un logiciel de scaffolding intégrant différents sources d ... - Inra

Un peu de jargon: processus d’assemblage, contigs
et scaffolds, paired-end, mate-pairs
10 avril 2013 – Colloque EPGV – Lusignan – Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr
paired-end
longueur de
l’insert 200-600bp
Contig 1 Contig 2
Scaffold 1
Légende: Les flèches représentent les fragments de séquences fournis par les séquenceurs. Les
traits en pointillés qui connectent les flèches représentent un lien de longueur connue entre les
deux extrémités séquencées. Les couleurs représentent des tailles d’inserts différentes obtenues
par différents protocoles expérimentaux.
Dans un premier temps les chevauchements entre séquences sont détectées et utilisés pour
construire des séquences continues plus longues que l’on nomme « contigs ». Dans un deuxième
temps, les inserts « longs » sont utilisés pour ordonner les « contigs » en « scaffolds ». Les trous
entre les contigs, essentiellement dus aux séquences répétées, sont représentés par la lettre ‘N’
dans l’assemblage.
mate-pair
longueur de
l’insert 3,5,8,10kb,
20kb, « 40kb »