un logiciel de scaffolding intégrant différents sources d ... - Inra

Conclusions personnelles (et peut être temporaires) sur
l’assemblage de génomes à partir de données NGS
10 avril 2013 – Colloque EPGV – Lusignan – Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr
► Comprendre pourquoi cela ne marche pas et imaginer puis développer une
solution prend du temps
• « debugguer » sur des génomes complexes est extrêmement compliqué,
nécessite un temps complet sur une période longue et un accès réservé à des
ressources de calcul conséquentes il est souvent nécessaire de mettre au
point des solutions sur des cas moins complexes
► Mais penser que lorsque l’on a réglé un problème sur un cas « simple » cela
va marcher pareil sur un cas plus complexe reste démesurément optimiste
• effet programmes: multitude de versions, bugs, paramètres
• effet données: type, qualité, quantité, bruit
• effet espèce: haploide, diploide, haploide avec énormément de repeats, etc.
• effet papillon: une erreur (ex: chimère) au contiguage peut créer un souci lors
du scaffolding et donc au moment de la reconstitution de la pseudomolécule
► Il faut absolument penser le projet comme une interaction
bio/bioinfo sans les données rien n’est possible, sans les outils/compétences
non plus.