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Un peu de jargon: processus d’assemblage, contigs et scaffolds, paired-end, mate-pairs 10 avril 2013 – Colloque EPGV – Lusignan – Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr paired-end longueur de l’insert 200-600bp Contig 1 Contig 2 Scaffold 1 Légende: Les flèches représentent les fragments de séquences fournis par les séquenceurs. Les traits en pointillés qui connectent les flèches représentent un lien de longueur connue entre les deux extrémités séquencées. Les couleurs représentent des tailles d’inserts différentes obtenues par différents protocoles expérimentaux. Dans un premier temps les chevauchements entre séquences sont détectées et utilisés pour construire des séquences continues plus longues que l’on nomme « contigs ». Dans un deuxième temps, les inserts « longs » sont utilisés pour ordonner les « contigs » en « scaffolds ». Les trous entre les contigs, essentiellement dus aux séquences répétées, sont représentés par la lettre ‘N’ dans l’assemblage. mate-pair longueur de l’insert 3,5,8,10kb, 20kb, « 40kb »
Logithèque http://bbric.toulouse.inra.fr/dejavu 10 avril 2013 – Colloque EPGV – Lusignan – Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr
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Page 9 and 10: 10 avril 2013 - Colloque EPGV - Lus
Page 17 and 18: Conclusions personnelles (et peut

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