swissherdbook bulletin 3-2013-f

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ulletin swissherdbook I numéro 3/2013 Sélection génomique Puce LD : le nouvel instrument pour l’élevage Franz Seefried, Qualitas Depuis mars, une nouvelle puce SNP est à la disposition des éleveurs. Elle permet de faire une analyse génomique à un prix plus avantageux que la puce actuelle 50k. De plus, un nombre de tests génétiques supplémentaires et la détermination de tares héréditaires sont compris. La puce LD devient ainsi un instrument très efficace de l’élevage. Le testage par la descendance, qui comporte la disponibilité de taureaux avec une très haute sûreté dans la transmission héréditaire, a profité énormément à l’élevage. Il n’y a plus que très peu d’éleveurs qui veulent renoncer à l’utilisation de pareils taureaux. La sélection génomique pourrait à l’avenir jouer un rôle semblable. Cette technologie évolue à une vitesse fulgurante et il se dessine que les valeurs d’élevage génomiques seront utilisées comme outil standard pour les décisions zootechniques. Jusqu’à présent, tout s’est basé sur le typage moyennant la puce 50k qui permet d’analyser 50’000 positions du patrimoine héréditaire (SNP). La CTEBS vient de décider de faire dorénavant exécuter le typage pour l’estimation des valeurs d’élevage génomiques par Gene Seek aux Etats-Unis. Cela permet d’utiliser une nouvelle puce, plus petite, fabriquée par l’entreprise Illumina, la dite puce LD avec quelque 9’000 SNP. La puce 50k existera toujours. Informations essentielles sur la puce LD En principe, la puce LD fonctionne de la même manière que la puce 50k utilisée jusqu’à présent. La densité des SNP est seulement moins grande. Les 9’000 SNP ont été choisis de la sorte qu’ils sont répartis régulièrement sur le patrimoine héréditaire et qu’ils sont en même temps compris dans La nouvelle puce LD permet de faire des analyses génomiques à un prix plus avantageux, ce qui les rend plus attractives pour les éleveurs. Des frères et sœurs issus d’un rinçage qui ont des valeurs d’élevage génomiques optimisées peuvent par exemple être appréciés plus vite et plus précisément. En photo : Schuwey Rubens JBERIA CH 120.0167.2856.8 RH, mère de 18 descendantes enregistrées au herd-book une analyse avec la puce 50k. Pour l’estimation des valeurs d’élevage génomiques, les SNP manquants doivent être complétés à l’aide d’une méthode de calcul. Cette méthode s’appelle « imputing » (imputation). Ces calculs sont effectués par Qualitas SA. La méthode de l’imputation est décrite en détail dans l’article aux pages 25 à 26. Le fait que 9’000 SNP sont seulement analysés réduit le prix et ouvre la possibilité d’analyser des animaux de toute la population de manière très détaillée. De plus, la puce LD comporte aussi un nombre de tests génétiques supplémentaires, par exemple la kappa-caséine ou des tares héréditaires, qui, jusqu’à présent, ont dû être effectués séparément par d’autres laboratoires. En partie, ces tests sont intéressants pour différentes races (par ex. la kappa-caséine). Les tares héréditaires par contre sont spécifiques pour une race. Chez swissherdbook, l’analyse génomique n’est toujours possible que pour les races Holstein (RH, HO) et Swiss Fleckvieh (SF). Pour la SF, la part de sang Holstein devrait être d’au moins 62.5 % et le père ainsi que le grand-père maternel devraient aussi être génotypés. Pour les autres cas, il faut partir de l’hypothèse que la précision des valeurs d’élevage génomiques serait insuffisante. Logistique : qui – comment – quoi – ou En ce qui concerne le matériel d’analyse, le nouveau laboratoire accepte également des échantillons de poils et de mucus nasal, donnant toutefois clairement la préférence aux échantillons de poils. Les racines des poils fournissent de plus grandes quantités d’ADN, qui est nécessaire au typage. De plus, le risque que l’ADN soit sali est plus petit qu’avec le mucus nasal. Il faut veiller à arracher un nombre suffisant de poils (au moins 100) avec les racines. Pour assurer une bonne qualité des échantillons, des encrassements sont à éviter strictement. En cas de jumeaux, les poils sont impératifs. Le client envoie les échantillons, accompagnés du formulaire de commande, à Qualitas SA à Zoug. Qualitas envoie les échantillons au laboratoire une fois par mois. Au milieu du mois suivant, les valeurs (Photo : S. Hostettler) I 22
