’un animal et prend en compte des facteurs comme la production, la durabilité, la santé et<br />
la fertilité. L’utilisation de la génomique pour la sélection des génisses fera croître le taux de progression<br />
de l’IPV comparativement aux méthodes traditionnelles de sélection.<br />
Le tableau 2 présente une estimation du bénéfice économique net découlant de l’utilisation de la<br />
génomique pour la sélection de génisses de remplacement. Deux principaux facteurs influencent<br />
ce bénéfice : le nombre de génisses disponibles et le nombre de génisses qui sont retenues pour le<br />
remplacement.<br />
5
TABLEAU 2 - BÉNÉFICES ANNUELS NETS ACTUELS<br />
DÉCOULANT DE L’UTILISATION DE LA GÉNOMIQUE POUR LA<br />
SÉLECTION DES GÉNISSES POUR UNE ENTREPRISE DE<br />
100 VACHES EN LACTATION<br />
Nombre de génisses<br />
disponibles pour le génotypage<br />
(période de 12 mois)<br />
60<br />
50<br />
40<br />
Taux de remplacement des génisses<br />
25 % 30 % 35 % 40 % 45 %<br />
14 040 $ 11 900 $ 9 560 $ 7 390 $ 5 180 $<br />
12 150 $ 9 560 $ 6 900 $ 4 220 $ 1 320 $<br />
9 100 $ 5 900 $ 2 510 $ (1 880 $) (1 880 $)<br />
HYPOTHÈSES :<br />
• Comprend le coût du testage génomique de toutes les<br />
génisses (panel de 3K à 47 $)<br />
• Chaque gain de 100 points d’IPV équivaut à 50 $ par tête par an<br />
• Écart-type d’IPV de 550 points au sein du groupe des génisses<br />
• Pour les génisses : avantages économiques reportés de deux ans (jusqu’au vêlage)<br />
et amortis au taux de 5 % par année<br />
6
Les avantages de l’utilisation du testage génomique pour la sélection des génisses sont optimaux quand il y a un<br />
grand nombre de génisses à partir desquelles choisir et un faible taux de remplacement. L’utilisation de semence<br />
sexée peut faire croître de beaucoup le nombre de génisses disponibles et, par conséquent, peut accroître<br />
les bénéfices à tirer de la génomique. Les avantages économiques présentés au tableau 2 tiennent<br />
compte des lactations des génisses choisies, mais omettent le progrès<br />
génétique additionnel que ces génisses supérieures<br />
transmettront à leur progéniture.<br />
PRINCIPAUX AVANTAGES<br />
OFFERTS PAR LA<br />
GÉNOMIQUE<br />
Un outil pour vous aider à prendre de meilleures<br />
décisions de gestion et de marketing<br />
Fiabilité et précision accrues des évaluations<br />
génétiques<br />
Obtenir un progrès génétique plus rapide dans<br />
votre troupeau<br />
Choisir les bonnes génisses à un plus jeune âge<br />
Optimiser les choix d’accouplement des femelles<br />
Le testage génomique peut également donner de l’information sur<br />
l’ascendance, sur le patrimoine héréditaire et sur les niveaux réels – plutôt<br />
qu’approximatifs – de consanguinité. La science de la génomique continuera<br />
à évoluer et elle offrira plusieurs opportunités dans le futur comme la recherche de parenté, la<br />
traçabilité et l’identification de nouveaux caractères présentant une importance économique.<br />
Ce que nous voyons aujourd’hui en matière de génomique n’est que le commencement.<br />
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SERVICE DE TESTAGE GÉNOMIQUE<br />
Holstein Canada et les partenaires de L’Alliance Semex sont heureux d’offrir à tous les producteurs laitiers<br />
le testage génomique des femelles. Le GenoTest offre deux options de test (3K ou 50K SNP) et le choix de<br />
méthode de collecte d’ADN (par les poils ou par un écouvillonnage nasal). Un formulaire de demande de<br />
testage génomique peut être imprimé à partir des sites Web de Holstein Canada et du Réseau laitier canadien.<br />
DEVRIEZ-VOUS UTILISER LE TESTAGE GÉNOMIQUE DE<br />
3K OU DE 50K SNP<br />
Le test (panel) de 3K évalue 3 000 SNP, tandis que le test de 50K en évalue 50 000. Le test de 3K offre une<br />
précision légèrement inférieure (~90 % celle du 50K), mais à un coût beaucoup moindre. Dans le cas du 3K,<br />
l’information sur les 47 000 autres SNP est imputée (comblée) en utilisant les renseignements sur la transmission<br />
des SNP chez les animaux apparentés. La précision du test 3K dépend de l’information disponible des ancêtres<br />
de l’animal testé. Par exemple, si le père a été testé avec le 50K et que la mère l’a été avec le 3K, alors le test de<br />
8<br />
3K sera légèrement moins précis pour l’animal que si sa mère avait aussi été testée avec le 50K.
