un logiciel de scaffolding intégrant différents sources d ... - Inra
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Parfois cela ne se « contigue » pas<br />
(lorsque cela ne vient pas <strong>de</strong>s données)<br />
► En fait, si l’on pouvait appliquer les algorithmes/programmes classiques<br />
d’assemblage (cap3, phrap, Arachne) cela marcherait certainement<br />
► Hélas, les algorithmes « anciens » ne peuvent fonctionner sur <strong>de</strong> telles<br />
quantité <strong>de</strong> lectures on doit utiliser <strong>de</strong>s programmes utilisant <strong>de</strong>s<br />
structures <strong>de</strong> données particulières (Graphes <strong>de</strong> <strong>de</strong> Bruijn) L’analyse<br />
<strong>de</strong>vient possible mais le résultat est moins bon.<br />
Biologiste lambda,<br />
cap3, phrap, ... moi<br />
>S1<br />
ATGCCGTAGTCAGTC<br />
>S2<br />
CCGTAGTCAGTCTTC<br />
Velvet<br />
1700 citations dans google<br />
scholar<br />
ATGCCGTAGTCAGTC<br />
CCGTAGTCAGTCTTC<br />
k=3<br />
>NODE_1_len_7_cov_1.5<br />
ATGCCGTAG<br />
>NODE_2_len_4_cov_3.0<br />
AGTCAG<br />
k=5<br />
>NODE_1_len11_cov_1.7<br />
ATGCCGTAGTCAGTC<br />
pas mal, il manque juste TTC<br />
k=7<br />
Pas <strong>de</strong> contig<br />
ATGCCGTAGTCAGTCTTC<br />
2 contigs chevauchant <strong>de</strong> k-1 nt<br />
il manque TCTTC à la fin<br />
10 avril 2013 – Colloque EPGV – Lusignan – Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr
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