swissherdbook bulletin 3-2013-f
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ulletin <strong>swissherdbook</strong> I numéro 3/<strong>2013</strong><br />
Filiales<br />
les critères de performances laitières.<br />
La sélection génomique constitue<br />
aujourd’hui une partie intégrante des<br />
programmes d’élevage des races laitières<br />
suisses. Qualitas travaille de<br />
manière intensive sur le développement<br />
de l’estimation des valeurs<br />
d’élevage génomiques. Depuis mars<br />
<strong>2013</strong>, une puce plus petite et par<br />
conséquent meilleur marché (puce<br />
LD low density = à basse densité) est<br />
à la disposition des éleveurs en plus<br />
de la puce 50k utilisée auparavant.<br />
Avec la puce 50k, quelque 50’000<br />
positions du patrimoine héréditaire<br />
(SNP) sont analysées, avec la puce<br />
LD environ 9’000 SNP. Une méthode<br />
de calcul (imputation) permet à Qualitas<br />
de compléter les analyses LD<br />
avec une haute précision jusqu’à 50k.<br />
De plus, la puce LD comporte un<br />
nombre de tests génétiques supplémentaires,<br />
comme par exemple la<br />
kappa-caséine ou la détermination de<br />
tares héréditaires.<br />
Projets actuels<br />
En mars <strong>2013</strong>, la Fédération suisse<br />
d’élevage ovin et la Fédération suisse<br />
d’élevage caprin ont effectué le passage<br />
de caprovis data SA au nouveau<br />
système informatique développé pour<br />
elles chez Qualitas. Au printemps<br />
<strong>2013</strong>, un nouvel outil pour la saisie<br />
des données sur la santé a été mis<br />
en service sur BrunaNet pour Braunvieh<br />
Schweiz respectivement redonline<br />
+ pour <strong>swissherdbook</strong>. Durant le<br />
deuxième semestre <strong>2013</strong> suivra un<br />
accès à BrunaNet/redonline + qui sera<br />
optimisé pour l’accès à Internet via<br />
les smartphones. Une application<br />
mobile doit permettre l’accès simple<br />
aux plus importantes informations sur<br />
l’exploitation et les animaux. Le plus<br />
grand projet sera le développement,<br />
en <strong>2013</strong>/2014, d’un nouveau système<br />
informatique pour Vache Mère Suisse.<br />
A partir de novembre 2014, Vache<br />
Mère Suisse gèrera ses données du<br />
herd-book et des performances également<br />
sur le système de banques de<br />
données de Qualitas.<br />
Depuis mars, Qualitas offre une puce plus petite et meilleur marché pour la sélection génomique.<br />
Jusqu’en 2014, Qualitas travaillera en<br />
outre sur l’union de l’estimation des<br />
valeurs d’élevage de <strong>swissherdbook</strong><br />
et de la Fédération suisse d’élevage<br />
Holstein. Le but est de rendre les<br />
valeurs d’élevage de toutes les races<br />
gérées par ces deux fédérations d’élevage<br />
comparables. En même temps,<br />
la base de données pour la sélection<br />
génomique est ainsi améliorée.<br />
Dans le domaine de la sélection génomique,<br />
Qualitas se consacre intensément<br />
à l’exploitation de données<br />
séquentielles. Ces dernières représentent<br />
pour ainsi dire la puce SNP<br />
ultimative, car la mutation causale<br />
respectivement la variante du gène<br />
responsable de l’accentuation d’un<br />
caractère est en tout cas comprise<br />
dans le jeu de données. Ceci peut être<br />
un avantage pour l’estimation des<br />
valeurs d’élevage génomiques, augmenter<br />
la sûreté des valeurs d’élevage<br />
génomiques et améliorer la durabilité<br />
de l’estimation des valeurs d’élevage<br />
génomiques sur plusieurs générations.<br />
Il serait optimal si tous les animaux<br />
d’une population pouvaient être<br />
séquencés. Pour des raisons de coûts,<br />
cela n’est toutefois pas possible. C’est<br />
la raison pour laquelle Qualitas a fait<br />
séquencer uniquement les géniteurs<br />
les plus importants (animaux-clés). A<br />
l’aide de méthodes d’imputation et de<br />
méthodes statistiques, les génotypes<br />
SNP de la séquence sont prédites<br />
dans les populations génotypées au<br />
moyen de la puce 50k ou HD. Afin<br />
d’améliorer la base de données, Qualitas<br />
est en outre partenaire du projet<br />
« 1’000 Bull Genomes Project » ancré<br />
à l’échelon mondial.<br />
Quelles sont les visions<br />
d’avenir pour Qualitas <br />
Qualitas veut continuer d’augmenter<br />
le nombre de clients au sein des populations<br />
d’animaux de rente suisses.<br />
Dans le domaine de l’informatique,<br />
les applications de banques de données<br />
existantes seront améliorées<br />
et optimisées pour les clients. Une<br />
vision est d’établir un lien direct entre<br />
le logiciel d’étable respectivement<br />
de traite et la banque de données<br />
de Qualitas, c’est-à-dire d’automatiser<br />
l’échange de données. Les kilos<br />
de lait mémorisés dans l’ordinateur<br />
ne devraient plus être reportés sur<br />
la fiche d’accompagnement lors du<br />
contrôle laitier juste pour être enregistrés<br />
dans un autre système informatique<br />
un ou deux jours plus tard.<br />
La sélection génomique évolue<br />
à une vitesse fulgurante. De nouvelles<br />
connaissances méthodiques<br />
et technologies de laboratoire viennent<br />
sans cesse s’ajouter. Il s’agit<br />
de suivre le rythme de l’évolution à<br />
l’échelon international. Qualitas s’est<br />
fixé comme but d’étendre le domaine<br />
de la recherche et du développement<br />
et de le financer aussi par des fonds<br />
provenant de sources extérieures.<br />
Etant donné qu’il s’agit aussi de<br />
projets internationaux, les contacts<br />
internationaux existants doivent être<br />
entretenus et étendus.<br />
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