FRAIS DU TEST GENOTEST PAR ANIMAL : SEPTEMBRE 2010<br />
Test génomique<br />
Poils<br />
Échantillon d’ADN<br />
Écouvillon nasal*<br />
3K SNP 47 $ 42 $<br />
50K SNP 160 $ 155 $<br />
* Frais additionnels de 5 $ pour la trousse d’écouvillonnage nasal, ce<br />
qui donne un coût total identique à celui du test à partir des poils<br />
Les animaux étrangers (qui ne sont pas la propriété de clients canadiens) sont admissibles au<br />
testage génomique par le biais d’un client canadien, moyennant des frais additionnels de 10 $.<br />
ON DEVRAIT UTILISER LE TEST<br />
DE 3K POUR...<br />
Génotypage de troupeau complet, pour<br />
aider à la prise des décisions de sélection,<br />
d’accouplement et de commercialisation<br />
ON DEVRAIT UTILISER LE TEST<br />
DE 50K POUR...<br />
Femelles d’élite qu’on prévoit utiliser<br />
pour la vente ou la commercialisation vers<br />
l’extérieur du Canada<br />
Tri préliminaire des femelles qu’on prévoit<br />
utiliser pour le transfert embryonnaire ou à<br />
d’autres fins<br />
Note : Les animaux de propriété canadienne qui sont testés avec l’un ou l’autre des panels obtiendront<br />
une évaluation génomique officielle au Canada; ce sera aussi le cas pour tout animal soumis au<br />
génotypage au sein du programme GenoTest. Tous les animaux génotypés en Amérique du Nord au<br />
moyen du panel de 50K recevront des évaluations génomiques à la fois aux É.-U. et au Canada.<br />
9
DEVRIEZ-VOUS UTILISER LES POILS OU LES ÉCOUVILLONS<br />
NASAUX POUR LE PRÉLÈVEMENT D’ADN<br />
Il vous revient de décider quelle méthode vous préférez. De nombreux producteurs sont à l’aise avec<br />
l’utilisation des poils pour le prélèvement d’ADN. Le prélèvement de poils pose parfois certains défis avec<br />
les animaux qui sont plus jeunes et aussi lors de l’extraction de l’ADN au laboratoire.<br />
L’écouvillonnage nasal est une technologie relativement nouvelle, mais qui a prouvé son efficacité pour le<br />
prélèvement d’ADN chez les bovins laitiers. L’écouvillonnage nasal est une technique de collecte d’ADN<br />
qui fonctionne généralement mieux auprès des jeunes animaux (moins de six mois d’âge) ou lorsque<br />
le prélèvement de poils pose problème. Chaque trousse d’écouvillonnage nasal coûte 5 $ et peut être<br />
commandée de Holstein Canada ou des partenaires de L’Alliance Semex. Les trousses d’écouvillonnage nasal<br />
ont une durée de conservation de deux ans et elles demeurent stables dans toutes sortes de conditions.<br />
Holstein Canada fournit les trousses d’écouvillonnage nasal aux producteurs en paquets de 10, au coût de<br />
50 $ plus les taxes en vigueur. Une trousse individuelle pourra être commandée au coût de 6 $ chacune.<br />
On peut commander les trousses par courriel (customerservice@holstein.ca), en ligne<br />
à www.holstein.ca (Génétique > Génomique > onglet Testage génomique) ou en<br />
appelant au service à la clientèle (519 756-8300). Les trousses d’écouvillonnage<br />
nasal peuvent aussi être achetées par l’entremise d’un partenaire de L’Alliance Semex.<br />
LES FEMELLES DOIVENT-ELLES ÊTRE ENREGISTRÉES<br />
POUR QUE JE PUISSE PROFITER DU GENOTEST<br />
