swissherdbook bulletin 3-2013-f

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Filiales bulletin swissherdbook I numéro 3/2013 Filiales dans le point de mire : Qualitas SA à Zoug Questions au gérant Quels sont les domaines d’activité de Qualitas Qualitas offre des prestations de service aux organisations d’élevage dans les deux domaines centraux des applications de banques de Jürg Moll, gérant de Qualitas SA, Zoug données et de la génétique quantitative. Etant donné que des experts en matière d’applications de banques de données et d’estimation des valeurs d’élevage avec arrière-plan agricole travaillent pour Qualitas, des solutions ciblant de manière optimale leurs besoins peuvent être offertes aux clients. Qualitas possède du matériel performant, des applications de banques de données et de logiciels spécifiques pour l’élevage et une chaîne d’impression et d’emballage moderne. Nous offrons des méthodes ultramodernes dans les domaines de l’estimation des valeurs d’élevage et de la sélection génomique aux organisations d’élevage suisses. Positionnement sur le marché et clients Qualitas est la plus importante entreprise prestataire de services pour les organisations d’élevage suisses en ce qui concerne les applications de banques de données aussi bien qu’en matière de génétique quantitative. Font partie des clients de Qualitas : Braunvieh Schweiz, Vache Mère Suisse, la Fédération suisse d’élevage de la race d’Hérens, la Fédération suisse d’élevage Holstein, la coopérative suisse d’élevage des brebis laitières, la Fédération suisse d’élevage ovin, la Fédération suisse d’élevage caprin, Suisselab et swissherdbook. Portrait en bref Structure d’entreprise Qualitas SA, fondée le 1 er janvier 2011 comme une filiale de Braunvieh Schweiz et de swissherdbook, est un centre de compétences pour l’informatique et la génétique quantitative. Elle gère l’informatique avec la banque de données, le portail Internet et le centre d’impression pour Braunvieh Schweiz, la coopérative suisse d’élevage des brebis laitières, la Fédération suisse d’élevage ovin, la Fédération suisse d’élevage caprin et swissherdbook. Qualitas est responsable du développement et de l’exécution de l’estimation des valeurs d’élevage et de la sélection génomique pour toutes les organisations suisses de bétail laitier et la Fédération suisse d’élevage caprin. 22 collaborateurs travaillent actuellement pour Qualitas, répartis sur 19 postes à plein temps. Adresse : Qualitas SA Chamerstrasse 56 6300 Zoug info@qualitasag.ch www.qualitasag.ch Offre de services Qualitas est structurée en deux ressorts, soit l’informatique et l’estimation des valeurs d’élevage. Le ressort de l’informatique exploite une application de banques de données et de logiciels spécifique pour l’élevage qui permet de calculer tous les processus avec des délais brefs directement sur la banque de données. Un navigateur d’emploi courant constitue la surface de travail. Les opérations peuvent être adaptées et optimisées en fonction des besoins des clients. Le but de Qualitas est d’automatiser les processus et de décharger les clients. L’infrastructure existante est modulaire afin que les compléments ou extensions puissent, dans la mesure du possible, être réalisés de manière indépendante. Le système de stockage est séparé du serveur et le dimensionnement s’oriente selon les besoins des clients. Cela permet d’étendre, au besoin, la mémoire pendant que le système est en service. Avec Oracle, Qualitas dispose d’un des produits de banque de données les plus performants. L’application se base sur JAVA et a été développée par Qualitas. Ses propres ressources informatiques permettent à Qualitas de satisfaire les vœux des clients rapidement et de façon simple. Un centre d’impression et d’expédition est en plus annexé au ressort de l’informatique. Qualitas est ainsi en mesure d’exécuter l’impression, la mise sous enveloppe et l’expédition de l’output de masse intégral des clients. Qualitas exécute l’estimation des valeurs d’élevage classique pour Braunvieh Schweiz, la Fédération suisse d’élevage Holstein et swissherdbook. Dans le cadre de trois mises en valeur de routine (mars / avril, juillet / août et novembre / décembre), de nouvelles valeurs d’élevage sont estimées pour les critères de performances laitières (y compris la persistance et les cellules somatiques), la description linéaire et classification (DLC), la durée d’utilisation, l’aptitude à la traite, les deux critères de fécondité taux de non-retour filles et délai de mise à la reproduction ainsi que pour le déroulement du vêlage. Pour la Fédération suisse d’élevage de la race d’Hérens et la Fédération suisse d’élevage caprin (races principales : la chèvre du Gessenay, la chèvre du Toggenbourg, la chèvre alpine chamoisée), Qualitas estime deux respectivement une fois par an les valeurs d’élevage pour I 34
