PCEM1 CAHIER D'EXERCICES de BIOCHIMIE 4. Biologie ...

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Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1 Biologie Moléculaire / 26 7. La prolyl-tRNA synthétase est spécifique de toutes les actions suivantes, sauf une, indiquer laquelle : a. elle hydrolyse deux liaisons riches en énergie b. elle condense la proline sur l’AMP par une liaison anhydride d’acide c. elle reconnaît la proline, acide aminé d. elle reconnaît un tRNA dont l’anticodon est GGG e. elle produit un acide pyrophosphorique 8. A différentes étapes de la traduction du fragment de messager suivant, les sites acide aminé et peptide d’un ribosome sont occupés de toutes les façons suivantes, sauf une, indiquer laquelle : …CUG ACU CCU GAG GAG AAG UCU… a. site P : tRNA Pro~Pro-Thr-Leu-… site A : tRNA Glu~Glu b. site P : tRNA Glu~Glu site A : tRNA Glu~Glu-Pro-Thr-Leu-… c. site P : tRNA Glu~Glu-Pro-Thr-Leu-… site A : rien d. site P : tRNA Glu~Glu-Pro-Thr-Leu-… site A : tRNA Glu~Glu e. site P : tRNA Glu~Glu-Glu-Pro-Thr-Leu-… site A : tRNA Lys~Lys 9. Lors de la progression d’une fourche de réplication, les mécanismes suivants accompagnent la synthèse du DNA, sauf un, indiquer lequel : a. La DNA primase synthétise des amorces d’ARN sur le brin retardé b. La DNA polymérase d hydrolyse les nucléotides mésappariés en 3’ des brins nouveaux c. La DNA ligase associe les fragments d’Okazaki sur le brin retardé d. L’hélicase (topoisomérase) déroule la double hélice en avant de la polymérase e. La DNA polymérase d ajoute des nucléotides à l’extrémité 5’ des fragments d’Okazaki 10. La réparation par excision de base permet de corriger toutes les lésions du DNA suivantes, sauf une, indiquer laquelle : a. hydrolyse d’une liaison N-osidique (site sans base) b. dimère de thymines (cyclobutylique) c. 5-bromouracile (analogue structural de l’uracile) d. désamination d’une adénine (hypoxanthine) e. méthylation d’une cytosine (5-méthylcytosine) 11. Une structure Holliday peut se produire par croisement des brins de deux DNA homologues provenant des molécules suivantes, sauf une, indiquer laquelle : a. deux gènes homologues, sur des chromosomes différents b. deux chromosomes appariés au cours de la méiose c. deux DNA fils après la réplication d. deux gènes dupliqués l’un à la suite de l’autre (en tandem) e. deux chromosomes au cours de la réparation homologue EXERCICE 9 questions à choix multiples (Cocher les cases vraies pour chaque QCM) Soit l’ADN complémentaire double brin (ADNc) qui a été synthétisé à partir de l’ARN messager de l’apolipoprotéine A-II (apoA-II). La séquence du brin sens de cet ADNc est : 1 AGGCACAGAC ACCAAGGACA GAGACGCTGG CTAGGCCGCC 41 CTCCCCACTG TTACCAACAT GAAGCTGCTC GCAGCAACTG 81 TGCTACTCCT CACCATCTGC AGCCTTGAAG GAGCTTTGGT 121 TCGGAGACAG GCAAAGGAGC CATGTGTGGA GAGCCTGGTT 161 TCTCAGTACT TCCAGACCGT GACTGACTAT GGCAAGGACC 201 TGATGGAGAA GGTCAAGAGC CCAGAGCTTC AGGCCGAGGC 241 CAAGTCTTAC TTTGAAAAGT CAAAGGAGCA GCTGACACCC 281 CTGATCAAGA AGGCTGGAAC GGAACTGGTT AACTTCTTGA 321 GCTATTTCGT GGAACTTGGA ACACAGCCTG CCACCCAGTG 361 AAGTGTCCAG ACCATTGTCT TCCAACCCCA GCTGGCCTCT 401 AGAACACCCA CTGGCCAGTC CTAGAGCTCC TGTCCCTACC 441 CACTCTTTGC TACAATAAAT GCTGAATGAA TCC Pour faciliter les comptes, la séquence a été divisée en groupes de 10 lettres et le numéro du premier nucléotide de chaque ligne a été mentionné. 12. Parmi les constituants suivants, quels sont ceux qui ont été utilisés pour la synthèse de cet ADNc : a. une ARN polymérase b. une transcriptase réverse c. une ADN ligase d. les ribonucléosides triphosphates : ATP, UTP, GTP, CTP e. les désoxyribonucléosides triphosphates : dATP, dTTP, dGTP, dCTP 13. Cet ADNc: a. comporte la séquence du promoteur du gène de l’apoA-II b. reproduit la séquence de l’ARNm de l’apoA-II (hors mis la coiffe et la queue polyA) c. reproduit la séquence de tous les exons du gène de l’apoA-II d. reproduit en partie la séquence du brin sens du gène de l’apoA-II e. reproduit en partie la séquence du brin anti-sens du gène de l’apoA-II Faculté de Médecine Pierre & Marie Curie
Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1 Biologie Moléculaire / 27 14. Les deux séquences de 3 nucléotides en caractères gras comprennent : a. un site d’initiation de la transcription du gène de l’apoA-II b. un signal de fin de traduction de la protéine apoA-II c. un site d’épissage du transcrit primaire de l’apoA-II d. un signal de polyadénylation du transcrit primaire de l’apoA-II e. un élément cis-régulateur d’expression du gène de l’apoA-II 15. Sachant que le gène de l’apoA-II comporte 4 exons et que le 1 er exon n’est pas traduit, cet ADNc : a. a la même longueur que le gène de l’apoA-II b. a la même longueur que la séquence du gène de l’apoA-II située entre les sites d’initiation et de terminaison de la transcription c. a la même longueur que le transcrit primaire de l’apoA-II d. a la même longueur que la séquence codante du gène de l’apoA-II e. a la même longueur que l’ARNm de l’apoA-II (hors mis la coiffe et la queue polyA) 16. Vous souhaitez à partir de ce cDNA, synthétiser par réaction de polymérisation en chaîne (PCR), le fragment situé entre les deux séquences en caractères gras. Parmi les constituants suivants, quels sont ceux que vous utiliserez pour cette synthèse : a. l’oligonucléotide : 5’- ATGAAGCTGCTCGCAGC-3’ b. l’oligonucléotide : 5’- CAGCCTGCCACCCAGTGA-3’ c. l’oligonucléotide : 5’- TCACTGGGTGGCAGGCTG-3’ d. les didésoxyribonucléosides triphosphates : ddATP, ddTTP, ddGTP, ddCTP e. une ADN polymérase 17. La température de fusion du produit de PCR ainsi obtenu : a. est identique à celle d’un fragment de même taille, constitué uniquement de désoxythymidylate (polydT) b. est supérieure à celle d’un fragment de même taille, constitué uniquement de désoxythymidylate (polydT) c. est supérieure à celle d’un fragment de même taille, constitué uniquement de désoxyadénylate (polydA) d. est supérieure à celle d’un fragment de même taille, constitué uniquement de désoxyguanylate (polydG) e. est supérieure à celle d’un fragment de même taille, constitué uniquement de désoxycytidylate (polydC) 18. Le produit de PCR ainsi obtenu, est soumis à une digestion par l’enzyme de restriction HypCH4 V pour laquelle il n’existe qu’un site de restriction dans l’ADNc de l’apoA-II (situé aux nucléotides 98- 101), puis à une électrophorèse en gel d’agarose. Sachant que l’enzyme HypCH4 V hydrolyse l’ADN de la façon suivante : 5’…TG CA…3’ 3’…AC GT…5’ vous observerez à l’électrophorèse : a. deux fragments de 41 pb et 262 pb b. deux fragments de 99 pb et 342 pb c. quatre fragments de 41 pb, 99 pb, 262 pb et 342 pb. d. trois fragments de 99 pb, 342 pb et 473 pb. e. trois fragments de 41 pb, 303 pb et 473 pb. 19. Une délétion des deux nucléotides numérotés 100-101 dans la séquence d’ADNc sera accompagnée : a. d’un décalage du cadre de lecture b. de la synthèse d’une protéine tronquée (plus courte que la protéine normale) c. d’un défaut d’épissage du transcrit primaire d. d’un changement du 14 ème acide aminé de l’apoA-II (le 1 er étant la méthionine) e. de la disparition du site de restriction de l’enzyme de restriction HypCH4 V dans l’ADNc 20. La séquence d’ADNc d’un sujet homozygote pour la délétion des nucléotides numérotés 100-101 est soumise comme dans la question 4 à une amplification du fragment situé entre les deux séquences en caractères gras, puis à une digestion par l’enzyme de restriction HypCH4 V. Vous observerez à l’electrophorèse en gel d’agarose : a. trois fragments de 41 pb, 262 pb et 303 pb b. un fragment de 301 pb c. un fragment de 473 pb d. deux fragments de 41 pb et 262 pb e. deux fragments de 99 pb et 342 pb Faculté de Médecine Pierre & Marie Curie
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