• Oui, le testage génomique nécessite d’avoir un numéro d’enregistrement individuel et de<br />
l’information sur l’ascendance, qui est fournie par le processus d’enregistrement.<br />
• Dans le futur, le testage génomique pourrait faciliter l’enregistrement ou l’inscription d’un animal<br />
• Une autre possibilité est l’utilisation de la génomique pour retracer les ancêtres, en autant que<br />
certains des ancêtres aient déjà été génotypés.<br />
Écouvillon nasal<br />
Échantillon de poils<br />
10
QUELS RENSEIGNEMENTS M’APPORTERA LE TEST<br />
GENOTEST<br />
• De quatre à six semaines après la réception de l’échantillon d’ADN au bureau de Holstein Canada, les résultats du<br />
test seront affichés sur le babillard confidentiel du propriétaire sur le site Web de Holstein Canada.<br />
• Le Réseau laitier canadien (CDN) diffusera mensuellement sur son site Web tous les animaux qui auront été<br />
nouvellement génotypés.<br />
• Après chaque publication officielle des évaluations génétiques (avril, août et décembre), les renseignements<br />
concernant tous les animaux qui auront été testés seront mis à jour sur les sites Web de Holstein Canada et du CDN.<br />
• Les partenaires de L’Alliance Semex ont mis sur pied un nouveau programme, GenoPlan, destiné à vous aider<br />
à tirer le meilleur des évaluations génomiques que vous recevrez. Le programme peut également vous aider à<br />
décider quels animaux de votre troupeau vous devriez faire génotyper. Pour renseignements ou pour participer au<br />
GenoPlan, appelez le partenaire de L’Alliance Semex de votre région.<br />
Note : On recommande aux producteurs de prévoir l’envoi de leurs échantillons au moins six semaines avant une<br />
date de publication officielle d’évaluations génétiques afin que les résultats de testage de ceux-ci soient inclus<br />
dans cette ronde d’évaluations génétiques.<br />
Envoyez vos échantillons d’ADN (poils ou écouvillons nasaux) pour le test GenoTest à :<br />
Holstein Canada<br />
a/s Testage génomique<br />
C. P. 610<br />
Brantford (Ontario)<br />
N3T 5R4<br />
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TÉMOIGNAGES :<br />
Dennis Wagler<br />
Claynook Farms Ltd.<br />
New Hamburg, Ontario<br />
« Les écouvillons nasaux se sont avérés très efficaces et pratiques pour la collecte d’ADN chez nos<br />
jeunes sujets. Le test génomique 3K est une option économique qui nous aide dans la prise de nos<br />
décisions d’élevage. »<br />
Mme Élyse Champagne<br />
Ferme Justina et fils inc.<br />
La Visitation, Québec<br />
« J’ai été ravie de participer au projet-pilote d’écouvillonnage nasal. Avec mes vaches et génisses<br />
hébergées dans des stalles entravées, j’ai beaucoup apprécié cette méthode de prélèvement d’ADN car<br />
elle est rapide et plus facile que la collecte de poils. »<br />
HOLSTEIN CANADA<br />
519 756-8300<br />
www.holstein.ca<br />
SEMEX ALLIANCE<br />
519 821-5060<br />
www.semex.com<br />
GENCOR<br />
Milner, BC<br />
604 530-1141<br />
www.westgen.com<br />
Guelph, ON<br />
519 821-2150<br />
www.gencor.ca<br />
Kemptville,ON<br />
613 258-5944<br />
www.ebi.ca<br />
Saint-Hyacinthe, QC<br />
450 774-1141<br />
www.ciaq.com