ulletin swissherdbook I numéro 3/2013 d’élevage génomiques sont disponibles. En commandant une analyse avec la puce LD, l’éleveur reçoit automatiquement les résultats des tests génétiques supplémentaires individuels. Une partie des tests supplémentaires n’est pas comprise dans le tarif de base. C’est la raison pour laquelle il faut indiquer sur le nouveau formulaire de commande (disponible sous www.swissherdbook.ch/ Génétique/Valeurs d’élevage/VE génomiques) quelles analyses on souhaite faire faire. Nous recommandons d’une manière générale l’analyse avec la nouvelle puce LD. Cependant, les taureaux d’IA doivent être retypés avec une puce plus précise. L’analyse 50k coûte CHF 199.–, alors que l’analyse avec la puce LD coûte seulement CHF 149.– (sans tests supplémentaires payants). Avec la puce 50k, il n’est toujours pas possible de faire des tests supplémentaires. Tests génétiques supplémentaires avec la puce LD La kappa-caséine est connue parce qu’elle est importante en relation avec la fromageabilité. La variante positive B est plutôt rare dans les races Holstein et Swiss Fleckvieh. Par contre, le type particulièrement défavorable E est assez fortement répandu dans la race Holstein. L’intégration dans la nouvelle puce LD permet de considérer le type de kappa-caséine plus facilement en élevage. Notamment pour les exploitations avec transformation directe en fromage, il peut être économiquement intéressant d’augmenter la part de la variante B chez les vaches et d’éviter en même temps le type indésirable E. La même chose vaut pour l’accouplement de mères à taureaux pour l’élevage de taureaux d’IA. A ce jour, il n’y a guère de mères à taureaux dont le type de kappacaséine a été déterminé et elles ont été accouplées sans connaissance de leur type de kappa-caséine, ce qui pourrait à l’avenir changer. Le test du facteur rouge pour Holstein est également compris dans la nouvelle puce LD. Ce test occasionne toutefois des droits de licence de CHF 5.–, qui sont imputés au client. Pour cette raison, le test du facteur rouge figure sur le formulaire de commande et il est seulement fait si le client coche la case correspondante. Ce test peut se faire pour les animaux Holstein noirs qui pourraient être porteurs du facteur rouge sur la base de leur ascendance. L’absence de cornes (polled) est un caractère héréditaire dominant. Cela signifie qu’un animal né naturellement sans cornes est au moins hétérozygote sans cornes (Pp). Le test se recommande donc en premier lieu pour les descendants de parents naturellement sans cornes afin de déterminer s’ils sont homozygotes sans cornes (PP) ou hétérozygotes sans cornes (Pp). L’élevage sur l’absence de cornes connaît actuellement un petit boom particulièrement en race Red Holstein. Il y a 5 ans, il n’y avait pratiquement pas de taureaux RH sans cornes performants utilisés au niveau international. Aujourd’hui, il y a de nombreux taureaux d’IA intéressants avec Pp ou même PP qui présentent des valeurs d’élevage génomiques relativement bonnes pour les critères de performances et morphologiques. L’absence de cornes est donc un exemple d’actualité montrant comment un critère recherché peut être ancré dans la race plus rapidement grâce à la sélection génomique. DUMPS, BLAD et Mulefoot sont des tares héréditaires de la race Holstein qui sont connues depuis longtemps. Leur hérédité est récessive. Cela signifie qu’en cas d’accouplement de deux animaux porteurs, la probabilité d’avoir un veau atteint est de 25 %. Pour swissherdbook, on n’attend guère d’animaux porteurs parce qu’aucun porteur n’a été utilisé. Les taureaux d’IA sont en plus testés systématiquement sur BLAD. Ces tests sont maintenant compris dans la puce LD gratuitement. L’hérédité de CVM (Holstein) est également récessive. Cela signifie que la maladie peut se manifester uniquement en cas d’accouplement de deux porteurs de la tare. Il y a donc lieu d’éviter de pareils accouplements. Des taureaux porteurs (CYC) connus sont Regancrest Elton DURHAM-ET, Gen-I-Beq SUNGOD-ET ou le taureau RH actuel Apples ABSOLUTE-ET. CVM est heureusement peu répandu chez swissherdbook parce que Swissgenetics a renoncé systématiquement à utiliser des taureaux porteurs. Néanmoins, tous les taureaux d’IA Red Holstein et Holstein sont testés de manière générale sur CVM. Le typage sur CVM avec la puce LD occasionne des droits de licence de CHF 30.–, raison pour laquelle il faut cocher cette analyse séparément sur le formulaire de commande. Brachyspina est une tare héréditaire récessive de la Holstein qui a été découverte seulement il y a quelques années. Les animaux porteurs connus sont identifiés avec BYC. D’importants taureaux d’IA porteurs de cette tare (BYC) dans la population RH sont les deux porteurs du facteur rouge Gen-I-Beq SAHARA et Gen-I-Beq SALTO ainsi que les taureaux rouges Gen-I-Beq SEQUENCE- ET et Vieuxsaule LUCAS-ET. Dans Tarifs des analyses génomiques, valables depuis mars 2013 (entrée des échantillons) Analyse génomique Puce LD (9k) (prix de base) Analyses optionnelles payantes : - Test du facteur rouge (RF ou HO) - Brachyspina (BYC ou BYF) - CVM (CYC ou CYF) - Absence de cornes (P ou PP) - Diagnostic BVD Coûts (CHF, TVA non comprise) 149.00 5.00 20.00 30.00 30.00 3.50 Puce 50k (utilisée jusqu’à présent) 199.00 23 I
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