ulletin swissherdbook I numéro 3/2013 Filiales les critères de performances laitières. La sélection génomique constitue aujourd’hui une partie intégrante des programmes d’élevage des races laitières suisses. Qualitas travaille de manière intensive sur le développement de l’estimation des valeurs d’élevage génomiques. Depuis mars 2013, une puce plus petite et par conséquent meilleur marché (puce LD low density = à basse densité) est à la disposition des éleveurs en plus de la puce 50k utilisée auparavant. Avec la puce 50k, quelque 50’000 positions du patrimoine héréditaire (SNP) sont analysées, avec la puce LD environ 9’000 SNP. Une méthode de calcul (imputation) permet à Qualitas de compléter les analyses LD avec une haute précision jusqu’à 50k. De plus, la puce LD comporte un nombre de tests génétiques supplémentaires, comme par exemple la kappa-caséine ou la détermination de tares héréditaires. Projets actuels En mars 2013, la Fédération suisse d’élevage ovin et la Fédération suisse d’élevage caprin ont effectué le passage de caprovis data SA au nouveau système informatique développé pour elles chez Qualitas. Au printemps 2013, un nouvel outil pour la saisie des données sur la santé a été mis en service sur BrunaNet pour Braunvieh Schweiz respectivement redonline + pour swissherdbook. Durant le deuxième semestre 2013 suivra un accès à BrunaNet/redonline + qui sera optimisé pour l’accès à Internet via les smartphones. Une application mobile doit permettre l’accès simple aux plus importantes informations sur l’exploitation et les animaux. Le plus grand projet sera le développement, en 2013/2014, d’un nouveau système informatique pour Vache Mère Suisse. A partir de novembre 2014, Vache Mère Suisse gèrera ses données du herd-book et des performances également sur le système de banques de données de Qualitas. Depuis mars, Qualitas offre une puce plus petite et meilleur marché pour la sélection génomique. Jusqu’en 2014, Qualitas travaillera en outre sur l’union de l’estimation des valeurs d’élevage de swissherdbook et de la Fédération suisse d’élevage Holstein. Le but est de rendre les valeurs d’élevage de toutes les races gérées par ces deux fédérations d’élevage comparables. En même temps, la base de données pour la sélection génomique est ainsi améliorée. Dans le domaine de la sélection génomique, Qualitas se consacre intensément à l’exploitation de données séquentielles. Ces dernières représentent pour ainsi dire la puce SNP ultimative, car la mutation causale respectivement la variante du gène responsable de l’accentuation d’un caractère est en tout cas comprise dans le jeu de données. Ceci peut être un avantage pour l’estimation des valeurs d’élevage génomiques, augmenter la sûreté des valeurs d’élevage génomiques et améliorer la durabilité de l’estimation des valeurs d’élevage génomiques sur plusieurs générations. Il serait optimal si tous les animaux d’une population pouvaient être séquencés. Pour des raisons de coûts, cela n’est toutefois pas possible. C’est la raison pour laquelle Qualitas a fait séquencer uniquement les géniteurs les plus importants (animaux-clés). A l’aide de méthodes d’imputation et de méthodes statistiques, les génotypes SNP de la séquence sont prédites dans les populations génotypées au moyen de la puce 50k ou HD. Afin d’améliorer la base de données, Qualitas est en outre partenaire du projet « 1’000 Bull Genomes Project » ancré à l’échelon mondial. Quelles sont les visions d’avenir pour Qualitas Qualitas veut continuer d’augmenter le nombre de clients au sein des populations d’animaux de rente suisses. Dans le domaine de l’informatique, les applications de banques de données existantes seront améliorées et optimisées pour les clients. Une vision est d’établir un lien direct entre le logiciel d’étable respectivement de traite et la banque de données de Qualitas, c’est-à-dire d’automatiser l’échange de données. Les kilos de lait mémorisés dans l’ordinateur ne devraient plus être reportés sur la fiche d’accompagnement lors du contrôle laitier juste pour être enregistrés dans un autre système informatique un ou deux jours plus tard. La sélection génomique évolue à une vitesse fulgurante. De nouvelles connaissances méthodiques et technologies de laboratoire viennent sans cesse s’ajouter. Il s’agit de suivre le rythme de l’évolution à l’échelon international. Qualitas s’est fixé comme but d’étendre le domaine de la recherche et du développement et de le financer aussi par des fonds provenant de sources extérieures. Etant donné qu’il s’agit aussi de projets internationaux, les contacts internationaux existants doivent être entretenus et étendus. n
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